变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)核酸适配体的SELEX筛选

变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)是大黄鱼内脏白点病的主要致病菌。核酸适配体,因其亲和力高、特异性好等多个优点,在微生物检测等多个领域都有较好的应用前景。以变形假单胞菌为靶目标,采用SELEX筛选方法,从高频序列中筛选获得了变形假单胞菌的5个核酸适配体,测定了这些核酸适配体对变形假单胞菌的亲和特异性及其亲和常数(Kd)和最大亲和力(Am),并对其二级结构进行了分析研究。结果表明,这5个核酸适配体对变形假单胞菌的亲和力是其他非目标菌(嗜水气单胞菌、溶藻弧菌、哈维氏弧菌、大肠杆菌、迟钝爱德华氏菌、铜绿假单胞菌)的10倍以上,体现出了较好的亲和特异性。测定了5个核酸适配体(#1、#2、#3、#4、#5)的Kd和Am,相应的Kd值分别为(25.77±6.11)、(7.14±1.86)、(19.59±3.01)、(83.22±22.45)、(34.31±8.76) nmol/L,Am值分别为(789.23±38.46)、(1392.27±58.03)、(3012.50±106.19)、(1457.99±171.32)、(1070.91±70.16) nmol/...     

基于核酸适配体的差减荧光法检测鳗弧菌(Vibrio anguillarum)

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)可感染鳗鲡、虹鳟和大菱鲆等多种水产动物,是水产养殖中的一种重要病原菌,对其进行快速检测是病害防控的前提和基础。利用鳗弧菌与其核酸适配体之间有较强的亲和特异性,首次建立了一种基于核酸适配体的可定量检测鳗弧菌的差减荧光法。该方法对鳗弧菌有较好的特异性,对鳗弧菌的检测荧光值是其他菌(溶藻弧菌、哈维氏弧菌、铜绿假单胞菌、变形假单胞菌、嗜水气单胞菌、迟钝爱德华氏菌和大肠杆菌)的4～11倍,对鳗弧菌的最低检测限为10²CFU/mL,可用于10²～10⁸CFU/mL的范围内的定量检测。通过对不同盐度海水和鱼体组织样品进行加标回收检测,结果表明,回收率和相对标准偏差等指标均符合相应的标准,说明该检测方法可用于海水样品和水产动物组织中鳗弧菌的检测。     

海城河河岸带植物群落特征及其物种多样性研究

以野外样方调查数据为基础,详细调查了海城河河岸带植物群落的组成,种类和外貌,应用重要值计算了海城河河岸带植物丰富度指数、多样性指数、均匀度指数、优势度指数,并分析了其物种的多样性差异,从而为海城河河岸带的生态修复提供理论和技术依据。结果表明:海城河河岸带植物群落20个样方中共有23科60属80种,物种组成以菊科、禾本科、蓼科、莎草科、蔷薇科植物为主,植物种类以芦苇、朝鲜碱茅、中华结缕草、金盏银盘、抱茎苦荬菜、黄花蒿、灯心草、反枝苋、狗尾草等为主。海城河河岸带植物群落结构简单,物种组成较少。群落物种多样性水平较低,从多样性指数的数量特征来看,丰富度指数的变化范围为4.00～16.00,Pielou均匀度指数的变化范围为0.52～0.93,Simpson多样性指数的变化范围为0.45～0.84,Shannon-Wiener多样性指数的变化范围为0.87～2.18,Simpson优势度指数的变化范围为0.17～0.55。海城河河岸带受到人为活动干扰,如农业生产、挖沙等人为活动干扰降低了群落多样性水平。     

青岛近海大型底栖动物生物多样性现状

根据2007年1月、4月和10月对青岛近海15个站位3个航次的调查资料,初步分析了青岛近海大型底栖动物的物种多样性现状,以种类组成、生物量和栖息密度为基础,应用香农-威纳指数、物种丰富度指数以及物种均匀度指数对青岛近海大型底栖生物的群落结构、种类组成、优势种以及数量动态趋势进行了分析。结果表明:本次调查共采到底栖动物226种,其中多毛类119种,甲壳动物58种,软体动物23种,棘皮动物12种。各站种类数在2~52种之间,种类最少的出现在海域东北部的S2站,最多的出现在西南部的S15站。各站物种多样性指数差别较大,最大的为10月的S12站,最小的为1月S2站。物种丰富度的季节变化较显著,物种多样性和物种均匀度季节变化不显著。     

