帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

两种蛤仔群体遗传多样性的形态参数及AFLP分析

采用多变量形态度量学方法,对大连(DL)、青岛(QD)、厦门(XM)、珠海(ZH)4个菲律宾蛤仔群体和湛江(RV)1个杂色蛤仔群体的形态变异进行了比较研究,建立了群体形态聚类图和形态判别函数,结果较客观地显示了4个菲律宾蛤仔群体之间以及与杂色蛤仔群体之间的差异。利用4对引物组合对菲律宾蛤仔青岛群体与杂色蛤仔湛江群体共48个个体进行了AFLP分析,共得到216个位点,其中特有位点29个,可作为2个物种鉴别的分子标记。两种蛤仔都显示了较高的群体遗传多样性,菲律宾蛤仔群体内遗传相似度为0.6051,杂色蛤仔为0.6882,群体间的平均遗传相似度只有0.2968。群体内香农多样性指数菲律宾蛤仔为0.2526,略高于杂色蛤仔的0.2154。对所有个体聚类分析,同种个体可以很好地聚在一起,没有出现种间的交叉,表明两种蛤仔具有明显的遗传差异。     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）4个野生群体（乳山、无棣、牟平、即墨）进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离在0.0263～0.0448之间,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)4个野生群体(乳山、无棣、牟平、即墨)进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离为0.0263~0.0448,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

菲律宾蛤仔不同地理群体生化遗传结构与变异的研究

采用聚丙稀酰胺凝胶电泳技术对福建平潭岛、浙江象山港、江苏海州湾和辽宁辽东湾4个海区菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)野生群体的生化遗传特征进行了分析.结果表明,菲律宾蛤仔4个群体的多态位点比例为62.5%～75.0%,平均杂合度观测值在0.274 3～0.338 7之间,与平均杂合度期望值相近;平均有效等位基因数在1.489 1～1.632 5之间,遗传变异水平较高;杂合子缺失不显著.比较群体间的遗传分化指数和群体每代迁移数发现,平潭岛、象山港和海州湾3个群体间的遗传分化不显著,而辽东湾群体与3个群体间出现遗传差异.聚类分析同样表明,平潭岛群体首先与象山港群体聚类,再与海州湾群体相聚,最后与辽东湾群体相汇.讨论了杂合子缺失不显著原因和群体间遗传分化机制.     

羊鲍野生群体遗传多样性与分化的研究

运用随机扩增片段长度多态性DNA标记(RAPD)技术对中国海南省英州、安游和亚龙湾海域的3个羊鲍(Haliotis ovina)野生群体进行遗传多样性与分化的研究.利用14个10bp随机引物,在90个个体中共检测到72个位点,其中英州,安游和亚龙湾群体的多态位点数分别为65,61和62个,多态位点百分数(P)分别为90...     

中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)群体遗传多样性线粒体DNA序列分析

采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。     

紫贻贝(Mytilus edulis)养殖群体的遗传多样性及遗传结构分析

基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类紫贻贝3个养殖群体(烟台、乳山、东极)的遗传多样性和遗传结构进行了研究。由PCR扩增获得32个体的COⅢ基因750bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,32个个体共检出18个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.946,核苷酸多样性指数(Pi)为0.0207,平均核苷酸差异数(K)为15.316,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,东极群体与烟台群体及乳山群体已明显分化,而烟台群体和乳山群体间无遗传分化,并且存在着较大的基因流。     

基于mtDNA ND1基因序列研究不同地理群体波纹唇鱼的遗传多样性和遗传分化

以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)作为研究对象,利用线粒体DNA ND1基因序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析。通过PCR扩增、克隆与序列测定技术,获得ND1基因序列长度为975 bp,其多态性遗传参数统计显示,101个个体存在13个变异位点,14个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)为0.292,平均核苷酸差异数(K)为0.335,核苷酸多样性指数(Pi)为0.000 35,表现出遗传多样性处于较低水平。Tajima′s D中性检验结果为-1.768 09(P=0.031)表明波纹唇鱼在历史上经历过近期群体扩张或瓶颈效应。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异来自群体内。该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。     

中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析

以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。     

基于F型mtDNA D-Loop的厚壳贻贝(Mytilus coruscus)群体遗传多样性研究

为研究东海区厚壳贻贝(Mytilus coruscus)遗传多样性,以厚壳贻贝F mtDNA D-loop为标记,对浙江省舟山嵊山岛、宁波渔山岛、温州南麂岛、福建省宁德湾和莆田南日岛五个海区的厚壳贻贝群体进行了遗传分析。结果表明,厚壳贻贝各群体的遗传多样性差异不明显,在5个群体中,宁德群体的遗传多样性相对最丰富;将5个群体作为一个整体时,呈现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。对厚壳贻贝5个群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)进行检测,结果显示群体间Fst值都很低,但Nm值都很高(Nm绝对值1),表明5个群体间存在丰富的基因交流。但宁德群体与浙江沿海的3个群体(嵊山、渔山、温州)的Fst值相对较高,且差异显著(P0.5),表明宁德群体与这3个群体间出现遗传分化。本研究旨在为海洋经济贝类资源的保护管理提供理论依据。     

