南海赤潮有毒甲藻链状-塔马亚历山大藻的分子鉴定

以核糖体rDNAITS为分子指标,采用RFLP及序列分析方法对南海海域Alexandrium catenella和Alexandrium tamarense进行分析和鉴定,并通过与日本海域不同海区A.tenella和A.tamarense的比较,得出A.catenella或A.tamarense的不同地理株的种内个体间ITS区序列非常相似,而种间序列则有显着差异,表明了ITS区用于不同海区A.catenella和A.tamarense种间鉴定是一个较稳定的指标.可看出,ITS区的研究从一个新的角度为海洋微藻种的界定提供了很好的依据.     

利用ITS-5.8S rDNA序列对2株海洋亚历山大藻进行的分子鉴定

扩增2株分离自青岛胶州湾、从形态上初步确定为亚历山大藻属(Alexandrium sp. qd2, Alexandrium sp. qd3)的5.8S 核糖体基因(5.8S rDNA), 转录单元内间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS) 序列、部分18S rDNA和28S rDNA序列.通过blastn比对、系统进化树以及遗传距离分析将A.sp.qd2和A.sp.qd3鉴定为A.catenella,且属于A.catenella 的不同株型.     

东海藻华高发区塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)的形态、分子及分布特征

本文对分离自我国东海藻华高发区的亚历山大藻进行了详细的形态特征描述和分子系统进化分析,通过运用光学显微镜、荧光显微镜、扫描电镜和分子生物学方法,确定该藻株为塔玛亚历山大藻Alexarium tamarense(Lebour)Balech,并对其ITS序列进行了系统进化分析。该藻体长21—35μm,体宽20—33μm,ITS序列长度为592bp,系统发育树中与中国东海、南海两株A.tamarense以及一株代表"亚洲温带"基因型的A.catenella聚合在一起,支持率为100%,形态特征与A.tamarense基本一致,核糖体基因型则为塔玛复合种"亚洲温带"基因型。通过现场观测,研究浙南至闽北东海藻华高发区的塔玛亚历山大藻分布变化特点,在东海原甲藻藻华消散期,塔玛亚历山大藻逆势而上,其细胞密度达到1.7×104cell/L,并逐渐向沿岸靠近,这与季风转向,台湾暖流入侵及水体层化密切相关。     

北黄海中部及四十里湾海域甲藻孢囊种类多样性研究

从2008年至2011年,采集了北黄海和烟台四十里湾海域共49个站点的表层沉积物的样品,并对沉积物中的甲藻孢囊进行鉴定。研究发现41种孢囊,隶属于16属：其中,原多甲藻（Protoperidinium?sp.）孢囊Brigantedinium?aymmetricum?Matsuoka为中国海域新记录种。塔马/链状亚历山大藻Alexandrium?tamarense?/?catenella、微小/相似亚历山大藻Alexandrium?minutum?/?affine、网状原角管藻Protoceratium?reticulatum和膝沟藻Gonyaulax?spp.的孢囊是北黄海中部海域孢囊优势种;膝沟藻Gonyaulax?sp.（Spiniferites?bentori?var.?truncata）、具刺膝沟藻Gonyaulax?spinifera（Spiniferites?hyperacanthus）和网状原角管藻P.?reticulatum的孢囊在烟台四十里湾占优势。另外,研究中还发现三种产虾夷扇贝毒素（YTX）甲藻（具刺膝沟藻G.?spinifera、多边舌甲藻Lingulodinium?polyedra和网状原角管藻P.?reticulatum）的孢囊,在芝罘岛到北黄海中部海域都有较高丰度的分布,另三种产麻痹性贝类毒素（PSP）甲藻（塔马/链状亚历山大藻A.?tamarense?/?catenella、微小/相似亚历山大藻A.?minutum?/?affine和链状裸甲藻Gymnodinium?catenatum）的孢囊,在北黄海中部丰度很高。因此,应加强这些海域的甲藻孢囊监测和研究,预防有毒甲藻赤潮的爆发。最后,通过对比分析北黄海中部及烟台四十里湾这两个海域甲藻孢囊分布特征和环境特征的差异,进一步证明了人类活动对近岸海洋生态环境的影响。     

基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。     

福建东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的分子系统分类和遗传多样性研究

本研究利用核糖体大亚基5'端序列PCR-RFLP以及转录单元内间隔区(Internal TranlsclqIbed Sppacer,rrS)序列分析相结合的方法,首次对福建东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻进行了分子系统分类和遗传多样性研究.PCR-RFLP分析发现东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C系群共生藻,而ITS序列的序列分析结果表明东山岛附近海域3种优势种类造礁石珊瑚共生藻都属于C1亚系群.研究结果表明ITS序列进化速度快,适合于造礁石珊瑚共生藻属亚系群水平的鉴定.而东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻的多样性低,暗示东山岛附近海域造礁石珊瑚共生藻共生系统面对外界环境压力的适应能力较低.     

