黄鳍鲷细菌性溃疡病致病菌研究

研究了黄鳍鲷细菌性溃疡病的病原。从患病濒死的黄鳍鲷体内分离到两株细菌,经人工感染试验确定为致病菌,通过测定其形态及生理生化特性得出：致病菌为革兰氏阴性杆菌,极生单鞭毛,发酵葡萄糖产酸不产气,氧化酶阳性,过氧化氢酶阴性,发酵糖,甘露限酵阳性,明胶酶阳性,在７０ｇ／ＬＮａＣｌ培养基上中生长良好,对Ｏ／１２９不敏感;由于两株菌对山梨醇、水扬苷、七叶苷及麦芽糖等氧化发酵的结果不一致,分别被鉴定为嗜水气单胞     

黄鳍鲷细菌性溃疡病致病菌研究

研究了黄鳍鲷细菌性溃疡病的病原。从患病濒死的黄鳍鲷体内分离到两株细菌,经人工感染试验确定为致病菌,通过测定其形态及生理生化特性得出：致病菌为革兰氏阴性杆菌,极生单鞭毛,发酵葡萄糖产酸不产气,氧化酶阳性、过氧化氢酶阴性,发酵乳糖,甘露醇发酵阳性,明胶酶阳性,在70g／LNaCl培养基中生长良好,对O／129不敏感;由于两株菌对山梨醇、水扬苷、七叶苷及麦芽糖等氧化发酵的结果不一致,分别被鉴定为嗜水气单胞菌不产气亚种（Aeromonashydropilaanaerogenes）和温和气单胞菌（A．sobria）变异亚种。药敏试验显示,两个菌株对氯霉素高度敏感而对氟哌酸中度敏感。两株菌对黄鳍鲷的半致死剂量（按每g鱼计算）分别为2．3×106个菌体和2．6×105个菌体。     

黄鳍鲷肌肉生化成分分析和营养品质评价

测定了 6尾黄鳍鲷肌肉的生化成分 ,并对其营养价值进行评定。结果表明 ,该鱼肌中各成分的质量分数为粗蛋白 2 1.10 % ,粗脂肪 1.31% ,粗灰分 1.5 0 % ,水分 74 .4 0 %。干物质中水解氨基酸总量w 76 .38% ,其中必需氨基酸w 32 .4 6 % ,占氨基酸总量的 4 2 .5 % ;呈味氨基酸w 32 .5 1% ,占氨基酸总量的 4 2 5 6 %。蛋氨酸为第一限制氨基酸 ,赖氨酸含量 (每克氮中 )最高 ,达 4 94mg·g-1。牛磺酸含量为 30 4 0mg kg。认为黄鳍鲷是一种高蛋白、低脂肪的美味优良食物 ,应注意种质资源的保护。     

加州鲈生长激素和胰岛素样生长因子I cDNA的克隆及序列分析

GH-IGF-I轴是鱼体体内一个重要的内分泌生理轴,主要调控鱼体的生长发育。用RT-PCR方法从加州鲈脑垂体和肝脏组织中分别扩增出加州鲈GH和IGF-I cDNA,克隆到pMD19 T-Vector上进行序列测定和分析。结果表明:1)加州鲈GH cDNA开放阅读框长为615 bp,编码204个氨基酸,其中信号肽17个氨基酸,成熟肽187个氨基酸。成熟肽中有四个保守的半胱氨酸残基(分别位于69,177,193,202),可形成两对二硫键。加州鲈GH氨基酸序列与蓝太阳鱼、斜带石斑鱼、金头鲷、虹鳟、鲤鱼、斑马鱼相比较,同源性分别为100%、97%、94%、66%、56%、53%。2)加州鲈IGF-I cDNA开放阅读框长为561bp,编码包括信号肽和B、C、A、D、E五个区域的186个氨基酸,形成成熟肽时,信号肽和E区域被切除。成熟蛋白的氨基酸序列与GenBank中已知的河鲈、三角鲂、金头鲷、舌齿鲈、斑马鱼的相比较,结果发现四个区域的保守性有差异,A区和B区保守性较高,C区和D区保守性较差。加州鲈GH和IGF-I cDNA的获得为进一步研究鱼体GH-IGF-I轴对生长发育的调控机制奠定了基础。     

