东海三叶原甲藻的形态特征及其ITS序列分析

报道了首次分离于东海海域的三叶原甲藻(Prorocentrum triestinum Schiller)藻株号(LAMB100721),通过利用光学显微镜、荧光显微镜、扫描电镜及分子生物学方法,对其形态特征、显微结构和分子系统进化进行了详尽描述和鉴定。细胞长卵形或披针形,后端细长且尖,前端圆,最宽部位于细胞中央。顶刺长而显,三角状。壳面光滑,无刺或突起物。刺丝胞孔稀疏而不规则地分布于壳面边缘。叶绿体无具体形状,分布于整个细胞中,细胞核球形,位于中下部。老化的细胞可见细胞边缘的间接带,且间接带表面光滑。细胞长为19~25 μm,平均值为(22.6±0.9)μm;宽为11~16 μm,平均值为(13.2±1.1) μm。所测目标藻株的rDNA ITS序列长度为569 bp,其中GC含量为47.6%。三叶原甲藻系赤潮种,为东海原甲藻春季大规模赤潮的伴随种。加强有害赤潮的预防和监测工作是减少危害的有效途径,而对赤潮原因种的准确识别和鉴定则是基础和关键。     

中国东海和韩国马山湾海域2株原甲藻的形态结构和分子序列比较

对采自我国东海温岭海域和韩国南部马山湾海域的2株原甲藻进行了藻种分离、纯化培养及rDNA ITS分子序列的PCR扩增与测序,并运用显微镜、扫描电镜、Jukes-Cantor距离矩阵及构建的系统发育树,比较研究了2株原甲藻的形态结构和分子序列.结果表明:温岭藻株(LAMB090508)和马山湾藻株(PDKS0206)具有...     

东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)和海洋原甲藻APBM(P.micans APBM)的5.8S rDNA及其转录间隔区(ITS)的克隆和序列分析

对东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)和海洋原甲藻APBM(P．micans APBM)的5.8SrDNA及其转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定，并分析了甲藻属9株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系。结果表明，海洋原甲藻APBM的ITS片段(含5.8S区)为631bp，东海原甲藻的(含5.8S区)为552bp；东海原甲藻与从GenBank中获得的微小原甲藻相似程度较高，与甲藻属其他原甲藻相似程度较低；本文研究的海洋原甲藻APBM的ITS序列与其他原甲藻相似程度都较低并且在进化树上距离也较远。用ITS1或．ITS2序列构建的系统树与用ITS 5.8SrDNA序列构建的系统树反映的结果基本一致，5.8S区因过于保守似乎不适于构建系统树反映种下的亲缘关系。     

东海原甲藻的分子鉴定

采用nrDNAITS序列及18S序列两种分子标记,对东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心(CCMP)的具齿原甲藻进行分子鉴定,结果表明,两者之间序列非常相似,两者的nrDNAITS序列碱基差异值仅为0.002,nrDNA18S序列的碱基差异值为0.000,根据分子数据,东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心的具齿原甲藻应为同一个种.从基因库获取原甲藻的另外3个种nrD-NAITS序列和8个种的18S序列,用计算机软件进行分析和构建分子系统树,结果显示18S序列用于原甲藻的分子鉴定过于保守,而nrDNAITS更适合于该种属界定的分子标准.     

东海赤潮异弯藻Heterosigma akashiwo的形态特征及其分子序列分析

将采集自东海南麂列岛海域水样进行分离、纯化,从中得到1株针胞藻,将其初步鉴定为赤潮异弯藻Heterosigma akashiwo(以下称东海藻株),并使用光学和荧光显微镜对其形态特征进行了详尽描述,及通过rDNA ITS序列测定、系统发育进化树构建和Jukes-Cantor距离矩阵分析,研究了其分子进化关系.结果表明:...     

东海原甲藻cDNA文库构建及尝试性EST分析

东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是中国沿海频繁发生的大规模赤潮的原因种之一,大规模分离鉴定东海原甲藻功能基因是理解东海原甲藻赤潮形成过程和机理的重要基础。取对数生长期藻体,经微量总RNA抽提、cDNA合成、cDNA扩增和克隆等步骤,构建了东海原甲藻cDNA文库并进行了尝试性表达序列标签分析。从含有约5000个转化子的文库中随机取150个测序,获得126条EST序列。经网上BlastN及BlastX分析,共发现11个是已知功能的基因的标签。这些基因与东海原甲藻生长发育、物质转换和能量代谢相关。     

东海原甲藻吸收光谱特性分析

以东海原甲藻为研究对象,通过室内和室外的一系列培养实验.通过对不同生长时期其光吸收特性的变化和不同光强对其光吸收特性的影响进行研究,分析东海原甲藻先吸收特性研究及其爆发的可能机制.结果表明在培养的不同时期东海原甲藻光吸收特性差异明显,在不同光强条件下,当遮光率为77.7%时,最适于东海原甲藻生长.     

