红树植物拟海桑及其亲本的根际细菌群落特征分析

植物根际微生物群落能够从亲本传递给子代, 从而影响植物的表型。野外调查发现, 海桑属(Sonneratia)红树植物自然杂交杂种拟海桑在野外通常比亲本生长更为强壮, 表现出极强的生存优势。为探究这一现象的原因, 本研究从根际微生物角度出发, 利用细菌16S rRNA基因高通量测序技术, 对采自海南省东寨港的三种红树植物拟海桑(S. × gulngai)及其亲本海桑(S. caseolaris)和杯萼海桑(S. alba)的根际土壤进行根际细菌群落特征分析。结果表明, 三种红树植物根际细菌群落多样性高, 种类丰富, 分属于30门242科351属, 其中变形菌门(Proteobacteria)为最优势门, 在各个样本中丰度超过40%, 子代拟海桑继承亲本的根际微生物多数都属于这一类群。研究发现, 子代拟海桑与两亲本的根际细菌类群组成在门水平存在显著差异, 其中酸杆菌门(Acidobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)在子代拟海桑中丰度分别为4.3%和6.5%, 显著高于亲本1%~2%的含量; 在亲本杯萼海桑中, 丰度高达19.8%的栖热菌门(Thermi)在子代中丰度仅有1%, 而热袍菌门(Thermotogae)(5%)甚至消失。总之, 子代拟海桑与亲本杯萼海桑的根际微生物群落组成相对于亲本海桑表现出更大的差异性。土壤理化性质分析发现, 子代拟海桑的土壤全氮(total nitrogen, TN)含量显著低于亲本, 含量相差3倍以上, 相关性分析表明, TN浓度与菌群中的浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)丰度显著负相关。通过功能预测分析发现, 子代拟海桑微生物群落中与基础代谢相关的碳水化合物、氨基酸、能量以及脂质代谢相关的功能基因丰度显著都高于亲本, 表现出代谢能力的增强。本研究认为, 子代拟海桑对亲本的根际土壤微生物进行了选择性继承, 菌群组成更为合理, 在保持菌群高度多样性的同时, 一些根际促生菌的含量增加, 使菌群基础代谢能力增加, 更有利于子代拟海桑的生长。     

白骨壤铜锌超氧化物歧化酶基因片段的克隆与序列分析

以红树植物白骨壤(Avicennia marina)基因组DNA为模板，根据超氧化物歧化酶基因保守序列设计特异引物进行PCR扩增，得到特异基因片段。回收该基因片段，与pMD18-T载体连接,并转化到感受态大肠杆菌ER2566细胞，获得铜锌超氧化物歧化酶基因片段的克隆。序列分析表明白骨壤铜锌超氧化物歧化酶基因片段含4个外显子和3个内含子，编码78个氨基酸,与水稻、玉米、红薯和白杨相应氨基酸序列的同源性分别为83．3％，84．6％，84．6％和87．2％。     

稀杯盔形珊瑚钙网蛋白基因的克隆及功能分析

钙网蛋白（calreticulin,CRT）是高度保守的内质网钙结合蛋白和分子伴侣,主要参与调节钙离子水平和指导蛋白质正确折叠。在这里,我们克隆稀杯盔形珊瑚（Galaxea astreata）的CRT基因,命名为Gacrt,并分析其促进细菌凝集的能力。Gacrt全长1792bp,其中5’端非翻译区(5''UTR)为77 bp,3’端非翻译区(3''UTR)为380bp,开放阅读框(ORF)1335bp,编码444个氨基酸残基,包含信号肽结构域、内质网检索信号序列（KDEL）、两条保守的钙网蛋白家族结构和一组三重复序列。通过构建原核表达系统得到CRT重组蛋白,纯化后的重组蛋白可以促进革兰氏阳性菌藤黄微球菌和革兰氏阴性菌大肠杆菌凝集,具有细菌凝集活性,支持GaCRT作为免疫相关分子参与机体对细菌防御的观点。     

企鹅珍珠贝热休克蛋白70基因的克隆与序列比较分析

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列.cDNA全长2 308 bp,3'非编码区域(UTR)为234 bp,5'UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论等电点为5.24,有2个糖基化位点:NKSI和NVSA,并含有HSP70家族的3个签名序列:IDLGTTYS,DLGGGTFD和IVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端的保守序列EEVD.结合BLAST分析的结果,可以确认获得的cDNA序列为企鹅珍珠贝HSP70的编码序列.与合浦珠母贝Pinctada fucata hsp70的氨基酸序列相比,企鹅珍珠贝多1个糖基化位点NVSA,少1个氨基酸,包括1个氨基酸插入和2个缺失.两者的氨基酸序列一致性高达92%,突变位点52个;两者的核苷酸序列一致性高达79%,突变位点416个.系统发育分析表明两者的亲缘关系最近,与传统分类相符,然后与太平洋牡蛎等聚合在一起.该基因的克隆和比较分析为进一步深入研究珍珠贝类的抗逆机理、抗性育种及其进化具有重要意义.     

