基于GAM模型的南海鸢乌贼CPUE时空分布及其与环境因子的关系

根据2013-2016年南海两艘灯光罩网渔船的生产统计资料,结合卫星遥感获取的环境因子数据,运用广义可加模型(GAM)分析了南海春季鸢乌贼渔场分布及其与时空和环境因子的关系.结果 表明:2013-2014年鸢乌贼单位捕捞努力量渔获量(CPUE,Catch Per Unit Effort)呈增长趋势,而2015-2016...     

汕头—台湾浅滩渔场中国枪乌贼形态学初步分析

形态学研究是海洋生物学的基础,对了解渔业资源的群体组成有重要意义.根据2018年7月至2019年6月在汕头—台湾浅滩渔场采获的940尾中国枪乌贼( Uroteuthis chinensis)的形态学数据,对其群体组成、胴长与体质量关系进行了研究;对各形态参数比进行了主成分分析;采用线性、指数、幂函数、Logistic4...     

东太平洋赤道海域鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)和茎柔鱼(Dosidicus gigas)的食性比较研究

柔鱼亚科(Ommastrephinae)近缘种鸢乌贼(Sthenoteuthisoualaniensis)和茎柔鱼(Dosidicus gigas)为重要的大洋性经济头足类,二者在东太平洋赤道海域均有分布。研究以同一航次捕获的两种头足类为研究对象,结合传统胃含物分析和DNA条形码技术对二者食物组成及其差异开展研究,以分析同域近缘头足类间的摄食习性及差异。结果表明,鸢乌贼和茎柔鱼均以鱼类、头足类和甲壳类为主要食物来源,ANOVA显示,两者在Shannon多样性指数和饵料生物头足类和鱼类N%上均存在显著差异, SIMPER分析进一步表明,种间胃含物组成差异最主要体现在鱼类的种类组成和个数百分比上。研究结论直观反映了同域近缘头足类物种食物特化的现象,为后续探究头足类近缘种共存机制提供了数据支持。     

基于耳石微结构的南海鸢乌贼日龄和生长研究

年龄和生长速度等参数是渔业资源评估和管理的基础。鸢乌贼生命周期短、生长速度快。为研究鸢乌贼的日龄和生长, 利用2016年10月—2017年9月灯光罩网作业方式采集的南海鸢乌贼样本, 通过耳石微结构研究南海鸢乌贼不同种群、性别间的日龄组成和生长的差异, 结果表明: 1) 鸢乌贼中型群日龄范围48~125d, 优势日龄61~80d, 雌雄个体日龄组成差异显著; 微型群日龄范围44~95d, 优势日龄51~70d, 雌雄个体日龄组成差异极显著。2) 鸢乌贼中型群孵化时间为2016年7月—2017年7月, 1月和7—8月为孵化高峰期; 微型群孵化时间为2016年6—10月和12月至翌年2月, 1月和8月为孵化高峰期。3) 中型群雌雄胴长、体质量与日龄分别符合对数和线性关系; 微型群雌雄胴长与日龄分别符合对数和Logistic关系, 而体质量与日龄符合Logistic关系。4) 南海鸢乌贼微型群生长速度大于中型群, 微型群雄性个体生长速度大于雌性, 而中型群雄性个体生长速度小于雌性。通过对耳石生长纹的分析, 了解鸢乌贼的日龄组成、推算孵化时间、选出合适的生长方程及估算生长速度, 为渔业生物学提供基础资料。     

