基于CO1基因的渔山列岛厚壳贻贝遗传资源评估

基于线粒体CO1基因的序列,对渔山列岛,大连獐子岛,南麂列岛,山东南隍城乡,舟山嵊泗5个野生群体的厚壳贻贝进行遗传多样性和遗传结构的分析。结果表明:在mt DNACO1基因同源片段上共检测到了39个多态位点,其中39个简约信息位点,无单突变位点,构成40个单倍型,群体遗传多样性水平为:渔山山东大连舟山南麂;然而单倍型多样性却是山东渔山南麂大连舟山。分子进化树和单倍型网络关系图构建结果显示:5个群体之间分为3个单倍型类群(A、B、C),其中A类群含15个单倍型,B类群含23个单倍型,C类群含2个单倍型(均为渔山列岛的单倍型),其中渔山列岛的单倍型在上述三个类群中都有分布。3个单倍型类群间的遗传距离为0.0099~0.0268。渔山列岛群体内遗传分化较为显著,其他4个群体间未检测到显著的遗传分化。     

利用ISSR 分子标记技术分析浙江沿海4 株坛紫菜的遗传多样性

利用 ISSR 分子标记技术对采自浙江省南麂岛和渔山列岛的4株不同形状野生坛紫菜(Porphyra haitanensis)进行了遗传多样性分析.从33条引物中筛选出11条可扩增出清晰条带的引物,在4株坛紫菜中共扩增出62条 DNA 带,其中多态性条带比例达88.71%.遗传距离分析表明4株坛紫菜之间的遗传距离范围是0.3226~0.6129,聚类分析结果表明渔山列岛坛紫菜遗传距离最近,而南麂岛的两株坛紫菜则距离相对较远.该研究说明浙江附近岛屿的野生坛紫菜遗传多样性丰富     

浙江6个列岛大型底栖藻类分类多样性

本文基于对七星列岛大型底栖藻类的实地调查,结合浙南3个列岛(七星列岛、南麂列岛和洞头列岛)和浙北3个列岛(渔山列岛、中街山列岛和马鞍列岛)大型底栖藻类物种组成的有关文献,构建大型底栖藻类基础数据库。采用平均分类差异指数△~+、分类差异变异指数∧~+、G-F多样性测度指数和相似性系数开展分类多样性研究。结果显示:6个列岛藻类在目级和科级的相似性很高,其值均在0.800以上;洞头列岛的△~+值最高(77.42),中街山列岛最低(72.65),这表明洞头列岛大型底栖藻类类群间的亲缘关系较远,中街山列岛藻类类群间的亲缘关系较近;七星列岛的∧~+值最高,达942.00,南麂列岛最低,仅865.12,这表明南麂列岛大型底栖藻类在不同分类阶元分布最均匀,七星列岛的藻类分布较集中;南麂列岛无论是F指数、G指数还是G-F指数的值均比其他5个列岛高,依次为18.62,4.40和0.76,这说明南麂列岛藻类的生态位分化程度较高。本研究构建了6个列岛大型底栖藻类资源与分类多样性基础数据库,为有效保护和管理大型底栖藻类提供了理论依据。     

基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究

为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(F_st)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(F_st<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。     

黄渤海长蛸群体的形态多样性研究

为研究黄、渤海海域内长蛸(Octopus minor)的不同地理群体的形态多样性。采集了天津、秦皇岛、丹东、木浦、群山5个长蛸群体共116个体,采用多元分析方法综合分析了其15个形态学指标,建立了群体的判别函数。研究表明:长蛸群体的腕式均为1234,腕间膜式为ABCDE(其中阿拉伯数字代表长蛸的4对腕长;英文字母代表长蛸的5组腕间膜长)。性状相关性分析表明,重量性状与胴体部性状、胴体部性状与头部性状和漏斗性状之间存在极显著的相关性(P0.01)。主成分分析将体尺性状划分为两个主成分,累计贡献率达72.041%,表明适宜用几个相互独立的因子来解释不同长蛸群体间的差异性。逐步判别分析方法建立5个群体的判别函数,判别准确率P_1为69.6%～100%,P_2为80.0%～100%,综合判别准确率为90.5%,根据判别函数散点图可清晰地将韩国群体(木浦和群山)与中国群体(天津、秦皇岛和丹东)区分开。单因素方差分析显示,韩国群体(木浦和群山)与中国群体(天津、秦皇岛和丹东)之间腕吸盘数目存在显著差异性(P0.05),天津和秦皇岛群体间腕吸盘数目最接近。聚类分析将5个群体分为2支,天津和秦皇岛群体先聚于一支,再与丹东群体聚于一支,木浦和群山群体单独聚于一支。研究结果表明,黄渤海长蛸群体形态存在地域差异。     

