极地抗植物病原真菌活性菌株PKS和NRPS基因的克隆与分析

植物常见病原真菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)为指示菌,采用平板扩散法对实验室保藏的38株极地细菌进行了抑菌活性验证,并对其中活性较强的菌株进行了分子鉴定与系统发育分析及次级代谢产物合成功能基因(PKS和NRPS)的克隆与分析。结果表明,38株极地细菌中,13株具有明显的抗病原真菌活性;分子鉴定与系统发育分析表明,11株活性菌株属于Pseudomonas,1株属于Psychrobacter,1株属于Arthrobacter;对活性菌株PKS和NRPS基因的克隆与分析表明,从10株活性菌株克隆到12条NRPS A结构域基因片段,其中5株活性菌株同时含有PKS I型KS结构域基因片段。据此为从聚酮和非核糖体肽等生物合成途径深入研究活性菌株的次级代谢产物提供了基因学证据。     

南大西洋热液区沉积物可培养细菌的多样性分析和产酶活性鉴定

为获得深海可培养微生物资源,利用2216E培养基,采用涂布平板法从南大西洋热液区沉积物中分离可培养细菌,并通过16S rRNA基因进行分类鉴定.同时测定各菌株产淀粉酶、蛋白酶、果胶酶、木聚糖酶、褐藻酸酶和脂肪酶(三丁酸甘油酯和吐温80)的能力.分离共获得216株菌株,经16S rRNA基因序列比对,共获得71株不同的菌株.其中包括变形菌纲62株、放线菌纲3株、芽孢杆菌纲2株和拟杆菌纲4株,分布于27个属,41个种.酶活检测结果显示,具有淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶(底物为三丁酸甘油酯)和脂肪酶(底物为吐温80)的产酶细菌分别为18、14、25、32株,供测细菌中未检出产果胶酶、木聚糖酶和褐藻酸酶的菌株.这些菌株为进一步研究开发提供了深海微生物资源.     

雅浦海沟深海沉积物可培养真菌多样性及其反硝化能力研究

自雅浦海沟4个站位的12个沉积物样品中分离得到38株真菌菌株,基于形态观察和ITS序列信息对所得菌株进行分类鉴定,发现它们分别属于青霉属(Penicillium,17株)、曲霉属(Aspergillus,7株)、篮状菌属(Talaromyces,1株)、枝孢属(Cladosporium,6株)、赭霉属(Ochroconis,1株)、Meyerozyma属(1株)、梅拉菌属(Meira,1株)、Cystobasidium属(2株)、Wallemia属(1株)和红酵母属(Rhodotorula,1株)等10个属.其中青霉属、曲霉属和枝孢属菌株为优势菌株,分别占分离菌株总数的44.7%、18.4%和15.8%;而Wallemia属(节担菌纲)菌株是首次从深海环境中分离到.利用PCR技术在分离的深海真菌菌株中检测nir K和P450nor两种反硝化关键酶基因,结果显示nir K基因可在黄曲霉(Aspergillus flavus)、黑曲霉(Aspergillus niger)、杂色曲霉(Aspergillus versicolor)、枝孢菌(Cladosporium sp.)、枝状枝孢(Cladosporium cladosporioides)和产黄青霉(Penicillium chrysogenum)等6种真菌菌株中检测到,而P450nor基因仅在黄曲霉菌株中检测到.同时还通过富集培养方法从上述沉积物样品中分离获得两株反硝化枝孢菌.结果表明,雅浦海沟深海沉积物环境中存在着丰富的真菌资源,它们在深海环境氮循环中起着一定作用,这将增强人们对深海环境可培养真菌多样性及其生态作用的认识.     

南麂岛海洋沉积物抑菌真菌的筛选及其代谢产物特性的初步研究

以7种水产病原菌为指示菌,采用菌饼法对分离自南麂岛海域的15个沉积物样品中的78株海洋真菌进行抑菌活性初筛,获得了对至少一种病原指示菌有抑菌活性的菌株19株.采用打孔扩散法对这19株真菌的发酵液进行抑菌活性复筛,共有9个菌株的次级代谢产物对一种或者几种病原指示菌有抑制作用,其中菌株NJ0104的次级代谢产物对除灿烂弧菌...     

