基于线粒体16SrRNA基因的14种造礁石珊瑚系统发育关系分析

通过16SrRNA基因特异扩增测序,对惠州大亚湾大辣甲岛和小辣甲岛附近海域14种造礁石珊瑚16SrRNA基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列的平均A+T含量为63.5%,所有物种的序列碱基AT含量大于GC含量,序列都处于高度饱和的状态。14种造礁石珊瑚的平均遗传距离为0.179。采用NJ、ML和ME法构建系统发育树,结果显示蜂巢珊瑚科单独作为分支处于发育树的基部,而第二支分支包括菌珊瑚科、鹿角珊瑚科、滨珊瑚科和枇杷珊瑚科。裸肋珊瑚科的腐蚀刺柄珊瑚聚到了蜂巢珊瑚科中,与传统形态学分类存在差异,提示造礁石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。     

基于线粒体Cytb基因的10种石珊瑚的系统发育关系

通过PCR扩增直接测序得到10种徐闻石珊瑚线粒体Cyt b基因部分序列,分析其碱基组成和变异频率,并采用Neighbor-Joining和Maximum Parsimony法构建系统发育树。结果显示:序列中A+T比例为61.0%,G+C比例为39.0%,前者明显高于后者,碱基替换主要发生在密码子第3位;滨珊瑚科分类与传统分类存在一定差异,揭示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制,造成分类不准确;刺柄珊瑚属与蜂巢珊瑚科各属亲缘关系较近。     

造礁石珊瑚自然海区断枝培育技术研究

【目的】研究探讨造礁石珊瑚自然海区断枝培育技术的条件和方法。【方法】在深圳大鹏新区大澳湾海区海底搭建海区断枝培育系统,并在系统上培育膨胀蔷薇珊瑚(Montiporaturgescens)、霜鹿角珊瑚(Acropora pruinosa)、盾形陀螺珊瑚(Turbinaria peltata)、十字牡丹珊瑚(Pavona decussata)和澄黄滨珊瑚(Porites lutea)等5种造礁石珊瑚的断枝(每种珊瑚100株),开展为期12个月的实验。【结果】5种珊瑚在深圳市大鹏新区大澳湾海域的断枝培育系统上培育12个月后,5种造礁石珊瑚断枝存活率分别为96%、93%、95%、85%和83%。珊瑚断枝生长指标测量结果显示,5种珊瑚中霜鹿角珊瑚生长速度最快,其断枝横向增长长度平均可达46.2mm;其次是膨胀蔷薇珊瑚,其断枝横向伸长长度平均可达38.2 mm;而澄黄滨珊瑚生长速度最慢,横向伸长长度都在24mm以下。【结论】在合适海区,使用海区石珊瑚断枝培育系统进行造礁石珊瑚培育,可改善其存活率和生长。     

红藻石和蓝藻石概念及分类归属的综述和修订

在分析和总结前人对红藻石和蓝藻石研究成果基础上,结合岩石薄片显微镜下观察实例,发现在以往碳酸盐岩颗粒分类中没有红藻石和蓝藻石的合适位置.鉴于红藻石重要的成因意义和造礁作用,有必要明确红藻石的概念和归属.珊瑚藻本身极易钙化,经生物矿化作用最终保存下来的珊瑚藻屑一直放在生物碎屑中,而红藻石是由非固着的珊瑚藻构成的钙质独立结...     

软珊瑚化学结构分析

从中国南海软珊瑚中分离出一种甾醇，经ＩＲ、ＭＳ、１ＨＮＭＲ、１３ＣＮＭＲ谱图分析及化学反应方法，测其结构为：２４－乙基－△５－胆甾烯－３β－醇。     

广东雷州地区3种滨珊瑚系统发生关系的研究

对雷州常见的3种滨珊瑚科珊瑚：澄黄滨珊瑚（Porites lutea）、灰黑滨珊瑚（Porites nigrescens）、普哥滨珊瑚（Porites pukoensis）,共32个样本的12S rRNA基因序列进行了PCR扩增和测序,研究其系统发生关系。结果显示,所得的3种珊瑚的12S rRNA基因长度在728～908 bp之间,G+C含量在34.3%～39.2%之间,遗传距离在0.004~0.019之间。利用邻接（NJ）法、最大似然（ML）法和不加权对群分析(UPGMA)法构建的系统进化树显示：3种珊瑚被分成了2个支系,澄黄滨珊瑚和灰黑滨珊瑚聚合在一个分支上,而普格滨珊瑚在另一支,这一研究结果与传统形态学分类研究的结果存在一定差异。     

