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相似文献
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1.
目的:通过生物信息学方法分析骨关节炎(OA)中软骨生成祖细胞(CPC)损伤的差异基因表达,并找出关键基因来预测可用于诊断或治疗CPC损伤的生物标志物及中药。方法:从GEO数据库下载CPC数据。共包含样本8 例。以R语言处理数据,得到差异表达基因。再使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。对显著差异表达的前100个差异表达基因进行分析后绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。比较关键基因在OA组织及正常组织中的表达水平。筛选网络中显著模块及关键基因,最后预测作用于关键基因的中药。结果:共筛选出DEGs 1027个,其中上调基因327个,下调基因700个。DEGs 显著富集于细胞外基质(ECM)受体相互作用、金黄色葡萄球菌感染、粘着斑、人乳头瘤病毒感染、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肺结核等通路。前7个关键基因为:基质金属肽酶3(MMP3)、脂多糖结合蛋白(LBP)、基质金属肽酶1(MMP1)、脂质运载蛋白(LCN2)、人血浆丝氨酸蛋白激酶(SERPINA5)、成纤维细胞生长因子23(FGF23)、颗粒酶B(GZMB)。其中MMP3和LBP为核心基因。MMP3和LBP出现显著表达,预测出治疗CPC损伤的潜在代表中药有黄芩、淫羊藿、桃仁等。结论:MMP3和LBP的显著表达有助于区分OA中的CPC,并且有望成为诊断和治疗CPC损伤的生物标志物。  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学研究石菖蒲-郁金治疗阿尔兹海默症(AD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选石菖蒲、郁金的有效成分,找出其所对应的相关靶点,利用UniProt数据库进行靶点蛋白与基因名的转换,在DisGeNET中寻找AD的基因信息,借助韦恩图找到石菖蒲-郁金与AD相关联的核心靶点基因,利用DAVID数据库对核心靶点基因进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Cytoscape 3.9.1、STRING软件构建可视化“疾病-通路-靶点-药物”网络图与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,得到治疗AD的基因蛋白。结果:筛选获得石菖蒲-郁金有效成分19种,潜在靶点136个,关键靶点基因40个,其中以蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、半胱天冬酶3(CASP3)、一氧化氮合酶3(NOS3)、氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、氧化氢酶(CAT)等靶点作用较为突出。GO功能富集分析显示,GO功能条目主要有血管生成正调节、细胞核、质膜组成成分、序列特异性DNA结合等。KEGG通路富集分析发现,脂质与动脉粥样硬化通路在所有相关条目中关联性最强,对于治疗AD更有意义。结论:石菖蒲-郁金可以从多基因、多靶点、多途径治疗AD。  相似文献   

3.
目的:运用网络药理学研究青皮治疗抑郁症的作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索青皮的有效成分及其作用靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索抑郁症的疾病靶点;应用R语言等计算软件获取青皮有效成分的作用靶点和抑郁症疾病靶点的交集基因;运用Perl软件与Cytoscape 3.7.0软件联合构建青皮-有效成分-靶点-抑郁症调控网络;使用STRING构建PPI网络;应用DAVID数据分析软件和Metascape数据库,对所筛选出的“核心基因”进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最终获得预测结果。结果:通过以上方法,获得青皮的5个有效成分,有效成分的基因靶点与抑郁症基因靶点的交集基因有30个。通过对青皮-有效成分-靶点-抑郁症调控网络的可视化分析,发现有效成分中的川陈皮素(nobiletin)所对应的交集基因最多。运用PPI网络预测到雌激素受体1(ESR1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)等25个基因是青皮治疗抑郁症所干预的重要靶点。GO功能富集分析和KEGG富集分析结果显示,青皮有效成分在分子层面对抑郁症基因的干预有较好的作用。结论:青皮治疗抑郁症的机制主要是作用于ESR1、CASP3、PPARG等25个基因,并在分子层面起到改变抑郁症基因的转录翻译等作用。  相似文献   

4.
广西沿海风暴潮的数值计算研究…………………………………………陈波魏更生(1)小直径组合桩的波浪力实验分析…………………………………………王爱群徐立论(9)黄河源地区水文水资源及生态环境变化研究………谷源泽李庆金杨风栋王静(18)海岸带综合管理的核心目的及有关技术的应用………………金建军恽才兴巩彩兰(26)日本沼虾黑鳃病几种同工酶的变化与病理分析…………………………吴惠仙薛俊增(32)游鳍叶鯵和镰鳍裸胸鯵骨骼系统的比较研究………………………………………李仲辉(38)鱼类孵化酶的研究进展及其应用前景……………  相似文献   