东太平洋结核区可培养细菌的多样性研究

东太平洋结核区位于东北太平洋,在深海海底含有丰富的多金属结核,而微生物在多金属结核的形成过程中发挥着重要的作用。本研究通过DY29航次获得了该区域多个实验样品,包括结核、结核覆盖的沉积物、无结核覆盖的沉积物和底层海水,并对这些样品进行了细菌的分离培养和活性检测。结果表明,东太平洋结核区拥有丰富的微生物资源,共分离保藏细菌1 200株,其中402株细菌完成16SrRNA基因测序,分属于4个门,65个属和135个种。4个门分别为变形菌门(Proteobacteria,占81.59%)、放线菌门(Actinobacteria,占8.21%)、厚壁菌门(Firmicutes,占8.21%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,占1.99%);优势属为盐单胞菌属(Halomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、亚硫酸盐杆菌属(Sulfitobacter)等。两种沉积物样品中可培养放线菌门和厚壁菌门的细菌丰度较高,结核中分离得到的细菌包含较高比例的α-变形菌纲,4种样品类型中γ-变形菌纲的细菌均占最大比例。对结核样品分离得到的细菌进行酶学性质检测发现具有过氧化氢酶及酯酶(吐温20和吐温40)活性的菌株所占比例较高,并首次筛选出一些未报道的具有锰氧化能力的菌株。综合以上结果,东太平洋结核区不同样品的可培养细菌多样性较高,微生物资源丰富,而具有锰氧化能力菌株的分离鉴定对研究深海多金属结核的形成及深海矿产资源的开发都具有重要的意义。     

广西红树林根际土壤放线菌的原位培养分离及其活性筛选

为了发掘广西红树林根际土壤的放线菌资源,本文利用原位培养装置,埋于根际土壤中俘获放线菌,30d后取回实验室,采用平板涂布法对4个地点的原位培养样品于15种培养基上进行分离纯化;对分离株基于16SrRNA基因序列进行系统发育分析;进一步进行抗菌活性和产酶活性检测。共分离得到113株放线菌。对其中33株放线菌进行测序,结果表明20株属于链霉菌属,11株属于拟诺卡氏菌属,1株属于伦兹氏菌属,1株与拟诺卡氏菌属相似性最高为90%,很可能属于放线菌一个新属。抗菌实验结果显示其中有7株、4株、18株、6株、10株、3株实验菌株分别对大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、普通变形杆菌、乙型溶血性链球菌和肺炎克雷伯氏菌具有抑制作用;有55株、62株、24株、72株的实验菌株分别具有纤维素酶活性、淀粉酶活性、胶原蛋白酶活性、酯酶活性。原位培养可以丰富对广西红树林根际土壤的认识,分离到了新种甚至可能是新属的放线菌,分离得到的部分放线菌菌株具有较高生物活性,为后续工作提供了良好的实验材料。     

山口红树林根际土壤可培养细菌多样性及其活性筛选

为探讨广西山口红树林土壤可培养细菌的多样性,采用纯培养分离技术对采集的25个红树林样品进行可培养细菌多样性分析,挑选117株菌株进行16S rRNA基因测序并构建系统发育树分析。结果表明117株菌株分别属于9个纲20个目27个科35个属,9个纲包括α-变形菌纲（21.37%）、β-变形菌纲（1.71%）、γ-变形菌纲（12.82%）、δ-变形菌纲（0.85%）、噬纤维菌纲（0.85%）、鞘脂杆菌纲（0.85%）、黄杆菌纲（2.56%）、放线菌纲（27.35%）、芽孢杆菌纲（31.62%）。优势属为芽孢杆菌属,占所有菌株的28.20%,此外α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲中发现了7株潜在的新物种。分离菌株的产酶活性检测表明,山口红树林根际土壤蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖、纤维素酶和几丁质酶等生物活性酶的菌株,其中芽孢杆菌纲的产酶菌株数最为丰富。初步研究结果表明广西山口红树林土壤可培养细菌资源丰富,新物种资源多样,是农业微生物开发应用的重要资源库。     

印度洋深海沉积物样品纯培养细菌的分离鉴定

为探索印度洋深海沉积物中纯培养细菌的多样性,本文对采自印度洋12个沉积物样品进行细菌纯培养分离,共获得343株细菌.所有细菌采用16S?rRNA基因进行比对分析,鉴定为4个门:厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroi...     

