长牡蛎(Crassostrea gigas)EST串联重复序列的组成和分布

长牡蛎(Crassostrea gigas)串联重复序列分析研究较少,为了研究其在基因组转录本的基本结构特征并为长牡蛎中遗传多样性研究中提供有益的信息,利用NCBI公共数据库中的57 139条长牡蛎ESTs序列对串联重复序列结构类型、分布、丰度等进行系统比较分析.分析结果表明:1)长牡蛎EST中共有小卫星串联重复序列8...     

基于皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)EST数据库的串联重复序列特征分析

皱纹盘鲍大规模EST的分析研究较少,为了研究其基因组转录本的基本特征并为皱纹盘鲍中开发EST-SSR功能性标记奠定基础,我们利用生物信息学手段对NCBI公共数据库中的5784条皱纹盘鲍EST序列进行EST-SSR特征分析。分析结果表明:(1)皱纹盘鲍EST中串联重复序列类型丰富;(2)皱纹盘鲍EST Gene Ontology注释序列SSR类型单一;(3)皱纹盘鲍EST-SSR分布广泛富,是EST-SSR标记开发的优良资源。     

基于全基因组重测序对ARTP诱变的一株高产淀粉酶韩国普李斯特氏菌的关键基因研究

为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌（Priestia koreensis FS 1）产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体（atmospheric and room temperature plasma, ARTP）技术进行了诱变选育。结果显示：经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P. koreensis FS 103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制,对突变菌株P. koreensis FS 103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示：首先,P.koreensis FS 103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异;其次,对COG（clusters of orthologous groups）功能和变异基因进行富集分析,P. koreensis FS 103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P. koreensis FS 103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。     

曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库的构建和表达序列标签分析

以曼氏无针乌贼（Sepiellamaindroni）肌肉组织为研究材料,利用Clontech公司的cDNA文库构建试剂盒构建了曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库．对文库质量的分析结果表明：cDNA文库的库容量约为1．2×10。克隆（cfu／dm^3）,重组率达96％,插入片段平均长度大于l000bp．挑取568个阳性克隆进行5’末端测序,其中475条ESTs长度大于100bp,初步拼接后得到200个单基因簇,包括41个重叠群和159个单拷贝EST,冗余度为57．89％．经检索,53条ESTs（占比为26．5％）在BLASTx上无明显的同源性（E值≥1．00×10^-10）,为新基因．147条ESTs（占比为73．5％）与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的23．0％．细胞信号传导、细胞骨架和蛋白质代谢的次之,比例分别为17．5％、12．5％、9．5％,其中包括热激蛋白70、转铁蛋白等．这些EST数据有助于进一步筛选和克隆曼氏无针乌贼和其他头足动物的肌肉特异性表达基因．     

渔获量时间序列长度对基于CMSY方法的资源评估结果的影响

大多数渔业种类由于数据缺乏,无法使用传统的渔业资源评估方法开展评估和管理。越来越多的研究采用CMSY等基于有限数据的评估方法,但CMSY方法在渔获量数据时间序列长度有限、存在误差等情况下的评估可靠性尚有待验证。本研究运用CMSY方法对黄海3种产量较高的经济鱼类开展资源评估,探索渔获量数据时间序列长度、不同渔业发展阶段,以及观测误差水平对评估结果的影响。结果表明,鲐、带鱼和银鲳在2000年后均出现产量高于最大可持续产量（MSY）的情况,资源处于过度利用状况（B/B_MSY<1、F/F_MSY>1）,近10年来开发强度降低,但生物量仍处于较低水平（B/B_MSY<1）。评估模型的回溯性分析结果差异较小,表明评估结果稳定。从数据长度上看,使用遍历产量上升和下降过程的长时间序列数据,其评估结果更为稳定。在观测误差大于20%的情况下,模型对MSY和B_MSY出现高估,但结果仍较为稳健。在CMSY方法的应用中应注意选取长时间序列的产量数据,在评估结果不确定性高的情况下应采取相对保守的渔业管理措施。     

雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶基因的cDNA和基因组DNA克隆及序列分析

根据已知的β-胡萝卜素酮化酶(β-carotene ketolase,BKT)的cDNA序列设计引物,利用长距离PCR扩增获得了bkt基因的cDNA完整编码片段及基因组DNA片段,并对这些片断进行了序列测定。cDNA和基因组DNA比对结果表明该基因至少包括5个内含子,它们的剪切位点皆符合GU-AG规律。在比对结果中同时还发现一个19bp的短序列重复,该重复序列在bkt的cDNA和基因组DNA上都发生了多次重复,推测在BKT的表达调控中可能具有一定功能。另外,在序列比对过程中还发现本实验所获得的cDNA和基因组DNA序列与前人报道的cDNA序列之间都存在多处单碱基差异和19bp的短序列差异。     

利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定

测定了 1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属 (Gymnodiniumsp,编号为 GYN- 1 5)的核糖体基因 (r DNA)和转录单元内间隔区 (Internal Transcribed Spacer,ITS)序列 ,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定。测定的序列长 2 658bp,涵盖了小亚基 (smallsubunit,SSU) r DNA基因 3'端 1 747bp,ITS1 - 5.8S r DNA- ITS2全长和大亚基 (large subunit,LSU) r DNA基因 5'端 337bp。同源性分析该序列发现 GYN- 1 5与共生甲藻属 (Symbiodinium)中的 2个种 (Symbiodinium californium和 Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性 ;3株藻的各段 r DNA和 ITS序列的相似性均为 99%以上 ;以 SSU r DNA序列中的 3个可变区 (V1 V2 V3)和邻接法构建的系统树表明 ,GYN- 1 5与 S.californium和 G.varians构成 1个独立的新的子类群 ,该子类群属于共生甲藻属 ,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远。根据这些结果可将GYN- 1 5初步鉴定为属于共生甲藻属。鉴于 GYN- 1 5和其它 2个种所构成的分支明显与 5个已知的子类群 (A,B,C,D,E)不同 ,因此将该分支命名为子类群 F。     

