钦州湾牡蛎线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列变异分析

利用线粒体16SrRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cvtocllrome oxidase Ⅰ,COI）基因片段初步研究钦州湾牡蛎（Ostxea）的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16SrRNA基因部分长度为413bp,COI基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例：16SrRNA基因598％;COI基因605％。对位排序比较表明,16SrRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COI片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）16SrRNA和COI序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0000,有明巨牡蛎（Crassostrea ariakensis）16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎（redmeatostxea）的遗传距离分别为0000和0011,白肉牡蛎16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0035和0146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16SrRNA和COI基因在种间存在明显的多态性,证实了16SrRNA和COI基因序列适用于牡蛎的系统学分析。     

3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段的序列比较

对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度分别为531～544bp(16S)、652～675bp(COI)和406～453bp(Cytb)的线粒体片段。片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COI基因56.9%,Cytb基因59.5%)。16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COI片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cytb片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失。数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点。此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、0.3156、0.2361)。认为3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cytb基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析。     

钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析

利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。     

3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因片段的序列比较

对裸体方格星虫（Sipunculus nudus）、可口革囊星虫（Phascolosoma esculenta）和澳洲管体星虫（Siphonosoma australe）的线粒体16S rRNA、COⅠ和细胞色素b（Cyt b）基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨.采用PCR方法得到总长度分别为531～544 bp（16S）、652～675 bp（COⅠ）和406～453 bp（Cyt b）的线粒体片段.片段碱基A＋T比例较高（16S rRNA基因58.3%,COⅠ基因56.9%,Cyt b基因59.5%）. 16S rRNA片段存在169个碱基变异位点（其中包括167个简约信息位点）和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COⅠ片段有512个碱基（333个简约信息位点）存在变异,79个碱基插入/缺失;Cyt b片段存在347个碱基（318个简约信息位点）变异位点,16个碱基插入/缺失.数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点.此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近（D=0.3159、03156、0.2361）.认为3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析.     

西北太平洋柔鱼资源与海洋环境的GIS空间分析

本文根据1995～2001年的西北太平洋地区(35°N～45°N,140°E～170°W)巴特柔鱼资源调查与生产的实际情况对柔鱼渔获量进行了研究,并利用同期遥感反演的海洋表层温度数据(SST)和近表层叶绿素a数据(Chlorophylla),拓展了GIS的空间分析功能,定量地研究了我国远洋柔鱼产量与水温、叶绿素等海洋要素场之间的关系,揭示西北太平洋柔鱼中心渔场的环境特征,以期为我国西北太平洋海区的鱿鱼生产服务。     

2种亚洲龙鱼的D-Loop序列结构分析

采用PCR技术对2种亚洲龙鱼的mtDNAD_Loop全序列进行扩增和测序,序列结构分析和序列同源性比对结果表明,2种亚洲龙鱼的mtDNAD_Loop在靠近5’端有3个终止相关序列TAS(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),靠近D_Loop的3’端有4个保守区域CSB1、CSB2、CSB3、CSB-D。在终止相关序列和保守区域之间是连续重复区域。经DNASP4.0软件分析,全序列中检测出多态位点数(S)为26,其中有17个转换,核苷酸多样性(Pi)为0.013,平均核苷酸差异数(K)为17.333。     

2种亚洲龙鱼的D—Loop序列结构分析

采用PCR技术对2种亚洲龙鱼的mtDNAD-Loop全序列进行扩增和测序，序列结构分析和序列同源性比对结果表明，2种亚洲龙鱼的mtDNAD-Loop在靠近5’端有3个终止相关序列TAS（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ），靠近D-Loop的3’端有4个保守区域CSB1、CSB2、CSB3、CSB—D。在终止相关序列和保守区域之间是连续重复区域。经DNASP4．0软件分析，全序列中检测出多态位点数（S）为26，其中有17个转换，核苷酸多样性（Pi）为0．013，平均核苷酸差异数（K）为17．333。     

湛江海域文昌鱼(Branchiostoma)线粒体Cyt b基因的全序列分析

测定了邻近湛江的茂名海区和硇洲岛海域文昌鱼各2个样本线粒体Cytb基因全序列,以尾索动物亚门的2种海鞘(Ciona spp.)和脊椎动物亚门的七鳃鳗(Petromyzon marinus)作为外群,利用分子系统学方法与GenBank收录的14个文昌鱼(Branchiostoma)的Cytb基因全序列进行了比较,UPGMA法构建了系统发生树。全序列分析表明:主产于大西洋(批针文昌鱼B.lanceolatum和佛罗里达文昌鱼B.floridae)、厦门文昌鱼(B.belcheri belcheri Gray)和湛江文昌鱼线粒体Cytb基因全序列长度为1143bp,终止密码子同为UAG;主产于青岛文昌鱼(B.belcheri tsingtaunese)和日本文昌鱼为1141bp,以T结尾,转录过程中构成UAA终止密码子。系统分析表明:16个文昌鱼样品体现出太平洋和大西洋、太平洋南北明显分化。确认采自茂名和硇洲岛的文昌鱼为厦门文昌鱼(B.belcheribelcheriGray);支持将白氏文昌鱼青岛亚种(B.belcheri tsingtaunese)提升为种,命名为日本文昌鱼(B.japonicus)。     

星洲银罗非鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

克隆并测定了星洲银罗非鱼(Oreochromis sp.)细胞色素b基因(cyt b)的全序列,得到全长1 141bp的序列用于分析,用MEGA4.0分析软件与GenBank中的线粒体DNA序列进行序列比较,显示星洲银罗非鱼与其他鱼类的cyt b基因的同源性较高,同源度介于83%~93%间;根据星洲银罗非鱼与莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼等12种鱼类的cyt b基因序列构建的系统进化树,初步确定尼罗罗非鱼、莫桑比克罗非鱼为星洲银罗非鱼的父母本。     

