基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析

竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一, 在海洋食物网中扮演了重要角色, 然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局, 文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明, 中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_d=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系, 利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化, 遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构, 可以作为一个单一的种群加以管理, 人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。     

基于线粒体控制区的中国东南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性和遗传分化

本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。     

RAPD对圆斑星鲽和条斑星鲽养殖群体的遗传多样性研究

应用RAPD分子标记技术对圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(Verasper moseri)的养殖群体进行群体遗传多样性分析.每个群体各取鱼30尾,并从78条随机引物中筛选出20条用于群体遗传学研究.两个群体共扩增出218条DNA片段,大多数片段大小为250～1500 bp,其中圆斑星鲽185条,条斑星鲽183条.多态片段比例分别为56.76%和64.48%,Nei的多样性指数和Shannon的信息指数分别为0.232 2和0.278 1、0.339 1和0.398 9.这两种星鲽养殖群体间的遗传相似性系数和遗传距离分别为0.672 0和0.397 5.     

不同盐度梯度的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了九江江口不同盐度梯度的桐花树种群的遗传多样性和遗传分化，桐花树种群维持有较高的遗传变异性，观察杂合度为０．３００，期望杂合度为０．２１５。种群间遗分化系数较小为ＧＳＴ＝０．１０１，表明总的遗传变异中有１０．１％来自种群间。种群间遗传距离和遗传一致度均值分别为０．０４５和０．９５５，其中流畅，Ｎm=2．09。     

中国近海外来囊藻(Colpomenia peregrina)种群遗传多样性研究

外来囊藻(Colpomeniaperegrina)是一种在潮间带分布广泛的褐藻,它能附着在牡蛎壳上进行跨海区扩散,因而是研究生物多样性变动和生物地理格局形成的良好模型。外来囊藻在中国沿海虽有分布,但关于其种群遗传多样性和分化研究的报道尚为空白。本研究采集了中国近海13个外来囊藻种群样本。通过扩增301条线粒体cox3序列,发现了26个单倍型;通过重建单倍型网络图和基于最大似然法与贝叶斯法重建系统进化树,发现外来囊藻种内遗传多样性较高, 13个种群划分为3个遗传世系,其中浙江南麂列岛的7个种群组成遗传世系A,辽宁和山东的样本则分化为遗传世系B和C。中国近海外来囊藻的这种种群遗传结构可能源于更新世末次盛冰期黄渤海、东海边缘海的环境变化和海平面的大幅下降。遗传世系A具有的较高单倍型多样性,其原因可能是南麂列岛独特的地理位置和潮间带环境的共同作用。     

中部太平洋大眼金枪鱼种群遗传结构的初步研究

大眼金枪鱼是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区（the first hypervariable region,HVR-1）457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示8个采样点核苷酸多样性在0.03074-0.04362间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996-1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体D-loop 基因探讨花鳗鲡的群体遗传多样性及其种群进化历史

通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+T含量(68.1%)明显高于G+C含量(31.8%)。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度(Hd)、核苷酸多态性(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.982、0.21577和219.655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1.000、0.26728和271.821,两个群体之间平均遗传距离(P)为0.3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D(海南群体D=1.35345,P>0.01;菲律宾群体D=0.79220,P>0.01)和Fs(海南群体Fs=3.759;菲律宾群体Fs=2.231)探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。     

中国近海5个黑鲷地理群体的遗传变异

为有效保护和利用黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)资源,本研究测定了中国近海5个群体(北方海域的营口与崂山群体,南方海域的闽清、大亚湾、东兴群体)各10尾黑鲷线粒体控制区5′端722bp序列以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现42个单倍型,56个多态位点;群体单倍型多样性为0.978～1.000,群体核苷酸多样性为0.0067～0.0116。中性检测和核苷酸不对称分布分析表明,中国近海黑鲷在晚更新世(165～41kaBP)曾经历过种群的快速扩张。北方群体与南方群体之间的Fst值为0.1145(P=0.00),表明存在中等程度的分化,建议将中国近海黑鲷作为两个管理单位。     

中国东南沿海地区球状伪镖水蚤种群遗传多样性及遗传结构研究

为了探究球状伪镖水蚤群体的遗传多样性及其遗传结构,本研究以线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ（mtCOⅠ）基因作为分子标记,提取了中国东南沿海地区5个采样点135只球状伪镖水蚤个体的基因组DNA并进行分析。结果表明：在获得的580bp的COⅠ基因序列中,碱基A+T的平均含量为63.4%,明显高于G+C的含量（36.6%）,显示出较强的AT偏好性。5个采样群体共检测到49个多态位点和38个单倍型,单倍型多样性指数（h：0.6285—0.9214）和核苷酸多样性指数（π：0.00766—0.02010）均处于较高水平,各群体之间遗传距离为0.009—0.031。系统进化树和单倍型网络图显示：5个采样群体聚成多个支系;除广州与顺德、上海与无锡以外,其他各采样群体之间均具有显著遗传分化;5个采样群体可以划分为3个种群。中性检验和核苷酸不配对分布显示,各种群均未经历过种群扩张事件。     