二长棘鲷和黄鳍鲷骨骼系统的比较

对二长棘鲷和黄鳍鲷的骨骼系统进行了比较研究。结果表明,二长棘鲷脑颅中的上筛骨、侧筛骨、额骨、眶下骨、蝶耳骨、上枕骨,咽颅中的前上额骨、腭骨、舌额骨、齿骨、鳃盖骨、尾舌骨、咽鳃骨等与黄鳍鲷相应部分的骨骼有明显差异,某些特征可作属间或种间的鉴别依据。     

五种鲤科鱼类生长激素cDNA的克隆和序列分析

通过RT-PCR方法,以草鱼、鳙鱼、鲫鱼、鲤鱼、齐口裂腹鱼等5种鲤科重要经济鱼类的垂体总RNA为模板扩增出其生长激素(fish growth hormone,fGH)的完整ORF序列,并克隆到pMD18-T载体上,命名为pMD-1(草鱼)、pMD-2(鳙鱼)、pMD-3(鲫鱼)、pMD-4(鲤鱼)、pMD-5(齐口裂腹鱼)。测序结果显示,ORF序列其长度均为633 bp。序列分析表明,所有ORF序列均以ATG为起始密码,以TAG为终止密码,编码210个氨基酸残基,推导的生长激素前体由22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽组成。同源性分析表明,草鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼和齐口裂腹鱼的fGH同源性在93.3%~99.5%之间。     

穿体标志对黄鳍鲷幼鱼的生长、存活及脱标的影响

研究了不同幼鱼规格、标志部位和消毒处理对黄鳍鲷存活的影响,探讨了不同标志部位幼鱼的脱标情况。结果显示,不同规格、标志部位和消毒处理对黄鳍鲷幼鱼的存活无显著差异;但标志后进行1次消毒处理可使黄鳍鲷的存活稳定期提早一天出现。标志部位对黄鳍鲷幼鱼的存活有显著影响,以背鳍棘基部肌肉标志的存活率为最高,达87.0%;背鳍棘膜标志的存活率其次,为75.2%;而背鳍条基部肌肉标志的存活率最低,仅68.0%;死亡高峰均出现在标志后前3 d。幼鱼规格对脱标无影响,但标志部位对脱标影响显著。在肌肉做标志均未脱标,而在鳍棘膜做标志的全部脱标。表明黄鳍鲷幼鱼可在背鳍棘基部肌肉进行穿体标志,暂养4 d后进行放流。     

红鳍笛鲷和紫红笛鲷种类和群体的矢耳石地标点法识别

【目的】探讨矢耳石地标法在笛鲷种内及种间中的判别作用。【方法】利用2017年购自广西北海、海南文昌、广东阳江的87尾红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)和76尾紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)成鱼的矢耳石样本,基于地标点法分析耳石的形态差异,运用判别分析检验耳石形态差异在2种笛鲷的种间和同种不同群体间的判别功效。【结果】位于听沟前中部交叉点的两个地标点10、11贡献较大,解释了耳石形态变异的64.88%～65.85%,表明两种笛鲷耳石形态的种间差异和种内群体差异主要集中于听沟前中部。基于耳石形态的地标点方法对2种笛鲷的种间判别成功率为97.4%和100.0%;红鳍笛鲷和紫红笛鲷的种内不同群体判别成功率分别为85.7%、83.3%、80.0%和94.1%、78.1%、81.5%。【结论】矢耳石地标点法可作为2种笛鲷种间和种内判别的有效工具。     

大口黑鲈抗菌肽hepcidin cDNA序列和结构分析

以大口黑鲈为材料,提取肝脏总RNA,经RT-PCR扩增出hepcidin cDNA的开放阅读框(ORF)及3′端非编码区序列,应用5′RACE方法得到大口黑鲈hepcidin cDNA5′末端。将所获得的两个片段分别克隆到T载体后进行测序,并拼接成大口黑鲈hepcidin全长cDNA。序列分析表明:大口黑鲈hepcidin全长cDNA为564bp,含有一个258bp的ORF,编码86个氨基酸残基,由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分组成hepcidin前体。在前肽部分具有前肽转化酶典型的RX(K/R)R基元,成熟肽部分含有8个保守的半胱氨酸残基,可形成四个链内二硫桥,使β-折叠结构保持稳定。大口黑鲈Hepcidin与其他鱼类的同源性在29.7%~90.5%间,尤其是信号肽区域,与鳜、尼罗罗非鱼、真鲷、花鲈、黑鯛、金眼狼鲈仅有2~3个氨基酸的差别。     