广西钦州湾海域游泳动物群落种类组成及多样性研究

根据2015—2016年连续两年对钦州湾进行的拖网调查资料,对钦州湾游泳动物群落的多样性现状进行了初步分析。结果表明,2015、2016年游泳动物调查渔获物种类均为55种;两年共同渔获物优势种(IRI≥200)有5种,分别是钝齿蟳(Charybdis hellerii)、近缘新对虾(Metapenaeus affinis)、周氏新对虾(Metapenaeus joyneri)、亨氏仿对虾(Parapenaeopsis hungerfordi)和口虾蛄(Oratosquilla oratoria),优势种类个体呈现小型化和低龄化趋势,渔获物种类和现存资源较历史数据有衰减的趋势;Shannon-Wiener指数(H′)、丰富度指数(D)和均匀度指数(J′)变化不显著,但站位间差异明显;2016年较2015年调查游泳生物的生物量和资源密度有所回升,但多样性水平均低于北部湾及南海北部大陆架浅海海域的多样性水平。     

利用核酸适配体的竞争置换作用检测溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是水产养殖中致病性较强的一种条件致病菌,为更灵敏、高效地对其进行检测,研发出一种基于核酸适配体竞争置换作用的检测方法。首先设计并制备出磁珠-核酸适配体-荧光报告探针的检测复合物(MAP检测复合物),然后利用溶藻弧菌与其核酸适配体有较好的亲和特异性,在对样品进行检测时,样品中的溶藻弧菌就会竞争MAP检测复合物中的核酸适配体,从而置换出与该核酸适配体结合的荧光报告探针,再通过检测置换出的报告探针的荧光强度来表征溶藻弧菌的浓度,从而实现对溶藻弧菌的定量检测。结果表明,该方法对溶藻弧菌的检测限可达到1CFU/mL,与嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、大肠杆菌(Escherichia coli)等水产养殖中的常见致病微生物没有交叉反应,并在1~20、20~100和100~1000 CFU/mL范围内都表现出较好的线性关系。另外还对MAP检测复合物的制备条件进行了优化,较为理想的制备条件为:100nmol/L核酸适配体与100nmol/L荧光报告探针按体积比1︰1混合结合30 min,制备出50 nmol/L的核酸适配体-荧光报告探针复合物,然后该复合物再与25μg/mL的磁珠按体积比1︰1混合结合60 min,制备出相应的MAP检测复合物。利用核酸适配体的竞争置换作用检测溶藻弧菌有较好的灵敏度和特异性,展现了较好的应用前景。     

淡化浓海水日晒盐田原核微生物多样性分析

海滨日晒盐田具有稳定且独特的生态系统。淡化浓海水排入盐田制盐,对盐田生态系统的稳定及盐田的可持续发展具有一定的影响。本研究分析天津汉沽淡化浓海水日晒盐田不同季节不同盐度盐池原核微生物多样性现状及群落结构变化,以期为评估淡化浓海水对盐田原核微生物群落影响提供理论依据。采用温度梯度凝胶电泳和序列测定等方法,分析不同月份不同盐度盐池中细菌和古菌的多样性与群落结构变化。分别采用香农-威纳指数、加权丰富度指数和均匀度指数分析盐田微生物群落多样性、丰富度和均匀度。结果表明,淡化浓海水和溴后水中均未检测出细菌和古菌。不同月份不同盐度盐池样本中细菌多样性变化不大,优势菌主要为γ-变形菌门(γ-Proteobacteria)中的Spiribacter salinus和Pseudoalteromonassp.;古菌仅出现在盐度最高的Ⅶ号盐池中,优势古菌为广古菌门(Euryarchaeota)的Halogeometricum sp.。天津汉沽淡化浓海水日晒盐田中细菌的多样性和丰富度较低,春夏两季细菌群落结构较为稳定,秋冬季节细菌群落结构变化明显。盐度不同的盐池中细菌群落结构变化较大,随着盐度逐渐升高, Spiribacter salinus逐渐取代Pseudoalteromonas sp.成为占主要地位的优势菌种。     

