大型多管水母的绿色荧光蛋白

采用PCR扩增和southern杂交筛选相结合的方法,从厦门水域的大型多管水母中分离到了新的绿色荧光蛋白基因gfpxm,并在大肠杆菌中进行了表达.gfpxmDNA序列编码区长为1042bp,包含3个外显子和两个内含子,cDNA编码区全长为717bp.gfpxmcDNA与已知野生型Aeqgfp 10cDNA长度一致,核苷酸同源性为81.9%,推导的氨基酸序列全长为238个氨基酸,与AeqGFP10的氨基酸同源性为83.6%.将gfpxm克隆至pTO-T7表达载体,GFPxm在大肠杆菌BL21中的表达量达菌体总蛋白的50%左右.荧光性质和强度分析结果表明,GFPxm蛋白的激发峰为476nm,发射峰为496nm,荧光量子产率为1. GFPxm蛋白的荧光很稳定,对热、碱性、变性剂和盐等有较强抗性.     

台湾海峡多管水母属——新种及基于线粒体COI序列分析鉴定多管水母

报道了中国台湾海峡多管水母属一新种——台湾多管水母(Aequorea taiwanensis n.sp.),详细描述其形态特征,并基于线粒体COI基因片段序列,比较、分析了该新种和乳突多管水母、锥状多管水母的序列差异及遗传距离。形态学和分子学数据都支持台湾多管水母为多管水母属有效种。3种多管水母mtCOI基因片断序列在种间存在明显的多态性,3种多管水母的种间序列差异为9.10%~11.9%,种间遗传距离为0.097~0.130,说明该基因片段适用于多管水母属种、种以下阶元及地理种群甄别和种间系统进化学分析。结合其他学者研究结果,认为mtCOI序列差异10%~20%可以作为多管水母属及其他水螅水母纲动物同属种间差异的标准。     

致病性鳗弧菌W-1外膜蛋白ompU基因克隆及在大肠杆菌中的表达

从致病性鳗弧菌W-1基因组DNA扩增并克隆了1 156bp的特异性片段,含有完整的外膜蛋白ompU基因阅读框,由993个核苷酸组成,编码330个氨基酸残基的蛋白质。与国外已发表的鳗弧菌外膜蛋白基因的序列同源性为100%,与创伤弧菌(Vibrio vulnificus)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、费氏弧菌(Vibrio fischeri)和副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的序列同源性分别为72%,69%,68%和64%。将该外膜蛋白基因克隆于pBV220表达质粒,在大肠杆菌中得到了表达,SDS-PAGE分析表明表达蛋白分子量约38kDa,Western blot分析发现表达蛋白能与鳗弧菌外膜蛋白抗体很好的反应。     

2011年春季黄、东海墨绿多管水母(Aequorea coerulescens)分布特征

2011年4月在黄、东海的大面调查中观测到一种多管水母大量发生,在现场通过表层目测计数了其分布特征,采集现场样品测量了伞径、湿重和干重,并结合水文数据分析了其分布与水团的关系。经鉴定,该种为水螅水母纲、软水母亚纲、锥螅水母目、多管水母科、多管水母属、墨绿多管水母(Aequorea coerulescens)。在69个站位中,有11个站位出现,出现率16%,主要在东海南部近岸海域。个体伞径在17.40—142.00mm之间,湿、干重分别在3.07—75.47g和0.12—3.06g之间,湿、干重与伞径呈现显著的指数关系。碳含量占干重的3.15%±0.56%,氮含量占干重的14.44%±2.65%,碳氮比为4.58±0.30。伞径和温度、盐度显著相关。作者认为,墨绿多管水母来源于舟山群岛附近海域,受海流的作用,输送到观测海域;离源地越远的站位,由于生长时间长,水母伞径增大。     

鲫鱼(Carassius auratus)slc7A8基因分子特征及表达分析

采用RT-PCR和RACE技术克隆鲫鱼slc7A8基因的全长cDNA序列,对基因序列用生物软件对基因进行生物信息分析,用Real-time PCR方法检测基因在组织中的mRNA表达丰度。结果表明,鲫鱼slc7A8cDNA全长为2709bp,包含195bp的5′UCR序列,921bp的3′UCR序列,1593bp开放阅读框,编码530个氨基酸序列;鲫鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为88.9%和95.5%,而与其他动物分别在70.1%-74.8%和80.6%-82.1%之间;预测编码蛋白的分子量为57719.84,等电点为4.8,对其结构预测显示该蛋白具有与哺乳动物十分相似的12个螺旋跨膜结构,跨膜区氨基酸高度保守,不同动物间的同源性都在92.2%以上;Real-time PCR检测鲫鱼组织中的mRNA表达丰度高低顺序为前肠、中肠、脑、后肠、肌肉、肾、鳃、心、肝脏。     

