西菲律宾海比科尔陆架深海沉积物古菌多样性研究

通过构建16S rRNA 基因文库, 对西太平洋西菲律宾海东板比科尔陆架5 个不同层位沉积物样品中的古菌的多样性进行了研究, 并获得了465 个有效克隆63 个OTUs （Operational Taxonomic Units）。通过16S rRNA 序列与GenBank 已知序列的同源性比较及构建系统进化树的结果显示...     

东太平洋海隆深海热液区沉积物古菌多样性分析

采用PCR-RFLP方法对东太平洋海隆深海热液区3个站位沉积物中的古菌多样性进行了初步研究.结果显示,从古菌16S rRNA基因文库中随机挑取的296个阳性克隆分属奇古菌门（Thaumarchaeota,47.64%）、广古菌门（Euryarchaeota,44.93%）、泉古菌门（Crenarchaeota,6.77%）和未分类古菌（0.68%）,其中优势菌群为奇古菌门的亚硝化侏儒菌属（Nitrosopumilus,35.47%）和广古菌门的热原体纲（Thermoplasmata,27.03%）,DHVE3、DHVE5、DHVE6、MBGB和MBGE类群在沉积物样品中也均有发现.另外,3个站位沉积物中古菌类群组成存在差异,S5-TVG1站位样品文库的97个古菌克隆分属奇古菌门（49.48%）、广古菌门（49.48%）和泉古菌门（1.03%）,S14-TVG10站位样品文库的103个古菌克隆由奇古菌门（84.47%）和广古菌门（15.53%）组成,S16-TVG12站位样品文库的96个古菌克隆包括广古菌门（71.88%）、泉古菌门（19.79%）、奇古菌门（6.25%）和未分类古菌（2.08%）.研究结果表明,东太平洋海隆深海热液区沉积物中古菌多样性丰富,存在着许多新的古菌菌群;不同站位古菌菌群结构以及多样性存在差异,这与其所处环境的热液活动密切相关.     

印度尼西亚卡利安达岛近岸热泉微生物和氢酶基因的多样性

研究对2011年7月采自印度尼西亚卡利安达岛近岸热泉的样品,进行了细菌和古菌16S rRNA基因和细菌氢酶基因克隆文库的构建、序列测定和多样性分析。结果表明:热泉系统的细菌和古菌由16个门组成,Proteobacteria为热液流体和沉积物的优势类群,丰度分别为59.5%和73.3%,Cyanobacteria为菌苔的优势类群(丰度,56.5%);具有氨氧化作用的Crenarchaeota为古菌的优势类群。热泉系统中,70%以上的种类与海洋细菌的亲缘关系最近,说明该系统具有海洋特性;约20%的种类与陆地热泉中嗜热或中等嗜热细菌的亲缘关系最近,这些种类可能来源于高温地层内部,并参与了铁氧化还原、氢氧化、硫氧化和硝酸还原等过程。热泉系统中,NAD(P)-关联的双向NiFe-氢酶基因和FeFe-氢酶基因的组成分布也受到温度和盐度分布变化的影响。研究为揭示浅海热液系统提供理论参考。     

黄河三角洲泥质沉积区表层沉积物古菌分布特征

通过古菌16S rDNA 基因文库技术, 在黄河三角洲泥质沉积区6 个站位共获得568 个克隆, 经处理得到73 个OUTs(Operational Taxonomic Units), 在此基础上进行系统进化树以及统计学分析。结果显示, 在本次研究的6 个站位的表层沉积物中, 古菌序列均来自于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota): 其中以Marine Crenarchaeotic Group I(MGI)为主, 仅含少量的Miscellaneous Crenarchaeotic Group (MCG), Marine Benthic Group B(MBGB)等其他种属。研究结果表明, 6 个不同站位的沉积物中只有5 个古菌类群, 群落分布较为均匀, 多样性不高。研究结果揭示了黄河三角洲表层沉积物中古菌横向分布特征, 并为今后在黄海区域开展古菌生态学研究提供了数据信息, 特别是在当前古菌研究主要集中在深海区域的背景下, 对相应的近海区域古菌研究具有一定的参考意义。     

