黄海西部细弱刚毛藻（刚毛藻目，绿藻门）的表型可塑性与分类——暗示基因序列作为DNA条形码的可行性

由于广泛的形态可塑性,导致刚毛藻属物种的分类仍存在不确定性。作为分布较广的物种之一,细弱刚毛藻已报道了许多变异类型,这为对其鉴定造成了困难。针对这个问题,本研究通过采集于黄海西部相似于细弱刚毛藻的9个样品,分析了它们的形态多样性。一些样品具有明显的可变鉴定特征,难于利用形态分类准确鉴定。因此,采用18S rDNA和 ITS序列对它们进行了分子鉴定。其中,样品的18S rDNA序列相似度为99.6%-100%,而ITS的为98.7% -100%。分子数据强烈地支持了形态可变的样品可准确定位为细弱刚毛藻。通过对样品分类特征的比较分析发现,作为分类标准的分枝方式和密度、藻体颜色、藻体高度和质地受环境影响和藻体成熟度而发生较大变化。此外,作为相对稳定的特征,细胞大小在种内水平上也常发生变化。18S rDNA和ITS序列在本种鉴定上的成功应用,表明以DNA条形码为基础的基因序列分析可作为传统形态分类学强有力的辅助方法。     

泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)病原温和气单胞菌(Aeromonas sobria)分子鉴定及耐药性研究

采用常规生理生化特性测定及16SrRNA、gyrB及rpoD基因同源性检索与系统发育学分析等分子生物学方法,对引起养殖泥鳅大量死亡的病原细菌进行了综合鉴定。生理生化特性结果表明,分离菌株NQ090701与气单胞菌属的温和气单胞菌相近;16SrRNA、gyrB及rpoD基因Blast序列同源性检索与系统发育学分析均与温和气单胞菌相似性最高;综合形态与生理生化特征及16SrRNA、gyrB与rpoD基因的分子特征,确认分离菌株NQ090701为温和气单胞菌(Aeromonas sobria)。同时,采用试管稀释法测定了养殖生产中常用的10种抗菌药物对病原温和气单胞菌的体外最小杀菌浓度(Minimal Bactericidal Concentration,MBC),结果表明氟哌酸杀菌作用最好,其次为盐酸沙拉沙星;甲砜霉素和复方磺胺甲恶唑在所试验的药物浓度范围对温和气单胞菌无杀菌效果。     

基于ITS序列分析的赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)分子鉴别

对五株赤潮异弯藻核糖体转录单元内间隔区(ITS区)进行了PCR扩增和序列测定,并结合GenBank中收录的所有赤潮异弯藻ITS序列信息,比较了它们的遗传距离和相似系数,同时结合GenBank中发布的针胞藻纲其他三个属的代表种ITS序列信息,采用邻接法(neighbour-joining,NJ)和最小进化法(minimum evolution,ME)构建系统发育树。结果表明,五株赤潮异弯藻ITS全序列总长度及碱基组成完全一致,均为538 bp,与GenBank中收录的四株赤潮异弯藻仅有一个碱基不同,遗传距离和相似系数分别为0.002和0.980,而与其他赤潮异弯藻ITS序列完全相同,遗传距离和相似系数分别为0.000和1.000。用两种方法构建的系统发育树结构完全一致,赤潮异弯藻属与海洋卡盾藻属亲缘关系较近,而与另外两属的亲缘关系较远。     

斑点叉尾鮰(Ictalunes punctatus)源中间气单胞菌(Aeromonas media)分离鉴定及药敏特性

从湖南常德某养殖场死亡的斑点叉尾（Ictalunes punctatus）肝脏、肾脏、腹水及血水中分离到一株致病性菌株zy02。对该菌进行了形态特征观察、理化特性测定及分子生物学方法鉴定,用PCR方法同时扩增其16S rDNA和gyrB基因,分析了16S rDNA和gyrB两种基因序列的同源性,并构建了系统发生树。经生理生化测定和16S rDNA与gyrB基因序列分析,zy02株为中间气单胞菌。人工感染该菌后发病鱼表现为与自然发病类似症状,且从组织中再分离的细菌特性与原感染菌相同。腹腔注射后该菌株对斑点叉尾的半致死浓度为3.89×10⁶CFU/mL。菌株zy02对多西环素、庆大霉素及左氧氟沙星等高度敏感;对红霉素中度敏感;对阿莫西林、磺胺异噁唑、克林霉素及利福平等5种药物耐药。本研究为斑点叉尾该病防控提供了理论依据。     