金龟子绿僵菌甘露糖6-磷酸异构酶基因cDNA序列的克隆及分析

通过绿僵菌属甘露糖6-磷酸异构酶基因保守核苷酸区域设计简并性引物,采用RT-PCR及RACE-PCR技术成功克隆了金龟子绿僵菌mpi基因cDNA序列。该基因cDNA序列全长为1 513 bp,开放阅读框长度为1 328 bp,共编码441氨基酸。BLAST分析发现该基因演绎的氨基酸序列与其它真菌同源性较高,蛋白结构分析表明MPI蛋白是较保守的蛋白磷酸酶结构特征,主要由α螺旋和不规则卷曲构成。     

企鹅珍珠贝Sox9基因的克隆及表达分析

【目的】更好地了解企鹅珍珠贝性别转换机制。【方法】RACE-PCR技术克隆企鹅珍珠贝Sox9基因cDNA的全长序列,分析其理化性质和进化地位;荧光定量PCR技术分析Sox9基因在各组织及不同时期性腺中的表达特征。【结果与结论】Sox9基因cDNA序列全长2 267 bp,其中开放阅读框(ORF)为1 410 bp,编码469个氨基酸。氨基酸序列比对显示企鹅珍珠贝Sox9基因与黑蝶真珠蛤(Pinctada margaritifera)和马氏珠母贝(Pinctada fucata)有高度同源性(81%)。Sox9在企鹅珍珠贝各组织中均有表达,在足中表达量最高(P0.05),精巢中其次;Sox9在成熟期精巢检测到最大表达量(P0.05),在发育早期精巢、退化期精巢和成熟期卵巢中表达量较低,其中发育早期卵巢表达量最低(P0.05)。     

溶藻弧菌双组分调控系统PhoR/PhoB的基因克隆及生物信息学分析

双组分调控系统（Two-component Regulatory System）在致病菌的生长及毒力调控中起重要作用.克隆溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）HY9901 株组氨酸激酶PhoR 和反应调控因子PhoB 的全长基因,并对其进行生物信息学分析.序列分析结果显示,phoR（GenBank 登录号：KJ958404）全长1 299 bp,共编码432 个氨基酸;phoB（GenBank 登录号：KJ863646）全长690 bp,编码229 个氨基酸.构建PhoR/PhoB 的系统进化树,结果显示,溶藻弧菌PhoR/PhoB 与副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）、哈氏弧菌（Vibrio harveyi）有较近亲缘关系.利用SWISS-MODEL 软件,对PhoR/PhoB 中两个相对保守的功能域HATPase_c 和REC 进行同源建模,发现HATPase_c具有1 个ATP 结合位点,REC 具有4 个天冬氨酸活性位点.     

马氏珠母贝DNA甲基化转移酶Dnmt1的克隆及表达

【目的】对马氏珠母贝(Pinctada martensii)DNA甲基化转移酶1(DNA methyltransferase 1,Dnmt1)的基因全长及组织表达作分析,探究马氏珠母贝甲基转移酶Dnmt1(PmDnmt1)参与贝壳矿化调控机理。【方法】利用RACE技术获得PmDnmt1的c DNA序列全长,并对PmDnmt1的序列特征进行分析,同时利用逆转录-聚合酶链反应RT-PCR技术检测马氏珠母贝不同组织中PmDnmt1的表达情况。【结果与结论】PmDnmt1基因c DNA长4 818 bp,其中,开放阅读框为4 623 bp,编码1 540个氨基酸。预测分子质量约为174.55 ku、理论等电点为5.89。结构域分析显示,PmDnmt1具有DMAP结合结构域、DNMT1-RFD结构域、锌指结构、BAH结构域和C5胞嘧啶DNA甲基化酶结构域等。多序列比对结果发现,Dnmt1在不同物种间具有较高保守性。实时荧光定量PCR分析显示PmDnmt1在所有检测组织中均有表达,在外套膜中央膜部分的表达量最高(P 0.05)。PmDnmt1可通过调控外套膜的DNA甲基化修饰参与贝壳的形成。     

