Genetic diversity and differentiation of mud crab Scylla serrata populations from southeastern China

The genetic diversity and differentiation of 6 mud crab Scylla serrata populations from southeastern China are investigated using allozyme electrophoresis. The mean number of alleles per locus population is 1.3 ± 0.1; the percentage of polymorphic loci per population is 27.3; the observed heterozygosity ranges from (0.195±0.083) to ( 0.241±0.090) and the expected heterozygosity ranges from ( 0.105±0.043 ) to ( 0.131±0.047 ). The coefficient of gene differentiation among populations is low (Fst =0.032), indicating that only 3.2 % of the total genetic diversity comes from inter-population, while the remaining 96.8 % comes from intra-population differences. The genetic distance among populations is 0.000-0.008 (the average is 0.002). Gene flow among the populations is large (Nm = 7.56).Genetic structure is very similar among 6 Scylla serrata populations.     

锯缘青蟹(Scylla serrata)不同种群的杂合性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术 ,研究了锯缘青蟹 (Scyllaserrata) 6个自然种群杂合体缺乏及过量情况 ;进行了 1 1种等位酶的电泳检测和谱带遗传分析 ,在所研究的锯缘青蟹 2 2个等位酶位点和 30个等位基因中 ,有 7个位点是多态的 ,分别为Est 1、Est 2 (在此位点厦门锯缘青蟹为单态 )、Est 3、Sod 1、Me 2、Mdh 2 (在此位点厦门锯缘青蟹为多态 )、Mdh 3,在这些位点有 2— 3个等位基因。结果表明 ,宁海和三亚种群的Est 1和Est 2位点、厦门种群的Est 1和Mdh 2位点、深圳和北海种群的Est 1位点符合H W平衡标准 (P >0 .0 5 ) ;连江种群的Est 1位点显著偏离H W平衡 (P <0 .0 5 ) ;而宁海、三亚和厦门种群的Est 3、Sod 1、Me 2和Mdh 3位点、连江种群的Est 2、Est 3、Sod 1、Me 2和Mdh 3位点及深圳和北海种群的Est 2、Est 3、Sod 1、Me 2和Mdh 3位点均非常显著偏离H W平衡 (P <0 .0 1 )。另外 ,除连江种群的Est 1位点表现出杂合子缺失 (F >0 )外 ,各种群中每个多态位点均表现为杂合子过量 (F <0 )。总结了各种群中每个多态位点的观察杂合度和期望杂合度 ,认为导致杂合子缺乏的主要原因可能是自然选择、近交、哑等位基因、Wahland效应等。杂合子缺乏会导致某些基因从基因库中消失 ,造成种群遗传多样性的降低 ,从而降     

三种不同生境的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了三种不同生境的桐花树（Ａｅｇｉｃｅｒａｓ ｃｏｒ ｎｉｃｕｌａｔｕｍ）种群的遗传多样性和遗传分化。桐花树和种群水平都维持有较高的遗传变异性,观察杂合度分别为０．２５２和０．２４４。期望杂合度分别为０．２６６、０．２４０。种群间遗传分化系数为０．１２７,表明总的遗传变异中有１２．７％来自种群间,种群间遗传距离和遗传一致度均值分别为０．０６０和０．９６４,基因流畅,Ｎｍ＝２．１８７。     

红树植物木榄(Bruguiera gymnorrhiza)种群遗传变异与遗传分化的初步研究

研究了我国红树林分布区内3个木榄种群的遗传变异和遗传分化.在种水平和种群水平上,期望杂合度分别为0.293和0.268,观察杂合度分别为0.2745和0.2705.种群间遗传多样性为0.0830,表明总的遗传变异中有8.3%来自种群间.基因流较为顺畅,为3.34.     

二种体色拟穴青蟹群体ISSR分析

应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性．10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90．12％．暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81．48％和77．78％,暗红色群体的Nei’S基因多样性指数（He=0．3189）和Shannon’S信息指数（,=0．4690）略高于深绿色群体（He：0．3054,,=0．4491）．群体间的Nei’S遗传相似性（0．9484）和遗传距离（0．0529）表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化．POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流．UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类．     