南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析

密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。     

西施舌（Coelomactra antiquata）群体遗传多样性与分化的研究

采用不连续垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对广西北海、福建漳港和江苏启东3个西施舌自然群体的7个等位酶12个位点进行检测分析。结果表明,西施舌群体的遗传多样性较高,平均每位点等位基因数目（A）范围为1．5833—2．0000、平均每位点有效等位基因数目（Ae）范围为1．2850—1．5373、多态位点百分数（P）为33．33％、观察杂合度（Hc）为0．2389-0．3083、期望杂合度（He）为0．1496—0．2041之间。西施舌群体间有一定的遗传分化,遗传分化系数（FST）为0．0719,福建漳港群体与广西北海群体之间的FST为0．0413,但福建漳港群体和广西北海群体与江苏启东群体之间的FST为0．0505。     

我国不同纬度白骨壤种群遗传多样性和遗传分化的研究

红树林是生长在热带、亚热带潮间带的一种常绿木本植物群落,分布于我国的海南、广西、广东、福建和台湾5省区的沿海地带,它具有胎生、抗盐及富含单宁等特性,这使得它与其他陆生植物群落存在着很大差别.虽然科学家已对红树植物在生理、生态、能量生态和污染生态方面开展了较为详尽的研究工作[1,2],但对其遗传结构研究较少.     

基于COI基因的中国沿海青蚶野生群体遗传结构及种群动态研究

本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。     

基于线粒体D-loop区分析黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)五个淡水湖泊群体的遗传多样性

采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明,890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。     

威海近海大泷六线鱼亲鱼、放流苗种和回捕群体遗传多样性比较研究

为探究山东威海近海用于增殖放流的大泷六线鱼亲鱼、放流苗种和回捕群体的遗传多样性情况,本研究采用线粒体DNA控制区第一高变区序列,分别对232尾大泷六线鱼亲鱼、276尾放流苗种以及121尾回捕群体展开遗传多样性比较和遗传结构分析。研究结果显示,629尾大泷六线鱼个体共检测到163个单倍型,其中3个单倍型为6个群体所共享,亲鱼的特有单倍型最为丰富。6个群体单倍型多样度和核苷酸多样度范围分别为：0.911.8±0.027.8～0.958.8±0.008.0、0.006.8±0.004.1～0.009.2±0.005.1,表明6个群体遗传多样性较高。遗传分化指数F_st范围为-0.006.1～0.007.5,仅亲鱼与放流苗种之间存在显著的遗传差异。AMOVA分析结果显示大部分的遗传变异来自于群体内部。本研究表明山东威海近海用于增殖放流的大泷六线鱼亲鱼与放流苗种种质资源优良,且增殖放流活动未对回捕群体产生明显遗传多样性影响。     

中部太平洋大眼金枪鱼(Thunnus obesus)种群遗传结构的初步研究

大眼金枪鱼(Thunnus obesus)是世界最重要的渔业资源之一,经济价值较高,捕捞压力的加大使中部太平洋大眼金枪鱼过度捕捞程度愈发严重。开展种群遗传结构研究将为大眼金枪鱼资源的可持续利用与开发提供科学依据。本文以取自中西太平洋和中东太平洋共182尾大眼金枪鱼个体为研究对象,分析研究其线粒体DNA控制区第一个高变区(the first hypervariable region,HVR-1)457bp的序列,共发现115个变异位点,定义了178种单倍型。序列多样性分析结果显示:8个采样点核苷酸多样性在0.03074—0.04362之间,单倍型多样性在各个采样点都较高,变动范围在0.996—1.000之间;分子方差分析显示99.97%的遗传变异性来自于种群内;群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示中东太平洋与中西太平洋群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

闽粤沿海鮸状黄姑鱼野生种群和人工繁育群体遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对鮸状黄姑鱼(Nibea miichthioides)野生种群及人工繁育群体进行了DNA多态性检测。共采用40个随机引物进行扩增，其中35个引物在野生种群和人工繁育群体中都扩增出230个RAPD位点。野生种群和人工繁育群体的多态位点比率P分别为16．5％和15．7％；群体相似系数S为0．954和0．967；Shannon信息指数H0为0.113和0．104；基因多样性指数H为0．085和0．083；而两群体间的遗传距离D为0．022。所得结果表明两群体间具有非常相近的亲缘关系，且遗传多样性水平都比较贫乏。     

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）野生与养殖群体遗传多样性的比较研究

采用扩增片段长度多态性技术（AFLP技术）对2个野生和2个养殖的半滑舌鳎群体进行了遗传多样性的比较研究。实验采用8对AFLP引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出498个位点。结果表明,半滑舌鳎养殖群体的遗传多样性降低：河北唐山野生群体和江苏连云港野生群体的多态位点百分数分别为45．18％和39．96％,Nei遗...     

基于线粒体DNA控制区的黄姑鱼养殖群体与野生群体比较研究

黄姑鱼(Nibea albiflora)是我国重要的经济鱼类.由于受到过度捕捞和环境污染等因素的影响,野生黄姑鱼资源量急剧下降.为了解黄姑鱼野生群体与养殖群体的种质资源现状,本研究扩增了2个野生群体和2个养殖群体的线粒体DNA控制区高变区部分序列,同时结合NCBI数据库中部分已发表序列进行分析.研究显示:173个黄姑鱼...