土杂猪SOCS2基因的克隆、生物信息分析及热应激条件下的表达

热应激诱发的免疫抑制是诸多传染性疫病暴发的重要诱因,细胞因子信号传导抑制因子2(SOCS-2)参与炎性反应及癌变等多种病理过程,可能与热应激猪的炎性因子紊乱和免疫抑制有关。克隆土杂猪(长白猪×本地土猪)SOCS2基因c DNA序列,分析其结构特征,研究其在热应激不同时段肠系膜淋巴结、脾脏、胸腺和小肠黏膜等免疫器官中的表达变化。结果表明,SOCS2基因开放阅读框(ORF)长597 bp,编码一由198个氨基酸组成的前体蛋白。该蛋白分子质量22.25 ku,等电点(p I)8.53,与Gen Bank中登录的普通猪、牛、人和小鼠SOCS2序列同源性分别为99.9%、97.5%、96.0%和94.4%,具有1个中央SH2域(Scr-homology 2)、1个长度可变的N端结构域和1个位于C端包含40个氨基酸残基的保守序列(SOCS盒)。荧光定量PCR结果表明,热应激条件下SOCS2表达量发生明显改变,且呈组织和时间依赖性,在猪脾脏和肠系膜淋巴结中的表达量下调,与对照组差异有统计学意义(P0.01),而小肠中SOCS2 m RNA的表达量上调,热应激6 d时达到峰值,6、9 d时与对照组差异有统计学意义(P0.01)。SOCS2有明显的热应激响应,参与猪的热应激致病过程,是潜在的热应激防控干预靶点。     

金钱鱼Zar1基因克隆及其表达分析

【目的】分析金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢发育过程重要基因——合子阻滞因子1(Zygote arrest 1,Zar1)组织表达及其在卵子成熟和胚胎发育过程中的表达。【方法】克隆金钱鱼Zar1基因,采用反转录-PCR(RT-PCR)检测其在各组织的分布情况,实时荧光定量PCR(q PCR)研究Zar1在不同卵巢发育时期和胚胎发育过程中的表达。【结果】金钱鱼Zar1的开放阅读框(ORF)序列全长为1008bp,编码335个氨基酸。序列分析发现,金钱鱼Zar1在蛋白C末端高度保守,具有非典型的PHD基序(Plant homeo domain)和锌指结构域。金钱鱼Zar1同源性分析发现,它与鲈形目物种相似度最高,其中大黄鱼(Larimichthys crocea)相似性最高,为85.1%。系统进化树分析显示,金钱鱼Zar1与大黄鱼亲缘关系最近,与其分类地位一致。组织分布发现,金钱鱼Zar1仅在卵巢中表达。Zar1在II、III和IV期卵巢表达呈现逐渐递增趋势,其中IV期表达水平显著高于II期卵巢。Zar1在胚胎发育早期表达较高,后期较低,其中在四细胞期表达水平最高,之后逐渐降低。【结论】金钱鱼Zar1在卵巢和胚胎期表达,在金钱鱼卵子发生和胚胎发育阶段发挥重要作用。     

溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统vscP基因的克隆与生物信息学分析

根据NCBI上登录的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列,设计一对克隆溶藻弧菌HY9901株Ⅲ型分泌系统"分子尺"蛋白VscP全长基因的特异性引物,PCR扩增获得基因的全长片段。结果显示,vsc P(Gen Bank登录号FR780678)开放阅读框ORF为1 206 bp,共编码401个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为44.4 ku,等电点为5.72。Signal 4.1 Server和TMHMM Server 2.0预测结果表明,VscP无信号肽与跨膜结构域。Soft Berry-Psite预测结果显示,VscP含有3个N端糖基化位点,2个cAMP及c GMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,9个酪蛋白激酶II磷酸化位点,2个N端豆蔻酰基化位点,1个酰胺化位点和3个微体C末端靶信号位点。运用MEGA6.0构建的VscP系统进化树显示,溶藻弧菌VscP与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)聚为一簇。应用SWISS-MODEL软件构建VscP亚基三维结构模型发现,其与鞭毛Fil K蛋白有相似构型。