斑节对虾3个野生群体遗传多样性的微卫星标记分析

为探究不同地理条件下斑节对虾天然群体的遗传多样性和遗传分化水平, 选用14对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)特异引物对广东湛江、海南三亚、海南琼海的斑节对虾天然群体共计90尾个体进行微卫星标记分析, 每对引物检测出的等位基因数为2~4不等, 平均2.7。3个群体(湛江、三亚、琼海)平均有效等位基因分别为1.9081、1.9715和2.0185, 平均多态信息含量分别为0.3864、0.3926和0.4078, 总的平均期望杂合度(0.4605 )明显高于观测杂合度(0.4046), 表明3个群体遗传多样性水平为中等, 且存在杂合度缺失的现象。种群分化指数和遗传距离分析表明, 在不同群体间已产生了遗传分化, 但是分化较小; 三亚群体和琼海群体之间的亲缘关系最近, 而与湛江群体的亲缘关系最远。分子方差分析表明, 群体间的遗传变异指数为8%, 群体内个体间的遗传变异指数为92%, 基因分化主要发生在群体内, 而不是群体之间。     

Genetic variation of Chinese and Japanese wild Pacific abalone(Haliotis discus hannai) measured by microsatellite DNA markers

1Introduction ThePacificabaloneHaliotisdiscushannaiisan importantspeciesinthecoastalfisheriesofnorthern China,andisofhighcommercialvalue.Thepro ductionofcultureseedsfortheabalonebeganin Chinaintheearly1980s.Duringthelasttwodec ades,productionofabalonehasi…     

基于线粒体控制区序列的花斑蛇鲻遗传多态性分析

花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)是一种重要的底层经济鱼类, 本研究利用线粒体控制区(D-loop区)序列分析了中国近海分布的花斑蛇鲻的遗传结构和遗传多样性, 一共测定了6个地理群体129尾样本的D-loop区全序列。结果显示, 全长为921bp的序列包含71个多态性位点, 共检测到101个单倍型。花斑蛇鲻总体呈现很高的单倍型多样性(0.9873 ± 0.0048)和较低的核苷酸多样性(0.0132 ± 0.0067)的特征。基于邻接法构建的单倍型系统发育树的拓扑结构很浅, 没有形成分化明显的支系。单倍型在各个地理群体中的分布呈分散交叉状态, 表明地理群体间没有显著的遗传分化。6个群体的分子方差分析显示, 花斑蛇鲻绝大部分的遗传变异(99.87%)来源于群体内的个体之间, 而群体间的变异仅占0.13%。大部分地理群体之间的遗传分化指数(F_ST)均很小, 揭示了群体间的基因交流很频繁, 存在高度的遗传同质性。这些研究结果表明中国近海的花斑蛇鲻遗传多样性丰富, 没有明显的遗传分化, 是一个随机交配群, 可以作为同一个渔业单元来管理。     

两种不同生境的白骨壤种群的遗传结构

本文研究了广西沙质土壤和淤泥质土壤白骨壤种群的遗传多样性和遗传分化。结果表明，不同生境的白骨壤种群维持着较高的遗传多样性，观察杂合度为0．350，预期杂合度为0．259。不同生境的白骨壤种群的遗传分化很低，种群间的遗传分化为FST＝0．062 ，表明总的遗传变异中有93．8％来自种群内。基因流顺畅，Nm=3.78。种群间的遗传一致度和遗传距离分别为0．955和0．046。     

基于微卫星标记的真鲷放流群体与增殖海域群体遗传变异比较分析

真鲷（Pagrus major）是中国沿岸海域重要的经济种类,增殖放流作为修复真鲷渔业资源、恢复自然群体的方法,现已在中国被广泛地应用。然而,将大量人工繁育的苗种投入自然海域中,可能会对自然群体造成一定程度的遗传学影响。因此,在开展真鲷增殖放流的同时,应进行遗传监测。本研究使用7对真鲷微卫星标记,对2017年于防城港沿岸海域开展的真鲷增殖放流进行遗传监测,对比分析了真鲷亲体、放流真鲷苗种以及放流后混合群体的遗传多样性。研究结果表明,真鲷亲本群体与真鲷放流群体的等位基因丰度（13.525 3,16.428 6）和期望杂合度（0.792 7,0.814 5）没有明显的差异,表明在苗种繁育过程中,没有出现遗传多样性丢失的现象。真鲷放流群体和放流后混合群体的期望杂合度（0.814 5,0.822 8）、等位基因丰度（16.428 6,16.755 5）相似,表明真鲷放流群体和放流后混合群体处于相同的遗传多样性水平。3个群体的多态信息含量为0.768 8~0.805 5,表明3个群体均具有较高的遗传多样性。群体间遗传分化指数（0.016 667）和遗传距离（0.265 375~0.301 915）的结果显示群体间的遗传分化微弱,未形成明显的遗传分化。因此,可认为本研究中真鲷增殖放流未对放流后混合群体造成明显的遗传学影响。本研究为今后真鲷增殖放流遗传监测提供了理论参考依据。     

