核酸分析技术在红藻分子系统学研究中的应用

在红藻的分子系统学研究中,核酸分子数据的获得和应用日益显得重要,因为核酸序列是进化的重要单元,通常以点突变来体现种间/种内的差异,因此能反映物种进化过程的频率.目前,在红藻分子系统学研究中,核酸标记技术有：限制性片段长度多态性（RFLP）、随即扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片段长度多态性（AFLP） 和简单重复序列间扩增（ISSR）;相关核酸分析技术涉及到的序列有：内转录间隔区（ITS）、18S和26S rRNA,核糖体大、小亚基（LSU和SSU）,Rubisco基因及大、小亚基.其在红藻品种鉴定、种群遗传、分类和系统进化的研究中起重要的作用.     

用于赤潮藻分子系统学研究的遗传及分子标记

各种遗传标记及分子标记技术被广泛地用于赤潮藻的分子系统学研究,为形态鉴定方法提供了辅助依据,对揭示赤潮生物的多样性有重大的推动作用。通过综述并分析用于赤潮藻分子系统学研究的遗传和分子标记,认为交叉运用各种遗传标记及多种分子标记技术进行分析,是今后快速准确鉴定赤潮藻研究的趋势。     

分子标记概述及其在藻类中的应用

遗传标记经历了形态标记、细胞学标记、蛋白质标记及DNA标记的四个重要发展历程。纵观遗传学的发展历史,遗传学的发展推动了新型遗传标记的发展,每一种新型遗传标记的发现,均推进了遗传理论与技术的发展。19世纪后期,孟德尔以豌豆为材料,利用7对形态学标记对杂种后代的不同个体依据性状表现进行归类分析,发现了著名的遗传分离规律和独立分配规律。细胞学标记是指能明确显示遗传多态性的细胞学特征,如染色体形态、数目和结构在不同物种中的差异等,可以作为一种遗传标记来进行基因定位。20世纪50年代,人们发现同工酶是一种可用于物种起源与进化研究、种质鉴定、分类等诸多领域的分子标记技术(Markert et al.,1959)20世纪后期以来,DNA分子标记技术不断涌现,相继建立了RFLP(restriction fragment lengthen polymorphisis)、DNA指纹 (DNA fingerprint)，RAPD (random anplified polymophism DNA), AFLP(amplified fragnent lengthen polynorphisn)、微卫星 DNA (microsate llite DNA).SNP(single nucleotide polymorphisn)等专门的技术，在生物研究中得以广泛应用。分子标记技术应用于藻类学研究较晚,主要用于藻类的系统发生、地理分布、种群遗传、分类、亲本鉴定、杂种优势的鉴别及种质鉴定等领域。     

纤毛虫原生动物形态学研究的常用方法

相对于大型的多细胞动物而言，单细胞的原生动物形态学研究的主要难点在于个体小、操作困难、许多分类性状常无法直视，故需借助多种特殊染色方法加以显示，这尤其在纤毛门动物更显得突出。这些制片方法因与通常组织学中的染色方法相距甚远，因此不仅对于一般从事组织学、动物学研究的人十分陌生，对于多数从事原生动物学工作的人，这些方法也往往不易掌握。结合作者的工作经验，对几种主要方法加以简化并描述如下，以期为动物学、生态学和浮游生物学研究及水产养殖中的动物病原鉴定提供一简要的方法。１工具准备解剖针，镊子，胚胎皿，凹玻…     

纤毛虫原生动物的细胞发生模式研究--多样性与新进展

本文以纤毛门腹毛亚纲内两个目(游仆目、腹毛目)之部分代表性阶元为例,介绍了该大类高度分化的原生动物在细胞分裂过程中皮膜、纤毛器、核器的发生、演化模式以及基本规律,这些工作涉及纤毛虫口器发生中表层与深层远生型等不同亚型类群在无性分裂中皮膜结构的分化模式与发生学,包括对各相关类群特殊发生型的介绍以及对作者等所揭示的部分新发现等内容的报道。文中同时对纤毛虫细胞发生学与系统学研究间的关系、意义、目前所存在的若干未明和热点问题以及发生学资讯与当今其它系统学研究方法的互补与拟和问题做了归纳性讨论和表述。     