绿潮爆发后青岛海域石莼属绿藻的多样性分析

绿潮爆发后在青岛沿海潮间带采集了12株石莼属绿藻,形态学结合分子生物学手段对这些绿藻进行多样性鉴定。经过PCR扩增获得了12株藻的核糖体转录间隔区(ITS)序列以及完整的5.8SrDNA序列。经过序列分析发现,不同藻株的ITS区域在序列长度上存在差异;G+C含量也存在差异,但是都处于较高的水平,最高的接近72%。ITS区域多序列比对结果及系统发育分析显示这些藻株存在种的多样性,而且由分子鉴定得出的多样性与形态上呈现的多样性并不完全一致。本研究结果显示在青岛海域绿潮爆发后石莼藻类仍然存在较好的多样性。     

中国沿海亚历山大藻(Alexandrium)核糖体rDNA部分序列分析及该藻属分子系统进化研究

分析了几株自南海及东海分离的亚历山大藻的rDNA部分序列信息,其中包括核糖体大亚基(LSU)rDNA的5′端D1-D2区序列,以及5.8SrDNA和ITS区序列;同时也对实验室保种的部分来自其它国家和地区的亚历山大藻相关序列进行了测序和分析,并以此作为序列分析中的参考。采用ClustalX及MEGA2软件对所得到的序列信息进行了综合分析与对比。结果表明,分离自南海的塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)和分离自东海的链状亚历山大藻(A.catenella),即便是在ITS区和LSUrDNA等高变区,其序列信息也完全一致。与基因库中搜索到的其它亚历山大藻rDNA序列信息相比较,中国沿海的塔玛/链状亚历山大藻序列更接近于塔玛复合种的“亚洲温带”基因型。对于分离自南海的另外两株未定种的亚历山大藻,通过对比序列信息,发现它们与相关亚历山大藻(A.affine)非常接近。分离于我国台湾地区的微小亚历山大藻(A.minutum)在序列上与分离自新西兰的藻株相似,而与分离自欧洲的微小亚历山大藻藻株相差较大。中国沿海亚历山大藻rDNA序列信息的获得为针对有毒藻种设计特异性核酸探针,发展灵敏快速的生物检测技术奠定了基础。     

长江口甲藻孢囊的初步研究

休眠孢囊在甲藻生活史中扮演着重要的角色 ,它们可以在沉积物中保留很长一段时间 ,因此能够提供水体中浮游植物多样性的综合记录。作者选择了长江口孢囊种类最多的一个站位 ( 1 2 2° 30 .64′E ,2 9° 0 .0 1′N) ,在 2 0 0 2年 1 1月、2 0 0 3年 2月和 5月采集了 3次样品 ,首次通过萌发试验对长江口沉积物中的甲藻孢囊进行了研究 ,根据孢囊和藻类的形态学特征鉴定了其中的 2 8种。这 2 8种孢囊均出现在 2 0 0 2年 1 1月的样品中 ,2 0 0 3年 2月和 5月的样品中分别发现了 5种和 1 7种。 9种甲藻孢囊在中国沿海首次被记录 ,它们是Alexandriumsp .,Scrippsiellaramonii,S .sp .1 ,Protoperidiniumsp .1 ,P .sp .2 ,P .sp .3,Diplopsalopsisorbicu laris,Diplopsalislebourae,Gyrodiniumsp .,并发现了A .tamarense,A .catenella和Lingulo diniumpolyedra等 3种有毒甲藻的孢囊。Protoperidiniumspp .中除了P .americanum萌发孔都是六角形的 ,而作者记录的P .sp .3萌发孔是裂开状 ,是一个特殊的现象。S .trochoidea和A .tamarense是研究站位的优势种 ,在 2 0 0 2年 1 1月的样品中分别占到 2 9.5 %和 1 1 .4%。长江口A .tamarense孢囊的丰度由于萌发可能被低估。孢囊的密度与其它海区相比较大 ,部分反映了该     

深圳杨梅坑海域造礁石珊瑚共生藻分类和遗传多样性研究

通过核糖体ITS(Internal Transcribed Spacer)的核苷酸序列研究了深圳杨梅坑海域20种47个造礁石珊瑚样本的共生藻。通过ITS序列分析,与GenBank上的4种不同的共生藻构建Neighbor-Joining聚类树,进行石珊瑚共生藻分类和遗传多样性分析。结果表明,该海域的造礁石珊瑚共生藻属于2种不同的种类(亚系群),19个样品属于C1亚系群共生藻,1个样品属于C15亚系群共生藻,C1和C15两个亚系群共生藻之间的遗传距离为0. 01。将深圳杨梅坑海域得到的ITS序列与NCBI数据库上的福建东山海域、广东徐闻地区的C1系共生藻进行比对,只有深圳杨梅坑海域藻类样本平均(A+T)碱基含量为49. 4%,(A+T)含量小于(G+C)含量。构建Neighbor-Joining聚类树表明,深圳杨梅坑海域石珊瑚共生藻与福建东山海域的亲缘关系较近,而与广东徐闻地区的亲缘关系较远,地理隔离是主要的因素。     

