坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)16S—23S rDNA 间区的克隆及多态性分析

采用16S和23SrDNA保守区设计的引物对两株坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)16S—23SrDNA间区(Intergenic spacer region,ISR)进行了PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体上进行测序;利用生物信息学进行了16S—23SrDNA间区序列及其内所含tRNA基因的分析。2株坚强芽孢杆菌共得到11条16S—23SrDNA间区特征区带(包括300、400、500和600bp等)序列,ISR类型包括ISR0、ISRG、ISRIA和ISRGLV四种,其中ISR0、ISRG和ISRIA可能在坚强芽孢杆菌中普遍存在。相同类型的ISR序列具有较高的相似性(达52.2%—100.0%),而不同类型的ISR序列间差异较大。此外,ISR序列在靠近16S和23S区域存在不同长度的保守区域,可能成为针对坚强芽孢杆菌特异性检测的引物和探针的靶区,这也为坚强芽孢杆菌新的检测方法的建立奠定了基础。坚强芽孢杆菌的16S—23SrDNA间区序列及其多态性分析均为首次报道。     

一株甲胺磷高效降解菌——巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)的分离及其分子鉴定

湘潭南天化工厂的甲胺磷废水未经处理直接排放,对湘江及下游的湖泊造成了一定的污染,利用解磷微生物去除江河湖泊中的甲胺磷污染是一条有效的途径.本文作者从被该厂甲胺磷废水污染的湖泊中分离细菌样品,以甲胺磷为唯一碳源和能源,经过定向筛选,得到一株可高效降解甲胺磷的菌株HN001.气相色谱测定结果表明,此菌株对甲胺磷的降解率在48h和96h分别为49.24%和98.20%.对其进行了常规生理生化测试,结果表明,该菌株与巨大芽孢杆菌的表型特征非常相似.为了进一步确定HN001的分类学地位,测定了其16S rRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了分子系统发生树,结果表明菌株HN001与巨大芽孢杆菌的亲缘关系最近.综合上述结果,菌株HN001可鉴定为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium).     

一株抑制浒苔生长海洋细菌的分离与鉴定

从青岛近海海泥中分离了57 株细菌, 通过毒性实验, 得到了一株对浒苔具有较强毒性的细菌EP23。对该菌株进行了菌落、菌体形态学观察、生理生化特征分析及16S rDNA 序列分析, 鉴定该菌为弯曲芽孢杆菌（Bacillus flexus）。该菌培养液高速离心的上清液对浒苔具有较强毒性, 表明弯曲芽孢杆菌EP23 是通过...     

中国裸胸鳝属10种鱼类分子系统发育关系的16SrDNA分析

为了阐明南中国海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统进化情况,利用聚合酶链式反应扩增目的产物,将其连接到T载体后,并对其序列进行测定,共得到9种裸胸鳝属鱼类线粒体16S ribosomalDNA(16S rDNA)基因的部分序列,采用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算了Kimura2-parameter遗传距离,转换/颠换比等遗传信息指数,下载基因库中16SrDNA基因的同源序列,以鳗鲡属(Anguilla)的花鳗鲡(Anguilla marmorata)为外群构建NJ(Neighbore-Joining)、MP(MaximumParsimony)和ME(Minimum Evolution)系统进化树。根据所得分子数据并结合形态学特征推论如下:(1)在所研究的10种裸胸鳝鱼中共有516个位点、其中143个核苷酸位点存在变异(27.7%);(2)序列变异的转换/颠换比值的平均值为3.441;相对遗传距离数据表明斑颈裸胸鳝(G. margaritophorus)和网纹裸胸鳝(G. reticularis)差异最大(0.177),褐祼胸鳝(G. hepaticus)与布雷顿氏裸胸鳝(G. breedeni)差异最小(0.022);(3)NJ树、ME树表明裸胸鳝属内部存在3个平行进化的姐妹分支,分支内部的种类组成与地理分布无关。     

基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定

传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。     

矛尾复虾虎鱼溃疡病病原创伤弧菌的鉴定

2009年8月江苏连云港赣榆县多家虾蟹养殖塘混养的矛尾复虾虎鱼（砂nechogobius hasta）大量死亡．从病鱼深层溃烂组织及肝脏中分离出大量优势生长的细菌,人工感染试验证明分离菌对虾虎鱼的半数致死量（LD,0）为1．63×10^6cfu／g。对分离菌进行了形态特征、理化特性和分子生物学等方面的分析。一方面．分离...     