利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定

测定了 1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属 (Gymnodiniumsp,编号为 GYN- 1 5)的核糖体基因 (r DNA)和转录单元内间隔区 (Internal Transcribed Spacer,ITS)序列 ,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定。测定的序列长 2 658bp,涵盖了小亚基 (smallsubunit,SSU) r DNA基因 3'端 1 747bp,ITS1 - 5.8S r DNA- ITS2全长和大亚基 (large subunit,LSU) r DNA基因 5'端 337bp。同源性分析该序列发现 GYN- 1 5与共生甲藻属 (Symbiodinium)中的 2个种 (Symbiodinium californium和 Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性 ;3株藻的各段 r DNA和 ITS序列的相似性均为 99%以上 ;以 SSU r DNA序列中的 3个可变区 (V1 V2 V3)和邻接法构建的系统树表明 ,GYN- 1 5与 S.californium和 G.varians构成 1个独立的新的子类群 ,该子类群属于共生甲藻属 ,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远。根据这些结果可将GYN- 1 5初步鉴定为属于共生甲藻属。鉴于 GYN- 1 5和其它 2个种所构成的分支明显与 5个已知的子类群 (A,B,C,D,E)不同 ,因此将该分支命名为子类群 F。     

北部湾三角棘原甲藻(甲藻门原甲藻目)的形态观察和18S rDNA序列分析

利用光学显微镜、分子生物学方法,对分离自广西北部湾海域的三角棘原甲藻Prorocentrum triestinum BBW-02藻株的形态特征进行了描述,并探讨了其分子系统进化关系。三角棘原甲藻BBW-02细胞呈长卵形或披针形,细胞长20~26μm,宽10~14μm,顶刺形如矛尖,刺丝胞孔数量较少,排列不规则,主要分布于壳板边缘,距离细胞底端1/3处壳板两侧各有2个近于对称排列的刺丝胞孔。18S rDNA序列同源检索和系统进化分析表明,三角棘原甲藻BBW-02与其他地理株系的三角棘原甲藻聚为一支,亲缘关系密切,遗传差异仅为0.000~0.001。与其他种类相比,三角棘原甲藻BBW-02与同属中的P.gracile亲缘关系最近。     

2005年春初浙江近海的低温特征及其对大规模东海原甲藻赤潮发生的影响

在长江口附近和浙江近海海域,近些年来每年春季几乎都发生大规模的东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)赤潮,时间通常是在4月底或5月初,但2005年却一直到5月底才发生。本文根据近几年在浙江近海进行的多个春季航次的调查资料和有关站位的气象资料,分析了该海区2005年春初的温度特征及其对大规模东海原甲藻赤潮发生的影响,阐明了2005年春季大规模东海原甲藻赤潮迟发的主要物理环境原因。结果表明,2005年3月浙江近海水温比多年同期平均值偏低,且这种情况在近岸区更为明显;与2004年同期相比,2005年春初(4月初)浙江近海水温偏低,2005年和2004年的这种水温差异在近岸和中上层的低盐水里最为明显,而在远岸和下层的高盐水水温差异则相对要小;近岸低盐水最低温度2005年比2004年低约2.6℃;2005年1—3月浙江近海特殊的气象条件(10 a中最低的气温和强劲的偏北大风)和2004/2005年冬季较弱的台湾暖流是形成4月初浙江近海低温特征的主要原因;2004年冬季和2005年春初浙江近水温偏低很可能是2005年春季东海大规模原甲藻赤潮迟发的主要原因。     

南海浮游被囊动物火体虫科(Pyrosomatidae)——新记录种的形态特征

火体虫科(Pyrosomatidae),隶属于脊索动物门、尾索动物亚门、海樽纲、磷海樽目,全球海域已报道8种。本文描述了采自南海火体虫科一新记录种短轮火体虫 (Pyrosomella verticillata) 群体和单体的形态特征,分析了其群体长度、宽度与轮数的关系,并比较了该种与已在南海发现的大西洋火体虫(Pyrosoma atlanticum)的形态差异。研究标本保存在南海海洋生物标本馆。     

一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种的分子系统学研究

对一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种(Gymnodinium sp.ZX)进行了分子水平的分类鉴定.提取基因组DNA后扩增核糖体小亚基和转录间隔区序列,经纯化、克隆并测序.将获得的序列分别进行Blastn同源性分析,并下载相关序列构建系统进化树,结果表明,该藻与共生藻(Symbiodinium)亲缘关系较近,而与裸甲藻...     

