藤壶亚目物种的系统发育学研究进展

藤壶亚目是目前为止海洋生物群落中种类最丰富和最重要的类群之一,也是海洋污损生物的重要组成部分,主要分布于岩石潮间带栖息地、深海热液口,有的物种会附着在红树林植物、动物和人工构筑物上。文章综述了藤壶亚目的起源以及分类系统的建立和发展,认为藤壶亚目在下白垩纪从有柄目分化而来,其中篱藤壶科(小藤壶总科)是最早分化出的一支,而后逐渐分化为星板藤壶总科、厚藤壶总科、鲸藤壶总科、笠藤壶总科、小藤壶总科和藤壶总科6支;总结了国内藤壶亚目的研究进展;比较了藤壶亚目系统发育学的研究方法;展望了未来的研究方向,即结合形态学方法与分子系统学方法研究藤壶亚目物种的系统发育关系,为今后研究藤壶亚目物种的分类及防治等工作提供借鉴和帮助。     

藤壶科DNA 分类研究

围胸总目藤壶科的分类系统经历了二亚科系统(小藤壶亚科 Chthamalinae,藤壶亚科 Balaninae)、三亚科系统[藤壶亚科(Balaninae),巨藤壶亚科(Megabalaninae),凹藤壶亚科(Concavinae)],现在采用的是四亚科系统[藤壶亚科(Balaniae)、纹藤壶亚科(Amphibalanus)、巨藤壶亚科(Megabalaninae)和凹藤壶亚科(Concavinae)],但各亚科之间的系统演化关系尚未进行过分子系统学方面的研究.许多藤壶科物种存在趋同进化的趋势,致使传统的形态分类存在困难,不能正确地进行鉴别.本文测定了藤壶科3个亚科里个代表种的线粒体 COI,16S 和12S 基因的部分序列,结合 GenBank 中藤壶科其他物种的12S,28S和18S等基因序列,比较了不同基因片段作为鉴别藤壶科物种的条形码的可行性和有效性,并联合16S和12S序列初步分析了藤壶科各亚科之间的一些亲缘关系.研究结果表明:COI基因的种间和种内遗传距离有明显的间隔区, COI最小种间距离为0.122,远大于最大种内距离0.023,而16S基因的种间与种内距离存在覆盖,最小种间距离为0.018,小于最大种内距离0.023,因此表明,线粒体基因 COI能更准确地鉴定藤壶科种间以及种内关系,并得出阈值为种内差异小于0.023,种间差异大于0.1.ML和BI系统发育分析结果基本一致,支持4亚科的分类系统;巨藤壶亚科形成明显单系群,支持率很高,而两种纹藤壶和管藤壶聚成一支,形成一个单系,本结果支持Newman & Ross的假说,即纹藤壶属和管藤壶属应合并.     

中国近海的蔓足类 Ⅲ.小藤壶科

小藤壶类除少数种为深海产外，大部栖息于潮间带，附着于岩石、码头、树木、管道、浮标或船底，是沿岸附着生物的主要种类，在潮间带岩岸生物群落中常占一定的优势。种类的准确鉴定对分析潮间带生态和附着生物的生态研究及防除工作都具有一定的意义。 早在1854年，Darwin就在藤壶科Balanidae下建立了小藤壶亚科Chthamalinae. Pilsbry (1916)将其提升为小藤壶科Chthamalidae，与Balanidae并列；1976年Newman& Ross对藤壶亚目Suborder Balanomorpha进行了全面的修订，分为3个总科(Chthamaloidea,Coronuloidea和Balanoide)，他们将小藤壶科中壳壁带轮生副板的4属分出，建立鳞藤壶科Catophragmidae，与Chthamalidae一起置于小藤壶总科Chthamaloidea之下。 关于小藤壶类，国内仅有零星记载，缺少系统研究，特别是一些深水种尚无报道。本文根据中国科学院海洋研究所过去在全国沿海潮间带采集的标本写成，共报告小藤壶科9种，分隶于2亚科4属，其中有1新种，1种为我国首次录。新种的模式标本保存在中国科学院海洋研究所。 本文报告的小藤壶，分布于我国长江口以北海域的只有东方小藤壶Chthamalus challengeri Hoek，它大量出现在高潮带岩石上，对温、湿度变化的适应力很强，能忍受较长时间的周期性干燥和较大的温度变化幅度。其余种类则出现在长江口以南亚热带和热带海区，其中白条地藤壶Euraphia withersi和楯形矮藤壶Chamaesipho scutelliformis分布广，数量大；中国四板小藤壶Tetrachthamalus sinensis Ren在海南岛和北部湾沿岸占优势。     