基于碳氮稳定同位素的西北印度洋鸢乌贼摄食习性研究

内壳是头足类重要的硬组织器官之一,鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)内壳的生长具有不可逆性,是记录鸢乌贼整个生活史信息的良好载体。根据2019年3~5月中国灯光罩网渔船在西北印度洋生产调查期间采集的鸢乌贼样本,利用碳氮稳定同位素技术,研究了个体间的营养生态位关系、摄食习性等。结果表明,雌、雄鸢乌贼个体的内壳δ¹³C不存在显著性差异(P>0.05),而δ¹⁵N存在显著性差异(P<0.05)。营养生态位结果显示,雄性群体的生态位宽幅比雌性群体的要大。雌、雄个体的内壳生长对δ¹³C均没有显著影响(P>0.05),但雌、雄个体的内壳生长对δ¹⁵N均有显著影响(P<0.05), δ¹³C (1.28‰)和δ¹⁵N (3.46‰)值的变化表明鸢乌贼在生长过程中存在洄游现象,营养等级发生改变,且同时期的雌性个体较雄性个体捕食营养层级更高的食物。     

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。     

基于DNA条形码技术的珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征的研究

采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中,以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目（Clupeiformes）,种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003）,种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253）,两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S rRNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0.007）,种间遗传距离为0.007～0.487（平均0.283）,龟鰉（Chelon haematocheila）和前鳞龟鰉（Chelon affinis）种间遗传距离与种内遗传距离不形成“条形码间隙”,ABGD将其划分为同一种。系统发育分析显示,在种的分类阶元,所有物种均能聚为独立分支,得到有效区分。综上,线粒体COⅠ和12S rRNA条形码可有效鉴定珠江口大多数鱼卵和仔稚鱼,但是COⅠ基因扩增成功率较低,12S rRNA基因部分近缘物种存在区分困难的情况,两种基因结合使用更能提高鱼卵和仔稚鱼种类鉴定的成功率和准确性。     

基于DNA条形码研究浙江沿海牡蛎的种类多样性及其分布特征

利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。     

基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰,同种异名多,种类误鉴等分类问题,结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本,经形态学特征鉴定为:横带银口天竺鲷Jaydia striata(Smith & Radcliffe, 1912),特征为体侧有7—11褐色宽横带,腹鳍、臀鳍浅灰色;印度洋银口天竺鲷J.striatodes(Gon,1997),特征为体侧有7—11褐色宽横带,臀鳍后缘黑色;白边银口天竺鲷J.novaeguineae(Valenciennes,1832),特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边;黑边银口天竺鲷J.truncata(Bleeker,1855)特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带,尾鳍后缘黑色带略宽;史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus,1970,特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带,尾鳍后缘黑色带略细;斑鳍银口天竺鲷J.carinatus(Cuvier,1828),特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑;黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera...     

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。     

基于动量自适应BP神经网络的鸢乌贼模式识别

近年来, 计算机模式识别技术因其识别结果准确、快速, 而不断被用于生物判别邻域。本文利用MATLAB软件实现动量自适应BP神经网络(back propagation neural networks)对西北印度洋、中东太平洋和南海3个海区的鸢乌贼角质颚及其胴长进行模式识别。研究结果显示, 训练成型的神经网络收敛误差仅为4.416×10^-2, 加入动量和自适应学习率的BP神经网络对鸢乌贼地理种群的识别率有显著提高。3个海区的正确识别率分别为100%、88.89%和94.12%, 总成功率为 93.24%, 说明角质颚外部形态和胴长可用于鸢乌贼地理种群的区分。而BP神经网络的其他学习算法, 如梯度下降法、单一动量法和单一自适应法的总识别率分为74.32%, 77.03%和87.84%。本研究的识别效果稳定, 对于大样本训练集的识别率也高达92.77%, 为头足类的种群判别提供了新的方法和思路。     