微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用

分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。目前 ,各种分子遗传标记的研究在陆地生物学中已深入开展 ,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。在各种分子遗传标记中 ,微卫星ＤＮＡ标记的研究则受到许多学者的青睐。微卫星ＤＮＡ标记以其特异性的ＰＣＲ扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点 ,日益受到研究者的重视。１微卫星ＤＮＡ的概念和特征微卫星ＤＮＡ是指核心序列为１～４个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的ＤＮＡ序列 ,如（ＣＡ）ｎ ,（ＴＧ）ｎ等 ,又被称为短串联重复…     

基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究

以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。     

分子标记技术及其在育种中的应用

九十年代后发展起来的分子标记技术因其所具有的 高效性和可靠性而得到广泛应用,也为动植物育种工作提供了新的研究手段。它可用于标记 辅助选择、品种鉴定、亲本选择等。分子标记辅助育种可以加速育种工作的发展,缩短育种 进程。目前,分子标记辅助育种在农作物如水稻、小麦、玉米,猪、牛、羊、鸡等家畜家禽 育种中已得到比较广泛的应用,积累了大量经验。综述近年来国内外分子标记辅助育种的研 究进展,并对海洋动物分子标记辅助育种工作的开展进行了初步探讨。     

杜氏藻的RF-RAPD分子系统学分析

杜氏藻(Dunaliella)是绿藻门、绿藻纲、团藻目、多毛藻科中的一个属(也有单独归为杜氏藻目、杜氏藻科、杜氏藻属[1]).因可以在高盐的极端环境中生存,也称之为盐藻.盐藻富含各种类胡萝卜素和甘油,其中β-胡萝卜素累积可达细胞干重的14%,具有较高的经济价值.另外盐藻无细胞壁,仅有一层糖蛋白和神经氨酸组成的外膜包裹,类似天然的原生质体,是真核细胞基因工程首选的受体之一.盐藻主要用来生产β-胡萝卜素,生产中发现β-胡萝卜素产量不稳定,推测种质差异因素与此有密切关系,因此分析不同种及种内品系及其与β-胡萝卜素含量相关性非常重要.     

DNA分子标记技术在海带遗传育种研究中的应用

本文系统地介绍了部分常用的DNA分子标记技术,并结合我国海带养殖情况阐述了遗传标记技术在海带及大型海藻遗传育种中的应用。     

海洋浮游甲壳类分子系统学研究进展

回顾海洋浮游甲壳类系统学研究的基础上，综述了生化水平和DNA(mtDNA和核DNA)水平的分子系统学研究现状。分子标记中DNA序列分析最为常用，其次是RFLP和RAPD分析，mtDNA主要应用于分类学、群体遗传学、种间分子进化和系统发育重建研究，而核DNA则应用于科以上较高阶元的系统发育和种内、近缘种间的遗传结构和遗传分化研究。最后对存在的问题和应用前景进行了展望。     

分子生物学在微藻分类研究中的应用

通过与传统微藻分类方法的比较,说明微藻分子分类技术的产生与发展,并从线粒体DNA（mtDNA）、叶绿体DNA（cpDNA）和核基因组DNA（nDNA）3个方面列举了分子分类技术在微藻鉴定和生理生态方面的应用,着重说明了核基困组在藻类分子检测中的作用。并对微藻分子分类技术的问题与发展进行了总结与展望。     

