方斑东风螺3个选育世代遗传多样性和遗传结构的微卫星分析

采用12个多态性微卫星标记对方斑东风螺(Babylonia areolata)泰国选育系TF₄~TF₆连续3代选育群体的遗传多样性与遗传结构进行了分析。3个群体的多态信息含量分别为0.730、0.717和0.708,均高于0.5,表现出较高的多态性。平均等位基因数(A)、有效等位基因数(A_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和Shannon’s信息指数(I)的变化范围分别为11.667~12.583、6.334~6.915、0.658~0.672、0.737~0.787和1.837~2.003,整体呈降低趋势,但差异并不显著(P>0.05)。分子方差分析结果显示,群体间的遗传变异仅占总变异的0.95%;群体间的遗传分化系数(F_st)介于0.00569~0.01324,处于低等分化水平(F_st<0.05)。主坐标分析和STRUCTURE分析结果显示,3个群体呈现出相似的遗传背景和遗传结构。以上研究结果表明,经过连续多代的人工选育,方斑东风螺选育群体保持着较高的遗传多样性水平,遗传变异和遗传分化水平较低,遗传结构趋于稳定,仍具有较高的遗传选育潜力。     

基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究

为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(F_st)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(F_st<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。     

华贵栉孔扇贝四种壳色选育系F1遗传多样性的AFLP分析

用10 对AFLP 选择性扩增引物, 对4 种壳色华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)选育系的F₁代群体(每种壳色30 个, 共120 个个体)进行了遗传多样性分析, 共扩增出414 个位点, 多态性位点352 个, 比例为85.02%; 紫顶枣褐、枣褐、紫白、橘黄4 种壳色群体多态性位点比例分别为72.83%、86.04%、83.47%、67.35%; Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.3071、0.3494、0.3358、0.3077; Shannon’s 信息指数(I)分别为0.4607、0.5139、0.4987、0.4525。4 个群体间的平均遗传分化系数(G_st)为0.1739, 遗传杂合度(H_e)为0.3954, 遗传距离(D)变化范围在0.1194～0.1720 之间; 聚类分析表明, 4 种壳色选育系间的亲缘关系由近及远依次为紫白、枣褐、橘黄和紫顶枣褐壳色。研究表明, 四种壳色选育系均具有较高的遗传多样性, 各壳色群体间存在一定分化, 继续选育潜力大。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)野生与选育群体的微卫星遗传多样性分析

为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(N_a),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(N_a=13, I=2.128,H_e=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(N_a=29,I=3.112, H_e=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(F_st)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。     

漠斑牙鲆养殖群体微卫星遗传多样性的初步分析

为评估养殖过程对漠斑牙鲆遗传结构的影响, 本研究利用微卫星标记对漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)山东胶南养殖群体(子一代)和江苏南通养殖群体(子三代)的遗传结构进行分析比较, 结果表明所使用的14 对引物中, 11 对引物在所选取的群体中具有多态性, 两个群体中共检测出了70 个等位基因(42 个有效等位基因), 总群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36 和0.60。两个群体的Shannon’s 遗传多样性指数分别为1.18 和1.07, Nei’s 遗传多样性指数分别为0. 56 和0.51, 表明山东胶南群体的遗传多样性显著高于江苏南通养殖群体。两个养殖群体间的两群体间的遗传分化系数Fst 平均为0.1246, 遗传距离(Ds)为0.171, 遗传相似度为0.8432, 表明两个群体中度分化。由此可以得出, 在中国随着漠斑牙鲆累代养殖的开展, 其遗传多样性下降显著, 遗传结构已经出现了显著分化。因此, 在将来的繁育过程中应制定合理的育苗规划以维持漠斑牙鲆的多样性水平并保障产业可持续发展。     

4个缢蛏群体遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

采用12个微卫星分子标记,对4个不同缢蛏(Sinonovacula Constricta)群体: 福建云霄群体、广东湛江群体、天津塘沽群体以及浙江乐清湾群体进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究结果显示, 12个微卫星共有46个等位基因, 4个缢蛏群体的平均观测等位基因数(Ao)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为3.25～3.50、0.59～0.74、0.55～0.58 和0.46～0.50。说明4个缢蛏群体遗传多样性处于中等多态。UPGMA聚类分析表明:乐清湾群体、天津塘沽群体间的遗传距离最小, 亲缘关系最近, 首先聚为一支, 福建云霄群体和广东湛江群体聚为另一支。群体的F-统计量(Fst)为0.07, 表明缢蛏群体分化很微弱。     

荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析

对2009 年和2011 年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54 尾鱼的线粒体DNA 细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定, 以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示, 在所获得的782 bp 序列中, 共检测到11 个单倍型、15 个多态位点, 其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081, 核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005, 遗传多样性水平较低。其中, 2009 年样品检测到3 种单倍型、4 个单一变异位点, 其H 和π 值分别为0.378±0.181 和0.0010±0.0006; 2011 年样品检测到9 种单倍型、6 个单一变异位点和6 个简约信息位点, 其H 和π 值分别为0.352±0.086 和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%), 而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter 模型分析得到的2009, 2011 年度孔鳐间的遗传距离为0.0013, 遗传分化系数为0.01778, 也表明2009 年和2011 年孔鳐的遗传分化程度低, 没有明显的遗传变异。中性检验表明, 荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。     

中国黄渤海真江蓠(Agarophyton vermiculophyllum)群体遗传多样性研究

真江蓠是原产于西北太平洋的重要经济红藻。我们利用10对微卫星引物检测中国黄渤海地区真江蓠的群体遗传多样性和结构。10个微卫星位点在12个群体中共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因（N_a）为1~28,有效等位基因（N_e）为1.0~9.6。每个群体的平均等位基因（N_a）、平均有效等位基因（N_e）、平均香浓指数（I）、平均观察杂合度（H_o）和平均预期杂合度（H_e）分别为2.4、1.6、0.419、0.133和0.227,显示较低的群体遗传多样性。中国黄渤海12个真江蓠群体间遗传分化较大（F_st=0.398 7）,基因流有限（N_m=0.377 1）,近交系数为正（F_is=0.391 3,F_it=0.634 0）,表明可能存在近交和杂合子缺失现象。Structure和UPGMA系统进化分析一致将12个群体分为两个遗传组,并在黑石礁群体（HS）和石岛群体（SD）中发现明显的遗传混杂现象。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内（73.27%）。该研究可为黄渤海地区真江蓠自然资源保护和管理提供科学依据。     

基于线粒体COI 序列的洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)遗传多样性和种群结构分析

为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构, 采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI) 作为分子标记, 采用PCR 扩增洪泽湖4 个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB 和高良涧GLJ) 的COI 基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明, 614bp 长度的核苷酸片段中, 碱基A+T 的平 均含量为65.0%, 明显高于G+C 的含量(35.0%).共检测到73 个多态位点, 多态位点比例为11.9%, 77 个个体中共获22 个单倍型(GenBank 登录号: KM659000-KM659021), 其中包括3 个共享单倍型, 4 个群体的平均单倍型多样性指数h 为0.889, 平均核苷酸多样性指数π 为0.04499, 平均核苷酸差异 数K 为27.622, 其中蒋坝群体的遗传多样性最高, 顾勒河群体的遗传多样性最低。22 个单倍型间的 Kimura 2-paramter 遗传距离为0.002-0.100, 平均遗传距离为0.0514.NJ 法构建的分子系统树显示 22 个单倍型聚为2 个分支。4 个群体间的遗传距离达0.03729-0.04969, 基于群体间遗传距离构建的 NJ 系统树中, 高良涧群体和顾勒河群体聚为一支, 蒋坝群体和临淮群体聚集为一支。AMOVA 分析 表明, 洪泽湖河蚬四群体间总遗传分化系数F_st 为0.06325(P>0.05), 93.67%遗传变异存在于群体内部, 6.33%变异存在于群体间。中性检验结果和歧点分布图显示, 洪泽湖河蚬种群大小保持稳定, 未经历 明显的种群扩张。     

三峡库区短颌鲚(Coilia brachygnathus)新建种群的年龄结构、生长特征及遗传多样性分析

2019~2020年在三峡库区巫山(WS)、万州(WZ)、丰都(FD)、涪陵(FL)4个采样点采集到新建短颌鲚(Coilia brachygnathus)种群153尾个体,基于鳞片和10个微卫星DNA标记进行年龄结构、生长特征与遗传多样性分析。结果显示,短颌鲚种群体长分布范围为102.1~301.6mm,平均体长(196.6±40.0)mm;体重分布范围为1.90~79.70g,平均体重(17.70±13.06)g。短颌鲚种群年龄组为1~5龄,其中2龄和3龄为优势年龄组,占总个体数的82.35%。体长-体重呈幂函数指数关系,属于正异速生长类型。微卫星DNA标记分析结果显示,10个微卫星位点共检测到82个等位基因,各群体平均等位基因数(N_a)为5.600 0~7.300 0,平均有效等位基因数(N_e)为3.541 4~3.831 5,平均观测杂合度(H_o)为0.617 7~0.700 0,平均期望杂合度(H_e)为0.682 3~0.702 9之间,平均多态信息含量(PIC)为0.628 5~0.648 4。4个群体的遗传多样性水平均较高,呈现出由三峡库区下游至上游逐渐减小的特点。遗传结构分析结果显示,群体间遗传分化水平很低,遗传变异主要来源于个体内部。结果表明,三峡库区短颌鲚种群处于快速扩张阶段,4个群体均具有较丰富的遗传多样性,遗传结构未发生显著群体分化,群体间基因交流频繁。由此提示,三峡库区短颌鲚很可能来源于三峡大坝下种群扩张迁入三峡库区水域而繁殖建群。     

