DNA条形码技术在仔稚鱼鉴定中的实践

对物种准确鉴定是进行生物多样性研究的前提。为提高物种鉴定的准确性,文章采用DNA条形码技术结合形态学对长江口仔稚鱼样品进行种类鉴定。结果表明,44个样品中,通过线粒体COI基因的分析鉴定有17个种、1个属;部分形态上难以鉴定的种类,如虾虎鱼科的矛尾虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、睛尾蝌蚪虾虎鱼、褐吻虾虎鱼和斑点竿虾虎鱼,可通过DNA条形码实现有效鉴定;形态较为相似的种类,通过DNA条形码可鉴定到种,淡水鲤科的有青鱼、鲢、鳊,鲻科的有龟鮻和前鳞龟鮻。利用DNA条形码技术结合形态进行仔稚鱼种类的鉴定,能提高仔稚鱼鉴定的精确度。     

DNA条形码技术在鱼类浮游生物鉴定中的应用及研究展望

鱼类浮游生物的准确鉴定是鱼类浮游生物研究的基础。传统的基于形态特征的鉴定不仅费时费力,而且由于缺乏足够信息,鉴定存在困难,导致物种多样性被低估。为了对物种进行准确、快速地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,就像在商店里扫描仪读取条形码那样,对每一种生物也能通过快速分析其DNA中的一小段(线粒体细胞色素c氧化酶I亚基,mt COI)加以识别。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来生物类群的研究热点。文章介绍了DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,分析了其在鱼类浮游生物鉴定中的应用可行性,并展望未来鱼类浮游生物学发展的前景:分子技术鉴定鱼类浮游生物相关规范标准的建立,传统形态鉴定与分子方法相结合的分类学研究,以及鱼类浮游生物的生态学研究。     

中国大陆近海菖鲉属鱼类新记录种——三色菖鲉(Sebastiscus tertius)的形态特征与DNA条形码研究

2018年4月在浙江省舟山近海海域的渔业资源调查中采集到19尾菖鲉属鱼类标本,经鉴定发现为三色菖鲉(Sebastiscus tertius),为中国大陆近海海域的新记录种。本研究对采集到的19尾三色菖鲉标本拍摄照片并对其进行形态特征以及DNA条形码研究。三色菖鲉具有以下主要形态特征:背鳍数ⅩⅡ-12,胸鳍数18—19,腹鳍数Ⅰ-5,臀鳍数Ⅲ-5;第一鳃弓总鳃耙数6—7+13—17;前鳃盖骨有5枚硬棘,鳃盖骨后沿有2枚硬棘;眶前骨下后角有1枚硬棘;胸鳍处有一明显黑斑。测定了19尾标本的12S rRNA和COI序列,结合GenBank中所有学名为Sebastiscus tertius的同源序列进行分析,发现12S rRNA序列完全一致,可作为该物种的微型DNA条形码,而COI序列中所有个体明显分为两个分支,两者遗传距离达到0.044,表明两分支可能为不同的有效种。COI同源序列分析结果显示, GenBank中学名为Sebastiscus tertius的鱼种与褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)聚为一支,表明GenBank中的Sebastiscus tertius存在错误...     

小球藻属DNA条形码的鉴定研究

为探讨小球藻鉴定的新方法以及评估小球藻属 DNA 条形码候选序列的鉴定作用,文章对20株小球藻的线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)、核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)以及核酮糖1,5-二磷酸羧化酶(rbcL)3个片段进行PCR扩增测序,并对各序列进行生物信息学分析。研究结果表明：COI、ITS和rbcL序列在20株小球藻中的扩增和测序效率均呈阳性,扩增成功率分别为76%、83%和70%;经评估,COI、ITS和rbcL序列作为DNA条形码在小球藻分类鉴定中均不适合较低的分类单位,但可参考动植物的分类方法,将多个片段组合应用,从而筛选不同进化级别的DNA条形码。     

海洋生物DNA条形码研究现状与展望

海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。     

海洋经济概念界定的逻辑

海洋经济概念是海洋经济理论体系建构的逻辑起点。文章通过梳理国内外学者对海洋经济的内涵和外延界定,发现中国、美国、爱尔兰研究者在分析海洋经济概念内涵的逻辑路径极为相似,海洋经济概念内涵界定以各种海洋经济活动的共性特征为基础,以列举法阐释海洋经济的外延,同时数据的可得性也在一定程度上影响海洋经济的外延。     

几种菱形藻及其近缘种分类界定的比较研究

菱形藻是较常见的羽纹硅藻类,其中一些种类的外部形态十分相似,差异细微,很难从经典形态分类的角度准确区分,造成此类微藻在分类地位上的混乱。作者综合利用经典形态分类方法、ITS（Internal transcribed spacer sequences）序列分析方法以及基于脂肪酸甾醇的化学分类多种方法,对4株从形态观察初步...     

