宁波沿海陆源排污口蓝藻(Cyanobacteria)和裸藻纲(Euglenoidea)生物的分布特点

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年的3月、5月、8月和10月份各排污口蓝藻和含叶绿体单细胞生物的分布情况。研究结果表明:宁波沿海陆源排污口中含叶绿体单细胞生物数量最多,占91.857%,包括眼虫门(Euglenozoa)、绿藻门(Chlorophyta)、隐藻门(Cryptophyta)生物。其中主要为眼虫门的裸藻纲(Euglenoidea)生物占90.08%。蓝藻门的集球藻目(Synechococcophycideae)和颤藻亚目(Oscillatoriophycideae)含量相对较多,分别占5.70%和1.79%;排污口中裸藻纲生物数量季节性差异比较大,3月份、8月份数量相对较多,5月份和10月份较少,推测这类生物的数量与季节性温度变化有关;各排污口污染物、这两类生物检出量和种类有一定差异,在氮磷含量高的排污口(如S9号)其检出量并不高,推测检出量与排污口的主要污染物中氨氮含量没有直接关系,可能受氮磷比的影响。     

宁波沿海陆源排污口弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)的分布特点

弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5月、8月和10月份各排污口弓形杆菌属和梭菌属生物的分布情况。研究结果表明:弓形杆菌属检测出两个种,分别是嗜低温弓形杆菌(Arcobacter cryaerophilus)、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)。梭菌属共检测出12个种,其中产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)检出次数最高,丁酸梭菌(Clostridium butyricum)次之;排污口的类型是影响弓形杆菌属检出量的重要因素。弓形杆菌属主要分布在氮,磷含量较高的工业排污口和市政排污口,而梭菌属只在3月份的S7宁海西店崔家综合排污口呈现出相对较高的比例(7.5%),其它排污口检出量均在2%以下;弓形杆菌属和梭菌属在10个排污口20个站位4个月份的检出次数呈现正相关性;由季节性的变化引起的气温差异也是影响弓形杆菌属生长的重要因素,弓形杆菌属在5月份的时候检出次数最大,梭菌属适宜生长温度范围较广10—65°C,受温度影响较小。     

宁波沿海陆源排污口拟杆菌(Bacteroidetes)分布的特点

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口总体微生物以及拟杆菌纲的分布情况。通过对454测序结果分析,共成功鉴定24个门,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和后壁菌门(Firmicutes)等。其中拟杆菌门的变化趋势与梭杆菌门(Fusobacteria)相似,均为随月份的增加而递增的趋势。在拟杆菌门下,共鉴定出3个纲3个目9个科27个属,4个采样月份大部分站点的优势属为黄杆菌纲(Flavobacteria),其次为拟杆菌纲(Bacteroidetes)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria),通过聚类分析发现,拟杆菌门分布规律主要与排污口类型和季节有一定的关系。通过454测序检测到了极难培养的寡营养细菌鞘脂杆菌,也说明了454测序较传统微生物生态学研究方法的优势,同时针对普雷沃菌属(Prevotella sp.)及黄杆菌属(Flavobacterium sp.)两种具有代表性的属的分布情况进行了分析。     

宁波沿海陆源排污口放线菌(Actinomycetales sp.)的分布特点

利用454高通量测序技术对宁波沿海10个陆源排污口20个站位的放线菌的时空分布及5个工业排污口的放线菌的种类作了整体分析。成功鉴定出了83个属,84个种。研究结果显示:放线菌在陆源排污口的分布呈现季节性分布,从3月份到10月份,放线菌数量呈现先升高后下降的变化,5月份和8月份数量居高,在3月份和10月份偏低;在综合排污口(S4,S6,S8和S9)检测频次较高,在工业排污口(S1,S3,S5,S7和S10)检测频次居中,在市政排污口(S2)检出频次最低。不同类型的排污口,氨氮浓度的排出量不同,放线菌的种类和数量也不同。在5个工业排污口中,S7和S10检出的共同菌最多;在S7独自检出短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、长双歧杆菌(B.longum)和两岐双岐杆菌(B.bifidum),表明存在粪源污染物;在S5检出皱孢链霉菌(Streptomyces scabrisporus)和硫藤黄链霉菌(S.thioluteus),显示有石油降解物和重金属的污染。总体上看,放线菌数量在距排污口外50m处略高于排污口处。排放指标越相似,菌的种类越接近。     

