一株抗植物致病真菌的深海霉菌的鉴定和活性成分理化性质分析

从印度洋深海底泥中分离到一株真菌S2915,经ITS基因序列分析及显微形态观察,鉴定S2915为支顶孢属Acremonium sp.真菌.其发酵液对5株植物致病真菌有明显的抑制作用.经硫酸铵沉淀后的抗菌活性分析,可以初步判断该抗菌活性成分为蛋白类物质,且最佳硫酸铵饱和浓度为70％(m/m).初步分析了该抗菌粗蛋白的理化性质,结果表明,该活性物质具有很好的耐热性,经60、80、100℃甚至121℃处理后,活性均无明显差异;耐强酸强碱,在pH值为2～12范围内活性不受影响;紫外照射0～12h及用蛋白酶K、胰蛋白酶、木瓜蛋白酶处理后,活性均没有减弱;但对多种有机溶剂比较敏感,经三氯甲烷、乙酸乙酯、乙醚和丙酮处理后,抗菌活性受到不同程度的抑制,其抑制率分别为35％、25.7％、22.9％、12.9％.证明该抗菌活性物质高效、稳定,可用于抗真菌农药的开发应用.     

黑鲷DMRT1基因cDNA片段的克隆和序列分析

根据其他鱼类DMRT1基因中的保守序列设计了一对简并引物 ,利用反转录 多聚酶链式反应 (RT PCR)的方法克隆了黑鲷 (Acanthopagrusschlegeli)DMRT1基因cDNA的一个片段 .该片段长 13 8bp ,推导的氨基酸序列由 45个氨基酸残基组成 .同源性分析表明 ,该cDNA片段与其他鱼类DMRT1基因序列具有较高的同源性     

雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶基因的cDNA和基因组DNA克隆及序列分析

根据已知的β-胡萝卜素酮化酶(β-carotene ketolase,BKT)的cDNA序列设计引物,利用长距离PCR扩增获得了bkt基因的cDNA完整编码片段及基因组DNA片段,并对这些片断进行了序列测定。cDNA和基因组DNA比对结果表明该基因至少包括5个内含子,它们的剪切位点皆符合GU-AG规律。在比对结果中同时还发现一个19bp的短序列重复,该重复序列在bkt的cDNA和基因组DNA上都发生了多次重复,推测在BKT的表达调控中可能具有一定功能。另外,在序列比对过程中还发现本实验所获得的cDNA和基因组DNA序列与前人报道的cDNA序列之间都存在多处单碱基差异和19bp的短序列差异。     

鳜鱼(Siniperca chuatsi)脂肪酸去饱和酶和延长酶基因全长cDNA序列的克隆与分析

利用RT-PCR和RACE方法克隆得到鳜鱼肝脏中控制高不饱和脂肪酸合成的脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase,FAD)和脂肪酸延长酶(fatty acid elongase,ELO)基因的全长cDNA序列。FAD基因的全长cDNA序列1882bp,编码445个氨基酸,该蛋白序列含有FAD全部的特征结构区,包括3个组氨酸簇、2个跨膜区和1个细胞色素b5结构域,与其它鱼类FAD氨基酸序列的同源性为66.5%-90.1%,系统树分析显示其与欧洲鲈鱼和金头鲷等海水鱼类的亲缘关系最近。获得的ELO基因全长cDNA序列1401bp,编码294个氨基酸,该蛋白序列含有单一的氧化还原中心组氨酸簇、内质网停留信号和多个跨膜区等ELO特征结构,与其它几种鱼类ELO氨基酸序列的同源性为71.8%-86.7%,系统进化分析显示其与南方蓝鳍金枪鱼和金头鲷的亲缘关系较近。鳜鱼FAD和ELO基因全长cDNA序列的获得可为进一步研究其HUFA合成能力及调控机理奠定基础。     