Molecular cloning of superoxide dismutase (Cu/Zn-SOD) from aquatic molluscs

The potential of the first line of the active oxygen-scavenging system, partial cDNA encoding Cu/Zn superoxide dismutase (SOD) was isolated in three aquatic mollusc species: Ruditapes decussatus (marine clam), Dreissena polymorpha (continental water mussel) and Bathymodiolus azoricus (hydrothermal vent mussel). These SOD cDNA fragments were amplified by PCR with degenerate oligonucleotide primers derived from the amino acid sequence conserved in the Cu/Zn-SOD from several other organisms. A partial cDNA of CuZn-SOD was obtained for R. decussates (510 bp), D. polymorpha (510 bp) and B. azoricus (195 bp). The deduced amino acid sequence showed high similarity among the three mollusc species (57-63%) and among other species (50-65%). The residues involved in coordinating copper (His-47, 49, 64, 121) and zinc (His-64, 72, 81 and Asp-84) were well conserved among the three Cu/Zn-SOD sequences.     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12S rRNA

参考果蝇与蚤状     

Molecular analysis of complete ssu to lsu rdna sequence in the harmful dinoflagellatealexandrium tamarense (korean isolate, HY970328M)

New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellateAlexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA, were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report inAlexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp (44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance, 91% sequence similarity) in comparison withProrocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains. In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton,A tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic ambiguities ofAlexandrium genus, particularly of the tamarensis complex.     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)耐低温相关微卫星标记的初步筛选

采用微卫星结合混合群体分离分析法技术（SSR-BSA）对红鳍东方鲀群体进行耐低温相关微卫星标记的筛选。首先对300尾红鳍东方鲀幼鱼进行低温处理,分别获得34尾耐低温（S组）和不耐低温个体（D组）。分别在两组中随机挑选15尾提取基因组DNA,构建耐低温和不耐低温DNA混池,然后用148对微卫星引物对其进行扫描。结果发现4个标记（fms45、fms82、fms100和fms182）在耐低温和不耐低温DNA混池中扩增出差异条带。用S组和D组全部个体对4个标记进行单个体验证,结果显示由fms100扩增,携带有116 bp条带的个体在S组和D组的出现频率分别是53%和18%,132 bp条带的出现频率分别是59%（S组）、24%（D组）;由fms182扩增,携带有125 bp的个体在S组和D组出现的频率分别是12%和35%,经卡方检验P值均小于0.05,差异显著。本文关于红鳍东方鲀耐低温分子标记的报道,为研究红鳍东方鲀耐低温的遗传基础以及相关分子机制提供了依据,也为开展红鳍东方鲀耐低温分子标记辅助选育提供了良好的基础。     

日本绒螯蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状汊序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体ＤＮＡ１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５８ｂｐ（３４．５７％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）,与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似。     

日本绒螫蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状溞序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体DNA 12S rRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定,得到457bp的碱基序列,其A、T、G、C含量分别为158bp(34.57%)、178bp(38.95%)、51bp(11.16%),70bp(15.32%),与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似.     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。     

细角螺微卫星DNA 富集文库构建及特征分析

采用生物素磁珠富集法,用生物素标记的(GT)15和(CT)15两种探针与细角螺基因组 MseI 酶切的300~1200bp 片段杂交,杂交复合物与链霉亲和素磁珠结合,捕获含有重复序列的微卫星片段。最后将磁珠捕获到的重复序列与PMD19-T载体连接后克隆到DH5α中构建微卫星基因组文库。通过PCR检测出354个阳性克隆,从中随机选取248个片段大于500bp的阳性克隆进行测序,结果显示,在220个成功测序的阳性克隆中共获得278个微卫星序列,其中完美型171个,占61.5%;非完美型81个,占29.1%;复合型26个,占9.4%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到三碱基GTT、TGG、GAA、CAA;四碱基TCTA、ACAG、TAGA、GTGA、GTCT、GATA及五碱基TTTTG的重复序列。在278条序列中共有82条可以设计引物。     

我国沿海三个文蛤地理群的RAPD分析

利用RAPD技术分析了我国沿海辽宁、江苏、广西省3个文蛤地理群的遗传变异,总共用60个随机引物进行了RAPD扩增,其中50个随机引物得到了扩增产物,选取其中15个随机引物的扩增图谱进行相似性系数和遗传距离的计算,结果为辽宁(LW)、江苏(JW)、广西(GW)群体内的遗传距离分别为:0.169±0.034,0.117±0.032,0.108±0.031.LW,JW之间为0.222±0.036;JW,GW之间为0.209±0.043;LW,GW之间为0.316±0.047,同时发现引物s396-900bp的标记为JW和LW所特有;引物s433-250bp标记为JW和GW所特有,由此可作为这3个地理群的分子标记.