广东沿海杂色鲍养殖群体遗传多样性的微卫星分析

实验选取的7个杂色鲍(Haliotis diversicolor)养殖群体分别来自广东汕头、汕尾、惠东、湛江和徐闻,深圳野生驯养,利用7对微卫星引物对上述群体进行了遗传多样性和群体遗传结构的分析。结果显示:7个位点产生的等位基因数从7～13个不等,共检测到68个等位基因,平均每个位点的等位基因数为9.71个。有效等位基因数的范围为3.8～8.1,平均观测杂合度范围为0.422～0.906,平均期望杂合度范围为0.748～0.917。7个群体的多态信息含量变化范围为0.657～0.883,PIC值均在0.500以上,表现为高度多态性。与两个野生驯养的养殖群体相比,其他5个养殖群体均存在不同程度的遗传多样性降低。AMOVA分析显示,4.79%的遗传变异来自于群体之间,95.21%的变异来自于群体内的个体之间。研究表明,广东沿岸的杂色鲍具有较高的遗传多样性水平,7个群体之间呈现一定的遗传分化。     

皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的研究

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对山东长岛（CW）、辽宁大连（DW）两个野生群体和山东崆峒岛（KC）一个养殖群体的皱纹盘鲍遗传多样性进行了分析.结果表明,CW和DW群体间的遗传距离为0.170 3,CW和KC群体间的遗传距离为0.367 3,DW和KC群体间的遗传距离为0.347 7,显示野生群体与养殖群体之间的亲缘关系已发生了变化.CW,DW和KC三个群体的多态位点比例分别为49.22%、50.78%和43.75%;平均杂合度分别为0.350 6,0.340 8和0.307 9.与野生群体相比,养殖群体的多态位点比例和杂合度都有不同程度的降低.     

Genetic variation of the small yellow croaker (Larimichthys polyactis) inferred from mitochondrial DNA provides novel insight into the fluctuation of resources

The small yellow croaker (Larimichthys polyactis) belongs to the family Sciaenidae, which is an offshore warm fish species and widely distributed in the western Pacific. In this study, the variation of genetic diversity and genetic differentiation among L. polyactis populations was analyzed by mitochondrial DNA control region. A total of 110 polymorphic sites were checked, which defined 134 haplotypes. High level of haplotype diversity (h=0.993±0.002) was detected in the examined range. Population genetic structure analyse (analysis of molecular variance, F_st) showed there were high gene flow among L. polyactis populations. The result showed that there were relatively high genetic diversity and low genetic differentiation among the Yellow Sea and the East China Sea populations, which can be attributed to diverse habitats, wide distribution range and high mutation rate of control region. Using phylogenetic methods, coalescent analyses (neutrality tests, mismatch distribution analysis, Bayesian skyline analyses) and molecular dating interpreted in conjunction with paleoclimatic and physiographic evidence, we inferred that the genetic make-up of extant populations of L. polyactis was shaped by Pleistocene environmental impacts on the historical demography of this species. Besides, relatively constant genetic diversity and larger effective population size were detected in recent L. polyactis population. The result showed that the fishing policy certainly, such as the summer closed fishing, played a role in protecting resources of L. polyactis. This study can offer a wealth of biological novelties which indicates genetic structure of L. polyactis population and provides the foundation for resources protection and policy setting.     

拟穴青蟹不同大小个体遗传多样性分析

在拟穴青蟹(Scylla paramamosain)育种实践中,建立了一种选择个体大小的策略,应用ISSR和RAPD标记技术并以拟穴青蟹雄性个体组建供试群体检验所建立的选择策略的有效性.ISSR与RAPD标记方法的分析数据都表明,大、中、小个体组的几个对应遗传参数值高低依次按中个体组、大个体组、小个体组排列.其基因多样性的Nei’s分析表明,ISSR分析所得到的总遗传多样性(Ht=0.322 3)、平均遗传多样性(Hs=0.270 1)、遗传分化系数(Gst=0.162 2),均高于RAPD分析得出的对应遗传参数值(Ht=0.274 6,Hs=0.233 6,Gst=0.149 3).基于ISSR数据的遗传分化系数表明大、中、小个体组组间遗传分化程度达到较高水平,而基于RAPD数据的遗传分化系数表明大、中、小个体组组间遗传分化程度达到中等水平.上述结果表明应用ISSR标记技术比应用RAPD标记技术能揭示出更加丰富的遗传变异信息.基于ISSR和RAPD分析数据的组间遗传分化系数表明,大个体组与小个体组间的遗传分化系数最高(Gst值分别为0.165 8、0.139 9),与中个体组间的次之(Gst值分别为0.156 6、0.127 2),中个体组与小个体组间的遗传分化系数最低(Gst值分别为0.050 5、0.082 4).基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,ISSR和RAPD分析数据均支持大个体组优先分离.基于Dice’s系数的个体聚类分析结果也揭示了大个体组个体优先分离并呈现出单独聚类趋势.这表明ISSR与RAPD分析数据均支持了拟穴青蟹个体大小选择策略的有效性.此外,研究结果也表明:拟穴青蟹供试群体遗传多样性高低分布趋势与群体内的不同个体类型的数量分布趋势基本一致,呈正态分布趋势;大个体组的遗传多样性高于小个体组,或小个体组的遗传多样性高于大个体组并不影响大个体组作为育种材料的潜力.     