我国近海裸胸鳝属鱼类新记录种——黏裸胸鳝（Gymnothorax mucifer）形态与分子系统学研究

本研究于2020-2021年在福建省厦门市近海水产市场采集到4尾黏裸胸鳝样品,为中国大陆近海新记录种。此前,该物种仅在澳大利亚、夏威夷等地有分布记录,并被认为是蠕纹裸胸鳝同种异名。本研究对采集的黏裸胸鳝进行详细形态特征分析,结合DNA条形码COI基因进行分子鉴定及系统进化关系分析。黏裸胸鳝的主要鉴别特征：体为黄棕色,头部前端淡紫色,身体布满细长、稀疏、弥散的树枝状不规则棕色斑纹,斑纹颜色靠近尾部加深加粗,形成网格状;臀鳍边缘白色,近尾部变为一列连续白色斑点;全长为体长的1.01倍,为头长的8.00～8.39倍;上颌齿每侧8～10个,下颌齿每侧14～20个,中央齿细长,均为单行;总椎骨数为117～139,平均椎骨式为6-47-130。基于COI基因分析,黏裸胸鳝与蠕纹裸胸鳝的遗传距离为0.074,大于Herbert设定的2%(0.020)作为区分不同物种最小遗传距离,表明两者应为不同的物种。形态上,两种裸胸鳝也存在差异特征,如黏裸胸鳝的斑纹较细长、稀疏、不明显,头部前端偏淡紫色,臀鳍白色边缘近尾部断裂成系列连续白色斑点;蠕纹裸胸鳝的斑纹粗大明显、颜色较深,头部前端黄白色,臀鳍白色边缘连续...     

南海赤潮亚历山大藻的分子鉴定及"塔玛复合种"的分子系统发生分析

利用SSu rDNA和ITS分子指标,结合GenBank和其他文献中的基因序列构建了系统树,对一株分离自我国南海的亚历山大藻"塔玛复合种"NH01进行了鉴定,发现SSU rDNA和ITS序列构建的系统树中,不同地理基因型的"塔玛复合种"均构成独立分支.与我国沿海所有的"塔玛复合种"一致,NH01也属于"亚洲温带"型.探...     

中国海盘海牛科(腹足纲, 裸鳃目)一新记录属和一新记录种

2021年3月在大连进行潮间带生物调查时采集到2个裸鳃类标本,经鉴定发现为欧氏针盘海牛Diaulula odonoghuei (Steinberg, 1963),为中国新记录属和新记录种。在研究中对其进行了活体拍照,利用光学显微镜和扫描电子显微镜对其外部形态和内部解剖特征进行了观察。此外,测定了这两个标本的COI、16S rRNA和H3基因序列,将测得的基因片段与GenBank数据库中的针盘海牛属Diaulula的同源序列进行对比分析,构建了针盘海牛属的系统发育树。欧氏针盘海牛在我国沿海的发现,进一步丰富了中国海软体动物的物种多样性研究。     

中国近海大型底栖动物DNA条形码的研究进展

DNA条形码是利用标准的、变异率适度、易于扩增且相对较短的DNA片段对物种进行快速准确鉴定的技术。海洋大型底栖动物分布广泛,具有多样性、复杂性和趋同性等特点,DNA条形码技术能够在传统分类学基础上对物种进行快速、准确地鉴定。本文概述了DNA条形码技术在中国近海大型底栖动物研究中的发展现状,如多孔动物(Porifera)、刺胞动物(Coelenterata)、多毛动物(Polychaeta)、软体动物(Mollusca)、甲壳动物(Crustacea)、棘皮动物(Echinodermata)等,介绍了该技术在物种鉴定、隐存种发现、生物多样性评估等领域的研究进展,指出了目前条形码技术在应用中的局限性,并对未来的研究工作进行了展望。     

