蛋白质的氨基酸和核酸的核苷酸顺序

氨基酸顺序是蛋白质结构的基础,核苷酸的顺序是RNA和DNA分子结构的基础。这些化合物是决定整个生物活性物质的性质的。在分析蛋白质的氨基酸顺序之前,必须先确定该蛋白质是否含有一条以上的肽链。多肽链的数目通常从测定每分子蛋白质所含N-末端氨基酸残基的数目推导出来。显然,每分子蛋白质所含N-末端的数目应与其肽链数目相等。如果肽链之间没有共价交联,可以用酸、碱、高浓度的盐或变性剂分离它们。     

鲈鱼生长催乳素的分离纯化与N-末端序列分析

生长催乳素(SL)是生长激素/催乳素家族的一种新的脑垂体蛋白质激素,本研究首次从鲈鱼脑垂体中分离得到.鲈鱼脑垂体在碱性条件下,经葡聚糖凝胶(SephadexG-100)过滤和反相高效液相色谱(rpHPLC)分离出纯化的鲈鱼生长催乳素,(sbSL),并与大麻哈鱼生长催乳素(sSL)抗体发生特异性的Western免疫印迹交叉反应证实.SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析,发现鲈鱼生长催乳素分别是由分子量为23.2×103和28.4×103u两种形式组成(后者可能是一种糖基化形式).根据Edman降解原理,测得鲈鱼生长催乳素的N-末端16个氨基酸的序列,它与已知鱼类生长催乳素的N-末端序列比较,具有较高的同源性;由此进一步证实,分离纯化得到的鲈鱼生长催乳素是正确的.     

贻贝胰蛋白酶抑制剂的研究

本文采用0.05mol/dm3、pH7.8的磷酸缓冲液抽提及热变性、硫酸铵盐析和凝胶层析等方法,从海产软体动物贻贝(Mytilus)中分离得到一种仅对胰蛋白酶专一性抑制的蛋白酶抑制剂结晶。在聚丙烯酸胺凝胶电泳和SDS-聚丙烯酸胺凝胶电泳上均显单一的谱带。经SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定,其相对分子质量为3 2100.N-末端分析和氨基酸组成测定结果表明贻贝抑制剂是以甘氨酸、赖氨酸为N-末端,由253个氨基酸组成的2条多肽链或亚基聚成的一组蛋白。但它对热及酸碱较不稳定。通过一系列酶促反应动力学的研究表明,贻贝抑制剂对胰蛋白酶呈可逆竞争性的抑制作用。其K_m和K_i值分别为7.7×10-4mol/dm3、8.9×10-5mol/dm3。     

AHLs的合成及其对污损硅藻生长的影响

用L-高丝氨酸内酯的氢溴酸盐与酰氯在Schotten-Baumann条件下反应,合成了6种N-酰基-L-高丝氨酸内酯类(AHLs)信号分子:N-丁酰基-L-高丝氨酸内酯、N-己酰基-L-高丝氨酸内酯、N-辛酰基-L-高丝氨酸内酯、N-癸酰基-L-高丝氨酸内酯、N-十二酰基-L-高丝氨酸内酯和N-十四酰基-L-高丝氨酸内酯,通过红外、核磁共振仪、气相-质谱联用仪对所有化合物进行了结构表征和纯度分析。同时检测合成的6种化合物对污损硅藻-柱鞘藻(Cylindrothecasp.)生长的影响,结果表明:合成的信号分子除侧链最短的N-丁酰基-L-高丝氨酸内酯外,其它在高浓度下均能抑制柱鞘藻的生长,其中C12-HSL和C14-HSL在较低浓度下对柱鞘藻的生长也具有明显的抑制效应。     

凤眼莲根对东海原甲藻生长的抑制作用及机制研究

观察凤眼莲Eichhornia crassipes根粉末及丙酮提取物对东海原甲藻Prorocentrum donghaiense生长的影响,比较分析根系丙酮提取物中的化学成分以及不同成分抑藻效果,探讨凤眼莲根对藻类生长的抑制作用及其化学基础。结果显示,1.5g.L-1以上的凤眼莲根粉末可完全抑制东海原甲藻的生长。实际浓度0.019g.L-1的凤眼莲根丙酮提取物对东海原甲藻可产生50%的抑制率。N-苯基-2-萘胺浓度为1mg.L-1时,第6天对东海原甲藻的抑制率超过60%。浓度50μl.L-1时,亚油酸对东海原甲藻的抑制率超过80%。气相色谱-质谱联用(GC-MS)或高效液相色谱(HPLC)检测显示,凤眼莲根丙酮提取物中含有一定量的亚油酸和N-苯基-2-萘胺,同时还有大量的长链脂肪酸如十六酸、9-十六碳烯酸等。结果表明,凤眼莲根可显著抑制东海原甲藻的生长,N-苯基-2-萘胺、亚油酸可能是凤眼莲根抑藻的主要因子。     

