基于GBS技术的半滑舌鳎野生与养殖群体遗传多样性分析

目前半滑舌鳎的人工繁育中普遍存在近亲繁殖现象,种质资源和优良性状无法保障,关于半滑舌鳎野生群体和养殖群体的群体结构、混杂程度、遗传多样性分析等研究工作近10a内没有持续跟进,随着大量的半滑舌鳎人工繁育苗种增殖放流入海,野生和养殖种群的混杂程度有待评估。本研究对半滑舌鳎3个海捕野生群体和3个养殖群体进行遗传多样性分析和种质资源状况研究,通过GBS技术对87个半滑舌鳎样本进行测序,产生的高质量序列数据量为55.12Gb,共获563109个高质量的SNP位点用于遗传多样性分析。通过SNP分析遗传多样性发现,野生群体的遗传多样性略高于养殖群体,个别养殖群体高于野生群体,说明近年来增殖放流对野生群体的遗传多样性有所影响,遗传距离最远的是天津野生群体和河北养殖群体。在种群分化方面, 6个群体间不存在明显分化,尚未形成明显的地理隔离,不过聚类分析还是可以把野生群体和养殖群体分成两个亚群。本研究发现了一些高分化位点,计划通过设计引物扩增该段序列找出能够区分野生和养殖群体的候选标记。     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)群体遗传结构的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对半滑舌鳎野生和养殖4个群体的遗传结构进行了比较研究.结果表明,半滑舌鳎养殖群体遗传变异水平低于野生群体,两个野生群体的多态位点百分数、观察杂合度、期望杂合度、平均有效等位基因数的平均值(分别为21.275%、0.1177、0.0854和1.1499)分别高于两个养殖群体的平均值(分别为18....     

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）促性腺激素受体在雄性生殖周期中的表达

采用RT-PCR方法,研究了促性腺激素受体（FSHR和LHR）基因在雄性半滑舌鳎繁殖周期中的季节表达规律。结果表明,FSHR mRNA在雄鱼精巢、脑和脾中及LHR mRNA在雄鱼的精巢和脾中均呈季节规律性变化。3月份样品中,FSHR mRNA在精巢表达量最低,12月份,表达量最高;FSHR mRNA在脑中表达模式与精巢...     

半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体遗传变异的RAPD分析

采用RAPD方法对半滑舌鳎和塞内加尔鳎的养殖群体进行遗传变异分析。从78条随机引物中筛选出20条用于群体遗传学分析,2个群体共扩增出260条DNA片段,其中半滑舌鳎187条,塞内加尔鳎180条,片段大小为200-2 000 bp。半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体的多态片段比例分别为63.10%和60.56%,Nei的多样性指数和Shannon的信息指数分别为0.266 4和0.237 5,0.385 2和0.349 8。与其它鲆鲽鱼类养殖群体相比,半滑舌鳎和塞内加尔鳎养殖群体的遗传多样性水平略低;2种鱼群体间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.458 3和0.723 1,它们的遗传变异主要来自群体内。     

牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析

利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Günther)生长激素体外重组表达及活性分析

根据半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Günther)生长激素(GH)基因的c DNA全长序列设计引物克隆得到其全长552个碱基成熟肽序列。利用RT-PCR方法将扩增片段克隆到原核表达载体p ET-28a上,实现了GH成熟肽在大肠杆菌BL21(DE3)中的融合表达。融合蛋白分子量为26 k Da,在IPTG诱导4h时目的蛋白表达量最高,占细菌总蛋白的41.5%,主要以包涵体形式存在。Western-blotting分析表明GH融合蛋白可特异性地被6×His抗体识别。诱导表达后的菌液沉淀经纯化和复性后,获得大小为26 k Da的纯化GH融合蛋白。以ELISA方法检测纯化后的GH融合蛋白显示其具有免疫学活性。本研究为认识半滑舌鳎生长轴的调控机制提供了基础资料。     

半滑舌鳎三倍体诱导研究

采用冷休克抑制第二极体排出的方法诱导了半滑舌鳎三倍体,并探讨了三倍体诱导的最佳条件.通过流式细胞仪倍性检测和染色体观察验证各组三倍化率.结果显示:在受精后5 min开始,将受精卵放在4℃海水中进行冷休克处理,持续时间为20 min,三倍体诱导率最高为35％.通过对三倍体染色体进行分析,辨认其雌雄染色体型为ZWW/ZZZ,出现频率为1∶1,没有发现ZZW型雌鱼,暗示半滑舌鳎Z染色体和W染色体之间的交叉和互换受到严重抑制.     

大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究

利用线粒体COI 基因序列片段与ISSR 标记方法, 研究江苏海域大黄鱼（Pseudosciaena crocea）野生群体（JS）的遗传多样性水平, 并比较其与浙江（ZJ）、福建（FJ）养殖群体的遗传差异。结果表明： （1）扩增COI 基因序列片段625bp, 3 个群体65 个序列中有15 个单倍型, 群体间有3 ...     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)血浆性类固醇激素表达与卵巢发育及温光调控的关系研究

采用放射免疫法(RIA)、组织切片技术和形态测量法首次系统研究了人工养殖条件下半滑舌鳎亲鱼卵巢的年周期发育过程中血浆中性类固醇激素[雌二醇(E<,2>)和睾酮(T)]的表达规律与性腺发育[组织结构、性腺指数(GSI)、肥满度(CF)和肝脏指数(HSI)]及温度和光周期调控的关系.结果表明,半滑舌鳎属于非同步分批产卵类型...     

