红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析

对河豚基因组微卫星分布特征进行研究,在约365Mb基因组序列中共找到49647个微卫星序列,平均每隔7351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20～60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度（2802374bp）占整个基因组的比例为0．77％。两碱基重复类型数目最多,为35339个,占总数的71．30％;其次是四碱基类型,6837个,占13．77％;再次分别是三碱基类型3548个,占7．1496。五碱基类型1856个,占3．73％,六碱基类型1605个,占3．23％,单碱基类型最少,共402个。占0．80％。按降序排列,出现最多的前20个微卫星重复类别为：CA,TG,GT,AC,GA,CT,TC,TA．AG,AT,TCCA,ATCC,TCTG,GATG,ATCT,CATC,TGGA,ATGG,GATA,GAG,占全部微卫星序列的75．21％。在河豚基因组中未发现CC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比,河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性,进行不同基因组的比较研究提供基础。     

红鳍东方鲀精子形态的研究

实验研究红鳍东方精子形态的超微结构：红鳍东方精子分头部和尾部等两部分。头部似炮弹状,无顶体;核内有空隙,空隙中有或无少量电子致密小颗粒;细胞膜与核膜间的原生质有向外鼓起的单个小液泡;中心粒复合体位于植入窝内,由近端中心粒、中心粒间体和基体等组成。袖套位于核后端,内含７～８个环列的线粒体球。尾部近核端部分鞭毛的一侧有小囊泡群聚的囊泡鞘;远核端部分有侧鳍;囊泡鞘和侧鳍与轴丝的中央微管同在“Ｙ”轴上;轴丝为“９＋２”结构。     

温度和饥饿胁迫对红鳍东方鲀幼鱼生长和耗氧率的影响

在水温6,10,14,18和22 ℃条件下,研究饥饿0 d,10 d,20 d,30 d和40 d对体重(181.75±17.21) g,体长(7.84±0.44) cm红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)幼鱼生长和耗氧率的影响.结果显示,10～18 ℃时饥饿对红鳍东方鲀幼鱼的存活无显著影响,经40 d饥饿,实验鱼的存活率为100%;而6 ℃和22 ℃时分别于饥饿32 d和36 d全部死亡.相同水温条件下,随饥饿时间增加,实验鱼的体重损失率增大,肥满度降低,而耗氧率下降.相同饥饿时间,随水温上升,体重损失率增大,肥满度下降,而耗氧率升高.同时,耗氧率昼夜节律显著,07:00和15:00时达到最高峰,而03:00时达到最低值.经方差分析表明,饥饿和水温对实验鱼体重损失率、肥满度和耗氧率的影响均存在显著差异(P<0.05).同时发现,饥饿10～20 d时,耗氧率明显降低,而20～40 d时趋于稳定,实验鱼耗氧率的降低随饥饿时间延长表现出一定的阶段性变化规律.     

源于中国东海的有毒裸甲藻Karlodinium micrum的显微观察和分子鉴定

首次报道了在中国东海海区两个不同水样中获得的有毒裸甲藻赤潮种Karlodinium micrum的显微观察和分子鉴定.两株K.micrum纯系种质是对两次东海海区不同来源的水样(2005年6月东海洞头海区以米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi Hansen)为优势的赤潮水和2006年4月东海渔山海水自然生态保护区的水样)进行选择演替和纯种分离发现的.报道了对两株藻进行光学显微镜和扫描电子显微镜观察结果,以及基于ITS基因测序的分子鉴定结果.显微观察发现,K. micrum为小型单细胞裸甲藻,细胞长略大于宽,平均长宽分别为7.1 μm和5.7 μm,横沟深裂,顶沟明显、直裂.细胞具有一条纵鞭毛和一条横鞭毛,细胞游动迅速.ITS基因测序发现,源于东海的两株K. micrum与GenBank中Karlodinium micrum的相似度为98～99%.系统发生分析显示,该两株K. micrum与 GenBank中Karlodinium micrum归于一类,与其它裸甲藻距离较其与具甲板甲藻的距离近.     