巧用海洋药物——乌贼骨

乌贼骨(OsSepiae)是软体动物门乌贼科Sepiidae动物曼氏无针乌贼Sepiellamaindronide.Roche-brune,金乌贼SepiaesculentaHoyle等的干燥内壳,为海洋药物、常用中药。其性微温、味咸。具收敛、制酸、止血功效。用于治疗胃痛吞酸,吐、衄、哎血,便血,崩漏带下,血枯经闭,腹痛　　、虚疟泻痢、阴蚀烂疮。乌贼骨的鉴别性状,如曼氏元针乌贼的内壳长椭圆形而扁平,边缘薄,中间厚,长9～14cm,宽2.5～3.5cm,厚1.2～1.5cm。背面有磁白色脊状隆起,两侧略显微红色,隐约可见细小疣点状突起,形成近平行半环状纹理,腹面白色,末端到中部有细密波状横纹;角质缘…     

哌啶—N—磺酸作为壳聚糖硫酸酯化试剂的初步研究

采用哌啶 - N-磺酸作为壳聚糖的硫酸酯化试剂 ,研究了硫酸酯化试剂的加入方式、反应原料的比例、反应时间、反应温度对硫酸酯化程度的影响。结果表明 ,采用滴加哌啶 - N-磺酸的方式 ,反应温度为 80℃ ,壳聚糖与哌啶 - N-磺酸质量比为 1∶ 4时 ,产物有较高的硫酸酯化程度。     

双苯甲酰胺类辣素结构化合物的合成、抑菌及防污性能

以N-羟甲基苯甲酰胺和取代芳烃为原料,合成了N-(3-苯甲酰胺甲基-2-羟基-4,5-二甲基苄基)苯甲酰胺(A)、N-(3-苯甲酰胺甲基-2-羟基-4,6-二甲基苄基)苯甲酰胺(B)、N-(4-苯甲酰胺甲基-2-羟基-3,6-二甲基苄基)苯甲酰胺(C)、N-(3-甲基-5-苯甲酰胺甲基-2-羟基苄基)苯甲酰胺(D)、N-(4-甲基-5-苯甲酰胺甲基-2-羟基苄基)苯甲酰胺(E)、N-(5-苯甲酰胺甲基-2-羟基-3-甲氧基苄基)苯甲酰胺(F)和N-(5-苯甲酰胺甲基-2-甲氧基-4-甲基苄基)苯甲酰胺(G)共7种双苯甲酰胺基取代的类辣素结构化合物。通过红外光谱(IR)和核磁氢谱(1 H NMR)对其结构进行了表征。抑菌试验结果表明化合物F和化合物G对2种受试菌金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的抑制活性最高,最小抑菌浓度均可达到0.125mg/mL。以该7种化合物为辅助防污剂,复合氧化亚铜制备海洋防污涂料,实海挂板120天后,除含D试片外其余6个试片均表面光洁无污损生物附着,表现出优良的防污性能。     

N,N-二烷基酰胺类物质的膜状态及其在水面溢油集油剂中的应用研究

合成了 5种 N,N-二烷基酰胺型表面活性剂 ,并对其所成膜的状态进行了测定。表明当N,N-二烷基酰胺类物质单独成膜时获得的集油膜为多层膜 ,而当选用合适的溶剂与其配制成溶液以后 ,所成的集油膜则为转变膜或液态凝聚膜。在 5种 N,N-二烷基酰胺类物质中 ,酰基碳链越长、氮烷基碳链越短则其集油能力越强。应用 N,N-二烷基酰胺类物质配制了 4个配方 ,均具备良好的集油能力 ,并且对原油的集油能力大于对柴油的集油能力     

马粪海胆单唾液酸神经节苷脂的结构鉴定

为研究马粪海胆(Hemicentrotus pulcherrimus)神经节苷脂的结构。首先,用Sevennerholm法分配提取其生殖腺,经正相硅胶柱、DEAE-Sephadex A25离子交换柱纯化后,得到2种神经节苷脂组分,分别为HPG-A和HPG-B。其次,进行酸解,获得唾液酸、中性单糖、脂肪酸和长链碱。然后,采用甲基化处理,经气相色谱-质谱联用法测定基本组成结构,经湿法消化和离子色谱法测定硫酸根含量。实验表明:HPG-A的唾液酸组成为N-羟乙酰神经氨酸(Neu5Gc)和少量N-乙酰神经氨酸(Neu5Ac),而HPG-B为8位硫酸化的N-羟乙酰神经氨酸(Neu5Gc8S),且均以2-6键与葡萄糖相连;HPG-A和HPG-B神经酰胺(Cer)的主链长链碱(LCB)组成类似,主要为d16∶0和d18∶0;脂肪酸(FA)组成均以C22∶1和C22∶1h为主。鉴定出HPG-A为单唾液酸己糖神经节苷脂Neu5Gc2-6Glc1-1Cer和Neu5Ac2-6Glc1-1Cer的混合物,HPG-B为硫酸酯化单唾液酸己糖神经节苷脂Neu5Gc8S2-6Glc1-1Cer。本文为研究马粪海胆单唾液酸神经节苷脂的构效关系提供了理论依据。     