半滑舌鳎精子的超微结构

硬骨鱼类精子的超微结构,国内外已有较为广泛的研究,一般均为鞭毛型精子,由头部、中片和尾部三部分组成.但不同种硬骨鱼的精子,其细胞核、中心粒复合体、袖套和鞭毛等的结构和形态都各有特异之处.     

两种蛤仔群体遗传多样性的形态参数及AFLP分析

采用多变量形态度量学方法,对大连(DL)、青岛(QD)、厦门(XM)、珠海(ZH)4个菲律宾蛤仔群体和湛江(RV)1个杂色蛤仔群体的形态变异进行了比较研究,建立了群体形态聚类图和形态判别函数,结果较客观地显示了4个菲律宾蛤仔群体之间以及与杂色蛤仔群体之间的差异。利用4对引物组合对菲律宾蛤仔青岛群体与杂色蛤仔湛江群体共48个个体进行了AFLP分析,共得到216个位点,其中特有位点29个,可作为2个物种鉴别的分子标记。两种蛤仔都显示了较高的群体遗传多样性,菲律宾蛤仔群体内遗传相似度为0.6051,杂色蛤仔为0.6882,群体间的平均遗传相似度只有0.2968。群体内香农多样性指数菲律宾蛤仔为0.2526,略高于杂色蛤仔的0.2154。对所有个体聚类分析,同种个体可以很好地聚在一起,没有出现种间的交叉,表明两种蛤仔具有明显的遗传差异。     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)GnRHR基因全长cDNA 的克隆与组织表达分析

采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法, 克隆了半滑舌鳎中 GnRHR 全长 cDNA。通过基因全长以及推断的氨基酸序列分析, 得知该序列包含一个 7tm-1 保守结构域, 为 G 蛋白偶联受体家族成员。利用 PHYLIP 3.5c 邻位相连法以及 DNAstar 中的 CLUSTAL W 方法对相应的氨基酸序列进行了聚类分析和序列相似度分析。结果表明, 半滑舌鳎 GnRHR 鳉 与鲈鱼、琥珀鱼、虹鳟以及青 等鱼类中的 GnRHR聚为一支, 亲缘关系较近, 且相似度较高, 分别为 90.1%、 89.7%、 79.0%以及 78.3%, 而与高等哺乳动物人、小鼠相似性仅分别为 18.8%和 16.2%, 亲缘关系较远。应用半定量 RT-PCR 技术分析其组织表达, 发现 GnRHR 广泛表达于各个组织, 但表达量差异较大, 在性腺、脑和肾中表达量较高, 其它组织较弱。     

基于低压静电场技术(LVEF)对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的保鲜效果及微生物菌落影响分析

为研究低压静电场对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)在贮藏过程中微生物群落特征,采用高通量测序技术对贮藏至30 d半滑舌鳎的微生物群落碱基信息测序,产生的碱基序列通过OTU聚类、多样性分析、相关性分析等手段,探讨影响半滑舌鳎保鲜效果的微生物群落组成和发育信息。研究不同低压静电场(2 000、2 500 V/m)对半滑舌鳎贮藏期间微生物群落组成的影响。结果表明:半滑舌鳎有效序列范围为76 735～103 583,平均长度为428.39～429.17 bp, OTU数目在45～218。贮藏期间样品的微生物多样性和相对丰度均有所下降。在门水平上共鉴定出四种微生物菌门,分别为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)和其他。在属水平上鉴定出11种微生物菌属,分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、希瓦氏菌属(Shewanella)、环丝菌属(Brochothrix)、漫游菌属(Vagococcus)、发光杆菌属(Photobacterium)、Myroi...     

长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(N_a),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(N_a=13, I=2.128,H_e=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(N_a=29,I=3.112, H_e=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(F_st)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

大竹蛏(Solen grandis)不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国沿海大竹蛏(Solen grandis)群体的遗传多样性进行了分析,利用筛选出的7对AFLP引物,对丹东、烟台、莱州、日照和南通5个地理群体的141只大竹蛏个体进行了扩增,共得到了403个位点,片段大小在100—700bp之间。其中丹东、烟台、莱州、南通4个群体的大竹蛏遗传多样性水平接近,日照群体的多态位点比例高于其它4个群体,结合Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)看,日照群体的遗传多样性水平最高,而南通群体的遗传多样性水平最低。AMOVA分析得到群体间遗传分化系数Φst=0.2250(P<0.001),群体间的变异百分率为22.5%,群体内为77.5%,说明群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异,但群体间也存在一定程度的基因渗透。     

刺参（Apostichopus japonicus）野生及两代选育群体间遗传变异的微卫星标记研究

应用微卫星DNA技术对野生刺参和两代选育刺参群体遗传多样性进行了研究。9对微卫星引物在三个刺参群体中共扩增获得43个等位基因,每个微卫星座位检测到的等位基因数为2—7个。三个群体的观测杂合度的平均值分别为0．6556、0．6704和0．6148,多态信息含量平均值分别为0．6654、0．5929和0．5275。结果表明...