南海外海鸢乌贼渔场范围与海洋环境的关系

为研究南海外海鸢乌贼渔场范围与海洋环境因子之间的联系,本文根据2013−2018年广西壮族自治区北海市灯光罩网渔船在南海外海的鸢乌贼生产数据和海洋环境遥感数据,对鸢乌贼渔场范围的时空分布与海表面温度(SST)、海表面高度(SSH)和海表面叶绿素a (Chl a)浓度的关系进行研究。结果表明：在5°～20°N,108°～118°E海域内,SST、SSH、Chl a 浓度3个环境因子对鸢乌贼渔场范围的时空分布影响较大。其适宜的SST、SSH、Chl a浓度分别为：25～31℃、46～80 cm、0.05～0.27 mg/m³,其渔场重心由南向北转移。此外,通过对2013−2018年1−12月的单位捕捞努力量渔获量(CPUE)与海洋环境因子的关系进行K-S检验,结果显示CPUE和海洋环境因子之间没有显著性差异,即SST、SSH、Chl a 浓度3个环境指标可以有效地表征鸢乌贼资源密度和中心渔场分布状况。     

基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨

应用通用引物 COIL 1490和 COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类型,没有发现双单性遗传现象,雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树,对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析,结果表明,翡翠股贻贝P. viridis与P. canaliculus 和 P. perna 之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。     

东、黄海围网渔场鲐鲹鱼产量的年际变动

根据1998～2002年我国主要渔业公司灯光围网船在东、黄海的生产统计资料,利用Marine Explorer4.0软件进行渔场分布绘制和年际比较,利用空间距离聚类法对南、北两大渔场的产量重心年际变化进行比较.结果表明,高产量渔场主要集中在南部的26°～28°N、122°～124°E和北部的32°～38°N、123°～125°E海域.年际间渔场分布及其产量重心有所变动,北部渔场分布范围较大.渔场产量重心分布变化与海洋环境条件存在明显的关系,1998年6～7月由于沿岸冲淡水势力较强,造成了7月份围网渔场产量重心明显向东偏移.     

Phylogeny of the cuttlefishes (Mollusca: Cephalopoda) based on mitochondrial COI and 16S rRNA gene sequence data

To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16S rRNA gene are sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method. Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order Sepioidea, which includes the families Sepiidae, Sepiolidae and Idiosepiidae, is not supported. From the two families of Sepioidea examined, the Sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16S rRNA and amino acid of COI gene sequences data, the two genera (Sepiella and Sepia) from the Sepiidae can be distinguished, but do not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16S rDNA of cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at a higher taxonomic level (i.e., family).     

基于COI序列比较中国和科威特养殖鲳鱼群体的遗传差异

为探讨中国和科威特鲳鱼(Pampus)养殖群体的遗传差异和遗传多样性,本研究对两个鲳鱼群体线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(COI)部分序列进行了比较和分析。通过PCR扩增和测序,共获得COI基因片段47条,定义了8个单倍型。两个群体的COI序列的A+T含量均高于G+C含量,在中国养殖群体中检测到4个变异位点,在科威特群体中检测到14个。两个群体的单倍型多样性水平较高(0.566~0.643),但核苷酸多样性水平均较低(0.0022~0.0030)。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明中国和科威特养殖群体的遗传差异较大,高于种内差异水平,因此两个养殖群体并非同一种鲳属鱼类。     

南海长棘海星物种有效性探讨

南海长棘海星暴发已严重威胁到该海域珊瑚礁生态系统健康,乃至整个南海生物多样性。针对南海长棘海星拉丁学名混用、中文名不统一的现状,我们采集了中沙群岛济猛暗沙海域长棘海星样品,结合长棘海星此前物种分类和分布的研究结果,对南海长棘海星物种有效性进行探讨。结果表明：所有长棘海星序列明显分为4个类群,各类群间遗传距离范围为0.087 5~0.104 7,达到了种间差异水平。南海长棘海星与长棘海星的太平洋种聚类到一起,实为太阳长棘海星(Acanthaster solaris),与其余3个种存在明显的种间差异。太阳长棘海星中2个支系间的遗传距离为0.005 3,在COⅠ基因层面属于种内差异。南海长棘海星物种有效性的研究结果为后续开展其遗传特征与适应性机制、种群分布与扩散机制、种群暴发机制等内容的研究提供科学依据。