5.
为揭示南极磷虾(Eupahusia superba)(甲壳动物:软甲纲:磷虾目)线粒体基因组特征,及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记,采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾(PrydzBay)南极磷虾线粒体基因组DNA,综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序:通过生物信息学软件(DOGMA、tRNAscan-SE 1.21和DnaSP4.10.7等)进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498bp以上(部分非编码区未测定),包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,出现4个转运RNA基因的易位:trnL1、trnL2、trnW和trnl以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾(Prydz Bay)和威德尔海(Weddell Sea)南极磷虾的线粒体基因组,作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中,变异最大的是nad2基因,差异位点高达61个,其次是nad5基因,差异位点有12个:而coxl基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为coxl基因辅助的分子标记,用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性,为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。  相似文献   

6.
目的:基于网络药理学技术挖掘及佐证巴戟天-牛膝药对切合骨关节炎(OA)治则的效应机制。方法:在TCMSP数据库中筛选巴戟天-牛膝药对的所有成分,借助Uniprot数据库将药对中显效物质成分所靶向关联的效用点进行筛选,对OA的疾病靶点进行联合检索、收集与分析。将筛选出的显效靶标与OA靶点进行交联分析,将其共有靶标作为巴戟天-牛膝药对治疗OA的预测靶基因。将预测靶基因通过蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络显示,筛选核心基因,构建“药物-成分-疾病-靶点”网络。联合基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,探究巴戟天-牛膝药对切合OA治则的药效基础及效应机制。结果:经筛选分析得出槲皮素可能在巴戟天-牛膝药对治疗OA中发挥主导作用,观察预测靶基因之间的PPI关系,发现网络中转录因子AP-1(JUN)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、白细胞介素-6(IL-6)5个核心基因度值较高。GO功能和KEGG通路富集分析提示巴戟天-牛膝药对治疗OA主要涉及抗炎、抗氧化以及白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡途径。在大鼠体外实验中,模型组与正常组比较,RELA、IL-17、IL-6蛋白表达升高(P<0.01);经过槲皮素治疗后RELA、IL-17、IL-6蛋白表达降低(P<0.01)。结论:巴戟天-牛膝药对治疗OA的潜在机制是通过槲皮素降低RELA、IL-17、IL-6蛋白表达,抑制炎症反应,从而延缓关节软骨退变。  相似文献   

7.
1996年《青岛海洋大学学报》总目次(括号内数字依次为卷数、期数、页数)分析海浪方向谱的EEV方法的一种迭代形式管长龙(26,1,1)……………………………………………分潮波模型多资料数值计算方法研究Ⅰ.岸边资料运动学外推的第一边值方法潘文波等(26...  相似文献   

8.
海绵共附生微生物基因多态性的RAPD-PCR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用传统分离手段对中国南海海域的细薄星芒海绵(Stelletta tenui(Lindgren,1897)1、皱皮软海绵(Halichondria rugosa(Ridley&Dendy))、澳大利亚厚皮海绵(Craniella australiensis(Carter))、贪婪倔海绵(Dysidea avara(Schmidt))4种海绵体内的微生物进行了分离培养,随机挑选64株芽孢杆菌属细菌(每种海绵16株)进行了RAPD-PCR基因多态性分析。研究表明,一些海绵微生物是可以通过传统分离手段得到的,来自同一或者不同海绵的微生物均具有丰富的基因多态性。  相似文献   

9.
目的:利用网络药理学平台整合分析牛膝-杜仲-桑寄生治疗膝骨关节炎(KOA)的分子机制,为药组的使用提供理论依据。方法:通过TCMSP平台筛选药组有效成分及靶点,与KOA靶点取交集制作韦恩图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,筛选关键成分和核心基因,对核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出药组有效成分41种,作用靶点239个;主要有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、黄芩素、汉黄芩素、β-胡萝卜素等关键成分;磷酸激酶B1(AKT1)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子(VEGF)等核心基因。关键信号通路有晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)通路、TNF通路、脂肪与动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇3-激酶/磷酸激酶B(PI3K/Akt)通路等,分子对接结果显示活性成分与核心基因结合能力较强。结论:牛膝-杜仲-桑寄生药组可以通过多靶点、多通路发挥抗炎、抗氧化、调控细胞凋亡及稳定关节内环境的作用,达到治疗膝骨关节炎的目的。  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学方法研究败酱草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的主要活性成分及其作用靶点,探讨其作用机制。方法:通过TCMSP数据库查询败酱草的有效成分及作用靶点,将口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18作为筛选标准。运用GeneCards数据库搜索NSCLC的作用靶点,将两者基因取交集,在Cytoscape 3.8.2软件导入共同基因,构建药物-活性成分-作用靶点网络图。基于STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,导入Cytoscape 3.8.2软件进行网络可视化分析。运用Metascape数据库对药物靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:败酱草作用于NSCLC的有效活性成分共11种,作用靶点有87个,包括肿瘤P53蛋白(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、原癌基因蛋白(MYC)、半胱天冬酶3(CASP3)、G1/S特异性细胞周期蛋白D1(CCND1)等基因;作用的信号通路主要集中在癌症的途径、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、人类疱疹病毒(Epstein-Barr病毒)感染、癌症中的蛋白多糖等。结论:败酱草对NSCLC的作用机制可能通过TP53、AKT1、MYC、CASP3、CCND1等关键蛋白起作用。  相似文献   

