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1.
目的:通过网络药理学方法结合分子对接技术研究半夏泻心汤治疗反流性食管炎(RE)的潜在有效成分及分子作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)查找半夏泻心汤活性成分和药物潜在靶点。基于GeneCards、OMIM、DrugBank和TTD数据库获取RE疾病靶点,使用R语言4.0.4得到药物和疾病的交集靶点。采用Cytoscape 3.8.0分析软件筛选并构建“中药-活性成分-靶点”网络,结合STRING数据库对交集靶点进行蛋白互作网络分析,使用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2对关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果:半夏泻心汤治疗RE共收集到162个活性化学成分和151个靶点,Cytoscape 3.8.0软件筛选出Jun激酶(JUN)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、MYC基因(MYC)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、肿瘤蛋白p53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、蛋白激酶(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、核转录因子-κB/p65(RELA)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)、细胞周期蛋白D1(CCND1)等核心靶点和槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素、黄芩素等关键活性成分。GO富集条目2740个,包括2470个生物过程、84个细胞组成和186个分子功能;KEGG通路富集得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物受体、白细胞介素17、TNF、p53和缺氧诱导因子-1等信号通路。分子对接结果显示半夏泻心汤的关键活性成分可以对JUN、STAT3、MYC、MAPK3、TP53、MAPK14、AKT1、MAPK8等核心靶点产生调控作用。结论:半夏泻心汤可以通过多成分、多靶点、多通路治疗RE,为半夏泻心汤治疗RE作用机制的进一步阐明提供了指引。  相似文献   

2.
目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨漏芦治疗口腔癌的作用机制。方法:利用本草组鉴和SwissTargetPrediction数据库筛选漏芦的相关活性成分及靶点,利用DisGeNET、GeneCards、OMIM和TTD数据库检索口腔癌的相关靶点,并获取漏芦治疗口腔癌的潜在靶点。通过构建中药-成分-靶点-疾病网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络,分析治疗相关成分-靶点及靶点-靶点间的联系,通过基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析探索治疗所涉及的分子生物学过程及通路,采用分子对接评价核心成分和核心靶点之间的亲和力。结果:获得漏芦治疗口腔癌相关靶点287个,熊果酸、甘草素、法尼醇、乙酸金合欢酯和马斯里酸甲酯等活性成分及酪氨酸磷酸酶11(PTPN11)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、Janus激酶1(JAK1)、Janus激酶3(JAK3)和淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)等靶点处于网络核心位置。富集分析结果显示,蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶PI3K-蛋白激酶B(AKT)信号通路、细胞凋亡等是治疗的潜在途径。分子对接结果提示,熊果酸、甘草素和马斯里酸甲酯等与核心靶点之间具有强烈亲和力。结论:本研究从多成分-多靶点-多途径的角度对漏芦治疗口腔癌的复杂机制进行探讨,可为进一步的药效学研究提供基础和参考。  相似文献   

3.
目的:基于数据挖掘分析喻斌教授治疗胃食管反流病(GERD)的用药规律。方法:收集2020年4月至2021年4月在喻斌教授门诊处就诊的GERD病案,将其相关信息资料录入中医传承辅助平台(V2.5),对药物进行四气、五味、归经统计分析,用药频次分析,组方规律及新方分析。结果:共纳入病案200则,涉及处方265首,中药132味。药物药性以寒、温为主;药味以苦、辛、甘居多;归经多属于胃、脾、肺经;使用频率>10%的药物共41味,其中排名前5位的依次为甘草、黄连、厚朴、法半夏、茯苓;挖掘到3个新处方,处方1:竹茹-石菖蒲-枳实-白芍-旋覆花-柴胡-陈皮;处方2:石膏-木香-白术-知母;处方3:合欢皮-麦冬-百合-牡蛎-远志。结论:喻教授治疗GERD寒温并用,辛开苦降,佐以甘缓,以半夏厚朴汤合小陷胸汤为基础,重视从肺胃论治,兼以治肝,调养心神,顾护阴液。  相似文献   