海洋古菌的研究进展

近些年来 ,随着科学研究手段的进步和技术水平的提高 ,海洋生态学研究取得了若干重大突破 ,并导致了一系列新认识、新发现 ,正在推动着学科的迅速发展 ,并影响着相关学科的发展。海洋超微型生物生态学就是一个十分活跃、正在崛起的新领域。Ｗａｔｅｒｂｕｒｙ在１９７９年发现聚球藻（Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ）和Ｃｈｉｓｈｏｌｍ在１９８８年发现原绿球藻（Ｐｒｏｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｓ） ,大大改变了以往人们对海洋初级生产者结构的认识。而９０年代海洋浮游古菌的发现与确认改写了早期认为古菌只存在于极端环境的论断 ,并由此产生…     

印尼热泉菌产热稳定褐藻胶裂解酶的酶学性质研究

以印尼热泉菌为材料,采用以褐藻酸钠为唯一碳源的培养基筛选产褐藻胶裂解酶的菌株,通过16S rDNA序列对产酶菌株进行种属鉴定,并通过硫酸铵沉淀、离子交换层析和凝胶过滤层析从高产酶菌株Aly-B5发酵液上清中纯化获得褐藻胶裂解酶,并对该酶的酶学性质进行了研究。结果表明:高产酶菌株经鉴定为Bacillus属;聚丙烯酰胺凝胶电泳(Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)显示纯化的褐藻胶裂解酶Aly-B5分子量为45kDa,该酶最适作用温度为65°C,75°C时的半衰期为110min,最适pH为7.0;Zn~(2+)、Mg~(2+)、Fe~(2+)对酶活具有明显的抑制作用,但该酶对乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid,EDTA)并不敏感;同时,底物特异性实验表明Aly-B5是一种偏好降解聚古罗糖醛酸(poly G)的双功能裂解酶,降解产物主要是二糖。该酶优良的耐热性使其在海藻高值化利用领域具有潜在的应用前景。     

非培养手段分析珠江口淇澳岛海岸带沉积物中的古菌多样性

利用古菌16SrDNA特异引物对珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌的多样性及垂直分布特征进行研究。结果表明珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌多样性丰富,大部分为新的不可培养古菌;泉古菌在整个沉积物柱中是优势菌群,约占81%;古菌多样性随沉积物深度增加而增加,区系结构也随深度变化而呈现出明显的不同,在表层沉积物中,88%的序列属于Ⅰ型海洋泉古菌(MGⅠ),而在中层和底层检测到的古菌序列大部分与不可培养的富含甲烷的环境序列有最高的同源性,并且有15%的克隆子序列属于甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)和甲烷微菌目(Methanomicrobiales)。QC-PCR结果表明珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌含量丰富[(1.93±0.60)×106~6.45±0.25×10716S rDNA拷贝/g],呈现随深度增加含量增加的趋势。     

南海北部陆坡神狐海域HS-373PC岩心表层沉积物古菌多样性

利用分子生物学技术分析南海北部神狐海域天然气水合物潜力区HS-373PC岩心表层沉积物中古菌多样性,从沉积物中提取总DNA并扩增古菌16SrRNA基因序列,对克隆文库进行系统发育分析。结果显示所有古菌序列均属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota)。其中泉古菌以C3为主要类群,另有少量序列属于Marine Benthic Group(MBG)-B,MBG-C,Marine Crenarchaeotic Group I(MGI),Marine Hydrothermal VentGroup(MHVG)和Novel Group of Crenarchaea(NGC);广古菌以MBG-D为主,其它序列分别属于UnclassifiedEuryarchaeotic Clusters-1/2(UEC-1/2)。     

印尼3个地区热泉中可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MSM寡营养培养基从印度尼西亚Pantai cermin,Kalianda和Banyu wedang地区的热泉水样、泥样以及沉积物中根据菌落的形态学特征共分离获得69株细菌,通过菌株的16S rDNA的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析、序列比对和生理生化分析,对其进行鉴定并构建系统发育树.结果表明,分离...     