宁波沿海陆源排污口细菌结构多样性和铁代谢相关的毒力基因的研究

应用多重PCR技术对肠杆菌铁代谢相关毒力基因fhuA、irp2、sltA和sodB进行同步检测, 研究宁波沿海陆源排污口人畜共患致病菌群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势。通过16S rRNA 基因的PCR扩增和限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)分析技术, 研究了东海重要陆源排污口的细菌群落多样性; 建立肠杆菌铁载体外膜受体蛋白fhuA、铁调节蛋白irp2、类志贺样毒素sltA、含铁超氧物歧化酶sodB基因多重PCR体系, 并用该体系检测铁代谢相关毒力基因在陆源排污口的分布情况。2011年3、5、8、10月份, 在宁波沿海陆源排污口中共分离纯化1000余株、98种细菌, 16S rRNA 基因序列分析表明, 它们分属于4个门5个纲13个科21个属, 其中?-变形杆菌纲(67株, 68.4%)和芽孢杆菌纲(16株, 16.3%)分别为变形菌门、厚壁菌门中主要纲。98株细菌中, fhuA+irp2+sodB+基因型检出率为35.71%; fhuA+irp2+ sltA+的基因型检出率为25.27%; irp2的基因型检出率为13.19%; fhuA基因型检出率为12.09%; fhuA+ irp2+ 基因型检出率为9.89%; sltA+sodB+基因型检出率为8.79%; fhuA+irp2+sodB+sltA+基因型检出率为8.79%。     

变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)核酸适配体的SELEX筛选

变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)是大黄鱼内脏白点病的主要致病菌。核酸适配体,因其亲和力高、特异性好等多个优点,在微生物检测等多个领域都有较好的应用前景。以变形假单胞菌为靶目标,采用SELEX筛选方法,从高频序列中筛选获得了变形假单胞菌的5个核酸适配体,测定了这些核酸适配体对变形假单胞菌的亲和特异性及其亲和常数(Kd)和最大亲和力(Am),并对其二级结构进行了分析研究。结果表明,这5个核酸适配体对变形假单胞菌的亲和力是其他非目标菌(嗜水气单胞菌、溶藻弧菌、哈维氏弧菌、大肠杆菌、迟钝爱德华氏菌、铜绿假单胞菌)的10倍以上,体现出了较好的亲和特异性。测定了5个核酸适配体(#1、#2、#3、#4、#5)的Kd和Am,相应的Kd值分别为(25.77±6.11)、(7.14±1.86)、(19.59±3.01)、(83.22±22.45)、(34.31±8.76) nmol/L,Am值分别为(789.23±38.46)、(1392.27±58.03)、(3012.50±106.19)、(1457.99±171.32)、(1070.91±70.16) nmol/...     

球形红假单胞菌和荚膜红假单胞菌的原生质体融合

选择一株能利用无机硫化物的球形红假单胞菌 (丙酸钠 -丙露醇 )与荚膜红假单胞菌 (甘露醇 -丙酸钠 )进行种间原生质体融合。探讨了溶菌酶浓度 ,PEG浓度等对原生质体形成、再生及融合的影响。在最佳条件下原生质体融合率为 3.0 2× 10 -5。用间接选择法 ,在高渗选择培养基上选出再生的融合子 ,经过在二种选择培养基上交替连续传代十次 ,获得既可利用丙酸钠为唯一碳源又可以甘露醇为唯一碳源而生长的遗传稳定的融合株。融合子菌株对硫化物的耐受能力超过两亲本菌株 ,在 Na2 S浓度为 0 .5～ 1.0 g/ L的培养基上生长良好 ,因此在水质净化中具有潜在的应用价值。     

红假单胞菌的分离鉴定与生长特性

由青岛沿岸潮间带表层沉积物分离出４株光合细菌，经鉴定属于荚膜红假单胞菌（Ｐｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｃａｐｓｕｌａｔａ）（菌株ＨＤ３、ＲＳ、ＭＤ２）和球形红假单胞菌（Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐｈｅｒｏｉｄｅｓ）（菌株ＰＳ２－２）。光照厌氧培养生长实验表明ＨＤ３的最适盐度为Ｓ＝１５～２５，ＰＳ２－２为一淡水菌株。菌株ＨＤ３的最适ＰＨ范围为６．３５～８．３。ＨＤ３、ＲＳ均不能利用硫化物且其生长受较高浓度的硫化物抑制。     

海洋假单胞菌纤溶酶的酶学性质的研究

从一株海洋假单胞菌中分离制备出一种具有纤溶活性的酶 ,对其酶学性质进行实验研究结果显示 :该酶的分子量是 2 1k D,等电点是 7.4～ 7.5 ;最适作用 p H是 8.0 ,最适作用温度是 5 0℃。该酶具有降解苯甲酰 - L -精氨酸乙酯盐酸盐 (BAEE)的活性 ,酶的动力学分析表明 :Km =0 .87mmol/ L,Vmax=1.80× 10 -3 mmol/ L s-1。     

