基于线粒体16SrRNA基因的14种造礁石珊瑚系统发育关系分析

通过16SrRNA基因特异扩增测序,对惠州大亚湾大辣甲岛和小辣甲岛附近海域14种造礁石珊瑚16SrRNA基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列的平均A+T含量为63.5%,所有物种的序列碱基AT含量大于GC含量,序列都处于高度饱和的状态。14种造礁石珊瑚的平均遗传距离为0.179。采用NJ、ML和ME法构建系统发育树,结果显示蜂巢珊瑚科单独作为分支处于发育树的基部,而第二支分支包括菌珊瑚科、鹿角珊瑚科、滨珊瑚科和枇杷珊瑚科。裸肋珊瑚科的腐蚀刺柄珊瑚聚到了蜂巢珊瑚科中,与传统形态学分类存在差异,提示造礁石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。     

基于线粒体Cytb基因的10种石珊瑚的系统发育关系

通过PCR扩增直接测序得到10种徐闻石珊瑚线粒体Cyt b基因部分序列,分析其碱基组成和变异频率,并采用Neighbor-Joining和Maximum Parsimony法构建系统发育树。结果显示:序列中A+T比例为61.0%,G+C比例为39.0%,前者明显高于后者,碱基替换主要发生在密码子第3位;滨珊瑚科分类与传统分类存在一定差异,揭示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制,造成分类不准确;刺柄珊瑚属与蜂巢珊瑚科各属亲缘关系较近。     

一株海水氨氧化细菌的系统发育分析

应用PCR技术扩增16S rRNA基因和amoA(ammonia monooxygenase subunit A)的基因片段,并测定其序列,对一株源于海水养殖水体的高效氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)进行了系统发育分析。结果表明,经PCR扩增得到了1 098 bp的16S rRNA基因片段和491 bp的amoA基因片段,将其序列用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中进行同源性检索后发现,该菌株的16S rRNA基因序列和amoA基因序列分别与亚硝化单胞菌Nitrosomonas sp.NS20的相对应基因片段相似性分别为98.4%和96.7%。在此基础上构建了系统发育树,表明用该菌株的16S rRNA基因片段和amoA基因片段构建的系统发育树均与亚硝化单胞菌属类聚在一起,结合该菌株形态和生理生化特性,鉴定该株氨氧化细菌属亚硝化单胞菌。     

3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析

为准确检测柔鱼（Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼（ Dosidicus gigas）与阿根廷滑柔鱼（ IIIex argentinus ） 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b（Cytb）与编码核糖体大亚基的基因（28SrDNA）片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A＋T含量（16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ） 均明显高于C＋C含量（16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ）,而在28SrDNA 基因片段上的A＋T含量（37.16%、36.74%、38.29% ）明显低于C＋C含量（62.84%、63.26%、61.71 %）0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。     

近江牡蛎两个野生种群的遗传多样性分析

采用RAPD分子标记和rDNA-ITS1序列分析了近江牡蛎Crassostrea rivularis湛江官渡和阳江程村野生种群的遗传多样性。12个RAPD引物共扩增出8838条片段,157个位点,平均每个引物可产生13个位点,片段长度在200～2200bp之间。湛江种群和阳江种群的多态位点比例分别为89.62%和89.57%,遗传多样性指数分别为0.4170和0.4334。种群间平均遗传距离为0.0327,平均遗传相似性为0.9681,平均遗传分化系数为0.0437。得到近江牡蛎18S、5.8S部分序列和ITS1全部序列,其中ITS1序列片段长度为478～485bp,共有11个变异位点,两个为转换(A/G),其他为插入/缺失(A/-、T/-)。湛江和阳江种群各获得8个单倍型,其中有一个单倍型为两个种群共享。两个种群的CG碱基平均含量较高,分别为58.29%和58.41%。种群间的遗传分化系数0.0254。结果说明,近江牡蛎湛江种群和阳江种群间具有较高的遗传多样性和较低的遗传分化。     

广东雷州地区3种滨珊瑚系统发生关系的研究

对雷州常见的3种滨珊瑚科珊瑚：澄黄滨珊瑚（Porites lutea）、灰黑滨珊瑚（Porites nigrescens）、普哥滨珊瑚（Porites pukoensis）,共32个样本的12S rRNA基因序列进行了PCR扩增和测序,研究其系统发生关系。结果显示,所得的3种珊瑚的12S rRNA基因长度在728～908 bp之间,G+C含量在34.3%～39.2%之间,遗传距离在0.004~0.019之间。利用邻接（NJ）法、最大似然（ML）法和不加权对群分析(UPGMA)法构建的系统进化树显示：3种珊瑚被分成了2个支系,澄黄滨珊瑚和灰黑滨珊瑚聚合在一个分支上,而普格滨珊瑚在另一支,这一研究结果与传统形态学分类研究的结果存在一定差异。     

蛤蜊科3种贝类16S rRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactrachinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16S rRNA基因片段和ITS2核苷酸序列,测序后用DNA star软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16S rRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物),核苷酸存在多态性,共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异,全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%,与四角蛤蜊的同源性为88.6%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390 bp(西施舌)4、41 bp(四角蛤蜊)和466 bp(中国蛤蜊),存在长度多态性,ITS2核苷酸差异分析结果显示,西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16S rRNA基因片段分析结果一致,2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。     

巨蛎属牡蛎DNA序列的比较及鉴定

【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。     

基于线粒体COI基因的雷州半岛马尾藻属常见种DNA条形码鉴定及系统进化分析

采用DNA条形码技术辅以传统形态分类方法,对雷州半岛马尾藻属(Sargassum)6常见种进行物种鉴定和系统进化分析。测得6种马尾藻线粒体COI基因序列,该序列与Gen Bank和BOLD数据库中马尾藻序列同源性均大于或等于99%,该结果与形态分类学鉴定结果一致。COI基因序列特征分析表明,6种马尾藻保守位点421个,变异位点58个,简约信息位点21个,单一突变位点37个,变异率7.7%,T、C、A、G平均含量分别为39.1%、18.9%、19.1%、22.9%,A+T含量(58.2%)高于C+G含量(41.8%),UUU所编码的苯丙氨酸(F)使用频率最高,达12.5%,最大似然法估算的转换颠换比值为2.42,种间遗传距离多在0.030±0.013~0.100±0.016之间。聚类分析结果与形态学鉴定、同源性分析结果一致。     

钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析

利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。