4.
目的:采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法:首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用 Pymol 软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果:获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论:逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物可能与细胞增殖、免疫调节和炎症诱导的协同调节有关。  相似文献   

5.
目的:运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法:筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果:共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA 结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论:八珍汤抗疲劳的机制是多靶点、多通路的,为后续的基础研究提供了思路,并为临床运用八珍汤抗疲劳提供了理论支持。  相似文献   

6.
7.
目的:基于网络药理学方法与分子对接技术研究肉豆蔻治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台TCMSP,获得肉豆蔻的活性成分和作用靶点;利用Uniprot数据库构建中药-成分-靶点网络;从GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获得抑郁症疾病靶点、肉豆蔻及抑郁症共有靶点;通过Venny 2.1.0平台、String平台进行肉豆蔻与抑郁症共同靶点相互作用分析;利用Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作(PPI)网络,采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用分子对接技术确定肉豆蔻有效成分作用于抑郁症的核心靶点。结果:获得42个潜在作用靶点。乙酰胆碱酯酶(ACHE)、钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)、一氧化氮合酶(NOS3)、Alpha-2A肾上腺素能受体(ADRA2A)可能是肉豆蔻治疗抑郁症的核心基因。肉豆蔻作用于抑郁症的通路涉及神经受体相互作用、钙信号通路。分子对接技术验证了肉豆蔻有效成分中的β-谷甾醇与潜在靶点ACHE和NOS3具有较好的结合活性。结论:肉豆蔻的主要活性成分β-谷甾醇可能通过作用于ACHE等多个靶点来调控神经受体相互作用、钙信号通路等多条信号通路,从而发挥抗抑郁作用。  相似文献   

8.
介绍陈国忠教授治疗胃食管反流病的临床经验。阐述胃食管反流病的主要病因病机为脾胃枢机不利。在临证辨治中紧扣病机,提出以疏调枢,疏调气机、化湿升降,遂其本性的治疗方法。在张锡纯《医学衷中参西录》升降汤基础上创化湿升降汤加减治疗,取得较好疗效。  相似文献   

9.
介绍曾松林教授治疗胃食管反流病的临证经验。曾教授认为脾胃虚弱、升降功能失司是本病病机的关键,同时又与肝密切相关,临床以健脾和胃、疏肝解郁、降逆制酸为主要治则,兼除病理产物,临床用药多予健脾益气、疏肝理气之品,根据兼证佐予清热、化湿、消积、活血通络等药,同时强调饮食调摄及良好生活习惯的重要性,临床收效满意。  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法:利用网络公开数据库筛选人参有效成分、分子靶点及胃癌疾病靶点。采用Perl工具获取药物-疾病交集靶点基因,生物信息学方法构建活性成分-疾病靶点网络,筛选核心靶点,并进行生物学功能富集分析。应用AutoDock Vina软件和Pymol对核心成分及蛋白靶点进行分子对接和结合能力预测。结果:获得人参22种有效成分及98个对应靶点,筛选出人参治疗胃癌的核心靶点3个,包括转录因子p65(RELA)、转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)。基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果显示,人参主要通过参与抗炎、细胞凋亡、免疫调节等生物学过程治疗胃癌。分子对接结果显示,山柰酚与关键靶点JUN、MAPK8有强烈的结合能力。结论:人参通过抗炎、细胞凋亡、免疫调节等过程发挥多组分、多靶点、多通路的协同抗胃癌作用。  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取四妙勇安汤中各中药有效成分并预测其作用靶点;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM、TDD数据库以“Diabetic Foot”为关键词,筛选出DF的基因靶点。药物活性成分作用靶点与疾病靶点交集为关键靶点,将其导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用 Cytoscape软件绘制药物-成分-DF-靶点网络图;运用基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析对关键靶点进行分析。利用Autodock软件、Cytoscape软件对核心成分和靶点进行分子对接验证,并运用Pymol 2.5软件进行蛋白对接可视化处理。结果:获得四妙勇安汤有效成分120种,靶点基因251个。药物-成分-DF-靶点网络图中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇以及人前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1为重要节点,主要作用于Lipid and atherosclerosis通路、晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点之间具有一定的结合活性。结论:四妙勇安汤可通过多成分、多靶点、多通路治疗DF,发挥其抗炎、抗氧化等作用,为复方治疗DF提供参考。  相似文献   