中华乌塘鳢(Bostrychus sinensis) GPx7和GPx8基因的克隆、表达与酶活性分析

中华乌塘鳢(Bostrychus sinensis)属于广盐广温、低氧耐受性强、药用价值高的鱼类,为我国东南沿海重要养殖对象。谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GPx)是生物体内重要的抗氧化酶,能够清除过氧化氢防止机体生物膜氧化受损,研究中华乌塘鳢GPx基因对其养殖及海洋生态研究具有重要意义。利用分子克隆技术获得了中华乌塘鳢GPx7和GPx8(分别命名为BsGPx7和BsGPx8)的cDNA序列。BsGPx7编码186个氨基酸,含有2个半胱氨酸(Cys⁵⁶和Cys⁸⁵)催化位点;BsGPx8编码210个氨基酸,含有1个半胱氨酸(Cys¹⁰⁹)催化位点。利用RT-PCR方法研究了BsGPx7、BsGPx8基因在中华乌塘鳢组织中的分布表达,以及不同浓度镉离子(7.5,15,30 mg/L)胁迫下BsGPx7、BsGPx8基因的表达量变化。结果显示,BsGPx7和BsGPx8在组织中呈泛在性表达,其中肝脏的表达量最高,其次是鳃和皮肤。不同浓度的镉离子胁迫下,BsGPx7基因在鳃和皮肤中的表达量均显著上调(P<0.05),BsGPx8基因在肝脏、鳃和皮肤中的表达量均显著上调(P<0.05)。成功构建了原核表达载体,表达并纯化获得了BsGPx7重组蛋白(rBsGPx7)。对rBsGPx7在不同温度和pH条件下的酶活性进行了测定,表明rBsGPx7在35℃和pH 8条件下酶活性最高。综上提示,BsGPx7与BsGPx8参与了机体对抗镉离子诱导的氧化应激的过程,可能在抗氧化防御中起一定作用。     

抑制尖刀镰孢菌(Fusarium oxysporum)南极细菌的筛选及Psychrobacter sp.P4-11-07-1的生长特性

以植物病原真菌尖刀镰孢菌(Fusarium oxysporum)为指示菌,采用平板扩散法从实验室极地微生物资源库中筛选到12株具有明显抑菌作用的活性菌株。分子鉴定与系统发育分析表明,7株活性菌株属于假交替单胞菌(Pseudoalteromonas)、3株属于嗜冷杆菌(Psychrobacter)、1株属于假单胞菌(Pseudomonas)、1株属于伦黑墨氏菌(Rheinheimera)。抑菌谱测定结果表明,不同活性菌株的抑菌谱也有所不同,12株活性菌株对尖刀镰孢菌、辣椒疫霉(Phytophthora copsici)、大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)、瓜亡革菌(Thanatephorus cucumeris)均有一定的抑制作用,而对葡枝根霉(Rhizopus stolonifer)均没有抑制作用;除菌株1-Z11,1-Z18,4-Z11,4-Z18,IS-010-07-1,P3-11-10-1,Z18-3外,其余5株菌株均对水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solani)有抑制作用。对一株具有较强抑菌活性的菌株Psychrobacter sp.P4-11-07-1生长条件的研究表明,当培养温度为5～30℃,培养基盐度为0～45,初始pH值为5.0～11.0时,菌株P4-11-07-1均可生长并产生抑菌活性物质,对应抑菌活性最高的培养条件分别是:培养温度为25℃,培养基盐度为0,初始pH为7.0。     

海洋生物共栖细菌抑藻活性的初步研究

针对我国常见赤潮藻种赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)及海洋原甲藻(Prorocentrum micans),通过细胞活体荧光测定方法,研究了15株海洋生物共栖细菌对微藻生长的抑制作用,同时,对它们进行了分子生物学鉴定,分析了其系统发生学关系。结果表明,7株细菌的代谢产物对2种微藻的生长具有不同程度的抑制作用,并表现出一定的选择性,其中3株海洋细菌NJ6-3-2,QD1-2,ATCI02-4的代谢产物对2种赤潮微藻的生长都具有抑制作用。系统发生学分析显示,具有抑藻活性的海洋细菌中有4株(NJ6-3-1,QD1-2,SSN-6,SS6-4)属于-γproteobac-teria分支,另外3株(NJ5-7-1,NJ6-3-2,ATCI02-4)属于Gram 细菌。     

大叶藻内生放线菌的分离及抗菌活性筛选

大叶藻是一种水生单子叶植物,是构成海草床的主要藻类之一.对大叶藻内生放线菌及其活性物质的研究是发现海洋微生物资源和新天然产物的有利途径.通过纯培养的方法,使用2216E等7种培养基,从山东省威海市荣成天鹅湖采集的大叶藻样品中分离出62株内生放线菌,并利用纸片法对金黄色葡萄球菌、白色念珠菌和副溶血性弧菌等7种指示菌进行了...     