哈维氏弧菌FlaA基因的克隆、序列分析及真核表达质粒的构建

哈维氏弧菌是水产病害中常见的致病菌.参照基因库上登录的弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因序列设计简并引物,PCR扩增哈维氏弧菌TS-628株的FlaA全基因,并克隆到pMD 18-T载体中测序,经序列分析该基因全长1 140 bp,编码379个氨基酸.与基因库中其他弧菌的同源基因序列比较显示,哈氏弧菌FlaA基因与霍乱弧菌FlaA基因的同源性最高(79.5%),该基因编码的多肽缺乏半胱氨酸,并在N-,C-两端的氨基酸序列较为保守,中间区域的变异较大.对该蛋白的氨基酸组成及空间结构进行了分析和预测,并推测该蛋白质的平均分子量为40.6 kDa.在该基因末端加上一段编码Flag短肽的核苷酸序列后克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),获得带哈氏弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因的真核表达重组质粒pcDNA-FlaA-tag,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础.     

东海、南海管水母一新种

在分析东海、南海管水母类样品中,发现拟蹄水母属一新种,定名为小口拟蹄水母.其泳钟体似马蹄状,有5个圆钝隆起,其中泳囊口2个隆起较为靠近,泳钟体表面光滑,无任何疣突,泳囊和泳囊口均较小,以此区别于其他已知5种拟蹄水母.     

桃花水母的核糖体RNA基因ITS区序列分析及物种鉴定

利用PCR扩增和DNA测序技术,获得了青岛野外采集到的桃花水母(Craspedacusta)核糖体RNA基因ITS区序列。序列比对以及系统进化分析显示,在青岛采集到的桃花水母与索氏桃花水母(Craspedacusta sowerbyi)的ITS区序列相似度最高,同源性在93%以上;同时,在系统发育树中也与索氏桃花水母聚为一支。研究结果表明,青岛采集到的桃花水母为索氏桃花水母,这也是青岛地区桃花水母的新记录。     

一种新的海洋微藻病毒丝氨酸蛋白酶基因的克隆表达及其活性分析

从海洋球石藻Emiliania huxleyi病毒EhV99B1的基因组中克隆了丝氨酸蛋白酶(Sp)基因(GenBank登录号:KC161207),对该基因的开放阅读框(ORF)进行系统的生物信息学分析,并在大肠杆菌中融合表达,通过亲和层析法获得了纯化的重组Sp。结果表明:EhV99B1-Sp基因的ORF为1 110bp,编码368个氨基酸,蛋白相对分子质量为39.5kDa;该基因片段与GenBank中EhV86-Sp的同源性很高,核苷酸及其对应的氨基酸序列同源性分别为95%和97%,而与其他物种Sp序列的同源性仅为28%~32%,说明其可能是丝氨酸蛋白酶家族中的一个新成员;预测的二级结构特征显示EhV99B1-Sp的蛋白结构域中具有典型的LTAGHC(组氨酸活性位点区域)和AICNGDSGGPLF(丝氨酸活性位点区域)两个丝氨酸蛋白酶催化活性位点的氨基酸基序,是一个两次跨膜蛋白;将该基因在大肠杆菌中进行低温诱导表达,得到分子量为60kDa的重组蛋白,经鲤鱼肌肉丝氨酸蛋白酶(MBSP)抗体检测证实为Sp,且重组蛋白在大肠杆菌细胞中具有明显的生物学活性。本研究结果为进一步探讨EhV99B1-Sp在病毒与宿主相互作用过程中的调节作用及其功能与应用奠定基础。     