珠江口沉积物中重金属和石油污染对微生物群落结构的影响

珠江口是我国重要的河口之一,为了解沉积物微生物在珠江口的分布规律及其影响因素,采用高通量测序技术对珠江口沉积物进行了微生物16S rRNA基因测序分析,并利用典范对应分析探究了沉积物环境因子对微生物群落结构的影响.结果表明,珠江口上游沉积物总汞、砷、铜、铅、镉、锌和总铬等7类重金属和石油类污染相对较高;沉积物微生物香农...     

循环水养殖黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)水体中循环率对水质因子和细菌群落多样性的影响

为探讨循环水养殖系统中循环率对水质因子和细菌群落多样性的影响,以黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)为研究对象,研究了4次/天(低循环率)、8次/天(中循环率)、12次/天(高循环率)三个流量下,养殖桶和生物过滤桶两部分细菌群落结构、多样性以及细菌群落与环境因子的相关性。高通量测序结果表明:黑鲷循环水养殖中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和厚壁菌门(Firmicutes)。流量的升高可增加系统的细菌多样性,且高循环率过滤桶中具有净化水质降低营养盐功能的有益菌属更为多样化及丰度更高,同时,其系统去氨氮和总氮效果更好,去除率分别是49.5%和22.3%,氨氮去除率是低循环率组的2.9倍和中循环率的3.6倍,总氮去除率是低循环率组的8.2倍和中循环率组的20.5倍。PCoA分析和聚类分析结果表明,各实验组养殖桶与生物过滤桶中细菌群落组成有着明显的差异,中、高循环率组过滤桶菌落结构与低循环率的有明显的差异。环境因子与细菌群落结构...     

在无藻粉饲料中添加包膜氨基酸对幼刺参生长、消化和免疫指标的影响

研究了在糊化山药粉全部替代鼠尾藻(Sargassum thunbergii)粉的饲料中添加不同方法处理及不同种类包膜氨基酸的饲料对刺参(Apostichopus japonicus Selenka)幼参生长、消化及免疫指标的影响。试验1,在水温13.0～18.0℃下,将平均体质量为2.27g的刺参饲养在18个50L(50cm×40cm×30cm)的塑料水槽中(15头/槽),投喂添加淀粉包膜的缬氨酸、苏氨酸、亮氨酸等多种氨基酸的饲料。40d的饲养表明,幼参的特殊增重率(RSG)和对饲料蛋白及脂肪的消化率随饲料中添加包膜氨基酸水平的增加而逐渐升高,其中添加包膜氨基酸水平最高组的幼参显著高于未添加包膜氨基酸的对照组(P0.05)。试验2,在水温10.0～19.0℃下,给平均体质量1.55g的刺参投喂在山药粉完全替代鼠尾藻粉的对照饲料(S0)中分别添加0.37%明胶包膜赖氨酸(S1)、0.37%包膜赖氨酸加0.38%包膜蛋氨基酸(S2)和0.37%包膜赖氨酸、0.38%包膜蛋氨酸加0.39%包膜苏基酸(S3)的饲料。60d的饲养表明,幼参的RSG随饲料中添加氨基酸种类的增加而显著增高,S3、S2和S1组刺参的RSG分别比S0组高154.6%、82.1%和57.2%。S3组刺参体腔液超氧化物岐化酶(SOD)和酸性磷酸酶(ACP)活力及对饲料蛋白的消化率(87.26%)均显著高于S0组,说明山药粉替代鼠尾藻,添加明胶包膜赖氨酸、蛋氨酸和苏氨酸可以显著提高刺参生长速度及免疫能力。     

周期性饥饿再投喂对曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)幼体生长、体组成及氨基酸和脂肪酸的影响

采用持续投喂(对照组C)和周期性饥饿1d再投喂5d(S1F5)、周期性饥饿2d再投喂4d(S2F4)、周期性饥饿3d再投喂3d(S3F3)4种投喂策略,研究了周期性饥饿再投喂对曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)幼体(10.16±0.25g)的生长、体组成、氨基酸和脂肪酸的影响。结果表明:S3F3处理组中体重增重率、胴体长增长率及成活率三个指标均分别显著低于对照组C(P0.05),而S1F5和S2F4处理组三个指标均与对照组C差异不显著(P0.05)。另外,随着周期性饥饿时间的延长,体组成水分含量呈显著上升趋势(P0.05),而粗蛋白和粗脂肪含量均呈显著下降趋势(P0.05),灰分含量变化不显著(P0.05)。三个处理组中氨基酸总量(T)、必需氨基酸总量(E)均与对照组C差异不显著(P0.05);EPA、DPA和DHA含量均与对照组C差异不显著(P0.05)。综合上述结果表明,S1F5和S2F4组的曼氏无针乌贼幼体均出现了完全补偿生长,并且对其营养组成没有影响,建议曼氏无针乌贼幼体的最佳投喂模式为周期性饥饿2d再投喂4d。