烟台月亮湾岩岸潮间带底栖海藻群落结构的季节变化

月亮湾岩岸潮间带底栖海藻群落的种类组成存在显著的季节差异 ,春季群落的种类最丰富 (2 7种 ) ,其次为秋季群落 (2 6种 ) ,夏季和冬季较少 (2 2和 2 1种 ) ,4个季节群落的共有种仅为 7种。各季节群落中均以红藻的种类最丰富 ,褐藻次之 ,绿藻最少。在 4个季节群落中生物量的变化如下 :夏季 >秋季 >冬季 >春季。绿藻和褐藻类群主要为暖温性种类 ,而红藻类群比较复杂 ,即有暖温带性的、温带和暖水性种类 ,也有寒温带的冷水性种类。4个季节群落的物种优势度序列存在明显的差异 ,海黍子在春季和冬季为群落的第 1优势种 ,而孔石莼在夏季和秋季为第 1优势种。不同季节群落多样性指数变化如下 :物种丰富度指数 ,春季 >秋季 >冬季 >夏季 ;物种多样性指数 ,秋季 >夏季 >春季>冬季 ;均匀度指数 ,春季 >夏季 >冬季 >秋季     

南长山岛岩岸潮间带底栖藻类群落结构的季节变化格局

南长山岛岩岸潮间带底栖藻类群落的种类组成存在显著的季节差异,4个季节的群落共有种为8种:孔石莼、海黍子、石花菜、江蓠、叉枝藻、小石花菜、叉枝伊谷草和瘤枝凹顶藻。4个季节群落中生物量的变化为:秋季>夏季>冬季>春季。绿藻和褐藻类群主要为暖温性种类,而红藻类群比较复杂,既有暖温带、温带和亚热带性种类,也有寒温带的冷水性种类。4个季节群落的物种优势度序列存在明显的差异,海黍子在春季、夏季和冬季3个群落为第一优势种,瘤枝凹顶藻在秋季为第一优势种。不同季节群落多样性指数变化如下:物种丰富度指数,春季>秋季>冬季>夏季;物种多样性指数,冬季=秋季>春季>夏季;均匀度指数,冬季=秋季>春季>夏季。群落的多样性由红藻类群控制。     

东山湾及其邻近海域鱼类群落结构分析

根据2009—2010年在东山湾及其邻近海域进行的4个航次底拖网的调查资料,分析了该海域的鱼类群落结构。调查共获得鱼类114种,其中暖水性鱼类有76种,暖温性鱼类有38种,优势种鱼类(IRI>1 000)共有8种,无常年优势种。多样性指数、季节更替指数和迁移指数分析显示,东山湾及其邻近海域各季节的Margalef种类丰富度指数(D)较低且季节变化明显,变化范围在3.70～5.34之间;Shannon-Weiner种类多样性指数(H′)较低;Pielou均匀度指数(J′)季节变化不明显;Jaccard相似性指数(Js)较低,季节间种类相似度较低。东山湾及其邻近海域鱼类群落结构稳定性相对较差。同时发现部分鱼类在湾内和湾外的分布与季节有关。     

日照近岸海域春秋季虾蟹类的种类组成特征

作者根据2012年5月和2013年11月对日照近岸海域进行的底拖网调查资料,分析了该海域虾蟹类的种类组成、优势种和生物多样性。调查海域共捕获虾蟹类25种,根据相对重要性指数计算优势种为8种,其中经济价值较高的中大型虾蟹类5种,分别为:口虾蛄(Oratosquilla oratoria)、戴氏赤虾(Meraenaeopsis dalei)、鹰爪虾(Trachypenaeus curvirostris)、日本[虫寻](Charybdis japonica)和三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)。分别计算了日照近岸海域春、秋季虾蟹类群落的多样性指数(H')、丰富度指数(D)和均匀度指数(J)。该海域虾蟹类群落多样性整体处在较低的水平,在生物量和丰度上经济较高的中大型虾蟹类物种占据优势。     

大菱鲆(Scophthalmus maximus)抗鳗弧菌(Vibrio anguillarum)性状的微卫星分子标记研究

采用微卫星分子标记技术分析验证了133对微卫星分子标记,以期为大菱鲆(Scophthalmus maximus)育种提供合适的抗鳗弧菌分子标记。实验鱼经鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染,分为非抗病组与抗病组。对两组鱼PCR扩增出的差异条带进行个体统计,再进行微卫星位点与抗鳗弧菌的相关性分析,并分析对比了两组鱼的遗传多样性。结果表明,微卫星位点Sma-USC108、Sma-USC141的等位基因片段分别在215bp和200bp与抗鳗弧菌性状的正相关性极显著,相关系数分别达到0.363和0.407(P0.01);微卫星位点FF0911、Sma-USC62、Sma-USC279的等位基因片段分别在189bp、163bp和236bp与抗鳗弧菌性状的负相关性极显著,相关系数分别达到–0.377、–0.364和–0.363(P0.01)。经过二次验证,最终确定Sma-USC141和FF0911两个微卫星位点可指导大菱鲆抗鳗弧菌的辅助育种。两组大菱鲆的群体遗传多样性分析对比表明:抗病群体与非抗病群体的遗传变异水平较低,两个群体的遗传多样性水平相当。     