基于Cyt b 基因序列的中国沿海4个长蛸(Octopus variabilis)群体的种群遗传结构分析

采用线粒体Cytb基因测序技术研究了我国不同海域4个长蛸(Octopus variabilis)群体的种群遗传结构。结果表明,232bp的Cytb基因片段在4个群体90个个体中共检测到38个多态位点、12个单倍型,单倍型多样性指数H达0.854±0.015,核苷酸多样性指数Pi达0.059±0.005,平均核苷酸多样性指数K达13.526,显示出较高的遗传变异。种群遗传结构分析表明,4个群体间均存在极显著的遗传分化(P<0.01),除大连与青岛两群体间外,其它两两群体间的基因流均小于1。聚类分析表明,4个群体明显分化为三大类群,一个类群由大连和青岛群体组成,一个由温州群体组成,另一个由东山群体组成;遗传距离分析表明,东山类群与其它类群之间可能为亚种水平的分化,而其它类群之间仍为种内群体间分化。长蛸这种种群遗传结构形成原因可能与其较弱的种群扩散能力有关,另外冰川期地理历史因素及我国海域的洋流作用可能也参与了长蛸种群遗传结构的形成。     

基于线粒体COI 序列的洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)遗传多样性和种群结构分析

为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构, 采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI) 作为分子标记, 采用PCR 扩增洪泽湖4 个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB 和高良涧GLJ) 的COI 基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明, 614bp 长度的核苷酸片段中, 碱基A+T 的平 均含量为65.0%, 明显高于G+C 的含量(35.0%).共检测到73 个多态位点, 多态位点比例为11.9%, 77 个个体中共获22 个单倍型(GenBank 登录号: KM659000-KM659021), 其中包括3 个共享单倍型, 4 个群体的平均单倍型多样性指数h 为0.889, 平均核苷酸多样性指数π 为0.04499, 平均核苷酸差异 数K 为27.622, 其中蒋坝群体的遗传多样性最高, 顾勒河群体的遗传多样性最低。22 个单倍型间的 Kimura 2-paramter 遗传距离为0.002-0.100, 平均遗传距离为0.0514.NJ 法构建的分子系统树显示 22 个单倍型聚为2 个分支。4 个群体间的遗传距离达0.03729-0.04969, 基于群体间遗传距离构建的 NJ 系统树中, 高良涧群体和顾勒河群体聚为一支, 蒋坝群体和临淮群体聚集为一支。AMOVA 分析 表明, 洪泽湖河蚬四群体间总遗传分化系数F_st 为0.06325(P>0.05), 93.67%遗传变异存在于群体内部, 6.33%变异存在于群体间。中性检验结果和歧点分布图显示, 洪泽湖河蚬种群大小保持稳定, 未经历 明显的种群扩张。     

中国沿海长蛸(Octopus variabilis)自然群体线粒体COI基因遗传多样性研究

对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸中共发现18个变异位点,得到15个单倍型,包括4个共享单倍型,其中青岛群体的核苷酸差异数K以及平均核苷酸多样性指数Pi最高,烟台群体最低;群体间,青岛群体在群体间核苷酸差异数K、群体间平均每位点核苷酸替代数Dxy和群体间每位点净核苷酸替代数Da三个指标上都表现出比其它群体之间较高的水平,说明青岛群体具有最为丰富的遗传多样性。MEGA3.1软件计算5个群体间的Kimura2-paramter遗传距离,大连群体和青岛群体之间的遗传距离最远为0.0077,而大连群体与烟台群体之间的遗传距离最低,为0.0029。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.17410(P0.05),群体间遗传分化远小于群体内。NJ法和UPGMA法构建的分子进化树,5个地理群体的长蛸聚为两个族群,大连、烟台群体聚为一族群,青岛、连云港和舟山群体聚为另一族群。     

中国南麂列岛产海洋底栖硅藻新种-南麂侧链藻(Pleurosira nanjiensis sp. nov.)的形态与分子系统学研究

本文描述了采自南麂列岛小柴屿岩相潮间带的一海洋底栖硅藻新种,南麂侧链藻（Pleurosira nanjiensis sp.nov.）。本研究使用光学显微镜和扫描电子显微镜对该种进行了形态学观察,并基于SSU rRNA和rbcL基因重建了其系统发育关系。南麂侧链藻具有壳面橄榄形、椭圆形或圆形,壳面隆起,单眼突出于壳表面,2–3个唇状突（rimportulae）,放射排列的线纹等特征,区别于其他侧链藻。     