新疆一种琥珀螺线粒体基因组测序分析

本研究利用高通量测序技术获得采自新疆昭苏琥珀螺科一未知种的线粒体全基因组序列。该种琥珀螺线粒体基因组全长14219bp,由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成。基因组中AT含量为76.43%,GC含量为23.57%,表现出明显的AT偏好性。13个PCGs多使用ATG为起始密码子,TAA为终止密码子。tRNA基因中tRNA-Ser1和tRNA-Ser2缺少DHU臂,其中tRNA-Ser1在缺失的DHU臂处有一个小的茎环结构。非编码区位于COX3与tRNA-Ile之间,长度为58bp。琥珀螺科中现有腐败琥珀螺Succineaputris、五家渠尖缘螺Oxylomawujiaquensis和Omalonyxunguis的线粒体基因组被报道。三者的基因排列顺序和结构基本相似。昭苏琥珀螺未知种的基因排列顺序与它们有所不同。昭苏琥珀螺未知种的tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于COX2和tRNA-Gly之间,上述三种tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于tRNA-Ser2和tRNA-Ser1之间。系统发育树结果显示,琥珀螺科的四种聚为一支,为单系群,其中腐败琥珀螺和Omalonyxunguis亲缘关系更近。本研究结果支持昭苏琥珀螺未知种为中国一未报道的属种,但要确定其是否为一新属新种尚需更多的分子和形态数据。     

网纹藤壶壳板矿化结构及其碳酸钙含量测定

采用X射线衍射技术,初步研究了网纹藤壶(Balanus reticulates Utinomi)壳板矿化结构特征,并采用钙黄绿素法、钙-羧酸指示剂法和铬黑T指示剂三种方法测量了来自不同海域藤壶壳板的碳酸钙含量。实验发现,网纹藤壶壳板中的矿化组织主要由方解石构成,碳酸钙微晶体排列有一定的取向,较为复杂。海口和陵水两地藤壶壳板中碳酸钙含量没有显著差异(P<0.05),最大值为93.87%,最小值90.77%。尽管三种碳酸钙含量测量法的结果没有显著性差异(P<0.05),但进一步综合分析发现钙黄绿素法测定结果最为稳定,且简单易操作,可作为首选方法。     

瑞氏红鲂(鱼弗)(Satyrichthys rieffeli)基因组survey分析及线粒体基因组注释

为了解瑞氏红鲂(鱼弗) (Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构, 采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂(鱼弗) 进行基因组survey分析, 为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序, 组装得到的基因组大小为813 Mb, 杂合率为0.92%, 重复序列比例为45.97%, Contigs的N50大小为712 bp。瑞氏红鲂(鱼弗)线粒体基因组长度为16 527 bp, 共38个基因(22个tRNA、12S rRNA、16S rRNA、ND1~ND6、COXI~COXIII、Cyt b、ATP8、ATP6、ND4L和1个D-loop区), 基因之间未发生重排, GC含量45.70%; 蛋白质编码基因中出现不完整的密码子T--和TA-; tRNA中只有tRNA-Ser (GCT)缺失了二氢尿苷臂(DHU臂)的简单环, 其他都是正常二级结构。此外, 联合NCBI中18个鲉形目鱼类的线粒体基因组, 利用最大似然法和贝叶斯法构建了鲉形目鱼类的分子系统发育关系。结果表明, 瑞氏红鲂(鱼弗)与同为黄鲂(鱼弗)科的须叉吻鲂(鱼弗) (Scalicus amiscus)为姐妹分支, 支持瑞氏红鲂(鱼弗)是黄鲂(鱼弗)科鱼类的形态学分类结果, 为开展黄鲂(鱼弗)科鱼类系统发育深入研究奠定了基础。     

