我国裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)形态与线粒体基因组分析

为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现, 目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的外部形态特征分析, 并从分子水平对该裸胸鳝进行线粒体全基因组测序。结果显示, 奥迪萨裸胸鳝主要特征为体型粗壮, 体棕褐色, 吻端至鳃孔区域分布橘黄色斑点, 眼睛后缘存在黑色斑块, 鳃孔边缘黑色, 身体无其他条带或斑纹; 上颌齿、中央齿均单行, 下颌齿两行, 椎骨式为4-52-135。线粒体基因组方面, 奥迪萨裸胸鳝线粒体全长为16 580 bp, 由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区组成, 基因组结构特征与其他脊椎动物相似。基于12个蛋白编码基因构建的海鳝科鱼类分子系统进化树上, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)、淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pseudothyrsoideus)、疏条纹裸胸鳝(Gymnothorax reticularis)及小裸胸鳝(Gymnothorax minor)聚在一起; 基于COI基因构建的裸胸鳝属鱼类分子系统进化树, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝、淡网纹裸胸鳝、肝色裸胸鳝(Gymnothorax hepaticus)及黄纹裸胸鳝(Gymnothorax monochrous)等聚为一支。遗传距离方面, 奥迪萨裸胸鳝与目前世界上其他裸胸鳝的遗传距离范围为0.082~0.263,均大于最小物种鉴定遗传距离0.020,揭示奥迪萨裸胸鳝在形态与分子水平均为区别于其他裸胸鳝的独立物种。研究结果表明我国海域也有奥迪萨裸胸鳝分布, 为新记录种, 为我国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录更新提供分类基础。     

中国大陆近海菖鲉属鱼类新记录种——三色菖鲉(Sebastiscus tertius)的形态特征与DNA条形码研究

2018年4月在浙江省舟山近海海域的渔业资源调查中采集到19尾菖鲉属鱼类标本,经鉴定发现为三色菖鲉(Sebastiscus tertius),为中国大陆近海海域的新记录种。本研究对采集到的19尾三色菖鲉标本拍摄照片并对其进行形态特征以及DNA条形码研究。三色菖鲉具有以下主要形态特征:背鳍数ⅩⅡ-12,胸鳍数18—19,腹鳍数Ⅰ-5,臀鳍数Ⅲ-5;第一鳃弓总鳃耙数6—7+13—17;前鳃盖骨有5枚硬棘,鳃盖骨后沿有2枚硬棘;眶前骨下后角有1枚硬棘;胸鳍处有一明显黑斑。测定了19尾标本的12S rRNA和COI序列,结合GenBank中所有学名为Sebastiscus tertius的同源序列进行分析,发现12S rRNA序列完全一致,可作为该物种的微型DNA条形码,而COI序列中所有个体明显分为两个分支,两者遗传距离达到0.044,表明两分支可能为不同的有效种。COI同源序列分析结果显示, GenBank中学名为Sebastiscus tertius的鱼种与褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)聚为一支,表明GenBank中的Sebastiscus tertius存在错误...     

中国裸胸鳝属10种鱼类分子系统发育关系的16SrDNA分析

为了阐明南中国海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统进化情况,利用聚合酶链式反应扩增目的产物,将其连接到T载体后,并对其序列进行测定,共得到9种裸胸鳝属鱼类线粒体16S ribosomalDNA(16S rDNA)基因的部分序列,采用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算了Kimura2-parameter遗传距离,转换/颠换比等遗传信息指数,下载基因库中16SrDNA基因的同源序列,以鳗鲡属(Anguilla)的花鳗鲡(Anguilla marmorata)为外群构建NJ(Neighbore-Joining)、MP(MaximumParsimony)和ME(Minimum Evolution)系统进化树。根据所得分子数据并结合形态学特征推论如下:(1)在所研究的10种裸胸鳝鱼中共有516个位点、其中143个核苷酸位点存在变异(27.7%);(2)序列变异的转换/颠换比值的平均值为3.441;相对遗传距离数据表明斑颈裸胸鳝(G. margaritophorus)和网纹裸胸鳝(G. reticularis)差异最大(0.177),褐祼胸鳝(G. hepaticus)与布雷顿氏裸胸鳝(G. breedeni)差异最小(0.022);(3)NJ树、ME树表明裸胸鳝属内部存在3个平行进化的姐妹分支,分支内部的种类组成与地理分布无关。     