12.
目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制。方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证。结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个。PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点。富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌。分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合。结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考。  相似文献   

13.
目的:应用网络药理学和分子对接法探究乙字汤治疗痔病的活性成分和作用机制。方法:利用Pubchem和TCMSP数据库筛选乙字汤的有效活性成分并预测作用靶点,通过Genecards数据库获取痔病相关的疾病靶点,并用UniProt数据库标准化蛋白名称。取药物疾病共同靶点,以STRING平台进行蛋白互作(PPI),借助Cytoscape3.8.0软件进行可视化分析,并构建中药-成分-靶点网络。利用Metascape数据库对交集基因进行KEGG通路分析和GO富集分析。使用Auto Dock 4对度值较高的药物成分与核心靶点进行分子对接验证,并借助Pymol和Lig Plot 2.2进行可视化分析。结果:乙字汤治疗痔病的活性成分126个,潜在靶点53个,以白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点,主要通过IL-17、核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路治疗痔病。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点均有较好的结合活性。结论:乙字汤的主要活性成分通过调节IL-6、TNF、MMP9、VEGFA等多种细胞因子治疗痔病。  相似文献   

14.
目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制。方法:以“石菖蒲”为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络。利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个数据库检索CIS相关疾病靶点。将疾病和药物靶点导入微生信软件绘制韦恩图得到交集靶点,使用在线软件String 11.0建立蛋白质相互作用(PPI)网络。采用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行可视化分析,筛选出核心靶点。在Metascape数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路分析。最后采用分子对接技术确定石菖蒲的有效成分作用于CIS的核心靶点。结果:获得38个潜在作用靶点,PPI网络拓扑分析发现RAC-α丝氨酸/蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)可能是石菖蒲治疗CIS的核心基因。GO富集分析结果显示石菖蒲可能是通过对血压的负向调节、调控白细胞迁移等炎症反应、神经递质合成过程、血管生成以及血液循环等生物学过程来发挥作用。KEGG通路富集分析表明,石菖蒲作用于CIS中的通路涉及血流剪切应力与动脉粥样硬化、钙信号通路、cAMP信号通路、VEG通路以及炎症和癌症等通路。分子对接技术验证了石菖蒲有效成分中的山柰酚与潜在靶点AKT1和TNF具有较好的结合活性。结论:石菖蒲的主要活性成分山柰酚可能通过作用于AKT1等多个靶点,调控钙信号通路等多条信号通路,从而发挥血管生成、抗神经细胞凋亡、抗炎、抑制细胞凋亡等作用,来达到预防或治疗CIS的目的。  相似文献   

15.
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶(PI3K-Akt)等信号通路起到治疗糖尿病的作用。  相似文献   

16.
目的:采用网络药理学及分子模拟对接的研究方法探讨十味温胆汤治疗心绞痛的潜在作用机制。方法:通过TCMSP、TCMID数据库获取十味温胆汤组方(半夏、陈皮、茯苓、黄芪、人参、熟地黄、酸枣仁、五味子、远志、枳实)的有效成分及对应的靶蛋白;使用GeneCard、OMIM数据库筛选出与心绞痛密切相关的作用靶点。运用CytoScape软件构建中药-组分-靶点网络图,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。利用R软件对中药-疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:十味温胆汤治疗心绞痛的核心药物成分是柚皮素、山柰酚、β-谷甾醇、槲皮素、川陈皮素等;核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等;十味温胆汤主要通过晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、脂质代谢、流体剪切应力、前列腺癌、乙型肝炎等信号通路来治疗心绞痛;分子模拟对接结果显示,十味温胆汤中槲皮素、山柰酚与Akt1、TNF均能实现较好的结合。结论:十味温胆汤可能通过调控细胞增殖与凋亡、血管生成、炎症反应、抗氧化应激等作用协同治疗心绞痛。  相似文献   