尾索动物线粒体基因组特征比较及分子系统发育

为全面揭示尾索动物线粒体基因组的基本特征,作者系统分析了12种尾索动物的线粒体基因组全序列,尾索动物线粒体基因组所有的基因均在同一链上编码,这与脊椎动物、头索动物线粒体基因组的基因分布特征显著不同.与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,尾索动物线粒体基因组存在转运 RNA基因的增加以及部分物种 atp8基因的缺失.在尾索动物线粒体基因组中发生了大规模的基因重排,即使在同属物种的线粒体基因组中,也存在主编码基因的基因重排及基因缺失.尾索动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子、终止密码子及氨基酸长度存在明显差异.2个玻璃海鞘(Ciona intestinalis 和 C. savignyi)线粒体基因组12个蛋白质编码基因的 Ka/Ks 比值都低于1(0.0927~0.6752),显示出一定的负选择.在所有的主编码基因中, nad5基因和nad4基因的变异位点最多,可以作为备选的分子标记,用于分析尾索动物不同物种之间的生物多样性.基于线粒体基因组的系统发育分析,支持尾索动物在科级的亲缘关系为:(((柄海鞘科 Pyuridae+芋海鞘科 Styelidae)+(((三段海鞘科Polyclinidae+星骨海鞘科Didemnidae)+簇海鞘科Clavelinidae)+玻璃海鞘科Cionidae))+长纹海鞘科Ascidiidae)+海樽科Doliolidae.     

我国裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)形态与线粒体基因组分析

为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现, 目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的外部形态特征分析, 并从分子水平对该裸胸鳝进行线粒体全基因组测序。结果显示, 奥迪萨裸胸鳝主要特征为体型粗壮, 体棕褐色, 吻端至鳃孔区域分布橘黄色斑点, 眼睛后缘存在黑色斑块, 鳃孔边缘黑色, 身体无其他条带或斑纹; 上颌齿、中央齿均单行, 下颌齿两行, 椎骨式为4-52-135。线粒体基因组方面, 奥迪萨裸胸鳝线粒体全长为16 580 bp, 由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区组成, 基因组结构特征与其他脊椎动物相似。基于12个蛋白编码基因构建的海鳝科鱼类分子系统进化树上, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)、淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pseudothyrsoideus)、疏条纹裸胸鳝(Gymnothorax reticularis)及小裸胸鳝(Gymnothorax minor)聚在一起; 基于COI基因构建的裸胸鳝属鱼类分子系统进化树, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝、淡网纹裸胸鳝、肝色裸胸鳝(Gymnothorax hepaticus)及黄纹裸胸鳝(Gymnothorax monochrous)等聚为一支。遗传距离方面, 奥迪萨裸胸鳝与目前世界上其他裸胸鳝的遗传距离范围为0.082~0.263,均大于最小物种鉴定遗传距离0.020,揭示奥迪萨裸胸鳝在形态与分子水平均为区别于其他裸胸鳝的独立物种。研究结果表明我国海域也有奥迪萨裸胸鳝分布, 为新记录种, 为我国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录更新提供分类基础。     