岱衢洋拖网甲壳动物多样性的季节变化

根据2010年春季(5月)、夏季(8月)、秋季(11月)与2011年冬季(2月)对岱衢洋进行的共4个航次的底拖网渔业资源调查资料,对该海域的甲壳动物多样性进行了分析。结果表明,共捕获甲壳动物21种,其中虾类13种、蟹类7种、虾蛄类1种,隶属于2目14科18属;甲壳动物的生物量与尾数密度均以秋季为最高,春季则正好相反,且该两季的生物量与尾数密度间差异均显著(P<0.05);广温广盐种在种类数量、生物量与尾数密度方面均居主导地位;Margalef丰富度指数(D)、Shannon-Wiener多样性指数(H′)和Pielou均匀度指数(J′)的最小值均出现在冬季,表明该季甲壳动物群落的丰富度、多样性与均匀性都较低,另外,D值、H′值夏、秋两季高,冬、春两季低,与较外海域的情况正好相反,这主要是其对底层水温季节变化的一种响应。     

多样性指数在海洋浮游植物研究中的应用

对海洋浮游植物群落分析中常用的多样性指数进行了比较研究.对物种丰富度依赖型、丰度依赖型和实测浮游植物群落中物种丰富度、Shannon指数(以2或e为底)、Pielou均匀度指数、Simpson指数(1-D或1/D形式)、Margalef指数、Berger-Parker指数、McIntosh指数、McIntosh均匀度指数、Brillouin指数、Brillouin均匀度指数、Fisher α指数和Q统计指数等不同多样性指数计算结果进行了比较,发现不同多样性指数对浮游植物群落多样性的分析存在明显差异.对于一般情况下浮游植物群落多样性的研究,物种丰富度、Margalef指数、Fisher α指数、Shannon指数、Simpson相遇指数和Pielou指数的综合使用是较合适的,但对Margalef指数和Fisherα指数的结果要谨慎解释.并在综合应用各指数的基础上提出了浮游植物群落多样性分析的一般步骤.     

高公岛近岸海域浮游植物群落特征

2009年8月对高公岛附近海域的海洋浮游植物及环境因子进行了调查,在14个调查站位共鉴定浮游植物4门36属81种,其中,硅藻门25属63种,占种数的77.78%;甲藻门9属16种,占种数的19.75%,蓝藻门1属1种,占种数的1.23%,金藻门1属1种,占种数的1.23%。浮游植物生态类型主要以低盐近岸性类群为主,辅以少量的广温广盐性类群。主要优势种为斯氏几内亚藻、短角弯角藻、拟旋链角刺藻、扭链角刺藻。优势度分别为0.688、0.207、0.142、0.103。浮游植物的细胞丰度范围为0.458×105～3.134×105个/L,平均值为1.180×105个/L。群落特征指数变幅较大(种类数为19～43,丰富度指数为1.064～2.364,多样性指数为2.069～3.428,均匀度指数为0.485～0.677)。丰富度指数均值为1.753多样性指数均值为2.926,均匀度指数均值为0.592。相关性分析表明,仅均匀度指数与水温之间具有显著的相关性,相关系数(r)为0.544,P<0.05,水温越高,均匀度指数越高;其它因子之间均没有显著的相关性。高公岛近岸海域水质状况的生物多样性指数评价显示,该海域水质总体处于轻污染,尚适宜浮游植物的生长。     