基于线粒体16S rRNA 基因研究5 个栉江珧野生群体的遗传多样性

采用通用引物对山东长岛、文登、日照、广东湛江和海南三亚等5个地理群体栉江珧(Atrina pectinta)16S rRNA序列进行扩增、测序分析,得到59条441bp的核苷酸序列.其中T、C、A、G和A+T的平均含量分别为29.91%、17.41%、25.74%、26.94%及55.65%, AT含量高于GC含量,共检测到了9个单倍型和26个核苷酸多态位点.群体多样性分析表明,文登群体具有较高的遗传多样性水平.AMOVA 分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst =0.5007(P<0.001),群体间遗传分化略大于群体内、群体间存在较高的遗传分化.基于群体间遗传距离构建NJ和UPGMA分子进化树,5个地理群体的栉江珧聚为两个支,长岛、文登、日照群体聚为一支,海南和湛江群体聚为另一支.     

基于形态和16S rRNA基因的拟相手蟹分类研究

拟相手蟹属因其形态极其相似成为相手蟹科分类中最有疑问的一个属。通过对中国沿海近亲拟相手蟹Parasesarma affine、斑点拟相手蟹P. pictum、三栉拟相手蟹P. tripectinis、P. ungulatum及褶痕拟相手蟹P. plicatum 5种拟相手蟹的形态对比发现,可从它们的螯足形状(包括螯足掌节背面的梳状栉,可动指背面突起数目)及雄性第一腹肢形状对其进行区分。对其线粒体16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明5种拟相手蟹之间的遗传距离为1.9%～9.3%,达到了种间差异水平;构建的系统发育树显示近亲拟相手蟹与褶痕拟相手蟹汇聚成一支,随后与P. ungulatum聚在一起,斑点拟相手蟹与三栉拟相手蟹汇聚成独立支系。形态和分子证据均支持5种拟相手蟹分别为独立有效物种。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因研究3个地理群体黑龙江河蓝蛤的遗传多样性

采用通用引物对辽宁盘锦、辽宁大连、山东日照的3个地理群体黑龙江河蓝蛤(Potamocorbula amurensis)COI和16S r RNA序列进行扩增、测序分析,得到30条658bp的COI基因部分序列和27条450 bp的16S r RNA基因部分序列。其中COI和16S r RNA基因部分序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为45.4%和32.0%、13.5%和13.3%、20.7%和29.3%、20.4%和25.3%、66.1%和61.3%,AT含量高于GC含量,这与其他软体动物门动物的COI和16S r RNA的观测结果相近。COI和16S r RNA分别检测到了24个单倍型、43个核苷酸多态位点和9个单倍型、19个核苷酸多态性位点。AMOVA分析表明,3个群体间COI和16S r RNA部分基因总遗传分化系数分别为Fst=0.0090(P0.001)和Fst=0.0674(P0.001),群体内遗传分化远大于群体间、群体内存在较高的遗传分化。用NJ法构建分子进化树,3个地理群体的黑龙江河蓝蛤聚为一个族群,有少数个体和其他群体的个体聚在一起。     

5种石斑鱼核糖体DNA ITS1序列及其分子系统进化关系

为了明确分布于中国海域点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、巨石斑鱼(E.tauvina)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)和宝石石斑鱼(E.areolatus))等石斑鱼属(Epinephelus)鱼类的系统发育关系,作者采用PCR和DNA测序技术,测定了5种石斑鱼属鱼类的核糖体DNA ITS1序列,获得其ITS片段长度分别为537、536、535、528、532 bp。研究结果表明:5种石斑鱼r DNA ITS1序列的碱基组成趋势相似,A+T含量皆低于C+G含量,A+T含量最低为宝石石斑鱼(37.6%),最高为六带石斑鱼(41.5%);基于Kimura-2双参数模型计算得到上述石斑鱼种间遗传距离在0.0000~0.3002。基于MP法、ML法和NJ法构建的3种分子系统树表明,r DNA ITS1序列与形态呈同步进化关系,宝石石斑鱼与其他4种石斑鱼的亲缘关系较远,表明在所研究的物种中最早分化而出,而点带石斑鱼与青石斑鱼的亲缘关系最近,分化的时间最晚。     