大鹏湾几种赤潮甲藻的分类学研究

对采自深圳大鹏湾的５种赤潮甲藻进行了分类学研究。其中海洋原甲藻属ｐｒｏ－ｒｏｃｅｎｔｒｕｍ２种：Ｐ．ｍｉｃａｎｓ Ｅｈｒｅｎｂｅｒｇ，Ｐ．ｍｉｎｉｍｕｍ（Ｐａｖｉｌｌａｒｄ）Ｓｃｈｉｌｌｅｒ；亚历山大属Ａｌｅｘａｎｄｒｉｕｍ２种：Ａｔａｍａｒｅｎｓｅ（Ｌｅｂｏｕｒ）Ｂａｌｅｃｈ，Ａ．ｃａｔｅｎｅｌｌａ（Ｗｈｅｄｏｎ＆Ｋｏｆｏｉｄ）Ｂａ－ｌｅｃｈ；施克里普藻属Ｓｃｒｉｐｐｓｉｅｌｌａ１种：Ｓ．ｔｒｏ     

北黄海表层沉积物中甲藻孢囊的分布特征

2009年和2010年采集北黄海15个站位的表层沉积物样品进行甲藻孢囊分析,共鉴定出甲藻孢囊28种(隶属13个属)和2种未定种,优势种为膝沟藻(Gonyaulax spp.)、塔马/链状亚历山大藻(Alexandriumcatenella/tamarense)和微小/相似亚历山大藻(Alexandrium minutu...     

Toxic effect of dinoflagellate Alexandrium species on Cladocera Moina mongolica Daday

The main objective of this study was to investigate toxic effects of the dinoflagellate Alexandrium species,on cladocera Moina mongolica in the laboratory.Ten strains of Alexandrium species,including Alexandrium tamarense(AT-6,ATHK,ATCI02,ATCI03 and AT5-1),A.catenella(ACDH),A.affine(AC-1 and AS-1),A.lusitanicum and A.minutum were tested.The results showed that A.tamarense(ATHK,ATCI02 and AT5-1) and A.affine(AC-1 and AS-1),but not A.tamarense(AT-6 and ATCI02),A.catenella(ACDH),A.lusitanicum and A.minutum had significantly negative effects on the survival of M.mongolica;when exposed to these ten strains of Alexandrium species in densities of 3 000 cells/cm 3 for 7 d,respecyively.M.mongolica could feed on A.tamarense(AT-6,ATHK,ATCI02,ATCI03 and AT5-1),A.catenella,A.lusitanicum and A.minutum,but exhibited little or no grazing on A.affine(AC-1 and AS-1),based on the changes in gut pigment after exposure to alga for 1 and 12 h.A.affine AC-1,which had the strongest toxicity on the survival of M.mongolica,was chosen to further study the negative effects on M.mongolica.The results showed that the effect of A.affine AC-1 on the survival of M.mongolica was density-dependent,and its lethal effects on one-day,two-day and three-day old M.mongolica were exacerbated with increasing age;The whole algal culture,re-suspended algal cells,cell fragments and cell contents all had adverse impacts on the survival of M.mongolica.Moreover,both juvenile numbers and life-span time of M.mongolica were decreased significantly when they were cultured in A.affine AC-1 of 10 and 50 cells/cm 3 ,combined with 3 × 10 6 cells/cm 3 of Chlorella spp.,respectively.As a non-PSP producer,A.affine may produce other toxins,responsible for the strong negative effects on M.mongolica.     

一株溶藻细菌（Pseudoalteromonas sp．）的分离鉴定及溶藻活性初探

从海南洋浦港沉积物中分离到一株具有较强溶藻活性的细菌(编号Z3).通过对该菌株进行形态和生理测试以及16SrDNA序列分析,初步鉴定此菌为交替假单胞菌(Pseudoalteromonas sp.).该菌对链状亚历山大藻(Alexan-drium catenella)和塔马亚历山大藻(Alexandrium tamarense)有溶藻活性,对锥状斯氏藻(Scrippsiella trochoidea)和中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的生长无影响,表明菌株Z3溶藻活性具有种属特异性.通过该菌的菌体悬浮液和除去菌体滤液对链状亚历山大藻实验表明,此菌株具既有直接溶藻作用又有间接溶藻活性.     