海水养殖鱼类鳗弧菌(Vibrio anguillarum)临床分离株的血清型和抗生素耐药谱

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)是常见的海水鱼类病原菌,有23种血清型,其中O1—O3为主要的致病血清型。我国海水养殖鱼类鳗弧菌的血清型种类尚未明确。本研究对实验室分离和收集自海水养殖鱼类的31株鳗弧菌临床菌株进行了生理生化、16S r RNA基因序列、血清分型、抗生素敏感性的分析,旨在系统了解存在于我国海水养殖环境的鳗弧菌血清学型及耐药特征。首先用API ID32E生化反应鉴定系统对鳗弧菌进行生理生化鉴定,结果未能将待测菌株鉴定到种的水平;然后测定鳗弧菌的16S r RNA基因序列并构建系统发育树,结果显示所有分离株聚为一簇,与鳗弧菌有最近的亲缘关系(相似性99%—100%),据此可将临床菌株鉴定为鳗弧菌。以鳗弧菌O1—O5血清型标准菌株为O抗原制备兔抗血清,采用玻片凝集反应对鳗弧菌菌株进行血清学分析,结果显示属于O1、O2、O3、O5血清型菌株分别有16、5、3、1株,表明我国海水鱼类养殖存在3种血清型的致病性鳗弧菌,O1为主要流行的血清型。用ATB药敏检测系统检测鳗弧菌对28种抗生素的敏感性,结果显示菌株对7种抗生素(林可霉素、夫西地酸、甲硝唑、阿莫西林、阿莫西林/克拉维酸、苯唑西林、青霉素)的耐药率为100%,对3种抗生素(红霉素、原始霉素、泰洛星)的耐药率为94.4%(34株),有83%以上的菌株(30株)对12种以上的抗生素产生耐药,表明我国海水鱼类养殖鳗弧菌普遍存在多重耐药性。研究结果为进一步揭示鳗弧菌的流行病学规律和防控弧菌病奠定了良好的基础。     

鳗弧菌感染对斑节对虾免疫相关指标的影响

为了研究鳗弧菌(Vibrio anguillarum)对斑节对虾(Penaeus monodon)免疫相关指标的影响,分别对斑节对虾注射生理盐水和鳗弧菌,测定了不同时间点肝胰腺和鳃中总抗氧化能力(T-AOC)、溶菌酶(LSZ)和诱导型一氧化氮合酶(i NOS)活性以及一氧化氮(NO)含量的变化。结果显示,与对照组相比,感染鳗弧菌后,肝胰腺和鳃中T-AOC活性分别于6和12 h达到最大值(P0.05),随后逐渐降低;肝胰腺和鳃中LSZ活性分别于6和12 h升高至最大值,随后均于24 h显著低于对照组(P0.05);肝胰腺和鳃中NO含量分别于6和3 h达到最大值,随后肝胰腺中NO含量于24 h降低至最小值,而鳃中NO含量于6和24 h虽有降低,但仍显著高于对照组;肝胰腺中i NOS对感染反应较为敏感,活性于3 h达到最大值,而鳃中i NOS活性于6 h开始显著上升,并于12 h达到最大值(P0.05)。研究表明,长时间的鳗弧菌感染对斑节对虾免疫相关指标有显著影响;T-AOC、LSZ、NO和i NOS对鳗弧菌感染均反应敏感,可以作为弧菌病诱发的监测指标。     

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)对青蛤(Cyclina sinensis)的毒性及半致死浓度研究

利用不同浓度的鳗弧菌对青蛤进行了急性毒性实验,观察青蛤在菌液胁迫下的存活情况,进一步统计得到鳗弧菌对青蛤的半致死浓度。结果表明,青蛤在鳗弧菌液浓度OD600为1.0—2.2范围内,胁迫96h以内死亡率呈逐渐上升趋势,并且在OD600=2.2时所有受试个体全部死亡。在相同的胁迫时间内,受试个体死亡率与胁迫浓度均呈正相关。经SPSS16.0软件分析后,最终得到鳗弧菌对青蛤的半致死浓度(LC50)为OD600=1.57,说明鳗弧菌对青蛤有明显的毒害作用。     

渤海自由生活海洋线虫多样性的研究

首先介绍Warwick和Clarke(1995)提出的等级生物多样性指数以及在自由生活海洋线虫中的应用,重点以1998年9～10月和1999年4～5月两个航次的沉积物样品,用物种数目(S)、Margalef物种丰富度指数(d)、优势度Simpson指数(λ)、多样性Shannon-Wiener指数(H')、Pielou的均匀度指数(J)、Hill多样性系列指数(N₁,N₂和N_+∞)、分类多样性指数(△)、分类差异指数(△*)、等级多样性指数(△+)对渤海自由生活海洋线虫的多样性进行了研究。结果表明,黄河输入的泥沙对渤海自由生活海洋线虫多样性的变化有一定的作用,距离黄河口越近的站位,群落具有的物种多样性和均匀性越低,优势度越高;距离黄河口越远的站位,群落具有的物种多样性和均匀性越高,优势度越低。