单环刺螠纤溶酶Ⅱ的基因克隆

单环刺螠纤溶酶(UFE)是由本实验室分离纯化出的1组包括4个分子量组分的纤溶酶,各个组分均有提高受试机体继发性纤溶活性的能力,并具有显著的抗凝活性和纤溶活性以及较好的生物安全性。根据该纤溶酶Ⅱ的N-末端氨基酸序列设计简并引物,通过3-’RACE PCR获得该组分蛋白质的部分编码序列,进一步通过5-’RACE PCR获得单环刺螠纤溶酶基因全长cDNA编码序列906 bp,其中开放阅读框795 bp。该基因全长cDNA BLASTx比对结果表明,其编码产物与丝氨酸蛋白酶家族成员具有较高的同源性,通过PROSITE的ScanProsite软件分析得出,该蛋白质含有1个trypsindomain(第32-264位),在NCBI的CDD数据库中分析结果显示该酶是1种胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶。     

单环刺螠纤溶酶Ⅱ的基因克隆

单环刺螠纤溶酶( UFE)是由本实验室分离纯化出的l组包括4个分子量组分的纤溶酶,各个组分均有提高受试机体继发性纤溶活性的能力,并具有显著的抗凝活件和纤溶活性以及较好的生物安全性.根据该纤溶酶Ⅱ的N-末端氨基酸序列设计简并引物,通过3'-RACE PCR获得该组分蛋白质的部分编码序列,进一步通过5’-RACE PCR获得单环刺螠纤溶酶基因全长cDNA编码序列906 bp,其中开放阅读框795 bp.该基因全长cDNA BLASTx比对结果表明,其编码产物与丝氨酸蛋白酶家族成员具有较高的同源性,通过PROSITE的ScanProsite软件分析得出,该蛋白质含有1个trypsin domain(第32-264位),在NCBI的CDD数据库中分析结果显示该酶是1种胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶.     

吉非替尼合成方法改进

本文报道一条简单有效的合成吉非替尼的工艺路线。以3-羟基-4-甲氧基苯甲醛为起始原料,将其醛基转化为氰基后再与N-(3-氯丙基)吗啉缩合,然后依次经硝化、水解、还原、环合等操作得到重要的中间体7,最后经氯化后与3-氯-4-氟苯胺缩合以总收率48%得到吉非替尼。其中对如下过程进行优化:硝化反应后处理改用NaOH中和酸,然后过滤纯化;硝基还原反应改用甲酸铵、Pd/C的催化的条件;环合反应后处理采用蒸馏的方法除去甲酸,这些改进显著提高了反应总收率。     

海产花鲈IGFBP-1、2基因的克隆及表达分析

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆得到花鲈的IGFBP-1和IGFBP-2基因cDNA全长序列,IGFBP-1全长1 779bp,编码248个氨基酸,IGFBP-2全长815bp,编码267个氨基酸。花鲈的IGFBP-1和IGFBP-2氨基酸序列同其他硬骨鱼类一样都包括C-端结构域、N-端结构域和多变的中央L-结构域。二者均存在18个保守的半胱氨酸残基以维持氨基酸二级结构的稳定,同时也都拥有N-端结构域的CGCCXXC-box和C-端结构域的CWCV-box,它们都是与IGF配体结合的重要结构。此外,IGFBP-2的C-端结构域还存在一个RGD结构,它能够与整合素相互作用,介导细胞与细胞之间、细胞与细胞外基质之间的黏附作用。利用荧光实时定量PCR技术对花鲈的脑、垂体、心脏、鳃、胃、盲肠、肠、头肾、肾脏、肝脏、性腺(雄)、脾脏和肌肉这13个组织的IGFBP-1和IGFBP-2mRNA的相对表达水平进行分析。结果显示,花鲈IGFBP-1mRNA表达量较为广泛,在肝脏中的转录水平最高,在肌肉和脾脏有较多的表达。花鲈IGFBP-2mRNA仅在肝脏中的表达水平最高,在肌肉中表达水平较高,其他组织表达量较低。     