瓯江口海域春秋季鱼类多样性及群落结构研究

根据2013年5月(春)、2013年10月(秋)在温州瓯江口海域进行渔业资源定点拖网调查获得的鱼类数据,利用渔获率作为数量分布的指标,对瓯江口海域的鱼类生态类群和鱼类种类组成、优势种、物种数目空间分布及多样性和鱼类群落结构进行了分析。结果显示:两次调查共鉴定鱼类66种,隶属12目37科51属,其中暖温性鱼类29种,占44%,暖水性鱼类37种,占66%,种类季节间变化较为稳定,优势种季节更替明显,春季优势种有银鲳Pampus argenteus、花鲈Lateolabrax japonicus、日本鳀Engraulis japonicus、棕腹刺鲀Gastrophysus spadiceus 4种,而秋季为花鲈、斑鰶Konosirus punctatus、龙头鱼Harpodon nehereus 3种;种类数平面分布结果显示,种类数春季沿岸区域高,秋季岛礁区域高,生物多样性春季高于秋季;多样性指数与种类数平面分布结果相似,均为江口外部海域高于内部,近岸和岛礁处高于中部,地形、台湾暖流和瓯江淡水团对其分布影响较大;春、秋季鱼类群落结构差异不大,种级和属级之间具有相似性。     

Distribution and burial of organic carbon in sediments from the Indian Ocean upwelling region off Java and Sumatra,Indonesia

Sediments were sampled and oxygen profiles of the water column were determined in the Indian Ocean off west and south Indonesia in order to obtain information on the production, transformation, and accumulation of organic matter (OM). The stable carbon isotope composition (δ¹³C_org) in combination with C/N ratios depicts the almost exclusively marine origin of sedimentary organic matter in the entire study area. Maximum concentrations of organic carbon (C_org) and nitrogen (N) of 3.0% and 0.31%, respectively, were observed in the northern Mentawai Basin and in the Savu and Lombok basins. Minimum δ¹⁵N values of 3.7‰ were measured in the northern Mentawai Basin, whereas they varied around 5.4‰ at stations outside this region. Minimum bottom water oxygen concentrations of 1.1 mL L^?1, corresponding to an oxygen saturation of 16.1%, indicate reduced ventilation of bottom water in the northern Mentawai Basin. This low bottom water oxygen reduces organic matter decomposition, which is demonstrated by the almost unaltered isotopic composition of nitrogen during early diagenesis. Maximum C_org accumulation rates (CARs) were measured in the Lombok (10.4 g C m^?2 yr^?1) and northern Mentawai basins (5.2 g C m^?2 yr^?1). Upwelling-induced high productivity is responsible for the high CAR off East Java, Lombok, and Savu Basins, while a better OM preservation caused by reduced ventilation contributes to the high CAR observed in the northern Mentawai Basin. The interplay between primary production, remineralisation, and organic carbon burial determines the regional heterogeneity. CAR in the Indian Ocean upwelling region off Indonesia is lower than in the Peru and Chile upwellings, but in the same order of magnitude as in the Arabian Sea, the Benguela, and Gulf of California upwellings, and corresponds to 0.1–7.1% of the global ocean carbon burial. This demonstrates the relevance of the Indian Ocean margin off Indonesia for the global OM burial.     

Sedimentation particularities during the tsunami of December 26, 2004, in northern Indonesia: Simelue Island and the Medan coast of Sumatra Island

Sediments deposited during the tsunami of December 26, 2004, in coastal areas that differ in their structure and orientation relative to the tsunami front are studied with defining of the factors controlling particular features of the sedimentation under different wave intensities. The lithology of tsunami-related deposits and data on various fossils (diatoms, foraminifers, and mollusks) are analyzed. It is established that the tsunami resulted in the accumulation of sediments of various composition, which is explained by the features of the transformation of the wave as well as by the structure of the underwater coastal slope, the flooded zone, and the provenance. Variably oriented coseismic motions are one of the factors influencing the sedimentation patterns. The paleotsunami deposits discovered are compared with their recent counterparts.     

Community structure of zooplankton in the Lembeh Strait, Bitung, and Wori Beach, Manado, North Sulawesi, Indonesia

The community structure of zooplankton has been conducted in the Lembeh Strait in Bitung and Wori Beach in Manado, North Sulawesi in October 2015. Sampling of this research was conducted in 22 sampling sites along the strait. Zooplankton samples were collected from 22 stations, by NORPAC 300 μm net that was vertically hauled from maximum 10 m depth up to the surface water. The samples were poured into the bottle with formalin of 4%as preservative. The results showed that there were 43 taxa of zooplankton. The abundance of zooplankton was between 21.216–4 193.776 ind./m~3. The dominant taxa were copepod, especially Calanoida. The composition of zooplankton was relatively similar in all stations. We showed the abundance, dominance, composition and distribution of zooplankton at this research. More extensive studies concerning zooplankton is required to understand zooplankton biodiversity as a whole especially on the geographical and spatial distribution to describe population and community dynamic in the Lembeh Strait and Wori Beach.     