海洋球石藻(Emiliania huxleyi)活性物质分离鉴定及其抗菌抗氧化性能研究

以海洋球石藻Emiliania huxleyi为原料,提取分离生物活性物质,为该藻活性物质的研究与开发提供理论基础。通过对球石藻75%乙醇浸提物采用乙酸乙酯进行萃取,进一步利用薄层色谱、硅胶色谱、Sephadex LH-20凝胶色谱及高效液相色谱(HPLC)等方法,对化合物成分进行逐步分离纯化,获得纯度大于95%的单体化合物;通过~1HNMR、~(13)CNMR及HRMS等波谱分析技术鉴定化合物的结构,并对其抗菌、抗氧化性能进行初步分析。结果分离鉴定出3种单体化合物,分别为叶绿醇(C_(20)H_(40)O)、棕榈酸(C_(16)H_(32)O_2)和肉豆蔻酸(C_(14)H_(28)O_2),这些化合物均为首次从海洋球石藻中分离获得。其中叶绿醇具有较强的抗氧化能力,且对肝癌细胞Hep G2的增殖有较强的抑制作用,其他两种化合物对金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌及副溶血性弧菌均有不同程度的抗菌活性。另外,海洋球石藻中这些化合物除了具有一定的抗菌抗氧化性能外,可能在球石藻响应胁迫(如病毒感染)过程中也具有重要作用。     

海洋石油烃降解细菌T1和T2的分子鉴定分类

从天津滨海潮间带被石油烃严重污染的沉积物(千样含油量0.2g/g)中, 筛选分离出能够以柴油为唯一碳源生长的细菌, 对其中生物量大、单株菌降解效率较高的两株细菌T₁和T₂进行16S rDNA克隆, 通过测定和比较16S rDNA的部分序列对这两株细菌进行分子鉴定, 以期用于石油污染的微生物修复中。结果表明,T₁与深红红螺菌(Rhodospirillum rubrum)的同源性为89%,T₂与施氏甲单抱杆菌     

针胞藻海洋卡盾藻(Chattonella marina)和硅藻中肋骨条藻(Skeletonema costatum)藻际细菌的分离、鉴定及影响研究

对实验室培养的两株海洋微藻海洋卡盾藻和中肋骨条藻的可培养细菌进行了分离鉴定,分别在海洋卡盾藻和硅藻中肋骨条藻不同生长时期分离得到48株和34株可培养细菌,去除重复序列后得到12株不同的菌株。这些菌株分属α-变形杆菌纲、γ-变形杆菌纲、拟杆菌和放线菌。α-变形杆菌纲在两种藻的藻际环境中占据优势,其中红杆菌科是最为常见的科,中肋骨条藻的藻际细菌比海洋卡盾藻更为多样化。海洋卡盾藻生长后期细菌密度大幅度上升,可能导致了藻细胞的衰亡。中肋骨条藻相关细菌中有一株对旋链角毛藻的生长具有明显抑制作用,而大部分海洋卡盾藻相关细菌对角毛藻的生长具有抑制作用。本研究结果说明海洋卡盾藻的藻际细菌也许对其与硅藻的种间竞争中具有一定作用。     

基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。     

大黄鱼(Larimichthys crocea)补体调节因子CFH 和 CFHR2 基因的分子特征及表达分析

补体是鱼类免疫系统重要的组分, 具有识别和消除外来病原体, 激活免疫细胞, 调控获得 性免疫等功能。在免疫组织中, 补体调节因子大约占据了补体成分的二分之一, 当受到外界病原刺激 时会迅速活化补体成分, 并且进一步聚合形成酶复合物发挥一系列免疫效应。CFH 和CFHR2 是补体 替代途径重要的调节因子, 对于补体系统正常运转必不可少。为此, 本文测定了大黄鱼补体调节因子 CFH 和CFHR2 基因的cDNA 全序列, 并对基因组织特异性表达和溶藻弧菌刺激后基因mRNA 表达 量的变化等方面进行了研究。CFH 和CFHR2 序列全长分别为1332 bp 和1170 bp, 分别编码443 和 389 个氨基酸, N 端信号肽序列分别为24 和32 个氨基酸。推导的氨基酸序列结构分析表明大黄鱼 CFH 和CFHR2 基因具有RCA 蛋白家族的典型特征, 即含有多个保守的CCP 结构(补体控制蛋白). 实时荧光定量PCR 结果显示, CFH 和CFHR2 在健康大黄鱼的肝、脾、肾、肠、脑、胃、心和肌肉 这8 种组织中都有表达, 其中肝脏的表达量显著高于其它几种组织。溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus) 侵染了健康的大黄鱼之后, CFH 和CFHR2 的mRNA 表达量均明显上调, 并且随着感染时间的变化呈 现不同的上升趋势。结果表明补体调节因子mRNA 表达量的变化与溶藻弧菌的侵染密切相关, 表明 了CFH 和CFHR2 可能在大黄鱼自身免疫机制中发挥重要的作用。     