3株抗生素抗性放线菌活性突变株新产代谢产物及其抗肿瘤活性初步测试

从无活性海洋来源放线菌M15的3株抗生素抗性抗肿瘤活性突变株发酵物中分离鉴定了9个原始菌M15发酵物中没有的代谢产物,其化学结构分别鉴定为1,9-二甲酯-吩嗪(1)、过氧化麦角甾醇(2)、对-甲胺基苯甲酸(3)、染料木素(4)、大豆黄素(5)、N-(2-羟基苯基)-乙酰胺(6)、邻二羟基苯甲酸(7)、尿嘧啶(8)和2-吡咯酸(9)。在初步预试活性测试中,化合物1,2,4,5,7,8对K562细胞示有一定抑制作用,相关活性有待进一步详细测评。     

哈维氏弧菌FlaA基因的克隆、序列分析及真核表达质粒的构建

哈维氏弧菌是水产病害中常见的致病菌.参照基因库上登录的弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因序列设计简并引物,PCR扩增哈维氏弧菌TS-628株的FlaA全基因,并克隆到pMD 18-T载体中测序,经序列分析该基因全长1 140 bp,编码379个氨基酸.与基因库中其他弧菌的同源基因序列比较显示,哈氏弧菌FlaA基因与霍乱弧菌FlaA基因的同源性最高(79.5%),该基因编码的多肽缺乏半胱氨酸,并在N-,C-两端的氨基酸序列较为保守,中间区域的变异较大.对该蛋白的氨基酸组成及空间结构进行了分析和预测,并推测该蛋白质的平均分子量为40.6 kDa.在该基因末端加上一段编码Flag短肽的核苷酸序列后克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),获得带哈氏弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因的真核表达重组质粒pcDNA-FlaA-tag,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础.     

文蛤亮氨酸氨肽酶LAP3的基因克隆及其在幼体不同发育时期、成体不同组织的表达分析

为探索贝类LAP3基因的结构和功能特征以及在生长发育过程中的作用,利用cDNA末端快速扩增（RACE）法获得文蛤LAP3（Mm-LAP3）基因的cDNA全长序列,并对其生物信息学、组织及发育时期表达特征进行了分析。结果显示,Mm-LAP3基因cDNA全长2 037 bp,ORF区1 254 bp,编码417个氨基酸;Mm-LAP3蛋白由Peptidase_M17超家族序列的N-端结构域和Peptidase_M17催化结构域组成。荧光实时定量PCR结果表明,Mm-LAP3基因在文蛤成体6个组织和幼体10个发育时期中均有表达,其中在斧足中的表达量显著高于其他组织（P<0.05）,这与斧足蛋白含量丰富、代谢旺盛相关;在幼体10个发育时期中的表达量呈现逐渐升高的趋势,在D形幼虫时期达到最高,随后又有所降低,推测Mm-LAP3基因在早期发育时期参与了某些组织器官的形成。     

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(福建株)基因组的克隆

对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖和野生对虾的重要病原之一.目前,GenBank已收录了分离自夏威夷、加利福尼亚、泰国、中国台湾等地的IHHNV全长或部分基因组序列.虽然中国大陆在养殖对虾中也普遍检测到了IHHNV,但未见其基因组序列报道.本文首先利用DNA末端加尾和嵌套PCR克隆了IHHNV基因组两末端序列,并根据测定的末端序列设计引物,PCR扩增出中国福建株IHHNV基因组序列.     

宽体沙鳅(Botia reevesae)β-肌动蛋白基因的cDNA克隆与表达分析

利用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了宽体沙鳅(Botia reevesae)-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1795bp,由长100bp的5非翻译区(untranslated region,UTR)、570bp的3非翻译区和1125bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成,编码375个氨基酸。宽体沙鳅-actin氨基酸序列包含1个糖基化位点、9个N-豆寇酰化位点、3个actin信号位点等主要结构区域。PSI-BLAST比对表明,宽体沙鳅-actin氨基酸与真鲷、罗非鱼、虹鳟等鱼类同源性达99%。NJ法系统进化分析显示宽体沙鳅-actin首先与鲢聚在一起,然后与、尖头等鱼类聚在一起。荧光定量PCR检测-actin基因在宽体沙鳅脑、鳃、心脏、肝、胃等12个组织的表达无显著差异(P<0.05),具有良好的稳定性。     

两种氨基酸衍生化方法的比较研究

氨基酸的衍生化过程是气相色谱-燃烧-同位素比值质谱法(GC/C/IRMS)测定单体氨基酸碳稳定同位素组成方法中的关键步骤之一。采用了2种氨基酸衍生化方法分别对17种标准氨基酸进行衍生化处理：一种是氨基酸N-乙酰基正丙酯(NAP)法,另一种是氨基酸N-三氟乙酰基异丙酯(TFAIP)法。通过测量17种氨基酸衍生化前后的稳定碳同位素组成,比较了每种方法的重复性及衍生化过程中的同位素分馏作用的大小。结果说明氨基酸N-三氟乙酰基异丙酯(TFAIP)法是一种较为理想的氨基酸衍生化方法。