白色噬琼胶菌QM38β-琼胶酶基因agaD02 的克隆与表达

从白色噬琼胶菌(Agarivorans albus)QM38基因组中扩增到一段编码β-琼胶酶的DNA序列,命名为agaD02。序列相似性分析的结果表明,基因agaD02和弧菌Vibrio sp.JT0107及Vibrio sp.PO-303的琼胶酶基因具有同源性,其相似性程度分别为98.7%和97.4%,而同GenBank中的其他序列同源性很低。对此基因的序列进行了分析,结果表明,其开放阅读框长度为2 868 bp,编码的蛋白质包含955个氨基酸,在蛋白数据库中的编号为ABM90422,推测其分子质量为106 ku,等电点为4.87。利用网上数据库资源和生物学软件对预测的琼胶酶蛋白序列进行了同源性分析和结构分析。设计两端含酶切位点的特定引物,克隆agaD02基因,构建入表达载体pET24a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3),转化后提取质粒进行酶切和电泳验证,转化后的大肠杆菌经诱导可产生胞外琼胶酶。     

Cloning and expression of aequorin genes from jellyfish Aequorea and characterization of aequorins activities

ＩＮＴＲＯＤＵＣＴＩＯＮＡｅｑｕｏｒｉｎｉｓａｂｉｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔｐｒｏｔｅｉｎ ,ｉｓｏｌａｔｅｄｆｒｏｍ ｊｅｌｌｙｆｉｓｈＡｅｑｕｏｒｅａ .Ｔｈｅａｅｑｕｏｒｉｎｃｏｍｐｌｅｘｃｏｎｓｉｓｔｏｆａ 2 2 0 0 0Ｍｒａｐｏａｅｑｕｏｒｉｎｐｒｏｔｅｉｎ ,ｍｏｌｅｃｕｌａｒｏｘｙｇｅｎａｎｄｔｈｅｌｕｍｉｎｏｐｈｏｒｅｃｏｅｌｅｎｔｅｒａｚｉｎｅ .ＷｈｅｎｔｈｒｅｅＣａｉｏｎｓｂｉｎｄｔｏｔｈｉｓｃｏｍｐｌｅｘ ,ｃｏｅｌｅｎｔｅｒａｚｉｎｅｉｓｏｘｉｄｉｚｅｄｔｏｃｏｅｌｅｎ ｔｅｒａｍｉｄｅ…     

野生金乌贼成体肌肉的营养成分分析及评价

为丰富金乌贼(Sepia esculenta)的生化信息和充分了解其营养价值,作者采用生化方法测定了野生金乌贼成体肌肉的营养成分,并对其营养品质进行了分析与评价。结果显示:金乌贼肌肉中水分、粗蛋白、粗脂肪和粗灰分的含量占鲜样质量的比例分别为71.10%、22.02%、0.75%和2.17%。肌肉中主要含有17种氨基酸,氨基酸总量占干样质量的64.75%,其中必需氨基酸总量为24.44%,占氨基酸总量的37.75%,与非必需氨基酸总量的比值为75.15%,符合FAO/WHO的理想模式;干样中呈味氨基酸的总量为25.34%,占氨基酸总量的39.14%;必需氨基酸平均得分为102.86,组成相对均衡,必需氨基酸指数EAAI为85.43,可做为人体理想的蛋白质来源。在脂肪酸组成方面,饱和脂肪酸(SFA)、单不饱和脂肪酸(MUFA)、多不饱和脂肪酸(PUFA)的含量分别占脂肪酸总量的33.46%、8.64%、49.83%,其中EPA和DHA共占PUFA的84.35%,脂肪质量较高。此外野生金乌贼肌肉中矿物元素种类及含量较为丰富。分析认为,金乌贼蛋白质含量高、必需氨基酸组成均衡、脂肪质量较好并富含矿物元素,具有较好的食用价值和保健作用。本研究评估了金乌贼的开发利用价值,同时为其配合饲料研发提供了重要参考。     

合浦珠母贝iPS细胞相关的转录因子的克隆及分析

转录因子Sox2、Oct4、c-Myc和KLF4在iPS细胞研究中具有重要作用,将它们加入体外培养的细胞中,可以诱导体细胞去分化成为多能干细胞。作者通过RACE-PCR技术从合浦珠母贝(Pinctada fucata)的外套膜组织中克隆获得了3个转录因子——c-Myc、Sox2及KLF4的cDNA。c-Myc全长1585bp,开放阅读框的长度为1131bp,编码376个氨基酸,蛋白结构分析表明它具有保守的HLH和Myc-N结构域。Sox2全长1908bp,开放阅读框长度为990bp,编码329个氨基酸,蛋白结构分析它具有保守的HMG-box和Soxp结构域。KLF4全长2268bp,开放阅读框长624bp,编码207个氨基酸,预测该蛋白具有两个zf-H2C2_2结构域。BLAST分析它们均与太平洋牡蛎的相关蛋白具有较高同源性,说明其与太平洋牡蛎亲缘关系更近。RT-PCR实验发现这3个基因在合浦珠母贝外套膜、足、生殖腺、内脏团、闭壳肌和鳃6种组织中均有表达,表明它们是非常保守的转录因子。本研究对于合浦珠母贝细胞系建立和研究具有启发意义。     

