基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释

【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。     

微生物在水产养殖中的应用

我国的水产养殖业在近几年来取得了很大的成就 ,养殖的品种已由一般品种向名特优品种过渡 ,养殖方式也由粗放向精养、半精养过渡 ,但养殖生产基本上仍然沿袭以往的静水、不排污的池塘养殖为主 ,养殖对象的活动、摄食、排泄都在同一池塘中进行。由于大多数为高密度单一品种养殖 ,切断了自然生态体系的食物链循环 ,养殖对象的残剩饲料、排泄物、死亡残体等大量有机物失去了被其他生物利用的机会 ,养殖水体自身污染日益严重 ;同时受到水体外源性污染的影响 ,养殖水域环境质量日益下降。这不仅直接危害养殖对象 ,而且也是疾病频繁发生的主要诱因…     

杂交石斑鱼和母本褐点石斑鱼转录组测序及差异表达基因分析

【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。     

基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选

【目的】挖掘更多中华鳖（Pelodiscus sinensis）性别分子标记,为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据,利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息,开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341 632条Unigenes,识别到14 804个SSR位点,含有SSR位点的Unigenes序列数量为13 904条,占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到6种不同核苷酸重复类型,单核苷酸串联重复基元类型的含量最多（10 981个）,占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11～15次为主（6 173个）,占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10～14 bp,占SSR总数的50.01%。搜索到32 299个SNP位点,SNP的分布密度为1/1 339 bp。SNP变异类型以转换类型为主,转换类型占70.05%,颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现,在31～100范围内,SNP数目最多,占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptp...     

混合溶液浓度线性图解法及其在水产养殖中的应用

提出一种关于同质溶液混合的浓度或溶液量任意项求解的线性图解法，并阐明其在水产养殖的换水水质控制和盐度调节方面的应用。     

水产养殖用芽孢杆菌制剂的检测

通过平板菌落计数法检测编号为GD1、GD2、GD3、GD4、GD5、JS、JX、SD1和SD2等9种水产养殖用芽孢杆菌制剂的有效活菌数,结合形态、生理生化和16S rRNA基因序列分析对各制剂中分离的产芽孢细菌代表菌株进行鉴定。结果显示:除GD1、GD2和GD5制剂未标明芽孢数量外,其余制剂检测到的芽孢数量均低于或远低于标注数量;经鉴定,各制剂中最优势类型,GD2、GD3、GD5、SD1和SD2制剂为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis),GD4、JS和JX制剂为解淀粉芽孢杆菌(B.amyloliquefaciens),GD1制剂为枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。除GD4、GD5和SD1制剂未标明具体菌种以及GD2的标注菌种与检测结果不一致外,其他制剂的标注菌种与被鉴定的优势类型芽孢杆菌基本一致。     

光合细菌在水产养殖中应用的研究(3)——光合细菌作为仔鱼开口饵料的价值

本文所报导的是用光合细菌作为仔鱼开口饵料的效果。实验结果表明,单纯使用光合细菌,鱼(?)成活率较高,但因营养成份不全面,仔鱼生长速度较慢;如将光合细菌和其它饵料混合使用,则仔鱼在体长、体重和成活率方面均有显著提高。     

代谢组学在水产品品质研究中的应用进展

代谢组学的兴起使其在食品科学领域得到广泛应用,同时为研究水产品品质变化及其分子机理提供了新的方法。本文介绍了代谢组学的发展、研究流程和方法,综述了代谢组学在水产品流通链全过程（养殖、捕捞处置、储运、加工）中的研究进展,并展望了代谢组学技术在水产品流通链下品质评价与变化机理研究的应用前景,可为代谢组学在水产品品质的研究提供科学思路。     

水产养殖学特色专业建设的目标定位与建设路径

水产养殖学特色专业的建设是一项系统工程。首先,水产养殖学特色专业建设要正视在水产养殖业发展和水产养殖教育发展过程中出现的矛盾;其次,要为水产养殖学特色专业的建设确定适当的目标;第三,通过对原有教学理念进行创新,对办学模式进行重新构建,对师资队伍进行调整,对教学管理机制进行改革的建设路径实现上述目标。     