印尼3个地区热泉中可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MSM寡营养培养基从印度尼西亚Pantai cermin,Kalianda和Banyu wedang地区的热泉水样、泥样以及沉积物中根据菌落的形态学特征共分离获得69株细菌,通过菌株的16S rDNA的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析、序列比对和生理生化分析,对其进行鉴定并构建系统发育树.结果表明,分离...     

渤海莱州湾红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)×假睛东方鲀(Takifugu pseudommus)天然杂交种一例

记述了１９９８年５月莱州湾中采得的东方（Ｔａｋｉｆｕｇｕ）标本中的２尾个体,其形态特征介于红鳍东方（Ｔａｋｉｆｕｇｕｒｕｂｒｉｐｅｓ）和假睛东方（Ｔａｋｉｆｕｇｕｐｓｅｕｄｏｍｍｕｓ）之间,经比较分析认定其为该两近缘种的天然杂交种     

印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.     

花鲈低氧诱导因子基因(hifs)的序列分析及低氧诱导表达

低氧诱导因子基因(hifs)是由α和β构成的异源二聚体转录因子,在生物低氧应答中发挥着重要作用。本实验对花鲈4个hifs基因进行了序列分析及组织表达检测,并检测了各基因在低氧诱导后的mRNA表达变化。研究表明,通过全基因组比对、进化树分析和共线性分析,共鉴定出花鲈的4个hifs基因,分别为hif1α、hif2α、hif3α、hif1β。组织表达结果显示,hifs基因具有组织特异性表达特征。低氧((1.56±0.24)mg/L)诱导下,hifs各基因的响应时间和响应程度存在一定差异。肝组织中,低氧胁迫3和6 h后,hif1α、hif2α、hif3α和hif1β表达量均出现了显著升高,表明hifα和hif1β基因可能共同起低氧调控作用;而低氧胁迫12 h后,仅hif1α表达量显著高于对照组,表明hif1α基因在肝组织低氧调控12 h内持续起作用。鳃组织中,低氧胁迫3 h后,hif1α、hif2α、hif3α基因表达量出现了显著升高,而低氧胁迫6 h后,hif3α和hif1β基因表达量显著升高,说明在鳃组织前3h的低氧胁迫中仅hifα基因起调控作用,而6 h后hif3α和hif1β基因共同调控低氧胁迫。常氧恢复阶段肝、鳃组织中各基因表达量均与对照组无显著差异。本研究结果表明,4个hifs基因的组织表达具有特异性,同时对低氧的响应时间和程度不同,研究结果弥补了花鲈hifs基因及低氧应答研究的空白。     

螺旋藻单半乳糖二酰甘油酯脂肪酸分子组成分析

采用硅胶柱层析法，从螺旋藻总脂中分离提取出单半乳糖二酰甘油酯(MGDG)，通过高效液相色谱(HPLC)分离纯化得到7个主要组分。经酶解(Lipase XI,Rhizopus arrhizus)、酯化,通过气相色谱(GC)分析MGDG及7其个主要组分中脂肪酸含量和分子组成。结果表明，MGDG中主要含有16：0，18：3,18：2以及少量20：4和20：5。MGDG中Sn-2位80％多为饱和脂肪酸16：0，Sn-1位57％以上为18：3。根据HPLC分离纯化所得7种主要组分的百分含量和Sn-1和Sn-2位脂肪酸的分析计算可得。MGDG主要脂肪酸分子组成为43．6％(18：3，16：0)，13．9％(16：0,16：0)，9．9％(18：2，16：0)，8．9％(18：3，16：1)。     