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)蛋白二硫键异构酶基因的分子克隆与表达分析

蛋白二硫键异构酶(PDI)是内质网中的关键酶, 参与蛋白合成过程中二硫键的形成、还原和异构。本文首次从拟穴青蟹(Scylla paramamosain)克隆获得了PDI基因cDNA全长, 该序列长度为2015bp, 开放阅读框为1452bp, 编码483个氨基酸。荧光定量PCR检测发现PDI存在于拟穴青蟹的多个组织中; 在拟穴青蟹卵巢发育过程中, PDI基因的表达量在前4个时期逐渐上升, 到了第5期(成熟期)表达量则下降, 表明PDI参与了卵巢发育的蛋白合成过程。免疫组化表明, 拟穴青蟹卵母细胞存在PDI阳性反应, 进一步为该分子参与卵巢发育提供了形态学证据。     

黑鲷DMRT1基因cDNA片段的克隆和序列分析

根据其他鱼类DMRT1基因中的保守序列设计了一对简并引物 ,利用反转录 多聚酶链式反应 (RT PCR)的方法克隆了黑鲷 (Acanthopagrusschlegeli)DMRT1基因cDNA的一个片段 .该片段长 13 8bp ,推导的氨基酸序列由 45个氨基酸残基组成 .同源性分析表明 ,该cDNA片段与其他鱼类DMRT1基因序列具有较高的同源性     

藻红蛋白基因部分序列的克隆和顺序分析

报道了真核红藻—龙须菜的藻红蛋白亚基基因的部分序列,位于β亚基的近碳端、α亚基的近氮端,包括β亚基部分３０９个核苷酸,α亚基部分１６２个核苷酸,还有间隔部分５５个核苷酸,可编码β近碳端的１０２个氨基酸和α近氮端的５４个氨基酸,并与目前已知的相应序列做了比较。该序列与已知红藻ＰＥ亚基基因相应部分的相似性为７７．９％到８１．１％。对应的氨基酸序列的相似性为７９．５％到８６．５％,蛋白质序列的保守性高于核苷酸序列。     

真蛸FAXDC2基因的克隆及其表达分析

FAXDC2(fatty acid hydroxylase domain-containing protein 2)是脂肪酸羟化酶家族中的成员,在脂肪酸的合成与代谢中发挥重要功能。真蛸(Octopus vulgaris)是中国南方近海的经济种类,为了研究饥饿对真蛸FAXDC2(OvFAXDC2)基因表达的影响,本研究从课题组真蛸转录组数据库中筛选获得OvFAXDC2基因序列。采用从头至趾方法进行验证,最终获得OvFAXDC2的cDNA全长序列共1384 bp。它包含100 bp的5′非编码区(UTR)、228 bp的3′UTR和1056 bp的开放阅读框(ORF), ORF共编码351个氨基酸,预测其分子量为3.98 kDa,理论等电点为8.93。系统进化树分析显示,真蛸和加州双斑蛸(O. bimaculoides)聚为一支,而与其他无脊椎动物分开。实时荧光定量PCR分析表明, OvFAXDC2在消化腺中表达量最高,在鳃和鳃心中次之。在幼体饥饿试验中,随着时间的推移, OvFAXDC2表达量先升后降,在第三天达到最高,表明OvFAXDC2表达量的变化趋势可作为幼体代谢是否正常的一个指标。     

口虾蛄高血糖激素基因全长cDNA的克隆及表达分析

本文首次采用RACE技术获得口虾蛄(Oratosquilla oratoria)眼柄部高血糖激素(crustacean hyperglycemic hormone,CHH)基因cDNA全长序列,共2 421 bp,5'UTR长度为180 bp,3'UTR 为1 821 bp,开放阅读框(ORF)长420 bp,编码139个氨基酸。预测蛋白二级结构α-螺旋23.74%,延伸链占23.02%,无规则卷曲占53.24%,预测分子量为15.47 kD,等电点(pI)为7.049。CHH成熟肽包含6个CHH家族中位置保守的Cys残基,C端为GK,推断为ES型CHH基因。聚类分析表明:口虾蛄CHH和十足目CHH聚为同一个分支的两亚群,具有较近的亲缘关系。荧光定量PCR分析结果表明,CHH基因在肠中表达量最高,在眼柄、触角中有较高的表达量,在肌肉中表达量相对较低,在卵巢中表达最低,而在精巢中不表达。     