我国沿海大竹蛏(Solen grandis)野生群体及增殖放流群体遗传多样性的ISSR 分析

近年来, 大竹蛏野生资源因过度捕捞等原因急剧减少, 主要通过人工增殖放流方式进行补 充。对我国沿海大竹蛏群体进行遗传多样性研究, 评判增殖放流活动对野生群体遗传结构的影响, 能 够了解大竹蛏当前的种质资源状况, 为合理保护该资源提供科学依据。采用ISSR 分子标记技术, 对 广西北海(BH)、江苏启东(QD)、山东日照(RZ)、辽宁营口(YK)、河北秦皇岛(QH)5 个野生大竹蛏群 体及江苏蒋家沙增殖放流群体(JJ)共150 个样品进行了研究。实验结果表明, 我国沿海大竹蛏遗传多 样性水平高, 但各野生群体间已出现显著的遗传分化; 江苏蒋家沙增殖放流群体较启东野生群体遗 传多样性有所下降, 但两群体间的遗传分化并不明显。所以在苗种培育过程中, 应当保证亲本数量及 品质, 扩大亲本选择区域来提高遗传多样性水平, 同时应加大本地原种保护力度来避免种质混杂。     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

大竹蛏(Solen grandis)不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国沿海大竹蛏(Solen grandis)群体的遗传多样性进行了分析,利用筛选出的7对AFLP引物,对丹东、烟台、莱州、日照和南通5个地理群体的141只大竹蛏个体进行了扩增,共得到了403个位点,片段大小在100—700bp之间。其中丹东、烟台、莱州、南通4个群体的大竹蛏遗传多样性水平接近,日照群体的多态位点比例高于其它4个群体,结合Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)看,日照群体的遗传多样性水平最高,而南通群体的遗传多样性水平最低。AMOVA分析得到群体间遗传分化系数Φst=0.2250(P<0.001),群体间的变异百分率为22.5%,群体内为77.5%,说明群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异,但群体间也存在一定程度的基因渗透。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(N_a),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(N_a=13, I=2.128,H_e=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(N_a=29,I=3.112, H_e=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(F_st)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。     

长蛸（Octopus variabilis）不同地理群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术获得长蛸的ISSR-PCR最优反应体系,并对大连、烟台、青岛、连云港、舟山、温州、厦门7个群体168个个体进行遗传多样性分析。结果表明,7个引物在7个群体中共扩增出118条重复性好且带型清晰的ISSR扩增带,其中多态条带为55条,多态性比例达46.61%。在物种水平上的Nei’s基因多样性指数和...     

北部湾海域球形棕囊藻遗传多样性分析

南海北部湾海域近年来连年暴发球形棕囊藻赤潮,严重威胁近海生态安全,亟待探明赤潮成因。球形棕囊藻是一种广泛分布于温带至热带海域的有害藻华微藻,具有明显的种下遗传分化。为了解北部湾海域球形棕囊藻的遗传多样性及其对赤潮藻种来源的指示意义,本研究针对分离于北部湾海域赤潮发生期间的4株棕囊藻,以核糖体28S大亚基rRNA基因（28S rDNA）D1-D2区和转录间隔区（ITS区）为靶区构建克隆文库,通过测序分析了北部湾海域球形棕囊藻的遗传多样性。结果表明,从北部湾分离的4株棕囊藻均为球形棕囊藻,但不同年份分离的球形棕囊藻藻株之间存在明显的遗传差异。部分球形棕囊藻藻株（PG2015和PG2017）的不同克隆间也存在遗传差异,这种遗传差异在由单一藻细胞建立的克隆培养系中仍存在,表明遗传差异是来自细胞内多拷贝的基因序列,可能源自不同地理种群球形棕囊藻之间的基因交流。与ITS区相比,28S rDNA D1-D2区能更好地反映球形棕囊藻遗传多样性状况,具有作为分子标记指示球形棕囊藻地理种群的潜力,但仍需深入研究。研究结果深化了对北部湾球形棕囊藻遗传多样性的认识,有望为进一步解析北部湾海域球形棕囊藻赤潮原因种来源提供判据。     

不同盐度梯度的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了九江江口不同盐度梯度的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化，桐花树种群维持有较高的遗传变异性，观察杂合度为０．３００，期望杂合度为０．２１５。种群间遗分化系数较小为ＧＳＴ＝０．１０１，表明总的遗传变异中有１０．１％来自种群间。种群间遗传距离和遗传一致度均值分别为０．０４５和０．９５５，其中流畅，Ｎm=2．09。