龙须菜UDP-葡萄糖焦磷酸化酶基因的克隆及其表达与琼胶产量的关系

对红藻龙须菜(Gracilaria leimanei formis)UDP葡萄糖焦磷酸化酶(UGPase)基因的表达与不同藻株中藻体琼胶产量之间的相关性进行研究.通过PCR扩增的方法得到了龙须菜UGPase的基因序列.该基因cDNA序列的全长为2 200 bp,开放阅读框1 485 bp,编码494个氨基酸;龙须菜UGPase基因的氨基酸序列与其它物种的UGPase氨基酸序列相似性较高;该基因是单拷贝的,缺乏内含子;具有特殊的加尾信号.利用荧光实时定量PCR的方法检测UGPase基因相对表达量.结果表明,该基因的表达与琼胶含量存在显著相关性,即在高琼胶组藻株中的表达量显著高于低琼胶组藻株,对琼胶含量高低具有指示作用,显示了在产业化应用中的潜能.     

龙须菜UDP-葡萄糖焦磷酸化酶基因的克隆及其表达与琼胶产量的关系

对红藻龙须菜(Gracilarialei maneiformis)UDP葡萄糖焦磷酸化酶(UGPase)基因的表达与不同藻株中藻体琼胶产量之间的相关性进行研究。通过PCR扩增的方法得到了龙须菜UGPase的基因序列。该基因cDNA序列的全长为2 200 bp,开放阅读框1 485 bp,编码494个氨基酸;龙须菜UGPase基因的氨基酸序列与其它物种的UGPase氨基酸序列相似性较高;该基因是单拷贝的,缺乏内含子;具有特殊的加尾信号。利用荧光实时定量PCR的方法检测UGPase基因相对表达量。结果表明,该基因的表达与琼胶含量存在显著相关性,即在高琼胶组藻株中的表达量显著高于低琼胶组藻株,对琼胶含量高低具有指示作用,显示了在产业化应用中的潜能。     

淋巴囊肿病毒锌指蛋白基因lcn140的原核表达与结构分析

应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白.为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析.首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coli BL21(DE3)为宿主菌表达目的蛋白;通过生物信息学软件分析,了解其结构与序列特征.结果表明,lcn140基因在原核载体中得到成功表达,表达的his标签融合蛋白主要以包涵体形式存在;在结构和序列方面,lcn140基因编码C3H1型锌指蛋白,其含有4个C3H1锌指结构和4段简单重复序列.该结果为LCDV-cn的发生、发展提供了分子基础.     

大菱鲆趋化因子CCL34基因的鉴定及其响应细菌感染的表达特征

为了研究大菱鲆(Scophthalmus maximus)中趋化因子(Chenokine)的特征及其在大菱鲆免疫过程中发挥的作用,设计了本文中的实验。本实验从大菱鲆基因组和转录组数据库中鉴定了一个硬骨鱼特有的趋化因子CC亚家族成员—CCL34,并选取大菱鲆的8个健康组织以及2种细菌感染后的肠道和皮肤组织,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对其表达特征进行研究。序列分析结果显示该趋化因子全长mRNA包含1个327 bp的5’非编码区(UTR),1个246 bp的3’非编码区,和1个编码103个氨基酸残基长度为312 bp的开放阅读框(ORF)。此CCL34基因含有4个外显子和3个内含子。通过系统发育分析、共线性分析,将该大菱鲆趋化因子命名为CCL34。实时荧光定量PCR表明CCL34在大菱鲆健康组织中普遍表达,尤其在肾脏、肝脏、皮肤中有高水平表达。鳗弧菌(Vibrio anguillarum)和无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)感染后,肠道组织CCL34基因表达量较对照组显著性上调(p<0.05),这表明CCL34可能在大菱鲆的肠道粘膜免疫中起重要作用。本研究为趋化因子家族功能的研究奠定了基础,为增强鱼类免疫力和抗病能力提供了理论依据。     