栉孔扇贝骨形态发生蛋白Ⅰ型受体基因的克隆及表达分析

首次在栉孔扇贝(Chlamys farreri)中克隆了骨形态发生蛋白I型受体(Bone morphogenetic protein type Ⅰ receptor,cfBMPR1)基因cDNA全长序列,该基因开放阅读框长1560bp,编码为519个氨基酸。实时荧光定量反转录PCR(real-time qRT-PCR)分析结果显示,cfBMPR1基因在栉孔扇贝受精卵、4细胞期、囊胚、原肠胚、担轮幼虫期、D型幼虫期和壳顶幼虫期等发育时期均有表达,其中胚胎时期表达量高于幼虫期,提示该基因在扇贝早期发育及幼虫形态形成过程中的重要作用;在成体组织,包括外套膜、鳃、性腺、肾、横纹肌和消化腺中也均检测到了cfBMPR1的表达,其中以性腺和横纹肌中表达量最高,暗示其参与了扇贝包括繁殖和肌肉生长发育等在内的多种生物学过程。研究结果为进一步研究TGF-β信号通路在扇贝生长发育中的功能提供了基础数据。     

Cloning and Structural Analysis of Calmodulin Gene from the Mangrove Plant Sonneratia Paracaseolaris

Calmodulin is a calcium binding protein that modulates the activity of diverse groups of protein including some protein kinase, adenylate cyclases and ATPase. Here we use the total DNA of Sonneratiaparacaseolaris as the template ofthe polymerase chain reaction (PCR). The PCR primers have been designed and synthesized according to the 5-and 3-terminal oligonucleotide sequences of Calmodulin gene of plants in Genbank and ligated with cloning vector pBsk( ).The recombinant clones have been obtained from the selected medium. The results of DNA sequences analysis show that the nucleotide sequences of ORF share more than 85% homologies as compared with those ofcalmodulin genes of several other plants. Similar to rice and apple, the ORF is interrupted by an intron behind the 75th nucleotide.     

红树植物无瓣海桑中重金属元素的分布与富集特征

通过测定江门市新会区银湖湾红树林沉积物及红树植物无瓣海桑中不同部位重金属元素的质量浓度,分析其在沉积物及植株内部的富集和转移能力。结果表明：研究区域的红树林沉积物易于富集铅、铜、镉、铬、锌、砷等重金属元素,已 受到重金属元素污染。无瓣海桑对重金属元素有一定的耐性,细根作为植株吸收水分和养分的主要器官,能大量富集重金属元素,凯氏带限制了非必需重金属元素在植株内部的运输;枝、叶生长初期和生殖器官形成时能加大对必需元素的选择性吸收。无瓣海桑主根迁移不同重金属元素至主茎的能力存在差异,材部的综合转移能力高于皮部。无瓣海桑不符合超富集植物的概念,但其生长优势明显且对各种重金属元素都有一定程度的耐性,可用于构建红树林人工湿地重金属污水处理系统。     

碱煮法:一种制备海洋浮游生物PCR模板DNA的实用方法

介绍了一种制备海洋浮游生物PCR模板DNA的方法——碱煮法。取少量海水样品(40μL)．直接经0．25mol／L艺机NaOH和99℃温育处理裂解细胞,从而得到环境样品总DNA。实验证明,该方法制备的模板DNA可用于细菌核糖体RNA、浮游植物叶绿体rbcL和浮游动物线粒体COI等基因的PCR扩增。但是,在使用通用引物扩增细菌基因时,假阳性很难避免。该法制备的模板DNA适用于扩增非细菌基因或者特异引物界定的细菌基因。该方法较传统制备方法快速、简便,样品需要量减少,适用于浮游生物分子遗传多样性研究。     

聚合酶链反应(PCR)检测花鲈鳗弧菌感染

从海洋鱼类重要病原菌———鳗弧菌基因库中选择金属蛋白酶基因为目标检测基因 ,以此设计一对引物 ,建立聚合酶链反应 (PCR)检测鳗弧菌的方法 ,并对此方法的灵敏性和特异性进行了研究 ,结果表明该方法对鳗弧菌的检测快速、灵敏。对人工感染鳗弧菌的花鲈组织样品进行检测 ,该方法能识别组织样品中极微量的鳗弧菌。     

Criteria for aging and sexing New Zealand oystercatchers

Criteria based on external characters are presented for aging and sexing the three New Zealand species of oystercatcher, Haematopus ostralegus finschi Martens, 1897, H. unicolor Forster, 1844, and H. chathamensis Hartert, 1927. Four classes are discerned: juveniles have brown dorsal plumage, a brown iris and grey legs; second‐year birds have an orange‐red iris and pale pink legs; sub‐adults have a dull red iris and pink legs; adults have a scarlet iris and bright coral pink legs. The three species can be sexed by discriminant analysis of the sexually dimorphic characters bill length (x ₁), bill length:bill depth (x ₂) and bill length:bill width (x ₃). Linear functions and discriminating values for predicting sex are :