常见石莼科绿藻的生物学特征及分子系统学分析

生物学研究及种类鉴定是绿潮研究的热点和难点之一.本文系统阐述了石莼科绿藻常见种类的生物学特征,探讨了系统分类研究难点,并利用ITS、rbcL等基因序列以及质体蓝素氨基酸序列进一步研究分析了石莼科10种绿藻的序列结构特征和分子系统学关系.研究显示,石莼科浒苔属和石莼属绿藻rbcL和ITS序列差异未体现出属间分化的差异,根据rbeL序列和ITS序列分别构建的系统进化树中,石莼和孔石莼、肠浒苔、扁浒苔都聚类到同一进化枝上,而裂片石莼和网石莼、浒苔和缘管浒苔聚类到另一进化枝上,这显示出在分子进化水平上较为一致的结果,为浒苔属和石莼属系统分类深入研究提供一定的证据;根据质体蓝素所构建的系统进化树中,阿氏石莼和孔石莼在NCBI上发表的质体蓝素氨基酸序列在第1进化枝中,浒苔的质体蓝素氨基酸序列在第2进化枝中.但在第1进化枝中,孔石莼的3个质体蓝素氨基酸序列没有完全分布在同一个分支上.     

Feeding Strategy of Japanese Sand Lance Larvae in Relation to Ciliated Protozoa in the Vicinity of a Thermohaline Front

Larval feeding and survival strategies are described on a Japanese sand lance, Ammodytes personatus Girard, collected in the vicinity of a thermohaline front in the Ise Bay, in comparison with those of other predominant larvae, Hexagrammos spp. and Sebastiscus marmoratus (Cuvier). First-feeding A. personatus larvae (3.1–3.9 mm NL) fed primarily on tintinnid ciliates, subsequently switching to copepod nauplii (4.0–7.9 mm NL larvae) and post-naupliar copepods (8.0–11.3 mm NL larvae). First-feeding Hexagrammos spp. larvae (6.5–6.9 mm NL) fed primarily on post-naupliar copepods, and first-feeding S. marmoratus larvae (<4.0 mm NL), mostly on copepod nauplii. The different food preferences of these species at first-feeding were related to their different mouth widths (0.15–0.19, 0.52–0.56 and 0.32–0.40 mm, respectively) and/or body size (3.1–3.9, 6.5–6.9 and 3.2–3.9 mm NL, respectively). Ciliate-feeding by first-feeding A. personatus larvae was strongly related to the convergence of the larvae and their prey near the thermohaline front, densities of both being greater on the inshore side of the frontal zone. In conclusion, the aggregation of ciliates near the thermohaline front may have improved feeding conditions and survival of first-feeding A. personatus larvae.     

Molecular research on the systematically challenging smoothhound shark genus Mustelus: a synthesis of the past 30 years

The species-rich genus Mustelus (smoothhounds) of the shark family Triakidae is one of the most bio-economically important groups of elasmobranchs in the world’s oceans. Despite the commercial value of Mustelus, the systematics of the group remains largely unresolved and there is no global review or synthesis of knowledge about the conservation status and conservation genetics of smoothhounds across all oceanic regions. Here, we analysed published studies as well as grey literature to gain insight into the biogeographic, ecological and behavioural factors that shape genetic diversity in smoothhounds, and we identify critical knowledge gaps. From a series of molecular phylogenetic studies it can be inferred that the genus Mustelus is paraphyletic and that the aplacental species evolved secondarily from the placental species of the genus. The increasing availability of genetic data aids in disentangling systematic issues, such that more meaningful morphological characters can be chosen for use in practical field-identification keys for co-occurring smoothhounds. An integrative taxonomic approach to the genus Mustelus may offer the best chance of recording and protecting the biodiversity of these sharks. Furthermore, it is evident that different smoothhound species exhibit unique gene-flow patterns, suggesting varying rates within species and hence that species-level conservation approaches would be most appropriate. Molecular studies have advanced our understanding of smoothhound biology (including reproductive traits), ecology and evolution. While many knowledge gaps remain, a crucial lesson from this review is that, when doing assessments on a molecular level, it is important to place genetic results in a broader context, by assimilating biological and ecological data, if definitive conclusions are to be drawn.     