11.
为了探索生长因子受体结合蛋白2(GRB2)在缢蛏生长发育中的作用,本实验基于缢蛏转录组文库,利用SMART RACE技术克隆缢蛏GRB2(Sc-GRB2)基因的cDNA全长序列,分析其在不同组织和发育时期的表达差异,并在外显子中进行了SNP位点筛选。结果表明,Sc-GRB2基因cDNA全长1 223 bp,开放阅读框711 bp,编码236个氨基酸;氨基酸序列比对发现,缢蛏与文蛤、泥蚶等双壳贝类同源性较高(64%、59%),而与其他物种的同源性为45%~58%,表明GRB2基因比较保守;不同组织的荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示,Sc-GRB2基因在缢蛏7个组织中均有表达,其中足中的表达量极显著地高于其他6个组织(P<0.01);在8个发育时期的表达差异分析发现,该基因在稚贝期表达量极显著地高于其他7个时期(P<0.01)。SNP位点筛选结果表明,在Sc-GRB2基因的外显子区域共发现11个SNP位点。  相似文献   

12.
2004~2010年夏季杭州湾鱼类浮游生物种类组成与数量分布   总被引:3,自引:0,他引:3  
2004~2010年夏季(8月),在杭州湾设置12~15个采样点,采集鱼类浮游生物样本共93网次.经鉴定分析,共得鱼卵233粒,仔稚鱼29 825尾,仔稚鱼分别隶属8目17科26属34种,其中凤鲚(Coilia mystus)为优势种,数量占总量的91.5%,历年优势度在80.0%~99.1%之间.各年比例较高的种类还有弹涂鱼属一种(Periophthalmus sp.1)、鮻(Liza haematocheila)、鲻鱼(Mugil cephalus)、中颌棱鳀(Thrissa mystax)、康氏小公鱼(Anchoviella commersonii)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)和七星底灯鱼(Benthosema pterotum)等.滩浒山附近和杭州湾内湾南部海域鱼类浮游生物密度较高,是杭州湾内凤鲚仔稚鱼活动的主要区域.生态类型主要包括半咸水型种类、沿岸型种类和近岸型种类.对鱼类浮游生物密度与主要环境因子进行逐步回归分析,结果显示,鱼类浮游生物密度的自然对数与水体透明度、盐度和水温的相关性显著(p〈0.05),其中与水体透明度的相关系数最大.  相似文献   

13.
曹霄  陈炯  史雨红  陆新江 《台湾海峡》2011,30(2):203-209
14 kDa载脂蛋白(Apo-14)是鱼类一种特有的载脂蛋白,是鱼类高密度脂蛋白(HDLs)的重要成分,其生物学功能目前还不明确.本研究采用简并引物,从香鱼(Plecoglossus altivelis)肝脏cDNA文库中筛选香鱼Apo-14基因,该基因cDNA序列全长905个核苷酸,开放阅读框编码一个有144个氨基酸,分子量约为15.9 kDa的蛋白.香鱼Apo-14基因mRNA主要在香鱼肝脏中表达,在肠、肾和鳃中也有少量表达.同源性分析揭示,香鱼Apo-14与已知鱼类中虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Apo-14最相似,氨基酸序列同源性为70%.qRT-PCR表明,咸淡水处理组(盐度为10)的肝、肠、肾、鳃中,该基因mRNA均比淡水处理组(盐度为0)明显下调(p〈0.05),揭示载脂蛋白Apo-14可能与盐度适应相关.  相似文献   

14.
目的:通过网络药理学探析虎地肠溶胶囊治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法:基于TCMSP和台湾中医药数据库筛查药物的潜在活性成分及靶点;采用GeneCards数据库获取UC的已知靶点,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;应用DAVID数据库对共同靶点基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Cytoscape 3.7.2软件和R语言软件对数据进行可视化。结果:虎地肠溶胶囊治疗UC的活性成分143种,关键成分包括山柰酚、β-谷甾醇、槲皮素等;潜在作用靶点69个,主要有肿瘤蛋白P53(TP53)、原癌基因蛋白(MYC)、胱天蛋白酶3(CASP3)、人雌激素受体α(ESR1)等靶基因。晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路。GO功能富集分析结果显示主要涉及DNA转录调控、RNA聚合酶Ⅱ特异性、核受体调控、单加氧酶活性、氧化还原反应等。KEGG通路富集分析结果显示主要涉及疾病相关信号通路、炎症相关信号通路和细胞凋亡信号通路。结论:虎地肠溶胶囊的多种活性成分具有从多靶点、多通路治疗UC的作用,为临床研究提供新思路。  相似文献   