海洋污损生物藤壶生长过程及附着强度研究

研究海洋污损生物藤壶（Barnacle）不同生长阶段附着强度，可为科学制定藤壶清除规范及设计相关机械设备提供依据。本文采用浸泡法在湛江调顺岛（21°31''N，110°41''E）实海中挂板，结合形貌观察藤壶生长过程，利用自行设计的剪切强度测试装置，选取网纹藤壶测试不同生长阶段剪切强度。结果表明：试板浸泡10 d，幼体藤壶开始附着；30 d试板表面藤壶覆盖面积约占30%，基底直径1~6 mm，部分藤壶死亡形成空壳；60 d试板约50%面积被藤壶覆盖，试板表面有覆膜，空壳现象加剧，藤壶基底直径最大达10 mm；90 d试板约95%面积被藤壶覆盖，出现藤壶相叠现象，基底直径1~13 mm。藤壶附着生长过程中，剪切强度变化符合“快-慢”的特点，以藤壶基底直径为变量，构建藤壶剪切强度Logistic增长模型，决定系数R²=0.99，说明模型拟合良好。利用构建的Logistic增长模型将藤壶剪切强度划分为速增期（基底直径4.0~6.4 mm），缓增期（基底直径6.4~8.7 mm）及渐停期（基底直径>8.7 mm）3个阶段。结合藤壶附着生长过程，藤壶在附着后采用机械方式清除的最佳清除时期在速增期。     

东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。     

烟台海滨潮间带岩岸环境无脊椎动物群落特性的初步研究

本文所研究的烟台沿海潮间带岩带环境无脊椎动物群落的最小样方面积为4m3。石沟屯的无脊椎动物群落种的多样性与蛇们岛和雨岱山两地的无脊椎动物群落种的多样性存在显著差异（P＜0．01），以石沟屯的多样性指数最高（Shannon－WienerIndexH＝0．888），生物密度最大（6702个体／m），且石沟屯的无脊椎动物群落的结构与崆峒岛和雨岱山的存在明显差异。水体一定程度的富营养化和风浪的影响是造成所研究的岩岸环境无脊椎动物群落的结构与多样性差异的主要原因。所研究的三地无脊椎动物群落都以东方小藤壶为绝对优势种，以东方小藤壶、黑荞麦蛤和短滨螺3个优势种决定着所研究的烟台岩岸环境无脊椎动物群落的结构和外貌。     

The complete DNA sequence of the mitochondrial genome of Sinonovacula constricta (Bivalvia: Solecurtidae)

The nucleotide sequence of the mitochondrial genome of the solecurtidae Bivalvia mollusca Sinonovacula constricta (GenBank accession number EU880278) has been determined and is reported here. We determined the complete mitochondrial genome sequence using long-PCR and Shot Gun Sequencing. Contained within the 17 225 base pairs (bp) are the two ribosomal RNA genes and 12 protein coding genes typical of metazoan mitochondrial genomes. The S. constricta mitochondrial DNA (mtDNA) did not contain a gene for atp8, similar to the mtDNA of Crassostrea virginica, Crassostrea giga and Mytilus edulis. The S. constricta mtDNA is 67.0% A+T (A 25.9%, C 10.5%, G 22.5%, and T 41.1%). This value is higher than that for many invertebrate mitochondrial genomes. Only 19 putative tRNA genes are present in S. constricta and 27 noncoding regions, of which two are large in size. The trnE and trnW genes as well as a second trnS were absent in S. constricta. The gene arrangement of S. constricta is different from the other Bivalvia genomes.     

软甲纲(节肢动物门:甲壳动物亚门)系统发育线粒体基因组研究

Along with the sequencing technology development and continual enthusiasm of researchers on the mitochondrial genomes, the number of metazoan mitochondrial genomes reported has a tremendous growth in the past decades. Phylomitogenomics—reconstruction of phylogenetic relationships based on mitochondrial genomic data—is now possible across large animal groups. Crustaceans in the class Malacostraca display a high diversity of body forms and include large number of ecologically and commercially important species. In this study, comprehensive and systematic analyses of the phylogenetic relationships within Malacostraca were conducted based on 86 mitochondrial genomes available from Gen Bank. Among 86 malacostracan mitochondrial genomes, 54 species have identical major gene arrangement(excluding t RNAs) to pancrustacean ground pattern,including six species from Stomatopoda, three species from Amphipoda, two krill, seven species from Dendrobranchiata(Decapoda), and 36 species from Pleocyemata(Decapoda). However, the other 32 mitochondrial genomes reported exhibit major gene rearrangements. Phylogenies based on Bayesian analyses of nucleotide sequences of the protein-coding genes produced a robust tree with 100% posterior probability at almost all nodes. The results indicate that Amphipoda and Isopoda cluster together(Edriophthalma)(BPP=100).Phylomitogenomic analyses strong support that Euphausiacea is nested within Decapoda, and closely related to Dendrobranchiata, which is also consistent with the evidence from developmental biology. Yet the taxonomic sampling of mitochondrial genome from Malacostraca is very biased to the order Decapoda, with no complete mitochondrial genomes reported from 11 of the 16 orders. Future researches on sequencing the mitochondrial genomes from a wide variety of malacostracans are necessary to further elucidate the phylogeny of this important group of animals. With the increase in mitochondrial genomes available, phylomitogenomics will emerge as an important component in the Tree of Life researches.     