温度与盐度对福建牡蛎与长牡蛎、熊本牡蛎、香港巨牡蛎种间杂交子代孵化及其早期生长成活的影响

本研究以野生福建牡蛎(A)为亲本一方, 分别与野生长牡蛎(G)、熊本牡蛎(S)、香港巨牡蛎(H)进行杂交, 除A♀×S♂、A♀×H♂两组杂交不育外, 共得到AG(A♀×G♂)、GA(G♀×A♂)、SA(S♀×A♂)、HA(H♀×A♂)、AA(A♀×A♂)5个不同组合, 并研究不同盐度与温度对其幼虫孵化率、早期生长及成活率的影响。结果表明, 盐度25时AG、GA、SA、HA、AA五组孵化率分别达到最大值78.33%、75.00%、63.33%、55.00%、71.67%; 温度低于25℃时, GA孵化率高于其他组, 温度高于25℃时AG孵化率最大, 其中25℃时达到最大孵化率83.33%; 不同盐度条件下D型幼虫经过7 d培育, HA在盐度20时壳高达到最大值97.8 µm, 成活率46.67%, 在盐度为35时第5天全部死亡。AG、GA、SA、AA四组在盐度为25时壳高有最大值, 分别为124.7 µm、121.2 µm、93.7 µm, 111.8 µm; 不同温度条件下D型幼虫经过7 d培育, 在温度为25℃时各组壳高和成活率均有最大值, 大小排列依次为AG>GA>AA>HA>SA, 各组成活率随温度升高呈现出先增大后减小的趋势, AG在25℃时成活率在所有组中最高, 为88.89%; 孵化后在适宜温度盐度条件下连续培养16 d, 不同组之间壳高表现为: AG > GA> AA > HA > SA, AG壳高、壳高SGR及成活率始终大于其他组, 而SA、HA两组壳高、壳高SGR及成活率始终小于自交组AA。研究表明, 相较于福建牡蛎与熊本牡蛎、香港巨牡蛎的杂交, 以及福建牡蛎的自交, 福建牡蛎与长牡蛎的杂交子代表现出明显的生长及存活优势, 生长潜力较好, 且AG优于GA; AG组在盐度25、水温25℃条件下生长速率最大, 成活率最高。研究结果可为福建牡蛎育苗行业良种选育提供参考依据。     

中华蛸寄生丛集球虫(顶复亚门:丛集球虫科)新种的形态学与分子生物学研究

丛集球虫(顶复亚门:类锥体纲:丛集球虫科)是头足类消化道中一类常见寄生虫,在福建连江海域以及浙江南麂岛周边海域采捕到的中华蛸(Octopussinensis)盲囊及肠组织内发现一丛集球虫新种,命名为多刺丛集球虫Aggregata octaculeata sp. nov.。光学显微镜和扫描电镜下观察发现,中华蛸体内的多刺丛集球虫存在配子生殖阶段和孢子生殖阶段,其中,孢子生殖阶段成熟卵囊呈近球形或椭球形,长径653.6—806.5μm,短径588.1—787.1μm。孢子囊为卵球形或椭球形,长径22.4—26.1μm,短径20.5—24.6μm,孢子囊壁为双层,外部光滑,内层多刺。孢子囊内子孢子呈卷曲状,数目范围8—13个,子孢子长度为22.2—28.6μm,宽度为3.0—5.0μm。基于18SrRNA基因构建的系统发育树进一步证实该物种隶属于丛集球虫属,并高度支持了属内[(中华丛集球虫A. sinensis+A. octopiana)+A. eberthi]+多刺丛集球虫A. octaculeata的系统发生关系。     

4株米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)藻际异养细菌的分离鉴定

采用分子生物学方法,对分离的米氏凯伦藻4株藻际异养细菌进行分子鉴定和功能分析。结果表明,经16S rRNA序列分析,4株藻际异养细菌分别隶属于Formosa、Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter四个属,P1菌株与Formosa的16S rRNA核苷酸序列的同源性为95%,P2、P3和P4菌株与Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter的同源性在99%以上。通过4株异养细菌及其同源性大的24株细菌构建进化树得出,28株细菌在系统发育树中主要分成4个分支,与同源性分析相符。     

寄生养殖大菱鲆的海洋盾纤类纤毛虫（弗州拟尾丝虫相似种）的形态学和18S rDNA 序列分析

从养殖大菱鲆（Scophthalmus maximus）患病鱼体中分离出一种寄生纤毛虫, 通过活体观察、碳酸银法染色对其形态学特征进行分析, 初步鉴定为弗州拟尾丝虫相似种（Parauronema cf. virginianum Thompson, 1967）。同时对其18S rDNA 序列进行了测定和分子系统发育学分析...     