福建省沿海鱚属（Sillago）鱼类新纪录种——中国鱚（Sillago sinica Gao and Xue,2011）

本研究报道了在福建省晋江和厦门近海采集到的新记录种——中国鱚,将其分布区向南延伸至福建省沿海,并对采集到的中国鱚进行形态特征的重新描述,及扩增其DNA条形码.中国鱚的主要鉴别特征为：第一背鳍鳍膜具不规则的、呈弥散状的黑色斑点,由前往后逐渐稀疏;第二背鳍沿鳍条具3～4行规则的黑色斑点;侧线上鳞数为6～7;脊椎骨数为37～39.结合Gen Bank中鱚属鱼类的同源序列进行比对研究,结果显示本研究采集到的中国鱚与中国鱚模式种聚类到一起,并与其余种类明显分开,在遗传距离和氨基酸水平上与其他种类产生了明显地分化,进一步证明了DNA条形码能高效快速的鉴别鱚属鱼类.本研究为鱚属鱼类分类与研究提供理论基础,通过调查发现中国鱚主要分布在有大量淡水注入的河口区,南至韩国光阳沿海,北至中国福建省沿海,数量较少并不能形成渔汛.     

浙江海域天竺鲷科鱼类新纪录种—黑边银口天竺鲷(Jaydia truncata)形态特征与DNA条形码研究

2015年10月中旬,在浙江省舟山市近海的渔业资源调查中采集到天竺鲷标本,经鉴定发现其中黑边银口天竺鲷为浙江新纪录种。本文对采集的6尾黑边银口天竺鲷标本拍摄照片并开展形态特征和DNA条形码研究,对该种的拉丁学名进行校正。黑边银口天竺鲷的有效学名为Jaydia truncata(Bleeker,1854)。具有以下主要形态特征:背鳍鳍条数VII+I,9,胸鳍鳍条数16—17;背前鳞数4;第一鳃弓总鳃耙数3—4+11—13,发达鳃耙数1+9—10,角鳃弓上的鳃耙数9;前鳃盖骨边缘锯齿状;第一背鳍上端黑色,第二背鳍及尾鳍边缘黑色,第二背鳍与臀鳍中部各具一黑色纵纹。本研究分析了浙江海域5种天竺鲷科鱼类的形态差异,并编制了检索表。测定了6尾标本的DNA条形码,结合Gen Bank中所有学名为Jaydia truncata及其同种异名的同源序列分析,发现所有个体明显分为两个分支,且两者遗传距离达到0.149,表明两分支可能为不同的有效种,Gen Bank中只有AB890050和JQ681488与本研究序列结果相近。     

基于计算机视觉的3种金枪鱼属鱼类形态指标自动测量研究

金枪鱼类是我国远洋渔业重要的捕捞对象,其形态指标对研究金枪鱼类的生长、发育和生活史具有重要意义。人工测量形态指标是一种非常繁琐且低效率的测量方法,而计算机视觉是一种高效和客观的自动测量方法。因此,本文通过计算机视觉库OpenCV对3种金枪鱼类图像进行预处理,主要利用双边滤波、灰度变换、二值化处理和提取轮廓等图像处理技术得到金枪鱼类形态轮廓图像。根据预先选定的特征点,利用计算机视觉技术遍历轮廓图像上所有的像素点,并自动定位出每张轮廓图像的预选特征点共17个。利用计算机视觉技术遍历得到的特征点位置,自动测量出3种金枪鱼的形态指标像素长度,并计算出形态指标实际长度。还分析自动测量与人工测量形态指标的绝对误差和相对误差。研究结果表明,通过计算机视觉技术对3种金枪鱼的形态指标的自动测量效果较好,大眼金枪鱼、黄鳍金枪鱼和长鳍金枪鱼的12个形态指标的绝对误差范围分别为0～1.46 cm、0～1.73 cm、0～1.32 cm,其相对误差范围分别为0.01%～5.84%、0%～6.17%、0%～6.89%。本研究以期为金枪鱼类智能识别提供前期工作基础,也为其他鱼类自动测量研究提供基础参考。     

中国鳜亚科(Sinipercunae)——七种鱼类骨骼形态特征的比较研究

对中国鳜亚科七种鱼类的骨骼进行比较。指出这七种鱼类之间存在着明显的类群差异,提出将鳜亚科分为三个属,即少鳞鳜属Coreoperca)、鳜属(Siniperca)和长身鳜属(Core-osiniperca);广西与福建的斑鳜和大眼鳜不存在种的分化,而福建产暗鳜(S.obscura Nichols)与广西暗鳜在某些骨骼形态特征上存在某些差异。     