海洋经济贝类分子遗传标记及其应用的研究进展

摘 分子遗传标记是随着分子生物学技术的发展而出现的遗传标记技术,它突破了形态和细胞水平上遗传标记的局限性,发挥着独特的优势。本文简要介绍了同工酶、RFLP、RAPD、AFLP、mtDNA、SSR等几种常用的分子遗传标记技术方法,并比较了各种技术的优点和局限性;概述了这些遗传标记技术在海洋经济贝类群体遗传结构和变异、遗传分化、遗传育种、种质鉴定、基因定位和构建遗传图谱研究等方面的应用和取得的研究成果。     

红翎菜科4种海藻ITS和rbcL序列的分子系统学研究

通过PCR扩增基因片段的方法测定了红翎菜科琼枝属(Betaphycus)、卡帕藻属(Kappaphycus)和麒麟菜属(Eucheuma)4种海藻共19株个体的核糖体基因转录间隔区(ITS)(含5.8SrDNA)和核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶基因大亚基(rbcL)全长基因序列。其中rbcL全长序列为首次测定,为从蛋白质水平探讨红翎菜科分子系统进化提供了可靠的保证。琼枝属、卡帕藻属、麒麟菜属ITS序列长度分别为1 024、629~669、1 001bp,GC含量在45.6%~52%之间;rbcL序列长度均为1 467bp,GC含量在37.1%~37.6%之间。结合GenBank中现有的红翎菜科海藻ITS和rbcL序列进行系统进化分析,2个片段聚类结果均明显的将所有样品分为琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属3大分支,表现出明显的属间差异。本研究的11株长心卡帕藻根据ITS序列差异分成明显2种类型,推测这2种类型长心卡帕藻的ITS序列差异与其地理环境、无性繁殖时间(代数)和藻体颜色无关。     

AFLP技术在笛鲷的仔鱼鉴定及其分类学上的研究

以南沙群岛采获的勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)、黄笛鲷(Lutjanus lutjanus)、红笛鲷(Lut janus sanguineus)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)、线纹笛鲷(Lutjanus lineolatus)、画眉笛鲷(Lutjanus vitta)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabarius)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)、约氏笛鲷(Lutjanus johni)、金带笛鲷(Lutjanus vaigiensis)11种笛鲷属的后期仔鱼为材料, 进行了基因组DNA的AFLP(扩增片段长度多态性)研究,通过笛鲷仔鱼和成鱼的AFLP电泳图谱的比较分析,将这11种笛鲷属的仔鱼成功分开.研究表明,最适合的AFLP引物组合是E+AGC/M+CAA,由这11种笛鲷共扩增出132 AFLP位点,每种笛鲷的AFLP条带数为43~69,在这11种笛鲷中,共享的AFLP条带数仅为7,同一种笛鲷仔鱼和成鱼AFLP遗传相似度在90%以上.根据这11种笛鲷的Nei遗传距离对Neighboring系统进行进化分析,并且与传统的笛鲷形态分类进行了比较.分子生物学可以阐释笛鲷属鱼类的系统进化和遗传亲缘关系,对传统形态分类学加以完善和补充.     

几何形态学对8种扇贝的形态分类的应用

几何形态学(morphometrics)是基于笛卡尔地标点的统计分析方法,主要运用广义普鲁克分析(GPA)、薄板样条分析(TPS)、主成分分析(PCA)、典型变量分析(CVA)等方法,定量的对形态变化进行识别,结果更为客观。本研究运用几何形态学方法对8种常见扇贝(栉孔扇贝Azumapecten farreri、虾夷盘扇贝Mizuhopecten yessoensis、海湾扇贝Argopecten irradians、平濑掌扇贝Volachlamys hirasei、北海道扇贝Swiftopecten swiftii、荣套扇贝Gloripallium pallium、华贵类栉孔扇贝Mimachlamys nobilis、美丽环扇贝Annachlamys striatula)间形态关系进行研究,运用界标点和半界标点对扇贝的壳盘和壳耳进行数字化标点,利用PCA、CVA、TPS方法,获得8种扇贝的形态差异并进一步分析,建立系统发育树。PCA和CVA分析结果表明可以通过几何形态测量学分析方法将8种扇贝基于形态差异进行有效区分。此外,结合TPS的分析结果,发现壳耳和壳盘在扇贝中具有种间规律性差异。...