蛤蜊科3种贝类16SrRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌（Coelomactra antiquata）、中国蛤蜊（Mactra chinensis）和四角蛤蜊（Mactra veneriformis）3种双壳贝的16SrRNA基因片段和ITS2核苷酸序列．测序后用DNAstar软件分析了核苷酸差异。结果显示：三种贝类16SrRNA基因片段长度相同，均为306bp（去除引物）．核苷酸存在多态性。共有45个变异位点，54个核苷酸发生了变异。全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88．9％．与四角蛤蜊的同源性为88．6％．中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90．6％。三种蛤蜊ITS2序列分别为390bp（西施舌）、441bp（四角蛤蜊）和466bp（中国蛤蜊）。存在长度多态性．ITS2核苷酸差异分析结果显示．西施舌与中国蛤蜊的同源性为70．9％-71．1％，西施舌与四角蛤蜊的为70．5％-71．0％。中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88．1％-88．8％。ITS2序列分析结果与16SrRNA基因片段分析结果一致．2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。     

巨蛎属牡蛎DNA序列的比较及鉴定

【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。     

Sequences Characterization of Microsatellite DNA Sequences in Pacific Abalone(Haliotis discus hannai)

1 Introduction Microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) are tandemly repeated motifs of one to six bases found in all prokaryotic and eukaryotic genomes analysed to date (Zane et al., 2002). Due to their hyper-variable and co-dominant nature, relatively high abundance and random distribution in the genome, microsatellites are among the most efficient class of molecular markers. Such repeats display high polymorphism because of variation in repeat length and can be rapidly analysed t…     

GNSS UTCO参数演变分析与对比评估北大核心CSCD

全球导航卫星系统(GNSS)发播的协调世界时偏差参数(UTCO)随着导航系统现代化升级而更新,尤其是GPS和BDS的UTCO参数具有明显变化。从模型上看,一阶溯源模型改为二阶溯源模型,兼容一阶模型;从分辨率上看,参数分辨率普遍变小,从而提高对UTCO微小变化的敏感性。通过研究GPS、BDS、Galileo、GLONASS四大导航系统GPS LNAV电文、GPS CNAV电文、BDS D1/D2电文、BDS B-CNAV电文、Galileo电文、GLONASS电文中的UTCO参数,基于国际计量局(BIPM)国际时间公报(T公报)UTCr-UTC(k)数据,将GNSS UTCO参数统一到快速协调世界时(UTCr),分析不同系统发播的UTCO参数性能。同时以国家授时中心(NTSC)监测的GNSS系统时差和BIPM快速T公报作为参考,评估GNSS系统发播的协调世界时偏差误差(UTCOE)。结果表明,在实验时段内,GPS CNAV电文的UTCO参数性能优于GPS LNAV电文,BDS B-CNAV电文的UTCO参数性能优于BDS D1/D2电文;GPS、Galileo的UTCO参数性能优于BDS、GLONASS,BDS和GLONASS在UTC溯源中具有一定的系统误差。     

红鳍笛鲷微卫星DNA标记的开发与遗传多样性分析

以三亚外海的红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)自然群体为研究对象,利用磁珠富集法开发19个适用于红鳍笛鲷的微卫星DNA标记,其中16个为多态性标记,等位基因数为2～11,期望杂合度为0.242～0.896,观测杂合度为0.156～1.000,Ler 14、Ler 29、Ler 49等3个位点偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.0031),Ler9-Ler18、Ler12-Ler19、Ler46-Ler47、Ler46-Ler49、Ler18-Ler50、Ler14-Ler51等6对位点间检测到明显的连锁(P<0.05),Ler29、Ler13、Ler49、Ler19、Ler24、Ler25、Ler14、Ler51、Ler18、Ler9等10个位点属于高度多态位点[多态信息含量(PIC)>0.5],Ler47、Ler12、Ler15、Ler46等4个为中度多态位点(0.25>PIC>0.5)。     

共模误差PCA与ICA提取方法的比较

为消除共模误差CME,目前广泛应用的主成分分析法（PCA）基于观测数据的二阶统计量（方差和协方差）将观测网残差分解成一组不相关的随时间变化的模态和对应的空间响应,而GPS时间序列分布具有非高斯特征,二阶统计量不能完全描述其随机特性。本文假设区域网CME 与其他误差相互统计独立,则可以采用独立分量分析（ICA）法。采用模拟数据对ICA提取CME的精确性和有效性进行验证,并与PCA结果进行对比。结果表明,ICA能够有效地提取观测网CME。     

IBIS-L系统与TM30全站仪在边坡变形监测中的对比分析

使用IBIS-L系统对大型水电站边坡长时间的监测数据进行分析和处理,并与TM30全站仪进行变形监测精度对比。试验表明,IBIS系统可得到在雷达视线方向优于mm级精度的形变结果,优于TM30全站仪,可以实现高分辨率、高精度、实时的大型水电站边坡长时间变形监测。     

三峡蓄水进程中库首区地震活动与库水位的关联性研究

利用三峡数字遥测地震台网产出的地震观测资料,基于互相关-重排实验技术系统分析三峡工程在蓄水进程中地震活动与库水位的相关性及不确定度,探讨三峡水库地震的成因机制.结果表明:1)蓄水进程中库首区地壳经历了"持续加载-渗透饱水-回弹与再平衡"的复杂过程,库区地震活动的时空分布特征与库水位的时序变化关系密切;2)从开始蓄水到1...