100株深海真菌次生代谢产物的生物活性初步研究

利用中国＂大洋一号＂第20航次采集的深海沉积物样品进行了真菌分离鉴定,获得110株深海真菌,这些菌分属于15个属.其中曲霉和青霉最多,共为55株,占50%,且重复较多,只分布于10个种.利用CCK8法及琼脂扩散法对其中的100株深海真菌进行了抗肿瘤及抗菌活性检测,发现深海真菌具有良好的生物活性,细胞毒阳性率占49%,26%的菌株具有明显抗大肠杆菌效果、23%明显抗枯草、5%抗白假丝酵母、21%抗金黄色葡萄球菌.生物活性与培养基成分及筛选用肿瘤细胞株类型相关.对具有生物活性的20株深海真菌发酵粗提物进行了HPLC指纹图谱初步分析,发现其HPLC指纹图谱与培养基成分相关.该研究为后期分离鉴定深海真菌产生的生物活性化合物奠定了良好基础.     

三大洋深海沉积物样品可培养真菌多样性研究

深海真菌是深海微生物的重要组成之一,在深海环境生态系统中起着非常重要的作用,但目前人们对于深海沉积物中的真菌群落多样性关注较少.本研究对来自东太平洋、南大西洋和西南印度洋(三大洋)的15个沉积物样品进行真菌的分离培养,共获得175株真菌,包括93株酵母菌和82株丝状真菌.基于形态学观察和ITS序列的系统发育分析显示,93株酵母分别属于红冬孢酵母属(Rhodosporidium)和胶红酵母属(Rhodotorula)的两个种[海洋红酵母(Rhodosporidium paludigenum)和胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)].82株丝状真菌分别属于曲霉属(Aspergillus)、枝孢属(Cladosporium)、青霉属(Penicillium)、链格孢属(Alternaria)、镰刀菌(Fusarium)、支顶孢属(Acremonium)、茎点霉属(Phoma)、麦轴梗霉属(Tritirachium)、毛壳菌属(Chaetomium)、外瓶霉属(Exophiala)、侧齿霉属(Engyodontium)、肉片齿菌属(Sistotrema)、裂褶菌属(Schizophyllum)、腥掷抱菌属(Tilletiopsis)和Hormonema.其中曲霉属为丝状真菌中的优势属,占总菌株的47.6%.上述研究结果表明大洋深海沉积物中存在着较为丰富的真菌资源,有助于加深我们对于不同大洋区域深海环境中真菌群落结构的认识.     

大叶藻内生放线菌的分离及抗菌活性筛选

大叶藻是一种水生单子叶植物,是构成海草床的主要藻类之一.对大叶藻内生放线菌及其活性物质的研究是发现海洋微生物资源和新天然产物的有利途径.通过纯培养的方法,使用2216E等7种培养基,从山东省威海市荣成天鹅湖采集的大叶藻样品中分离出62株内生放线菌,并利用纸片法对金黄色葡萄球菌、白色念珠菌和副溶血性弧菌等7种指示菌进行了...     