青岛近海春季大型底栖动物群落特征

分析2007年4月在青岛近海进行的大型底栖动物定量采集样品资料,研究了该海域大型底栖动物群落的优势种组成和物种多样性、生物量、丰度和群落等级聚类分析(CLUSTER)以及群落受污染扰动情况。本次调查中共获得青岛近海大型底栖动物89种,其中多毛类41种,甲壳动物32种,软体动物5种,棘皮动物6种,其它类群动物5种。群落中优势种以日本美人虾(Callianassa japonica)和日本倍棘蛇尾(Amphioplus japonicus)贡献率较高。平均生物量和丰度空间分布高值区均出现在近岸海域。群落结构聚类分析表明,15个取样站的群落结构相似性程度都非常低,为10%~30%,仅有S10站和S13站、S3站和S9站Bray-Curtis相似性系数达到40%。ABC曲线表明,S6,S7,S12,S13站的底栖动物群落已受到中度扰动,其它各站ABC曲线状态正常,表明底栖动物群落基本未受干扰,处于较稳定状态。     

青岛近岸水域鱼类群落分类学多样性的研究

根据2004年春、秋季进行的渔业资源底拖网调查,应用分类学多样性指数分析了青岛近岸水域鱼类群落分类学多样性的时空变化。青岛近岸水域春季鱼类群落分类多样性指数△、分类差异指数△＊分别为58．63,72．83,秋季分别为56．03,73．98。春季等级多样性指数△^＋为73．58,接近于黄海鱼类主名录的理论平均值77．7,而秋季等级多样性指数△^＋为67．74。显著低于黄海鱼类主名录的理论平均值。春季,青岛近岸水域鱼类种类组成分类学范围较宽,大多数种类属于鲈形目、鼬形目、鲱形目、鲽形目和鳗鲡目,还有较少鳐形目的软骨鱼类。与春季相比,秋季大多数种类属于鲈形目、鼬形目、鲱形目、仙鱼目、鲽形目和鳗鲡目,但鲈形目平均种类数较春季多。春、秋季分类差异变异指数∧^＋都接近于黄海鱼类主名录理论平均值。等级多样性指数△^＋在春、秋季均表现出明显的地理空间变异,部分站位等级多样性指数△^＋偏低主要是其鱼类种类不同程度地集中在鲈形目、鼬形目和鲱形目造成的。     

夏季青岛近海浮游动物种类组成、群落结构及多样性

2006年7月在青岛近海海域(35°19′～36°35′N, 119°50′～121°33′E)进行浮游动物采样调查,研究了青岛近海浮游动物的种类组成、群落结构及多样性.调查共鉴定浮游动物48种,浮游幼虫18类.种类数的平面分布为灵山湾、琅琊台湾附近海区较多,其他海区较少.优势种类有中华哲水蚤(Calanus sinicus)、强壮箭虫(Sagitta crassa)、拟长脚虫戎(Parathemisto gaudichaudi)、长尾类幼虫(Macrura larvae)和短尾类幼虫(Brachyura larvae).调查海区近岸暖温类群、近岸暖水类群、近岸低盐类群、温带外海类群四种生态类群共存,但以近岸暖温类群为主.浮游动物丰度、生物量的水平分布趋势与表层温度、盐度的水平分布趋势相似,都从调查海区的外海区向近岸逐渐降低;Shannon-weiner多样性指数与Pielou均匀度指数水平分布趋势与表层温度、盐度相反,从青岛近岸向调查海区外海逐渐降低.与该区域1959年同月份的调查数据相比,浮游动物主要种类组成、丰度、生物量差别不大,主要种类中华哲水蚤丰度有较大的增加.     

苏门答腊岛岸边的地震

2004年12月26日星期日格林威治时间零点58分53秒(当地时间7点58分53秒),在东南亚发生了灾难性的地震。震中位于印度尼西亚苏门答腊岛北端以西250km的印度洋中。看来震源位于地壳内,其深度将近30km。震级为9级。按照现代的概念,地震是地下深处岩石完整性发生断裂(巨大裂缝),或岩