稀杯盔形珊瑚转录组分析

以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。     

基因间隔序列（ITS）在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用

近年来，由于国内外市场对水产品的需求不断增长，水产业因此获得了长足的发展，许多水产种类的养殖量有了大幅度的增加，在给我国国民经济的增长作出贡献的同时，已经不可避免的带来了许多弊端，一些方面甚至在一定程度上会影响未来水产业的发展。其中最应该引起关注的是由于目前捕捞强度的增加、生态环境的恶化等，导致许多种群的数量大量减少，产量也随之降低，种质资源遭到前所未有的破坏和衰退。因此，种质鉴定、种群分析及保护和遗传多样性的研究已经成为当前水产研究的当务之急。     

基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用

近年来,由于国内外市场对水产品的需求不断增长,水产业因此获得了长足的发展,许多水产种类的养殖量有了大幅度的增加,在给我国国民经济的增长作出贡献的同时,已经不可避免的带来了许多弊端,一些方面甚至在一定程度上会影响未来水产业的发展。其中最应该引起关注的是由于目前捕捞强度的增加、生态环境的恶化等,导致许多种群的数量大量减少,产量也随之降低,种质资源遭到前所未有的破坏和衰退。因此,种质鉴定、种群分析及保护和遗传多样性的研究已经成为当前水产研究的当务之急[2-7]。随着分子生物学技术的发展,理论与实际应用以前所未有的速度…     

蛤蜊科3种贝类16SrRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌（Coelomactra antiquata）、中国蛤蜊（Mactra chinensis）和四角蛤蜊（Mactra veneriformis）3种双壳贝的16SrRNA基因片段和ITS2核苷酸序列．测序后用DNAstar软件分析了核苷酸差异。结果显示：三种贝类16SrRNA基因片段长度相同，均为306bp（去除引物）．核苷酸存在多态性。共有45个变异位点，54个核苷酸发生了变异。全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88．9％．与四角蛤蜊的同源性为88．6％．中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90．6％。三种蛤蜊ITS2序列分别为390bp（西施舌）、441bp（四角蛤蜊）和466bp（中国蛤蜊）。存在长度多态性．ITS2核苷酸差异分析结果显示．西施舌与中国蛤蜊的同源性为70．9％-71．1％，西施舌与四角蛤蜊的为70．5％-71．0％。中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88．1％-88．8％。ITS2序列分析结果与16SrRNA基因片段分析结果一致．2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。     

基于线粒体COI基因的雷州半岛马尾藻属常见种DNA条形码鉴定及系统进化分析

采用DNA条形码技术辅以传统形态分类方法,对雷州半岛马尾藻属(Sargassum)6常见种进行物种鉴定和系统进化分析。测得6种马尾藻线粒体COI基因序列,该序列与Gen Bank和BOLD数据库中马尾藻序列同源性均大于或等于99%,该结果与形态分类学鉴定结果一致。COI基因序列特征分析表明,6种马尾藻保守位点421个,变异位点58个,简约信息位点21个,单一突变位点37个,变异率7.7%,T、C、A、G平均含量分别为39.1%、18.9%、19.1%、22.9%,A+T含量(58.2%)高于C+G含量(41.8%),UUU所编码的苯丙氨酸(F)使用频率最高,达12.5%,最大似然法估算的转换颠换比值为2.42,种间遗传距离多在0.030±0.013~0.100±0.016之间。聚类分析结果与形态学鉴定、同源性分析结果一致。     

胶东半岛地下水库水资源调蓄研究

胶东半岛是山东省的缺水地区,建设地下水库是提高该区水资源供应能力和改善生态环境的有效措施。该文系统分析了在胶东半岛建设地下水库的可行性及其水资源和生态环境意义,认为该区建设地下水库可大幅度提高水资源调蓄能力,解除海水入侵之患,生态环境得以逐步改善,其水资源效益、环境效益十分明显。     