15.
南麂列岛海域微小型底栖藻类生态研究   总被引:6,自引:0,他引:6  
本文首次报道南麂列岛海域沉积物中的微型(2~20μm)、小型(20~200μm)藻类组成、数量分布及其与环境因子的关系。经初步鉴定,沉积物中共有微小型藻类24属71种,其中小型的底栖圆筛藻属Coscinodiscusspp.为21种,广布于整个海区,春季平均细胞密度为(10.4±3.6)×103个/cm2,占总密度的65.4%;微型藻以中肋骨条藻Skeletonemacostatum占优势,秋季平均细胞密度为(4262.8±11928.2)×103个/cm2,占总细胞密度的98.9%,主要分布在沿岸区。对0~12cm柱状样品中细胞密度分层分析结果表明,0~2cm层的细胞密度大于2~5cm层大于5~12cm层。沿岸区(1,2,5,6,7,8,9站)的种类和细胞密度高于岙口(3站)、远岸(10站)及水道区(4站)。根据微小型底栖藻类组成特点,可划分为三个生态类群:广布性类群、暖水性类群和温带性类群。微小型底栖藻类密度与营养盐浓度的季节变化密切相关,秋季高于春季。  相似文献   

16.
海洋预报     
第18卷(2001年)总目录研究与总结 派比安台风对上海黄浦江潮位的影响及成因探讨…………………… 徐建成 (1—1) 长江口水动力场、浓度场数值模拟网格生成技术的研究………… 陈祖军等(1—11) 水汽在9711号台风移动中的作用…………………………………… 季良达等 (1—19) 西行台风进入南海后路径的统计动力预报模式…………………… 蔡 琳等 (1—27) 南极中山站天气系统和气象要素变化………………………………… 胡胜利 (1—34) 造成我国北方暴雨的热带气旋天气特征分析……………………… 张少林等 …  相似文献   

17.
采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.  相似文献   

18.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨青蛇方外用治疗湿疹的作用机制。方法:应用TCMSP和UniProt数据库平台查询青蛇方组方的有效活性成分及靶基因,与疾病靶基因取交集后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;应用DAVID数据库,对潜在核心作用靶点基因进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用分子对接原理论证青蛇方生物活性成分与核心靶点的分子结合能力。结果:筛选出青蛇方有效成分63种,作用靶点99个;主要有β-谷甾醇、2,4,7-三羟基-9,10-二氢菲、靛蓝素、豆甾醇、色氨酸等关键成分;转录因子AP-1(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因(RELA)、干扰素γ(IFNG)、转化生长因子-β1(TGF-β1)等核心基因。关键信号通路有癌症信号通路、恰加斯病通路、弓形体病通路、脂质和动脉粥样硬化通路等,分子对接结果显示活性成分与核心靶点基因结合能力较强。结论:青蛇方外用可以通过多种活性成分、多种通路有效抑制免疫炎症反应,促进免疫系统正常运行,从而达到治疗湿疹的目的。  相似文献   

19.
采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种(2种未鉴定到种)。其中,以鲈形目(Perciformes)种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目(Clupeiformes),种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚(Coilia mystus)优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率(95.60%)明显高于COⅠ基因(43.22%)。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0~0.005(平均0.003),种间遗传距离为0.061~0.376(平均0.253),两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S r RNA基因种内遗传距离为0~0.011(平均0...  相似文献   

20.
为探究强壮箭虫(Sagitta crassa)在黄河口及其邻近水域的时空分布特征及其与生物和非生物环境等因子的关系,本文依据2013—2014年在黄河口及其邻近水域6个航次的调查数据,采用丛生指标(I)、聚块性指标(A)和负二项分布参数的倒数(CA)等聚集指标,分析了强壮箭虫的空间分布特征;应用广义可加模型(GAM)研究了强壮箭虫密度的时空分布和环境因子的关系。结果表明,黄河口及其邻近水域强壮箭虫平均密度为21.85 ind/m3,春、秋季高,冬、夏季低;其密度的空间分布以黄河入海口附近水域为密集中心,向远岸水域逐渐降低;强壮箭虫在黄河口及其邻近水域的聚集特征随密度的变化存在两次聚集和两次扩散;水深、表层水温和浮游桡足类密度是影响其密度时空分布的主要因子,总偏差解释率为55.11%,强壮箭虫密度随水深的增加而减小,随表层水温的升高先增加后减小,随桡足类密度的增加而增加。强壮箭虫密度受黄河口及其邻近水域环境因子变动的影响,具有明显的季节变化和空间分布规律。  相似文献   

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