长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析

我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。     

大黄鱼野生与养殖群体遗传结构的比较研究

采用垂直板型不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对福建野生与养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)4个群体(湄洲野生群体、宁德野生群体、宁德养殖群体、连江养殖群体)的遗传结构进行了比较研究。结果表明,4个大黄鱼群体的平均每位点有效等位基因数为1.1250～1.1293,多态位点百分数为12.50%～18.75%,观察杂合度为0.1250,期望杂合度为0.0636～0.0677。湄洲湾野生群体的遗传多样性高于养殖群体。4个大黄鱼群体间的遗传分化很低,4个大黄鱼群体间遗传距离在0.0000～0.0001,平均遗传距离为0.0005,遗传分化系数(Fst=0.0004)低,基因流(Nm=609.6667)大。     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

Assessing genetic diversity of wild populations of Japanese flounderusing AFLP markers

1IntroductionThe Japanese flounder,Paralichthys olivaceus,is one of the most important commercial marine flat-fish that inhabits the coastal waters of China,Japanand Korea.(Tanaka et al.,1989;Masuda andTsukamoto,1998).However,because of overfis-hing durin…     

基于微卫星的泥蚶5个地理群体遗传多样性分析

为了研究泥蚶不同地理群体的系统发育关系和遗传多样性,运用微卫星DNA标记,对浙江温州(ZJ)、山东日照(SD)、韩国釜山(KR)、广西企沙(GX)、海南海口(HN)等5个泥蚶地理群体进行了17个基因位点的遗传多样性分析。结果显示,从17对引物中共检测出115个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~12个。有效等位基因数(Ne)为1.192~7.849,平均观测杂合度(Ho)为0.430~0.516,平均期望杂合度(He)为0.573~0.656,5个群体的平均多态信息含量(PIC)为0.525~0.608。Hardy-Weinberg平衡检验表明,51.2%的微卫星位点偏离平衡状态(P0.05)。5个群体间的种群遗传分化系数(FST)为0.012~0.062,呈现出较低的遗传分化。UPMGA聚类分析表明,浙江群体和韩国群体首先聚在一起,亲缘关系最近,然后与海南群体聚合;广西群体和山东群体亲缘关系较近,聚为一支,然后与上面三个群体聚合。     

三种胡子鲶的遗传变异及其系统分类的研究

为确定三种胡子鲶(胡子鲶Clarias fuscus、两栖胡子鲶C.batrachus和革胡子鲶C.lazera)的遗传变异及系统分类关系,采用淀粉凝胶电泳技术比较了三种胡子鲶4个样本的30—31个基因座位。每个座位观测到的平均等位基因数(Na)为1.01—1.39;多态座位百分比P_(0.99)为3.33—16.13％,平均杂合度观测值(Ho)为0.004—0.072;期望值(He)为0.004—0.064。3个种的遗传变异均较小,其中以革胡子鲶的遗传变异较其它两种大。两栖胡子鲶因采样的限制和养殖群体的奠基者效应而引起多态基因座位减少。4个样本的遗传相似性(I)和遗传距离(D)的比较,表现了3个水平的进化趋异;1)胡子鲶的两个没有生殖隔离的群体间的比较,彼此具有高度的遗传相似性(I=0.999);2)胡子鲶和两栖胡子鲶这对姐妹种间的比较,尽管它们在形态上难以分辨,但在遗传上仍有11个基因座位各具种的特异性;3)外表区别明显的种间比较,彼此表现了很大的遗传分异(D=0.999和0.818)。可见胡子鲶与两栖胡子鲶之间的系统分类关系较它们与革胡子鲶间的关系更密切。