石浦海域齿鲸类一新纪录种记述

首次记述了2002年9月9日在浙江省象山县石浦镇海滩上搁浅死亡的1头朗氏中喙鲸Mesoplodon pacificus Longman 1926,并对其外形和骨骼进行初步描述.体背部灰蓝色,体侧有白色斑点,腹部白色.下颌前端具1对向前倾的圆锥形牙齿.前颌骨后端显著向上隆起,并包裹在鼻骨的两侧,与额骨一起成为脑颅的最高点.上颌骨中部侧面明显向外隆起.7枚颈椎全部愈合.朗氏中喙鲸在我国大陆沿海属首次被发现.     

中国东南海域拟菱形藻属的新记录种和产毒种

拟菱形藻属（Pseudo-nitzschia）物种是一类备受关注的海洋有毒有害硅藻,我国相关研究仍然不足,已报道的物种多样性偏低,产毒物种也较少。为了解我国海域拟菱形藻属的物种多样性,阐述产毒物种信息,在我国东南海域建立了8个拟菱形藻单克隆培养株系,结合形态学和分子系统学数据,鉴定到2个物种:环孔拟菱形藻（Ps.circumpora C.H.Lim,C.P.Leaw&P.T.Lim）和多列拟菱形藻[Ps.multiseries（Hasle） Hasle],其中环孔拟菱形藻是我国的新记录种。利用高效液相色谱-质谱联用法检测了藻株的多莫酸（domoic acid,DA）特征,在5个多列拟菱形藻株系中检测到DA,单细胞产毒水平为1.01~96.11 fg。此外,利用卤虫（Artemia salina L.）和强额拟哲水蚤（Paracalanus crassirostris Dahl）对多列拟菱形藻的产毒株系（MC4177）进行诱导,发现能够提高其单细胞产毒水平,提高幅度在26~55倍。     

中国沿海贪食共生藻的形态、超微结构和分子特征

共生藻属( Symbiodinium)主要指一类与无脊椎动物或原生生物共生的甲藻,是热带和亚热带海洋生态系统常见物种.本研究从中国沿海和一艘停靠在厦门港的货轮压舱水中分离出了4株贪食共生藻(Symbiodinium voratum).贪食共生藻运动细胞较小(长9.7±1.3 μm,宽8.7±0.9 μm) ,能够产生不...     

Population differentiation in the dominant species (Ulva prolifera) of green tide in coastal waters of China

Since 2015, green tides with Ulva prolifera as the dominant species in the Qinhuangdao coastal waters have continued to occur. In this study, the relationship between green tides in Qinhuangdao and the Yellow Sea (setting sites in Rudong and Qingdao) was evaluated by genetic analyses of U. prolifera. Single nucleotide polymorphism (SNP) markers were used to analyze genetic diversity and genetic relationships among groups. Genetic differentiation was lower among floating U. prolifera populations in Rudong and Qingdao than in Qinhuangdao. The floating U. prolifera population had higher genetic diversity and polymorphism levels in Qingdao and Rudong than in Qinhuangdao. Physiological experiments showed that the growth rate and net buoyancy of floating U. prolifera were highest in Qinhuangdao and Qingdao, respectively, under the same environmental conditions (temperature and light). Overall, these findings showed that U. prolifera populations in the Qinhuangdao and Yellow Sea green tides (Rudong and Qingdao) differ significantly at the molecular and physiological levels. Therefore, the Qinhuangdao green tide is not correlated with the Yellow Sea green tide and has a different origin and development mode. This study provides insight into the mechanism underlying green tide blooms in coastal waters of China.     

Morphological and molecular evidence supports the occurrence of a single species of Zebrias zebrinus along the coastal waters of China

The so-called zebra sole includes a group of small flatfishes characterized by transverse band pairs on the ocular side and distributed throughout shallow waters along the coast of the Indo-West Pacific Ocean. Sev-eral species of the zebra sole have been recorded from the coastal waters of China. Morphological analysis of 1 107 specimens of the zebra sole from 15 successive localities along the China’s coast demonstrated that no significant variations among these localities were found on the basis of meristic counts and morphometric characters. Phylogenetic analysis based onCOI gene sequences of 14 individuals and D-loop of 22 indi-viduals from eight localities showed that they were indistinguishable among these localities. Therefore, both morphological and molecular evidence supported the occurrence of a single species of the zebra sole along the China’s coast. The available name for this species isZebriaszebrinus （Temminck and Schlegel, 1846） in-stead ofZ.zebra （Bloch, 1787）.Zebrias fasciatus（Basilewsky, 1855） andSolea ommatura （Richardson, 1846） are considered here as two synonyms ofZ. zebrinus.     