Isolation and phylogenetic assignation of actinomycetes in the marine sediments from the Arctic Ocean

Actinomycetes in five marine sediments collected from the Arctic Ocean at depths of 43 to 3 050 m were cultivated using a variety of media. A total of 61 actinomycete colonies with substrate mycelia only were observed, and no colonies with aerial mycelia were observed under aerobic conditions at 15 ℃. From these colonies, 28 were selected to represent different morphological types.Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was used to check the purity of isolates and select representatives for subsequent sequencing. Phylogentic analyses based on nearly full-length 16S ribosomal RNA gene (rDNA) sequences indicated that the actinomycetes isolated were accommodated within genus Rhodococcus of family Nocardiaceae, genus Dietzia of family Dietziaceae,genera Janibacter and Terrabacter of family Instrasporangiaceae and genera Kocuria and Arthrobacter of family Micrococcaceae. One of the strains (P27-24) from the deep-sea sediment at depth of 3 050 m was found to be identical in 16S rDNA sequence(1474/1474)with the radiation-resistant Kocuria rosea ATCC 187T isolated from air. More than halfofthe isolates showed the similarities ranging from 99.5% to 99.9% in 16S rDNA sequence to dibenzofran-degrading, butyl 2-ethylhexanoate-hydrolysising and nitrile-metabolizing actinomycetes. All the strains isolated were psychrotolerant bacteria and grew better on the media prepared with natural seawater than on the media prepared with deionized water. Three of them (Dietzia sp. P27-10, Rhodococcus sp. S11-3 and Rhodococcus sp.P11-5)had an obligate growth requirement for salt, confirming that these strains are indigenous marine actinomycetes.     

广东沿海原生态红树林环境放线菌分离及抗分枝杆菌活性评价

为了寻找新型抗结核药物先导,从广东沿海阳江、惠州、珠海、深圳等原生态红树林保护区采集了45份土壤样品,采用改良高氏Ⅰ号培养基对样品进行放线菌分离,共分离得到放线菌177株。纯化后的菌株采用固体培养基发酵培养,甲醇∶二氯甲烷∶乙酸乙酯混合溶剂(3∶2∶1,v/v/v)超声提取,并以耻垢分枝杆菌为指示菌,进行抗分枝杆菌活性筛选,发现44株红树林放线菌对天然耐药的耻垢分枝杆菌有不同程度的抑制作用,占总分离菌株的24.8%。结果表明,从红树植物老鼠簕根部土壤中分离得到放线菌的数量及抗分枝杆菌活性菌株数量都最多。     

一株群体感应抑制活性海洋放线菌的筛选与鉴定 *

群体感应抑制剂(Quorum Sensing Inhibitors, QSIs)可以通过干扰群体感应(Quorum Sensing, QS)而有效降低病菌的感染性和毒力, 并且不会胁迫致病菌使其产生耐药性, 是具有前景的抗生素替代品。海洋微生物是新型QSIs的潜在来源。本研究利用紫色杆菌(Chromobacterium violaceum 026, CV026)模型评价QS抑制活性, 在来源于南海中西部和印度洋深海沉积物样品的放线菌中筛选QS抑制活性菌株, 并且根据形态学特征和16S rRNA基因序列鉴定活性菌株。通过筛选获得了菌株SCSIO 53717, 其提取物在CV026模型中能够显著降低指示菌株的紫色菌素产量, 并且在0~1000mg·mL^-1的有效浓度范围内不影响紫色杆菌的生长。菌株SCSIO 53717被鉴定为Kocuria属, 是首次报道的具有QS抑制活性的Kocuria属菌株, 因而具有进一步深入研究的价值。     

Fatty acid profiles of marine benthic microorganisms isolated from the continental slope of bay of bengal: a possible implications in the benthic Food web

Marine bacteria, actinomycetes and fungal strains were isolated from continental slope sediment of the Bay of Bengal and studied for fatty acid profile to investigate their involvement in the benthic food-web. Fifteen different saturated and unsaturated fatty acids from bacterial isolates, 14 from actinomycetes and fungal isolates were detected. The total unsaturated fatty acids in bacterial isolates ranged from 11.85 to 37.26%, while the saturated fatty acid ranged between 42.34 and 80.74%. In actinomycetes isolates, total unsaturated fatty acids varied from 27.86 to 38.85% and saturated fatty acids ranged from 35.29 to 51.25%. In fungal isolates unsaturated fatty acids ranged between 44.62 and 65.52% while saturated FA ranged from 20.80 to 46.30%. The higher percentages of unsaturated fatty acids from the microbial isolates are helpful in anticipating the active participation in the benthic food-web of Bay of Bengal.     