中国海膨胀巴夫藻(定鞭藻门,巴夫藻纲)的首次纪录

2015年5月,我们从天津近海分离出一株黄绿色具鞭毛的单细胞藻。这珠藻细胞形态不规则,从圆形到细长型都有出现。绝大多数细胞具有很强的运动能力,一些细胞也可以形成静止的群体。结合形态学、超显微结构观察以及分子生物学分析,我们将这株藻鉴定为定鞭藻门,巴夫藻纲的膨胀巴夫藻。在此之前,中国近海只有绿色巴夫藻的记录,绿色巴夫藻对于水产养殖起到了很重要的作用。巴夫藻纲的其他物种尚无中国海记录。这是膨胀巴夫藻在中国海的首次记录。     

浮游软体动物长角螺属(Clio)种类的分类学和谱系地理学

许多终生浮游软体动物接近全球分布或呈环球分布,是海洋酸化和谱系地理学研究的良好材料。本文以西北太平洋和北印度洋的长角螺属(Clio)种类为材料,通过测定其线粒体COI基因(mtCOI,55条)和核18S rRNA基因(9条)序列,结合数据库中已有的序列,对该属进行了分类学和谱系地理学研究。结果表明,矛头长角螺(C. pyramidata)和尖棘长角螺(C. cuspidata)在mtCOI基因系统树中均形成4个明显分化的谱系分支,分别为支系A–D和支系E–H。矛头长角螺的支系A为全球分布,中国海及邻近海域可能仅有支系A的存在,支系B、C和D分布于特定海域。尖棘长角螺也存在明显的谱系地理结构,西北太平洋北赤道流南北两侧存在2个不同的支系,分布于吕宋海峡的支系E为一新的谱系分支。各支系内mtCOI基因的K2P遗传距离在0～0.026之间,支系间的遗传距离在0.031～0.089之间。膨凸长角螺(C. convexa)和曲形长角螺(C. recurva)没有明显的地理遗传分化。18S rRNA基因支持支系D为独立种,但不支持其他支系的划分。矛头长角螺和尖棘长角螺内部可能存在隐存多样性。洋流可...     

基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定

传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。     

印度尼西亚峇淡岛海域鱾新本尼登虫（Neobenedenia girellae）形态学及28S rRNA分子鉴定

本研究通过结合形态学与DNA分子标记等生物学手段,对印度尼西亚峇淡岛海域海水鱼类养殖中的本尼登虫(Isolate Batam, IB)进行形态学分析和种类鉴定。IB虫株在形态上与鱾新本尼登虫(Neobenedenia girellae)相似,属于新本尼登属。28S rRNA序列扩增得到序列为394 bp,与其他本尼登虫属比对相似性在85.86%～99.47%之间。进化树构建结果显示IB虫株与其他珻氏新本尼登虫(Neobenedenia melleni)和鱾新本尼登虫构成一簇,而本尼登虫自成一簇。综上所述,本研究结果支持鱾新本尼登虫与珻氏新本尼登虫为同种异名的分类学观点,并将IB虫株定种为鱾新本尼登虫。     

印度洋、西北太平洋龟螺属和小龟螺属种类的分类及DNA条形码鉴定

近来的研究表明,一些所谓的环球或环极地分布的广布种实际上包含着一些局限性分布的隐存种,物种多样性可能被低估。本文采用形态学和DNA条形码技术相结合的方式,对印度洋和西北太平洋海域的龟螺属(Cavolinia)和小龟螺属(Diacavolinia)的种类进行了分类学研究和物种鉴定。结果表明,线粒体16S rRNA基因数据不支持小龟螺属形态种的划分,分布于西北太平洋的D. grayi、D. vanutrechti、D. pacifica、D. elegans、D. angulosa等多个形态种可能属同一个种,即长吻小龟螺(D. longirostris)。COI基因数据也不支持钩龟螺(C. uncinata)亚种和变形的划分。许多形态特征不能作为种或种下分类单元的区分依据。钩龟螺、球龟螺(C. globulosa)和长吻小龟螺在COI系统树中均形成2个地理支系,其内部可能存在隐存种。西北太平洋海域长吻小龟螺的核基因组中存在线粒体假基因,对DNA条形码分析产生严重干扰。