海洋石油降解菌的筛选鉴定及其功能基因研究

以石油原油为唯一碳源,从中国海洋大学海洋微生物菌种库15株菌中筛选到5株石油降解菌。16SrRNA基因测序结果表明,WH072、WH069、WH303、ZXM008和ZXM183分别为耐盐芽孢杆菌(Bacillus halodurans)、除烃海杆状菌(Marinobacter hydrocarbonoclasticus)、弯曲芽孢杆菌(B.flexus)、普里兹湾假交替单胞菌(Pseudoalteromonas prydzensis)和嗜麦芽糖寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)。其中对石油降解率最高的为WH072(高达36.4%),其次是WH069(20.0%)。对这5株菌检测已报道的石油烃降解酶基因,结果在WH072和WH069中均检测到了alkB、P450和almA3种功能基因。根据功能基因编码的氨基酸序列构建系统发育树并分析其各自的进化关系,发现P450基因在一定程度上具有种属特异性。对本研究首次报道的高效石油降解菌耐盐芽孢杆菌WH072,采用高效热不对称性交错PCR(hiTAIL-PCR)方法,成功获得了这3种功能基因的全长序列,其中alkB与已知同源基因序列相似性较低,其结构和功能有待进一步研究。     

北极海洋沉积物高抗氧化活性菌株的筛选及其多样性分析

利用过氧化氢耐受性实验对北极海洋沉积物中具有高抗氧化活性的菌株进行初筛,通过其对DPPH(1,1-二苯基-2-三硝基苯肼)自由基、羟自由基和超氧阴离子清除能力的测定进一步验证其抗氧化能力;并对其进行了分子鉴定与系统发育分析。根据过氧化氢耐受性实验,从145株供测菌株中筛选出25株对过氧化氢具有较强耐受性的抗氧化活性菌株,占总供测菌株的17.2%;其对DPPH自由基、羟自由基和超氧阴离子均具有较强的清除能力,可分别高达84.15%,88.61%和45.77%。基于16SrRNA基因的分子鉴定与系统发育分析表明,筛选出的25株活性菌株多样性较高,分别属于细菌域的5个纲,15个属,20个种;其中以γ-Proteobactria纲的菌株数量最多。北极海域的海洋沉积物中存在着丰富的具抗氧化活性的菌株资源,将为了解极地微生物的抗氧胁迫机制及极地来源的新型生物活性物质的研发打下一定的基础。     

柄海鞘共附生细菌的分离培养与系统发育多样性研究

通过纯培养和16SrRNA基因序列的相似性比对,并构建系统发育树对威海海域柄海鞘共附生细菌的多样性进行了研究。用2216E培养基从柄海鞘样品中分离到78株细菌,通过形态学特征和TCBS培养基选择性筛选后,选取30株具有代表性的菌株进行了16SrRNA基因测序和基于16SrRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,30株菌株分别属于细菌域的4个系统发育类群(Actinobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Gro-teobacteria)的11个科,11个属。根据16SrRNA基因序列,大多数菌株与其系统发育关系最密切的模式菌株之间存在一定的遗传差异(16SrRNA基因序列相似性为91.82%～98.93%)。其中菌株HQW7,HQYD1,HQWD4,HQE1和HQE2与相关模式菌株的16SrRNA基因最高相似度仅分别为91.82%,92.51%,92.99%,93.52%,93.87%,这5株菌可能代表新的分类单元。威海海域柄海鞘共附生细菌存在着较为丰富的物种多样性和系统发育多样性,并可能存在新的物种。     

不同品系节旋藻cpcB基因上游序列的克隆与分析

采用体外克隆技术获得来自节旋藻6个品系的cpcB基因的257 bp的上游序列和217 bp的编码区序列,并和来自FACHB341的cpcB基因序列对应部分进行比较分析。结果表明,所获得的上游序列和编码区序列都有高度的保守性,而编码区所推导的氨基酸序列的保守性更高。启动子软件预测,在每一上游序列中都存在5条启动子序列,其中,FACHB439的启动子种类和结构与其他品系存在一定的差异。同时,FACHB439的翻译起始区mRNA二级结构与其他品系也有所不同。因此推测,在大多数品系节旋藻中藻蓝蛋白基因存在相同的表达调控机制,而品系FACHB439则可能存在一定程度的差异。