八门湾红树林土壤放线菌多样性及抗病原菌活性分析

红树林土壤中蕴藏着丰富的放线菌资源,是新菌种的重要来源。为获得更多新的放线菌资源以用于开发新的生物活性化合物,了解放线菌的多样性是非常重要和必要的。研究采用扩增子高通量测序和传统培养法对八门湾红树林土壤放线菌进行了非培养和培养水平多样性研究,同时对其抗病原菌活性进行了分析。对于非培养水平多样性研究,与细菌通用引物相比,利用放线菌相关引物可以提高放线菌丰度的检测水平,其百分比含量提高2.47倍;可以检测到放线菌门更多的目、科和属;对于在目水平上的放线菌类群组成来说,Acidimicrobiales、Corynebacteriales、Gaiellales、Kineosporiales、Solirubrobacterales是优势类群,但是在用两对不同引物得到的结果中,其百分含量差异较大。放线菌相关引物更适合环境样品中放线菌多样性的分析。对于培养水平多样性研究,分离到256株放线菌,属于7个目、9个科、14个属, Shannon-Wiener多样性指数为1.32, Streptomyces(42.58%)和Micromonospora(42.19%)是优势属;与模式菌株的相似性小于98.5...     

1957～2002年南海—北印度洋海浪场波候特征分析

利用ERA-40海表10 m风场驱动第三代海浪数值模式WAVEWATCH-Ⅲ,得到南海—北印度洋1957年9月至2002年8月的海浪场,并分析其波候(风候)特征.研究发现如下主要特征:(1)该海域的波高波向、风速风向受季风影响显著;(2)北印度洋大部分海域的海表风速呈显著性逐年线性递增趋势,大约0.01～0.02 m/(s·a),南海线性递增的区域则较少,有效波高呈显著性逐年线性递增的区域主要集中在低纬度中东印度洋(约0.003～0.006 m/a)、索马里附近海域(大约0.002～0.005 m/a)、南海大部分海域(约0.002～0.004 m/a),线性递减的区域主要集中在孟加拉湾海域(约-0.002 m/a);(3)Nino3指数与南海—北印度洋的海表风场、浪场存在密切的关系;(4)南海—北印度洋的海表风速与有效波高存在5.2a左右的共同周期,南海的海表风速、有效波高还存在2.0a左右的共同周期,北印度洋的海表风速、有效波高还存在26.0a的长周期震荡.     

Characterization of some bacterial strains isolated from the Egyptian eastern and northern coastlines with antimicrobial activity of Bacillus zhangzhouensis OMER4

Marine microorganisms were considered to be important sources of marine bioactive compounds. The major objective of the study was to isolate and characterize bacteria with antimicrobial activities from the various marine environment of Egypt. In this respect, thirty-five bacterial isolates were recovered from sediment samples collected from different spots along the Egyptian Red Sea coastline and Alexandria coastline during the summer season of 2017 and 2018. According to the morphological, phys...     

俄罗斯库页岛潮间带沉积物可培养细菌的系统发育多样性

采用2216E、R2A、M1培养基,首次从俄罗斯库页岛潮间带沉积物样品中分离到82株可培养海洋细菌,经查重并菌后选取其中45株具有代表性的菌株进行了16S r RNA基因序列分析和多样性研究。结果发现,它们共分布于变形细菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)4个类群(分别占45株代表菌株的42.2%、20.0%、20.0%和17.8%),代表着6个纲、27个属、44个种;同时发现其中有8个潜在新种和1个潜在新属。本研究结果表明,俄罗斯库页岛潮间带沉积物可培养细菌的系统发育多样性非常高,大部分菌株与分离自日本和韩国近海的细菌物种在系统发育关系上高度同源,但也存在不少潜在的新物种。