基于UF、GFC及RP-HPLC的长牡蛎(Crassostrea gigas)蛋白抗衰老小分子活性肽(Zel'ner)的纯化及结构解析

牡蛎肉质鲜美,营养丰富,具有很高的食用价值。本研究以舟山长牡蛎(Crassostreagigas)为研究对象,以DPPH自由基清除率为测试指标,通过UF、GFC及RP-HPLC等技术,对牡蛎蛋白酶解液进行分离纯化,获得牡蛎蛋白小分子肽样品,并对其氨基酸组成进行营养性评价。研究结果表明:浓度为30%—100%的硫酸铵处理酶解液的分离效果明显优于低于浓度为30%硫酸铵的分离效果,其DPPH自由基清除率达到52.43%;纯化后得到两种牡蛎蛋白小分子肽分别标记为组分a(Mw1kDa)和组分b(1kDaMw3kDa);组分a中牡蛎蛋白小分子肽分子量分布主要为1995.2Da、1258.9Da、1023.3Da、398.1Da;对牡蛎蛋白小分子肽组分a进行检测,发现其中氨基酸种类及含量丰富,其中必需氨基酸(EAA)含量为18.863%,总氨基酸含量(TAA)为43.3748%,必需氨基酸占总氨基酸43.49%,必需氨基酸与非必需氨基酸(NEAA)的比例为76.95%,风味氨基酸(FAA)含量为18.9147%,占总氨基酸含量的43.61%。综上可见,牡蛎蛋白小分子肽具有极高的营养价值和市场经济效益,此研究为牡蛎蛋白抗衰老小分子活性肽(Zel'ner)的开发提供了新的思路和方向。     

中国小孔蛸肌肉营养成分分析与评价

中国小孔蛸主要分布在我国东南沿海,是深受当地消费者喜爱的头足类品种.本研究根据国家食品安全检测相关标准,采用常规生化分析方法对采集自宁德海域的中国小孔蛸肌肉营养成分进行了测定,对其肌肉营养价值进行了分析评价.结果显示:中国小孔蛸肌肉中水分、粗蛋白质、粗脂肪、灰分和总糖的含量分别占鲜样质量的比例为83.8％、13.5％、...     

红毛菜与坛紫菜光合作用和品质的比较分析

为研究两种经济红藻红毛菜(Bangia fucscopurpurea)和坛紫菜(Pyropia haitanensis)的光合作用和品质差异,选取一株野生型红毛菜CY和一株野生型坛紫菜NSD35作为实验材料,分别测定二者在相同培养条件下的关键光合参数和营养成分指标。结果显示：红毛菜的最大电子传递速率、净光合速率、藻红蛋白含量分别比坛紫菜高29.6%、96.8%、60.5%;必需矿质元素钾、钙、镁、铁、锌的含量分别比坛紫菜高59.5%、39.5%、34.1%、86.2%、68.4%;红毛菜的必需氨基酸和风味氨基酸含量都高于坛紫菜。此外,二者的呼吸速率、最大光量子产率、叶绿素a、总糖、总蛋白和碘含量没有显著差异。研究结果表明,与坛紫菜NSD35相比,红毛菜CY的光合速率更快,矿质元素积累能力更强,必需氨基酸和风味氨基酸含量更高。研究结果有助于了解红毛菜和坛紫菜的光合作用和品质特点,为开发红毛菜种质资源提供数据参考。     

黑花鳙(Aristichthys nobilis)和白花鳙肌肉营养成分分析及营养价值评定

采用常规营养成分分析方法,研究了新选育品种黑花鳙和白花鳙F2代的含肉率、肌肉生化成分和能值。结果表明,二者的含肉率分别为77.47%和77.53%;鲜样中肌肉生化成分分别为:水分80.56%和79.38%,蛋白质17.01%和17.67%,脂肪0.87%和1.20%,灰分1.25%和1.35%,比能值4.43kJ/g和4.72kJ/g;干样中黑花鳙17种氨基酸总含量(81.32g/100g),9种人体必需氨基酸含量(40.05g/100g),四种呈味氨基酸含量(29.13g/100g)均小于白花鳙(86.63,42.04,31.57g/100g),但其必需氨基酸/氨基酸总含量(49.25%)以及必需氨基酸/非必需氨基酸(0.97)均大于白花鳙(48.53%,0.94)[以上差异均不显著(P0.05)];二者的限制性氨基酸为缬氨酸、亮氨酸和苏氨酸。黑花鳙必需氨基酸与总氮的克数比(2.62)以及必需氨基酸指数(77.98)均小于白花鳙(2.67,79.6),但都大于湖北等产地的鳙鱼。两种新选育的鳙鱼开发利用前景看好。     

蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)两种Wap65基因克隆及蛋白功能的研究

采用同源克隆及Race技术获取了蓝点马鲛Wap65-1和Wap65-2基因的c DNA全长序列,长度分别为1659 bp和1725 bp,各自编码426和436个氨基酸。通过Clust W同源性及进化树分析表明:蓝点马鲛Wap65-1与Wap65-2基因的同源性为60%,处于不同的分支上。进一步对该鱼的幼体进行热诱导,通过q RT-PCR分析表明:两种基因在高温诱导下均有上调,而Wap65-2基因上调呈现显著性差异(P0.05)。在此基础上,构建两种基因冷休克表达系统,成功实现了两种蛋白的可溶性表达,而且发现Wap65-2对高温胁迫下E.coli BL21(DE3)的存活具有较强的保护作用。本研究为蓝点马鲛耐热品种的培育奠定了理论基础。     

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)vasa基因cDNA克隆及其在卵巢发育中的表达分析

VASA蛋白属于DEAD-box家族蛋白,是一种RNA解旋酶,在生殖细胞的分化中具有重要作用。本研究从脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)卵巢中克隆得到vasa基因cDNA全长(将其命名为Ec-vasa),Ec-vasa序列长度为2516bp,开放阅读框(ORF)长度为1800bp,编码600个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的8个高度保守的结构域,与日本沼虾(Macrobrachium nipponense)的同源性最高(80%)。半定量RT-PCR结果显示,Ec-vasa在卵巢组织中特异表达,在肌肉、肝胰腺、心脏和鳃等组织中均未检测到表达。荧光定量结果显示,Ec-vasa在卵巢发育Ⅰ期具有较高表达量,随着卵巢的发育,表达量逐渐降低,在第Ⅳ期达到最低水平。结果表明,Ec-vasa基因可能在脊尾白虾卵巢的早期分化和卵子发生过程中起重要作用。     

大黄鱼cGAS-like基因isofrom X1的克隆鉴定及在感染刺激隐核虫后的表达变化

cGAS(cyclic GMP-AMP synthase)基因是近几年来新发现的先天免疫中一个新型的信号分子。作者基于大黄鱼(Larimichthys crocea)基因组信息,用cDNA末端快速扩增(RACE)技术在鳃组织中克隆鉴定了cGAS基因cDNA全长序列:包含1个231 bp的5′端-非翻译区(5′-UTR)、207 bp的3′-UTR和1 488 bp的开放阅读框(ORF),命名为Lc-cGAS-like X1。该基因编码1个由495个氨基酸残基组成的多肽,预测的分子量(Mw)大小为56.57kDa,理论等电点(pI)为9.45;序列分析表明其预测的蛋白无信号肽,第115～431位氨基酸序列为Mab-21功能域,第470～492位氨基酸序列为跨膜结构域。基因组全长3 153 bp,包含8个外显子和7个内含子,所有内含子的剪切特点都符合GT-AG规则。同源比对结果显示:Lc-cGAS-likeX1与鱼类cGAS的相似性大于66%,与高等脊椎动物的相似性较低。系统进化分析表明Lc-cGAS-like X1与鱼类cGAS聚成一支。荧光定量PCR(qPCR)检测显示Lc-cGAS基因(X1/X2两种剪切体)在大黄鱼9种组织中均有表达,其中在鳃中的表达量最高;刺激隐核虫感染后,大黄鱼免疫器官头肾中Lc-cGASmRNA分别在刺激隐核虫幼虫感染阶段和滋养体脱落阶段出现了极显著上调(P0.01);解毒器官肝脏中分别在滋养体脱落阶段和细菌感染阶段出现极显著上调变化(P0.01)。本研究结果暗示大黄鱼cGAS基因参与了大黄鱼感染刺激隐核虫的免疫防御过程,为进一步了解鱼类cGAS基因的多样化功能提供参考。