鳗弧菌膜绑定溶胞壁质转糖酶MltD的表达纯化及生物信息学分析

本研究将新发现的鳗弧菌毒力相关基因mltD(膜绑定溶胞壁质转糖酶基因)克隆于表达载体pET-32a(+),在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并以镍琼脂糖亲和层析柱纯化表达的融合蛋白;经SDS-PAGE分析,纯化的融合蛋白为单一条带,分子量约为70.2 kDa,与理论预测值相符。生物信息学分析表明,鳗弧菌MltD由523个氨基酸组成,与其他弧菌的MltD氨基酸序列有较高的相似性;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;功能区包括N端的信号肽区域、1个糖基转移酶结构域和C端的3个溶解酶结构域;蛋白的N端具有一段脂蛋白信号肽,信号肽外的其他部分为非细胞质蛋白。鳗弧菌MltD蛋白为亲水性;不稳定系数为27.40,属于稳定性蛋白;整个蛋白分子共有24个可能的抗原决定簇,具有较强的抗原性。推断MltD蛋白为1种外周膜脂蛋白,在弧菌中相对保守,抗原性强,可应用于抗弧菌病疫苗的开发研制。     

皮层蛋白和Ap2/3蛋白复合物在文昌鱼原肠期胚胎表达图式的分析

脊椎动物胚胎发育过程中，经卵裂和囊胚期积累了一定数量的细胞后，在原肠期开始出现明显的细胞运动，囊胚表层的细胞通过一个称为组织者(Spemann and Mongald’s organizer)的结构进入胚胎的内部，经过内陷、内卷、汇聚、延伸等一系列细胞运动，按照既定的方向迁移到达目的地，参与构建各个胚层，这一过程称为形态发生运动。形态发生运动是脊椎动物胚胎发育必不可少的重要步骤，在这一过程中，特定的单个细胞或成群细胞的定向迁移，对于三个胚层(外胚层、中胚层、内胚层)，以及由这些胚层所产生的特定组织器官的发育与分化，具有决定性影响 从发育进化角度讲，作为脊椎动物与无脊椎动物过渡类型，一个世纪以来，文昌鱼一直是发育学研究的重要模式生物。其中最重要的发现之一是童第周等做出的关于文昌鱼胚胎调整性的研究(Tung et al.，1958，1960，1965)，他们利用卵裂球的分离和配合实验证明了文昌鱼胚胎在发育过程中具有调整能力，各部分有明显的相互作用。但关于文昌鱼形态发生运动的研究仅限于形态描述(Conkjin，1932; Hirakow et al.，1991)，对于文昌鱼形态发生过程中细胞运动机制依然缺乏深入了解。     

鳗弧菌膜绑定溶胞壁质转糖酶MltD的表达纯化及生物信息学分析

本研究将新发现的鳗弧菌毒力相关基因mltD(膜绑定溶胞壁质转糖酶基因)克隆于表达载体pET-32a(+),在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并以镍琼脂糖亲和层析柱纯化表达的融合蛋白;经SDS-PAGE分析,纯化的融合蛋白为单一条带,分子量约为70.2 kDa,与理论预测值相符.生物信息学分析表明,鳗弧菌MltD由523个氨基酸组成,与其他弧菌的MltD氨基酸序列有较高的相似性;二级结构以a螺旋和无规则卷曲为主;功能区包括N端的信号肽区域、1个糖基转移酶结构域和C端的3个溶解酶结构域;蛋白的N端具有一段脂蛋白信号肽,信号肽外的其他部分为非细胞质蛋白.鳗弧菌MltD蛋白为亲水性;不稳定系数为27.40,属于稳定性蛋白;整个蛋白分子共有24个可能的抗原决定簇,具有较强的抗原性.推断MltD蛋白为1种外周膜脂蛋白,在弧菌中相对保守,抗原性强,可应用于抗弧菌病疫苗的开发研制.     