南海有毒塔玛亚历山大藻的分子地理标记分析

采用聚合酶链扩增反应（ＰＣＲ）和限制性片段长度多态性分析（ＲＦＬＰ）方法,对１９９２年５月和１９９４年１２月采自中国南海大鹏湾,大亚湾,香港海域的赤潮有毒甲藻塔玛亚历山大藻８个不同地理株的核糖体小亚基ＲＮＡ基因（Ｓｓ－ｒＤＮＡ）进行分析,并与北美,西欧等地的比较。结果表明,中国南海的塔玛业历山大藻缺少Ｂ基因,这与北美等地的塔玛亚历山大藻（包括有毒和无毒株）不同,而与西欧,澳洲等地的有毒和无毒株相似     

南海赤潮亚历山大藻的分子鉴定及"塔玛复合种"的分子系统发生分析

利用SSu rDNA和ITS分子指标,结合GenBank和其他文献中的基因序列构建了系统树,对一株分离自我国南海的亚历山大藻"塔玛复合种"NH01进行了鉴定,发现SSU rDNA和ITS序列构建的系统树中,不同地理基因型的"塔玛复合种"均构成独立分支.与我国沿海所有的"塔玛复合种"一致,NH01也属于"亚洲温带"型.探...     

我国近海有毒藻和藻毒素问题的研究现状与展望

海洋中的一部分微藻能够产生藻毒素,导致鱼、贝类等养殖动物染毒或死亡,甚至危及人类健康和海洋生态安全。近20年来,随着对有害藻华(Harmful algal bloom, HAB)问题关注程度的不断提高和研究手段的快速发展,对我国近海有毒藻和藻毒素的认识也在不断深入。本文针对常见的几类藻毒素,从贝类中藻毒素污染状况、毒素来源、有毒藻藻华状况等角度,对我国当前相关研究工作进展进行了综述。大量研究表明,麻痹性贝毒毒素(paralytic shellfish toxins, PSTs)和腹泻性贝毒毒素(diarrhetic shellfish toxins, DSTs)在我国近海最为常见,其中,麻痹性贝毒主要由有毒亚历山大藻(Alexandrium spp.)产生,产毒藻种常见于南海海湾、福建沿海、长江口邻近海域、海州湾、北黄海和秦皇岛近海等,中毒事件也时有发生。常见的大田软海绵酸、扇贝毒素等腹泻性贝毒毒素多由鳍藻(Dinophysis spp.)产生,我国近海贝类沾染藻毒素的现象也非常常见。近年来,随着高效液相色谱和质谱技术的发展,在我国近海发现了越来越多的有毒藻和藻毒素。在对文献进行综合分析的基础上,简单探讨了有毒藻与藻毒素对海产品食品安全的影响及风险,以及未来研究发展方向。     

三株赤潮硅藻5.8S rDNA及转录间隔区(ITS)的克隆及序列分析

对引发赤潮的3株硅藻——1株尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzshia pungens)和2株中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的5.8SrDNA和ITS(internal transcribed spacers)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定,并分析了硅藻门10株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系.研究结果表明,尖刺拟菱形藻的ITS和5.8SrDNA的长度为693bp,SK-1(分离自东海赤潮暴发区)测序得到715bp,除ITS和5.8SrDNA外,还包含部分18SrDNA和28SrDNA;SK-2(分离自青岛养殖场)的ITS和5.8SrDNA的长度为331bp,尖刺拟菱形藻与从GenBank中获得的2株尖刺拟菱形藻相似程度最高,为100%,与该属的多列拟菱形藻相似程度稍低,为82.9%.SK-2的ITS序列与SK-1的相似程度很低,只有51%,但与拟中肋骨条藻的ITS序列相似程度高,为95.5%.SK-1的ITS序列与拟中肋骨条藻的相似程度也低,为56.7%.系统进化树反映的结果与相似性反映的结果一致.研究的该株尖刺拟菱形藻从根据ITS序列研究的结果与形态鉴定的结果看是一致的;SK-2可能属于拟中肋骨条藻;SK-1比较特殊,有待于用其他的方法进一步研究确定其分类地位.     

几株原甲藻核糖体大亚基RNA基因的部分克隆及序列分析

对7株赤潮原甲藻28S rDNA 5'端部分序列进行扩增、克隆和序列测定,并从GeneBank上获取14个原甲藻28S rDNA序列,用NJ法和ME法构建了原甲藻属的系统树,并对序列进行分析.结果表明,7株原甲藻28S rDNA扩增序列长度为950~958 bp,通过NJ法和ME法构建的系统树完全一致.大部分分离自不同海域的同种原甲藻的序列高度保守,而不同种间在序列高变区却有较大的差异.但来自南海海域的海洋原甲藻(Prorocentrum micans)与分离自其他海域的株系序列差异较大,甚至超出了有些种间的差异.由28S rDNA高变区获得的序列,有望成为浮游植物特异性分子探针设计的良好靶区域.