17.
目的:基于网络药理学方法对天名精(CAL)抗甲型流感病毒(IAV)潜在化学成分、靶点及作用机制进行分析研究,为后续开发CAL提供参考依据。方法:从中国知网(CNKI)等数据库收集自1988年1月1日至2023年2月25日分离鉴定的CAL化学成分,在SwissTargetPrediction平台预测成分靶点。在GeneCards和OMIM平台收集IAV靶点,导入jvenn取交集基因。利用Cytoscape 3.8.2软件构建CAL-活性成分-IAV网络,在STRING平台分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)关系。结合运用DAVIED数据库和微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Autodock与Pymol软件将关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选获得主要潜在活性成分27种,潜在靶点468个,CAL与IAV交集靶点175个。GO功能分析获得97个细胞组分、664个生物过程和150个分子功能;KEGG通路富集分析获得CAL抗IAV信号通路共168条,包括高糖基化终产物-高糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、癌症和IAV等通路。分子对接结果显示在前五种核心成分里面,熊果酸与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、非受体型酪氨酸蛋白激酶2(JAK2)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)有更高结合亲和力。结论:CAL作用于IAV可能涉及多成分、多靶点、多通路共同参与,通过网络药理学分析为CAL抗IAV进一步研究提供思路和方法,为新型抗甲流药物研发提供依据。  相似文献   

18.
19.
目的:采用网络药理学及分子对接方法探讨大黄治疗肠梗阻的作用机制,为临床应用大黄治疗肠梗阻提供依据。方法:通过TCMSP数据库获得大黄的活性成分与作用靶基因,通过GeneCards、OMIM数据库获取肠梗阻的潜在作用靶点,取二者交集获得交集基因,运用Cytoscape软件构建大黄-活性成分-肠梗阻-靶基因网络图,在STRING平台制作蛋白互作网络,通过Metascape平台对交集靶点进行富集分析,获得靶点功能及通路。最后运用Vina等软件对大黄的关键活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:筛选得到大黄7个活性成分(芦荟大黄素、β-谷甾醇、泽兰黄醇等),涉及47个作用靶点(JUN、CASP3、MYC、PTGS2、ESR1、IL-1B、CDKN1A、CCNB1、CASP8、CASP9等),主要涉及炎性信号通路、癌症通路。结论:大黄治疗肠梗阻具有多成分、多靶点、多途径的特点。  相似文献   

20.
目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨青蛇方外用治疗湿疹的作用机制。方法:应用TCMSP和UniProt数据库平台查询青蛇方组方的有效活性成分及靶基因,与疾病靶基因取交集后构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;应用DAVID数据库,对潜在核心作用靶点基因进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用分子对接原理论证青蛇方生物活性成分与核心靶点的分子结合能力。结果:筛选出青蛇方有效成分63种,作用靶点99个;主要有β-谷甾醇、2,4,7-三羟基-9,10-二氢菲、靛蓝素、豆甾醇、色氨酸等关键成分;转录因子AP-1(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因(RELA)、干扰素γ(IFNG)、转化生长因子-β1(TGF-β1)等核心基因。关键信号通路有癌症信号通路、恰加斯病通路、弓形体病通路、脂质和动脉粥样硬化通路等,分子对接结果显示活性成分与核心靶点基因结合能力较强。结论:青蛇方外用可以通过多种活性成分、多种通路有效抑制免疫炎症反应,促进免疫系统正常运行,从而达到治疗湿疹的目的。  相似文献   

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