从患病黑鲪分离病原菌HV0811的鉴定及其系统发育分析

从症状为溃疡瞎眼的养殖黑鲪(Sebastodes fuscescens)病灶处分离到3株优势菌HV0811、PT0811和JH0811,以肌肉注射人工感染实验证实菌株HV0811为致病菌,其对黑鲪的半致死浓度为7.15×10~5 CFU/尾。通过对致病菌的形态学观察、生理生化分析表明:菌株HV0811为革兰氏阴性菌,极生单鞭毛,短杆状,直径1～3mm,需Na+生长,低于4℃、高于42℃不生长。基于16SrRNA和HSP60基因序列构建的系统发育树表明:HV0811分别与哈维氏弧菌(AY750578和AY332571)相类聚,其中16SrRNA基因序列与哈维氏弧菌(AY750578)聚合置信度较低,仅有10%,不能有效地确定该种;HSP60基因序列与哈维氏弧菌(AY332571)聚合为一个分支的置信度达100%。综合该菌的形态、生理生化及HSP60基因序列比对结果,表明分离到的病原菌HV0811为哈维氏弧菌。药敏试验结果显示病原哈维氏弧菌(HV0811)对庆大霉素、新霉素、氟哌酸等较为敏感。     

基于16S rDNA基因序列探讨引进物种紫扇贝(Argopecten purpuratus)在海湾扇贝属(Argopecten)中的分类地位

秘鲁紫扇贝(Argopecten purpuratus)于2008年被引进我国,与海湾扇贝(Argopecten irradians irradians)成功杂交。为探讨紫扇贝在海湾扇贝属中的分类地位及与相似种海湾扇贝的进化关系,随机选取紫扇贝和海湾扇贝各10个个体,利用通用引物进行16S rDNA基因片段扩增并双向测序。序列分析结果表明,紫扇贝和海湾扇贝扩增获得基因片段长度均为542bp,碱基组成A+T所占比例分别为紫扇贝54.2%和海湾扇贝55.1%。紫扇贝和海湾扇贝种内分别有6和10个变异位点,种间有41个变异位点,且种内和种间变异均为转换或者颠换,无插入/缺失类型。结合Gen Bank同源序列信息,对海湾扇贝属物种进行遗传距离分析及分子系统树的构建。结果表明:海湾扇贝属7种扇贝[紫扇贝(A.purpuratus)、A.irradians、墨西哥湾扇贝(A.i.concentricus)、A.i.irradians、A.nucleus、A.gibbus和A.ventricosus]在系统树上聚为2支,与紫扇贝亲缘关系最近的是A.ventricosus,且该两种扇贝单独聚为一支。其余5种扇贝中,A.irradians、A.i.concentricus和A.i.irradians最先聚为一支,支持A.i.concentricus和A.i.irradians为A.irradians两个亚种的结论;另外,A.nucleus与以上三者也有很近的亲缘关系。该研究结果为海湾扇贝属物种进化、迁移及其遗传育种研究提供了理论基础。     

用16S rDNA序列初步探讨部分真虾类的系统发育关系

利用DNA序列测定技术测定了真虾下目7科8个种的线粒体16S rDNA部分序列,与从GenBank检索得到的12个相关种的16S rDNA部分序列进行同源性比对,探讨其系统发育关系及16S rDNA在真虾类系统发育研究中的应用。比对序列长353bp,其中变异位点221个、简约信息位点180个。碱基转换替代速度比颊换替代速度慢。以螯虾下目的Austropotamobius pallipes为外群构建了这20种真虾的系统发育关系分支图,结果展示：（1）长臂虾科隐虾亚科的Awhistus custos远离长臂虾亚科分支。而且它的16S rDNA序列在Genbank中,首先与六足纲（Hexapoda）的昆虫比对上。（2）长臂虾科长臂虾亚科的两个近缘属Palaemon和Palaemonetes问的4个种混合相聚,说明传统形态分类中以大颚有无触须作为这两个属的属级形态鉴定特征尚需进一步审定。（3）鼓虾总科藻虾科的Exhippolysmata ensirostris与褐虾总科褐虾科的Crangon affinis处在同一分支,而没与鼓虾科的种类形成姐妹群。研究结果表明,16S rDNA片段的序列很适合研究真虾类的属间系统发育关系,而在研究属上高级阶元或种下阶元间的系统发生关系时较不敏感,因其变异对于种级水平显得过于保守,而对于科级以上阶元又显得太快。