我国近岸多室草苔虫(Bugula neritina)的群体遗传分化研究

基于线粒体控制区序列和SLAF-seq,对重要药源生物多室草苔虫的群体遗传分化水平开展了研究。控制区序列中检测到8个单倍型,单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π）分别为0.130 7和0.000 7,单倍型网络图和NJ系统进化树的结构都较简单,无明显拓扑结构。中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明多室草苔虫未经历过大规模群体扩张。F_st和AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内。SLAF建库共开发得到214 409个SLAF标签,其中多态性SLAF标签23 437个,共开发出99 432个SNP位点。群体间的遗传距离较小,且低于群体内的遗传距离。基于SNP所做的系统发育树和群体遗传结构分析表明,各群体之间没有显著的遗传结构。综上所述,我国沿海多室草苔虫的遗传多样性水平较低,不同地理群体之间不存在显著的遗传结构。多室草苔虫较强的扩散能力是造成上述结果的主要原因。另外,本研究还验证和讨论了SLAF-seq应用在海洋生物群体遗传分化研究中的可行性和优势。     

中国梭螺科一新记录属

本研究记述了采集自海南陵水海域的梭螺科(Ovulidae)一新记录属：舟梭螺属(Naviculavolva)及一新记录种：折唇舟梭螺(N.deflexa),对标本进行了形态描述并附标本照,且通过比对样品的COⅠ基因序列证实了形态鉴定的准确性。本研究为梭螺科分类与研究提供参考资料,丰富了我国海域梭螺科物种的多样性,并使得折唇舟梭螺的分布范围延伸至海南省海域。     

中国近海裸鳃类两新纪录种

裸鳃类是重要的底栖生物类群．部分裸鳃类栖息在码头、养殖网箱、浮标、船底等人工设施上的污损生物群落中．该种生境的裸鳃类国内鲜有报道．2004年11月至2007年9月期间,作者多次在福建省近海污损生物中采集到两种裸鳃类标本．结合其外部形态和内部齿舌形态,鉴定它们为东方伪二列鳃（Pseudobornella orientalis）及透明脊突海牛（Okenia pellucida）．这两种裸鳃类在我国近海均属首次纪录．     

分离自中国胶州湾的褐色马格里夫藻(Margalefidinium fulvescens)的形态学和系统进化特征

The dinoflagellate genus Margalefidinium has been split from Cochlodinium as a new genus recently and Margalefidinium fulvescens is one of the five Margalefidinium species. Margalefidinium fulvescens is toxic and has been reported from the coastal waters of USA, Canada, Mexico, China, Japan, Indonesia, Korea, Pakistan and Spain. Here we provide the morphological and phylogenetic characterization for an isolate of it from the Jiaozhou Bay, Qingdao, China. Our results showed that the vegetative cells were subspherical to ellipsoidal, 34–60 μm in length, and 19–41 μm in width. Both single cell forms and colonies in chains of 2, 4, or 8 cells were observed in cultures, but chain forms with 2 or 4 cells were observed more often in the field samples. The cingulum was rather deep, encircling the cell approximately twice, but the sulcus was rather narrow, surrounding the cell about one turn. The nucleus was spherical and located at the central epicone. The chloroplasts were granular, brownish, and scattered peripherally. An orange pigmented body also appeared in the epicone. The apical groove appeared vase-like as previously described. Under epi-fluorescence microscopy, a pumpkin-like structure was clearly observed, in which cells were embedded. Cells were observed to exit from the structure, which led us to a hypothesis that the structure may provide cells a shelter to avoid predation or to respond to other stresses. The phylogenetic analyses based on partial LSU rDNA sequences indicated that M. fulvescens from the Jiaozhou Bay was grouped with M. fulvescens populations from other origins and closely related to the clade of M. polykrikoides.Our morphological observations and phylogenetic analyses together confirmed the presence of M. fulvescens in China and our monitoring has also observed the species dominant in the dinoflagellate community of the Jiaozhou Bay in the early autumn of 2015, which alerted us to continually monitor this bloom-forming species in the region.