白额纵沟纽虫(Lineus alborostratus Takakura)的线粒体基因组

通过PCR扩增、测序获得白额纵沟纽虫线粒体基因组全序列并进行了生物信息学分析.白额纵沟纽虫线粒体基因组全长15 476bp,包含后生动物线粒体基因组典型的13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和1个747bp的非编码区.除tRNA-Thr和tRNA-Pro基因外,其他基因均编码在重链上.基因组碱基组成具有AT偏向性,蛋白质编码基因偏好使用富含T的密码子.蛋白质编码基因的起始密码子均为ATG,终止密码子多为TAA或TAG,nad1、nad2、cytb基因具有不完全终止密码子T.预测的22个tRNA均具有典型三叶草结构.非编码区未发现在其他纽虫所报道的特殊茎环结构,但在nad4基因上发现有37 bp的发卡结构.白额纵沟纽虫的基因排列、起始密码子、tRNA反密码子与Lineus viridis完全一致,两者rrnL和非编码区长度差别较大,前者具有较少核苷酸插入.     

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.     

文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨

线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因...     

高体(鱼狮)(Seriola dumerili)线粒体全基因组测定及结构特征分析

为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Tyr、tRNA^Ser、tRNA^Glu、tRNA^Pro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNA^Ser-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。     

狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组测定及结构特征分析

为解析狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组结构特征以及进化地位,采用二代高通量测序技术获得狄氏斧蛤线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行注释并对其序列结构进行分析。结果表明,狄氏斧蛤的线粒体全基因组序列全长为16 908 bp,碱基组成为A (26.81%)、T (41.13%)、G(21.21%)和C (10.85%),A+T含量为67.94%,表现出明显的AT偏向。与其他双壳贝类相似,狄氏斧蛤共编码13个蛋白质编码基因,包含22个t RNA和2个r RNA,且所有基因均位于H链;蛋白质编码基因拥有3种起始密码子(ATG、ATT、ATA),而除了ND3、ND4以及ATP6使用TAG作为终止密码子外,其余所有蛋白质编码基因都使用TAA作为终止密码子。除t RNASer不能折叠成典型的三叶草结构,没有明显的DHU茎环,其余t RNA都能折叠成典型的三叶草结构。狄氏斧蛤与斧蛤科(Donacidae)其他物种具有相同的基因排列,未发现基因重排现象。基于线粒体12个蛋白质编码基因构建62种贝类的进化树,结果显示:Donax semiestriatus和Donax vittatus聚...     

应用新一代测序技术测定大室别藻苔虫线粒体基因组全序列

线粒体基因组的获得传统上通常是采取长PCR结合鸟枪法或步移法测序。近年来新一代测序技术蓬勃发展,以454,Solexa和SOLiD测序平台为代表。应用新一代高通量测序技术(Solexa)并结合巢式PCR扩增,完成了大室别藻苔虫(Membranipora grandicella)的线粒体基因组全序列。大室别藻苔虫线粒体基因组是目前国际上获得的第一条苔藓动物软壁亚目线粒体基因组全序列,基因组全长为15861 bp,比已完成的4种苔藓动物线粒体基因组略大。大室别藻苔虫线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和20个转运RNA基因。通过与已测得的苔藓动物进行比较,发现目前已完成的5个苔藓动物线粒体基因组的基因排列顺序显著不同。苔藓动物线粒体基因组基因排列的比较,今后可能会成为探讨该类群系统演化关系的重要信息来源。