西太平洋杜氏枪鱿(Uroteuthis duvaucelii)群体形态差异分析

杜氏枪鱿(Uroteuthis duvaucelii)为西太平洋海域广布种,形态特征易受地理阻隔和生态环境等因素影响。采用形态学观察和多元统计分析方法(包括主成分分析、判别分析、聚类分析和单因素方差分析),对采自南通、宁波、南麂岛、东山、汕头、阳江和泰国湾的杜氏枪鱿7个自然群体共202个样品的形态差异进行了比较分析。结果显示:雌、雄群体主成分分析都得到5个主成分,累积贡献率分别为63.395%和67.591%,主成分1和主成分2的散点图均显示各群体存在重叠;雌雄群体的综合判别准确率分别是58.7%和57.3%;雌、雄群体的聚类分析结果基本一致,将7群体分成两支:泰国湾群体与南通、阳江群体聚为一支,宁波、南麂岛、东山和汕头群体聚为一支;所有群体形态测量指标的单因素方差分析结果无显著差异。泰国湾雄性第三腕大吸盘角质环齿数只有7个,与其他群体(11~15个)差异极显著,雌性个体角质环无显著差异。此外,扫描电镜结果显示泰国湾和阳江样品的齿舌形态和大小具显著差异。研究结果为杜氏枪鱿种质资源保护、合理利用与科学管理提供基础资料。     

中国近海外来囊藻(Colpomenia peregrina)种群遗传多样性研究

外来囊藻(Colpomeniaperegrina)是一种在潮间带分布广泛的褐藻,它能附着在牡蛎壳上进行跨海区扩散,因而是研究生物多样性变动和生物地理格局形成的良好模型。外来囊藻在中国沿海虽有分布,但关于其种群遗传多样性和分化研究的报道尚为空白。本研究采集了中国近海13个外来囊藻种群样本。通过扩增301条线粒体cox3序列,发现了26个单倍型;通过重建单倍型网络图和基于最大似然法与贝叶斯法重建系统进化树,发现外来囊藻种内遗传多样性较高, 13个种群划分为3个遗传世系,其中浙江南麂列岛的7个种群组成遗传世系A,辽宁和山东的样本则分化为遗传世系B和C。中国近海外来囊藻的这种种群遗传结构可能源于更新世末次盛冰期黄渤海、东海边缘海的环境变化和海平面的大幅下降。遗传世系A具有的较高单倍型多样性,其原因可能是南麂列岛独特的地理位置和潮间带环境的共同作用。     

基于COI基因的中国沿海青蚶野生群体遗传结构及种群动态研究

本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。     

基于F型mtDNA D-Loop的厚壳贻贝(Mytilus coruscus)群体遗传多样性研究

为研究东海区厚壳贻贝(Mytilus coruscus)遗传多样性,以厚壳贻贝F mtDNA D-loop为标记,对浙江省舟山嵊山岛、宁波渔山岛、温州南麂岛、福建省宁德湾和莆田南日岛五个海区的厚壳贻贝群体进行了遗传分析。结果表明,厚壳贻贝各群体的遗传多样性差异不明显,在5个群体中,宁德群体的遗传多样性相对最丰富;将5个群体作为一个整体时,呈现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。对厚壳贻贝5个群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)进行检测,结果显示群体间Fst值都很低,但Nm值都很高(Nm绝对值1),表明5个群体间存在丰富的基因交流。但宁德群体与浙江沿海的3个群体(嵊山、渔山、温州)的Fst值相对较高,且差异显著(P0.5),表明宁德群体与这3个群体间出现遗传分化。本研究旨在为海洋经济贝类资源的保护管理提供理论依据。     

长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析

我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。     

南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析

密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。     

中华钩线虫的DNA条形码研究及分类意义探讨

海洋线虫是海洋底栖生物中数量上最丰富的类群,在海洋生态系统中起着重要的作用。对海洋线虫进行种类鉴定是线虫研究中最重要的工作之一。目前,海洋线虫的鉴定主要采用形态学的分析方法,但是这种方法往往费时费力,对于如此丰富的物种,急需新的鉴定方法。作者以黄海潮间带自由生活线虫优势种——中华钩线虫(Oncholaimus sinensis)为例,在形态学分类的基础上,将DNA条形码技术引入线虫的鉴定中,探讨了线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基(mt COI)基因序列、28S r DNA序列的D2D3区以及18S r DNA序列的部分序列作为DNA条形码在中华钩线虫中的适用性。结果表明,18S r DNA序列可作为该种线虫的DNA条形码,为海洋线虫的DNA条形码研究提供了很好的借鉴。目前,利用DNA条形码技术对海洋线虫进行鉴定的报道在国内还属空白,本研究将是海洋线虫分类学研究的很好补充。同时,对于了解该海域海洋线虫多样性及群落分布格局,开展海洋环境监测,进而对海洋的底质环境状况进行健康评价具有十分重要的科学意义。