黄海南部野生银鲳和鮸鱼的耳石元素微化学研究

利用电子显微探针元素分析技术(EPMA)对黄海南部野生银鲳和鮸鱼的耳石进行了锶和钙沉积特征的初步分析。定量线分析结果表明,两种鱼类耳石的Sr/Ca之间存在显著的种间差异。银鲳耳石Sr/Ca比,在耳石核心及相邻处为低值区(5.86±0.92);3段Sr/Ca高值区分别为近核心部(7.88±1.28)、第1龄处(9.44±1.82)及耳石边缘(7.91±1.38);揭示银鲳孵化和早期发育应需要盐度适中的生境,当龄鱼在后期的生长中需洄游经过两段高盐生境(其中之一在第1龄时)。鮸鱼耳石Sr/Ca比波动表现为耳石核心处(7.72±0.97)高于其余部分,反映了鮸鱼孵化及初期发育阶段可能生活在高盐度生境,而当龄鱼随后阶段的生长和发育过程则会洄游至盐度有所降低的生境中进行。     

根据mtDNA D-loop 序列分析东海银鲳群体遗传多样性

根据线粒体D-loop序列对舟山群岛附近海域的银鲳(Pampus argenteus)群体(n=24)的遗传多样性进行了研究。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化并进行序列测定后,得到了357bp的核苷酸片段。在24个个体中,共检测到14个变异位点,其中8个转换位点,5个颠换位点,1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并根据其遗传距离构建了UPGMA和NJ系统树。DNASP软件计算出的单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异数(k)分别为0.89、0.007与2.57。此外,岐点分布及中性检验显示,东海银鲳群体在历史上可能经历过种群扩张。研究结果表明,线粒体D-loop基因可用于银鲳群体内及群体间遗传多样性的分析。     

东海束毛藻Trichodesmium分布特征

根据2006年8月和2007年1月两个航次的调查,在15条断面91个调查站点共获取浮游植物样品182个,基于形态分类的方法对浮游植物样品进行了鉴定分析,发现东海蓝藻赤潮藻类束毛藻由薛氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii)、汉氏束毛藻(T.erythraeum)和红海束毛藻(T.hildebrandii)组成,其中薛氏束毛藻占优势,其次是汉氏束毛藻和红海束毛藻。夏冬季节,束毛藻分布趋势一致,呈现近海和黑潮流经海域高、其它海域低的特点,温度和营养物质是束毛藻分布的主要控制因子。     

东海原甲藻赤潮的垂向发展过程:生物-物理耦合数值模拟

近年来,东海原甲藻赤潮在我国东海近岸海域频繁发生。本研究利用生物-物理耦合模型对发生于2005年的东海原甲藻赤潮进行后报模拟,并对控制其起始与发展的因素展开研究。该模型由东海原甲藻种群动力学模型与多层嵌套的水动力模型组合。通过对比模拟结果与室内实验结果,证实种群动力学模型能够很好地重现东海原甲藻在不同光照与磷营养限制条件下的生长过程,同时能够再现藻细胞内部磷含量及藻类对外部营养盐浓度的影响。耦合模型能够较好地再现模拟海域水动力（见Sun et al.,2016）与东海原甲藻赤潮的时空分布。模拟的赤潮发展过程与此前研究中的观测结果一致,且模拟结果表明模型能够捕捉到赤潮初期种群的次表层孕育现象。随后模拟结果被用于诊断决定赤潮垂直分布的决定性因素,结果表明磷酸盐是控制这一现象的关键因素。同时,表层风场在决定赤潮的分布中扮演着重要角色。模拟结果强调了营养盐限制在东海原甲藻次表层孕育及消散过程中的作用,本文所建立的耦合模型需要进一步优化并应用于其它条件下东海原甲藻赤潮的研究中。     

南海赤潮亚历山大藻的分子鉴定及"塔玛复合种"的分子系统发生分析

利用SSu rDNA和ITS分子指标,结合GenBank和其他文献中的基因序列构建了系统树,对一株分离自我国南海的亚历山大藻"塔玛复合种"NH01进行了鉴定,发现SSU rDNA和ITS序列构建的系统树中,不同地理基因型的"塔玛复合种"均构成独立分支.与我国沿海所有的"塔玛复合种"一致,NH01也属于"亚洲温带"型.探...