基于cox1和D-loop区序列雷州半岛红树林海区2种野生弹涂鱼的遗传变异

设计双层洞穴式弹涂鱼捕捉器,于雷州半岛红树林海区捕获弹涂鱼类野生群体,筛选出弹涂鱼(Periophthalmus modestus)、大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)2个优势种群,并获取其线粒体控制区(D-loop)和cox 1基因部分序列,进行序列变异分析及遗传分析。结果表明,cox 1基因和D-loop区碱基组成A+T含量均大于C+G。cox 1数据揭示,大弹涂鱼变异位点占总长度2.1%,弹涂鱼占2.4%,种内平均遗传距离分别为0.003、0.006,种间遗传距离为0.158,37个个体共定义22个单倍型,单倍型多样性为0.950 45。而D-loop区数据指明,大弹涂鱼变异位点占总长度4.9%,弹涂鱼占7.5%,种内平均遗传距离分别为0.012、0.019,种间距离为0.409,37个个体定义32个单倍型,单倍型多样性水平极高(0.989 49)。中性检验结果显示,2种弹涂鱼进化历程符合中性进化假设,且存在群体扩张的可能。综合cox 1基因和控制区数据显示:弹涂鱼种群遗传多样性高于大弹涂鱼。     

基于不同DEM数据源的胶东半岛流域特征提取对比与分析

基于SRTM和ASTER GDEM两种DEM数据源,以胶东半岛为研究区,应用ArcMap水文分析(Arc HydroTools)扩展模块和"burn in"算法,提取河网及流域范围。结果显示,集水面积阈值变化直接影响数字河网密集度。对胶东半岛而言,采用分辨率为90m×90m的SRTM数据可较好地提取河网水系及划分流域;提取的11个主要流域,充分体现了胶东半岛地区的流域特征。     

基于GIS的梁北煤矿底板突水危险性评价

我国有60%的煤矿不同程度地受到底板岩溶承压水的威胁,尤其是奥陶系和寒武系灰岩含水层水量大、水压高,已经发生多次重大突水事故.底板突水的控制因素很多,主要有矿山压力、含水层水压、隔水层阻水能力、原始导高、构造复杂程度等,本文以梁北煤矿突水为例,在分析矿井突水因素基础上,综合选取上述因素作为评价指标并定量化,利用ArcGIS平台,构建了底板突水危险性多因素评价模型.评价结果表明,该矿在现有疏水降压条件下,从2008年8月,矿井东部采区11111,11151,21031工作面由中等危险区转为安全区.疏水降压取得显著效果.研究表明,GIS可在矿井防治水工作中发挥重要作用.     

Genotype and Phylogenetic Diversity of Symbiodinium ITS2 Sequences Within Clade C in Three Typical Coral Species from Luhuitou Fringing Reef of the South China Sea

Dinoflagellates in the genus Symbiodinium, including nine clades(A–I), mainly form mutualistic symbioses with corals. More than 100 Symbiodinium molecular types have been identified by the ITS2-based genotype method within any given clade, and specifically within Symbiodinium clade C. However, the genotype identification method using the ITS2 sequence is likely to lead to high diversity estimates due to the intra-genomic variations in the ITS2 space; thus, further validation is essential for a correct identification. In this study, the molecular diversity of Symbiodinium ITS2 sequences cloned from two stone corals, Acropora sp. SY-01 and Pocillopora sp. SY-05, and one soft coral, Sarcophyton sp. SY-07, living in the northern part of South China Sea(SCS), were analyzed and compared using the ITS2-based genotype identification method, coupled with ITS2-based secondary structural and phylogenetic analyses. As the result, 12 Symbiodinium ITS2 genotypes were identified, while only six and three Symbiodinium ITS2 genotypes were supported by ITS2-based secondary structural and phylogenetic analyses, respectively. In addition, no shared Symbiodinium ITS2 genotypes were observed among the three coral species, suggesting coral species-dependent Symbiodinium genotypes were within clade C. In summary, the present study provides a theoretical basis for validating the molecular diversity of Symbiodinium ITS2 genotypes in corals.     

Phylogenetic analysis of cultivable bacteria isolated from Arctic sea-ice

Phylogenetic analysis based on 16S rDNA of 8 strains of cultivable bacteria isolated from Arctic sea-ice was studied.The results showed that strain BJ1 belonged to genus Planococcus,which was a genus of low mole percent G C gram-positive bacteria;strain BJ6 belonged to genus Burkholderia of β-proteobacteria and the rest 6 strain all belonged to γ-proteobacteria,of which strain BJ8 was a species of Pseudoalteromonas,strain BJ2-BJ5 and BJ7 were members of genus Psychrobacter.Phylogenetic analysis also indicated that bacteria of genus Psychrobacter of the isolates formed a relatively independent phylogenetic cluster in comparison with other bacteria belonged to genus Psychrobacter.