雄性半滑舌鳎雄激素受体基因的克隆与表达分析

利用RT-PCR方法从半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)中克隆了雄激素受体(Androgen receptor,AR)基因cDNA的部分序列(434 bp),经BLAST比对与狼鲈(Dicentrarchus labrax)、花溪(Kryptolebias marmoratus)、三斑海猪鱼(Halichoeres trimaculatus)和三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的雄激素受体同源性分别为84%,82%,82%和81%.组织表达分析表明,AR基因在半滑舌鳎的性腺、肝、胃、脾、肾、头肾、肠、鳃、心、脑和肌肉这11种组织中均有表达,表达量有所差异.肾中表达量最丰富,鳃中最少.根据其他硬骨鱼类表达模式,推测半滑舌鳎可能只含有1种AR.     

花鲈三种甲状腺激素受体(TRs)基因克隆及表达分析

甲状腺激素受体(TR)介导甲状腺激素发挥生理作用,调控机体生长、发育及代谢。本文采用RACE技术克隆花鲈(Lateolabrax maculatus)甲状腺激素受体TRαA、TRαB和TRβ的cDNA全长序列,并进行表达分析。结果表明,花鲈TRαAcDNA全长序列1851bp,编码416个氨基酸;TRαBcDNA全长序列2370bp,编码409个氨基酸;TRβcDNA全长序列3343bp,编码395个氨基酸。与TRαB和TRβ相比,各组织中TRαA表达量明显较低。TRαA主要在肝脏、脑、心脏中表达。TRαB在垂体中表达量最高,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏等。TRβ在脑中表达量最高,垂体表达量次之。TRαB和TRβ在垂体和脑中普遍表达较高。花鲈TRαB与TRβ可能共同参与TH对TSH的负反馈调控过程。TRαB可能在TH对心脏的调控作用中发挥重要作用。     

大菱鲆免疫球蛋白轻链IgL全长cDNA的分离、鉴定及表达分析

实验采用末端快速扩增(RACE)技术从大菱鲆脾脏cDNA文库中筛选得到了免疫球蛋白轻链IgL的全长cD-NA片段。该序列包含47 bp的5′末端非编码区(5′UTR),738 bp的开放阅读框(ORF)和202 bp 3′UTR,整个开放阅读框编码246个氨基酸。系统发生分析表明大菱鲆IgL基因与五条鰤的IgL基因起源关系最近。RT-PCR分析表明,大菱鲆IgL基因只在正常脾脏、肾脏和头肾组织中表达;IgL在大菱鲆胚胎发育细胞期就已开始表达,在大菱鲆胚胎尾芽期和体节期表达持续增强;在鳗弧菌感染大菱鲆脾脏和头肾早期均检测到IgL基因强烈表达,后期表达逐渐减弱;大菱鲆胚胎细胞(TEC)在用鳗弧菌感染48h后,IgL开始表达。这些结果均表明IgL基因在大菱鲆免疫应答中起着重要作用。     

花鲈类胰岛素生长因子-1基因的全长cDNA分离与表达分析

采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增法(RACE)获得花鲈(Lateolabrax japonicus)类胰岛素生长因子-1(IGF-1)的cDNA全长序列,利用荧光实时定量PCR技术研究了花鲈IGF-1mRNA在成鱼各组织中的表达特征。结果显示,花鲈IGF-1cDNA全长序列为873bp,编码区序列为555bp,编码186个氨基酸,推测成熟氨基酸分为6个结构域,分别是信号肽区域,A、B、C、A、D区域和E肽。花鲈IGF-1氨基酸序列与其他海水鱼类的IGF-1相似度较高,与淡水鱼类相似度较低,与高等脊椎动物相似度更低,说明海水鱼类的IGF-1在进化过程中发生了较大的变化。组织表达分析显示,花鲈IGF-1mRNA在肝脏中表达量最高,在肠、盲肠、肌肉、脾脏中次之;在鳃、垂体、性腺、胃、肾脏、脑、头肾、心脏中表达量较低。本文为鱼类IGF基因功能研究奠定基础,为花鲈生长调控提供科学依据。