基于纹理和空间特征的中分辨率影像滨海水产养殖用地提取研究

近年来,水产养殖用地分布广泛,但由于其在影像上所表现的复杂性和不均匀性,造成该用地类型提取中的困难,尤其针对中分辨率遥感影像。对此,本文提出了一种基于纹理和空间特征的养殖用地提取方法,该方法主要包括3个步骤：首先,利用纹理熵和归一化差异水体指数NDWI实现水产养殖用地的粗提取;然后,依据相邻地物间的关系实现同类型地物合并;最后,本文构建一种相对宽度作为地物的近似宽度,再次利用NDWI实现水产养殖用地的准确识别。本文以越南万丰湾为研究区域,以Landat-8融合影像（融合后的像元大小为15 m）的目视解译结果为标准,对本文方法与最小距离法分类结果进行比较。实验结果表明,该方法的精度可达91.13%,远高于传统的面向对象方法,并且所提方法的错误率和虚假率分别为0.09%和8.87％,表明了该方法可靠性,因而该方法可为基于中分辨率影像的地物类型提取提供一种有效手段。     

全球定位技术在地质灾害防治领域的推广应用

近年,一项基于美国全球定位系统的Global Positioning System(GPS)技术,给测绘领域带来了一场重大的技术变革,可以预见,常规测量方法将会逐渐退出历史.从发展趋势看,全球定位技术的应用及开发有着十分广阔的前景,尤其是实时动态(RTK)定位技术在地质灾害防治领域中蕴含着巨大的技术潜力.本文主要介绍GPS定位技术在地质灾害防治领域中的应用及其推进作用.     

测绘技术在基础产业中的应用

通过分析先进的测绘技术在保护和合理开发利用土地、矿产资源中的应用,体现了我国的测绘技术发展很快,是现代科技发展的先导,对国民经济的发展和进步发挥着重要作用。作为新一代的测绘工作者,必须加强创新意识和能力,不断汲取现代测绘理念,补充相关的新技术。     

3S技术集成及其在地质领域中的应用

遥感技术（ＲＳ）、全球定位系统（ＧＰＳ）和地理信息系统（ＧＩＳ）的不断发展以及以ＧＩＳ为核心的３Ｓ技术集成,为现代地质学向综合化、系统化、科学化方向发展,提供了强有力的技术支持。３Ｓ技术集成不仅可为地质工作提供及时、可靠的基础信息,而且还可对地质信息进行综合分析、处理,进而对成矿靶区进行科学预测。本文介绍了３Ｓ技术集成及其在地质领域中的应用现状,并就其应用前景作了展望     

GSM无线通信技术在预警GIS领域中的应用模式

GSM(Global System for Mobile Communication)是目前通信体制中最完善、最成熟,应用最广的一种数字移动通信网。基于GSM的短消息无线通讯技术以其传输信息及时、作用距离远、误码率低、成本低等优点,被广泛应用在水利、电力、环保、交通、防恐、天然气及自然灾害等领域。本文在个案建立的基础上,探讨了基于GSM的短消息技术在预警GIS领域中的应用模式,并对应用中所使用的若干通用的关键技术和规范进行了分析,提炼出了这种应用模式的共性问题,最后对这种应用模式的发展方向作了客观预测和展望。     

测绘技术在工程建设中的应用

洲绘事业的跨越式发展,已成为国家重要的基础地理信息产业,其服务领域也已渗透到社会的方方面面。     

物联网技术的研究与应用

近年来,物联网的研究与发展引起了人们的广泛关注,国内外政府和企业都采取行动参与物联网的构建,这可能对未来全球的发展产生深远影响.物联网是把所有物品通过射频识别等信息传感设备与互联网连接起来的技术,以实现智能化识别和管理,是继计算机、互联网与移动通信网之后的又一次信息产业浪潮.本文介绍了物联网技术的概念、基本特征及发展现状;探讨了物联网研究中的关键技术,包括传感网技术、射频识别技术、产品电子码、地理信息系统以及智能技术;从物流管理、城市管理、智能交通等厅而分析了物联网技术在社会中的应用.最后展望了物联网技术的前景,一定程度上促进了物联网的建设与发展.     

表分区技术在自动气象站数据存储中的应用

针对大数据量的自动气象站观测数据访问性能低和维护成本高的问题,通过利用SQL Server 2005表分区技术,选取观测时间字段作为分区依据列,分别创建文件组、分区函数和分区方案,建立分区表和分区索引,解决了自动气象站海量数据存储和高效访问的问题。实践表明采用水平方式表分区技术,能够显著提高用户对大型表读写性能和降低系统管理员对数据库表的维护成本,提高数据库系统运行效率。     

GPS—RTK技术在地籍测量技术中的应用

随着GPSRTK技术的进步,它已经广泛应用到测绘项目中。此外GPSRTK技术具有定位精度高、布点灵活、观测时间短、测站间无需通视、操作简便及全天候作业等优点,并显著提高了工作效率和经济效益,因此GPSRTK技术被广泛地应用在地籍测量项目中。