国际海洋划界技术发展与探讨

国际海洋划界的地理环境复杂，涉及学科多，既有法律问题也有技术方法问题。适用于海域划界的国际法原则有多种，在这些海域划界原则指手下涉及了多种因素，并形成了多种划界方法，这样必将使划界工作变得异常复杂。GIS、决策支持系统等技术的应用将在国际海洋划界的管理方面提供强有力的支持，并成为重要的决策工具。     

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。     

三角洲型河口河海划界

河海界限不是一个固定的断面，受制于径流、潮汐、风暴和地形等自然因素，河水与海水接触处的时空变化大。通过对黄河口和珠江口地区的河海划界的讨论，认为三角洲型的河口区海陆划界不能以咸水内侵、淡水冲出及生态环境等具有明显季节性的特征为依据，而应根据河口三角洲典型的地貌特征、沿着三角洲平原与水下三角洲前缘的界线划分，符合自然特征。     

福建兴化湾大型底栖动物种类组成和生物多样性

为摸清福建兴化湾大型底栖动物的种类组成、生物多样性分布格局以及受扰动情况,于2013年7月、9月以及2014年2月、4月共四个航次进行了大型底栖动物调查。采用优势度指数、Shannon-Wiener多样性指数、Margalef’s丰富度指数和Pielou’s均匀度指数等方法,分析了该海域大型底栖动物的种类组成和生物多样性分布。结果表明,研究海域共鉴定出大型底栖动物132种,包括多毛类58种,甲壳类27种,软体动物33种,其他门类14种。四个季节的共同优势种均为多毛类,包括多鳃齿吻沙蚕(Nephtys polybranchia),寡鳃齿吻沙蚕(Nephtys oligobranchia),中蚓虫(Mediomastus californiensis)和异足索沙蚕(Lumbrineris heteropoda)。研究海域大型底栖动物的平均生物量为39.42g/m~2;平均栖息密度为311.67个/m~2;栖息密度和生物量平均值2014年4月最高(398个/m2,63.23g/m~2),2013年7月航次最低(252个/m2,7.77g/m~2)。不同站位,栖息密度和生物量不同。栖息密度最大值出现在1号站位(738个/m~2),最低值为12号站位(90个/m~2)。而生物量平均最大值出现在15号站位(108.17g/m~2),最低值出现在22号站位(8.72g/m~2)。丰富度指数、均匀度指数、Shannon-Wiener多样性指数的平均值分别为2.81、0.87和2.73,这三个指数,9月份均为最大,分别为3.20、0.93、3.12,4月份最小,分别为2.09、0.78、2.05。生物多样性指数和丰富度指数均表明福建兴化湾大型底栖动物群落受到一定的扰动。     

湛江徐闻西海岸柳珊瑚的物种多样性和分布研究

2004年8月对湛江徐闻西海岸柳珊瑚资源进行调查,共采得柳珊瑚16种,分别属于7科14属;基本查清该海区柳珊瑚的分布状况。根据柳珊瑚群体颜色及骨针的形态学特征,系统阐述徐闻西海岸柳珊瑚的系统分类关系,第一次系统研究了徐闻柳珊瑚的资源状况。结合国际上最新的柳珊瑚分类系统,对国内原有的形态分类系统作出了更新和改进,这将有助于国际上认同和了解中国柳珊瑚资源情况。研究发现了1个新记录科、4个新记录属和1个新记录种。等柳珊瑚科Parisididae为新记录科,Parisis、Paraplexaura、Villogorgia、Dichotella为新记录属,鞭柳珊瑚Ellisella maculataStuder,1878,为新记录种。     

基于DNA条形码研究浙江沿海牡蛎的种类多样性及其分布特征

利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。     

DN A条形码技术及其在海洋贝类种质资源保护中的应用

DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,是指通过选择一段DNA基因序列片段作为条形码进行物种鉴定、系统发育研究和物种多样性保护等。海洋贝类种类丰富、数量众多,传统的形态分类方法有一定的局限性,对一些非常见及疑难物种不能快速、准确地鉴定。作为一种快速、高效的物种诊断技术,DNA条形码技术在海洋贝类种质资源保护与利用方面起到了至关重要的作用。本文就DNA条形码的产生、原理、分析步骤、优势、局限及在海洋贝类种质资源保护中的应用进展进行了综述,并对其未来的发展进行了分析展望。