假单胞菌(Pseudomonas sp.cn4902)磷酸甘油磷酸酯酶基因克隆与鉴定

采用随机克隆、功能筛选、逐次排除和同源比较的基因克隆新策略进行克隆假单胞菌(Pseudomonas sp．cn4902)磷酸甘油磷酸酯酶基因的研究。结果表明，该结构基因长819bp，与铜绿假单胞菌的磷酸甘油磷酸酯酶基因的核苷酸一致性达61．5％，氨基酸同源性为56．2％。该基因已输入GenBank数据库，收录号AF348165。将该基因转化大肠杆菌，受体菌在含NaCl 1．0mol／L的培养基中甘油含量升高2．9倍，最终菌浓度提高3．6倍。可见这是一个与生物耐盐性相关的主基因，以其转化、培育耐盐农作物的前景十分光明。     

沿海深水岸段排污口近区污染物混合过程的模拟方法

本文提出一种将二维动态水质模型与三维稳态水质模型有机结合的新方法，用来处理沿海深水岸段排污口近区污染物混合问题，使之能较好地再现其客观混合过程。将这种方法应用于深圳大鹏湾某大型石化项目的环境影响预测中．结果令人满意。     

条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析

对条斑紫菜（Porphyra yezoensis）进行Solexa高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220Mbp,GC质量分数53．08％;包含26629个预测基因,其中16409个基因具有内含子,平均每个基因含2．22个内含子;基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2214bp,内含子平均大...     

条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析

对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)进行Solexa 高通量测序, 获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220 Mbp, GC 质量分数53.08%; 包含26 629 个预测基因, 其中16 409 个基因具有内含子,平均每个基因含2.22 个内含子; 基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2 214 bp, 内含子平均大小319 bp; 代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息, 证明了使用Solexa 高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)中ChIP-seq 方法的建立

染色质免疫共沉淀技术(ChIP)作为研究DNA 结合蛋白与DNA 相互作用最有力的工具, 越 来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发 育过程中表观遗传信息的变化模式, 本文在长牡蛎胚胎中探索并建立了一套完整的染色质免疫共沉 淀方法, 构建了高质量的高通量测序文库, 首次获得了牡蛎全基因组水平的组蛋白H3K4me3 修饰分 布, 从而为研究牡蛎的表观遗传调控奠定了基础。     

Resource Partitioning Among Planktivorous Fish Larvae and Fry in a Mediterranean Coastal Lagoon

Resource partioning among the planktivorous stages of eight fish species occurring in a Mediterranean coastal lagoon was studied. Five species were migratory mullets that spawned in the sea (Liza ramada, L. aurata, L. saliens, Chelon labrosusandMugil cephalus), while the other three species were resident and spawned in the lagoon (Atherina boyeri, Cyprinus carpioandGambusia holbrooki).Mullet fry exhibited similar diets, based on the consumption of zooplanktonic Crustacea such as copepods and cladocerans, although adult chironomids were also important.Gambusia holbrookiandA. boyerifed on small prey such as copepod nauplii, copepodites and rotifers, whileC. carpioconsumed larger prey preferentially (cladocerans and copepods).According to the trophic overlap and niche width results, seven species pairs could be competing in the estuary, although further experimental evidence is still required.     

长牡蛎(Crassostrea gigas)黑色壳表面微生物多样性的研究

为探究自然海区与室内养殖环境对软体动物壳色及壳表面细菌群落多样性的影响，以黑色壳长牡蛎（Crassostrea gigas）为研究对象，在自然海区与室内环境分别暂养30 d后，对长牡蛎的壳色及壳表面细菌群落的多样性和差异细菌功能进行分析。结果表明，室内养殖的黑壳长牡蛎出现较为明显的壳褪色现象，其黑色素含量显著下降，远低于自然海区养殖的黑壳长牡蛎。16S rRNA基因测序结果显示，变形杆菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌（Cyanobacteria）为长牡蛎壳表面的主要优势菌，其中变形杆菌的丰度超过50%。在门水平上，放线菌（Actinobacteria）、俭菌超门（Parcubateria）和Bacterial rice cluster 1（BRC1）在室内、外养殖长牡蛎之间存在较为显著的差异（P<0.05），而具有降解作用的放线菌和俭菌超门细菌在室内养殖的黑壳长牡蛎壳表面丰度较高。在属水平上，两组之间存在显著差异的细菌共计67种。该研究揭示了不同生境条件下，黑壳长牡蛎壳表面的微生物群落物种组成及差异，为解析长牡蛎壳色的形成机制提供了新的分析视角。