H. ostralegus finschi 0.46x ₁+3.15x ₂+2.94x ₃, 77.41;

H. unicolor 0.12x₁+6.52x₂+2.85x₃ , 58.05; and

H. chathamemis ‐0.93x ₁+1.50x ₂+7.48x ₃, ‐20.86.

Similarly, the sexes of immature H. ostralegus finschi can be predicted :

juveniles 0.73x₁+ 5.76x ₂ + 3.10 _x3 116.57;

second‐year birds 0.57x ₁+5.12x ₂+ 0.98x ₈, 84.84; and

sub‐adults 0.55x ₁+1.88x ₂+ 1.08x ₃, 65.90.’     

Testing for the occurrence of pilchard herpesvirus (PHV) in South African sardine Sardinops sagax

Catches of South African sardine Sardinops sagax have declined in recent years from about 200 000 t harvested annually during the period 2002–2006 to less than 100 000 t. Consequently, some companies are now importing sardine from sources elsewhere in the world to meet local demand for canned sardine and bait. This importation has the potential for the introduction of sardine pathogens, in particular the pilchard herpesvirus (PHV), which could have a negative impact on the currently small South African sardine population. The aims of the current study were to determine whether PHV is present in the local sardine population and to assess the extent to which sardine is being imported into the country and whether imported fish are from countries where the virus is known to be endemic. Fish sampled from South Africa’s western (n = 150), southern (n = 182) and eastern (n = 96) putative stocks of S. sagax were analysed for the presence of PHV using real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR). The origin and amount of potentially infected material imported into South Africa during the period 2010–2014 was also assessed. None of the South African sardine collected during this study tested positive for PHV, suggesting that active PHV was not prevalent in the local population of S. sagax at the time of this study. Between 56 000 and 71 000 t of frozen sardine was imported annually into South Africa from countries where S. sagax occurs, including some from areas (Australia and New Zealand) where sardine infection by PHV is known to be endemic. Hence, it is plausible that the PHV pathogen, capable of perpetuating infections in local sardine populations, could be imported into South Africa along with the importation of frozen sardine. Should local sardine be naïve to the virus, as suggested by this study, then the population is at risk of infection and precautions against such must be taken.     

Analysis on genetic diversity of mangrove species of Sonneratia and relationship to plant introduction

INmprvMangroves, the intertida1 ecosysterns occurring primariIy in the tropicaI and subtropical re-gbo amind the world, are valuable natural resoutces with high preductivity and unique wet-land habitat. These plants, which are either bushy shrubs or small-tcrlarge tou with me as-axiated herbacoous species, are of great significance because of their potential in protectingcoastlines by preventing sea water inundation; purging the environmental polution; and main-taining coasta1 ecolOgical bala…     

海湾扇贝组织蛋白酶L基因编码区的克隆和分析

通过cDNA末端快速扩增技术(RACE),从海湾扇贝(Argopecten irradians)中克隆得到了组织蛋白酶L基因(AiCL)的编码区全长,为1095 bp,推测编码364个氨基酸.经比对与分析发现蛋白序列中存在4个组织蛋白酶L活性位点保守氨基酸:Q164,C170,H309,N329;6个极为保守的半胱氨酸...     

海桑属红树植物遗传多样性和引种关系研究

以海南东寨港红树林自然保护区内无瓣海桑(Sonneratia apetala)、海南海桑(S.hainanensis)、拟海桑(S.paracaseolaris)、杯萼海桑(S.abla)、大叶海桑(S.ovata)、海桑(S.caseolaris)等6种海桑属红树植物为材料,对15个有效引物进行RAPD分析,共扩增出512条带,其中多态性条带为297,占总扩增条带的58.01%.Nei指数法分析和UPGMA统计分析表明,6种海桑属红树植物分为A,B,C3个组,平均遗传距离为0.38.A组包括无瓣海桑、海南海桑、大叶海桑、怀萼海桑,其中无瓣海桑、海南海桑、大叶海桑处于同一个亚组.B组包括拟海桑.C组包括海桑.对海南和福建无瓣海桑种群进行RAPD分析.对Shannon表型多样性指数统计结果表明,福建种群为0.669,海南种群为0.671,各种群遗传变异较大,这与无瓣海桑种群广泛的适应性相一致.对种群间的Shannon表型多样性指数分析表明,种群内的遗传变异占整个遗传变异的93.3%,而种群间的遗传变异仅占6.7%.这表明无瓣海桑种群的大部分遗传变异存在于种群内,而种群间的遗传变异较小.由此可见,无瓣海桑基因组丰富的多样性,是使其由海南成功引种到福建的重要因素.