青岛近海大型底栖动物生物多样性现状

根据2007年1月、4月和10月对青岛近海15个站位3个航次的调查资料,初步分析了青岛近海大型底栖动物的物种多样性现状,以种类组成、生物量和栖息密度为基础,应用香农-威纳指数、物种丰富度指数以及物种均匀度指数对青岛近海大型底栖生物的群落结构、种类组成、优势种以及数量动态趋势进行了分析。结果表明:本次调查共采到底栖动物226种,其中多毛类119种,甲壳动物58种,软体动物23种,棘皮动物12种。各站种类数在2~52种之间,种类最少的出现在海域东北部的S2站,最多的出现在西南部的S15站。各站物种多样性指数差别较大,最大的为10月的S12站,最小的为1月S2站。物种丰富度的季节变化较显著,物种多样性和物种均匀度季节变化不显著。     

烟台近海大型底栖动物群落特征

为了解烟台近岸海域大型底栖动物群落现状,分析群落演替特征,并在此基础上探讨引发群落演替的原因,于2010年4月、8月、11月及2011年3月4个航次（春、夏、秋、冬）对烟台近海大型底栖动物进行周年调查分析。采用优势度指数、物种多样性指数、丰富度指数、均匀度指数、Cluster聚类和MDS排序分析大型底栖动物群落特征,并与历史资料比较分析群落演替情况。结果表明,该海域共采集到大型底栖动物176种,其中多毛类77种,软体动物46种,甲壳动物39种,棘皮动物7种,其他7种。群落中的优势种组成季节性差异较小,基本保持稳定,短叶索沙蚕和不倒翁虫为4个季度共有优势种。烟台近海年平均生物量为16.72 g/m2,以秋季最高,春季最小;年平均丰度为1022 ind/m2,以冬季最高,春季最低。丰富度指数（D）、均匀度指数（J）和多样性指数（H’）的年平均值分别为2.30、0.70和1.91。聚类分析结果表明,大型底栖动物群落结构与底质和水深关系密切,但是由于受到不同类型的环境扰动,大型底栖动物群落呈现斑块状分布。与上世纪90年代相比,群落特征发生了一定程度的变化,表现为物种数下降,群落中优势类群的比例和优势种组成发生了变化,群落中软体动物比例减少,多毛类比例增加。人类活动包括污水排放、养殖和捕捞、港口建设和船舶航运等干扰是导致调查海域大型底栖动物种类组成及数量变化的主要原因。     

岱山海域大型底栖动物多样性分析

文章利用2015年春季航次(5月)和夏季航次(8月)的大型底栖动物采泥调查资料,对岱山海域大型底栖动物的种类组成、丰度、生物量、优势种、多样性进行分析。主要研究结果如下:春季航次共采得大型底栖动物15种,夏季共采得大型底栖动物22种。类群涉及纽形动物、腔肠动物、环节动物多毛类、软体动物、节肢动物甲壳类、棘皮动物等。其中环节动物多毛类在两个航次中种数均为最高。岱山海域春季大型底栖动物优势种为:不倒翁虫、圆锯齿吻沙蚕、双鳃内卷齿蚕和金氏真蛇尾。夏季岱山海域大型底栖动物优势种类有:不倒翁虫、西方拟蛰虫和异足索沙蚕,其中不倒翁虫是两个调查季度月的共同优势种。岱山海域春季各站位平均丰度22ind./m~2,丰度范围为0~90ind./m~2。夏季各站位丰度范围0~165ind./m~2,平均38ind./m~2。春季各站位湿重生物量范围0~2.65g/m~2,平均0.81g/m~2。岱山海域夏季各站位湿重生物量范围0~16.25g/m~2,平均2.29g/m~2。岱山海域春季生物多样性指数(H′)在0~1.75,平均0.70;夏季生物多样性指数(H′)在0~1.75,平均0.67,季节间差异不明显。     

DNA条形码及其在海洋生物中的应用

近6年来,DNA条形码(DNA barcoding)被应用于很多生物类群研究,大部分研究结果表明这一新的物种鉴定工具是可行高效的。虽然DNA条形码技术目前还存在争议,但它仍然越来越被人们所关注。目前国际上已经成立了专门管理条形码的机构——生命条形码联盟,以促进全球物种DNA条形码鉴定标准的探索与开发。本文主要介绍DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,综述DNA条形码技术在海洋生物中的研究现状,阐述了存在的问题及未来的展望。     

山东长岛潮间带大型底栖动物生态特征研究

2015年11月(秋季)、2016年2月(冬季)、2016年6月(春季)、2016年9月(夏季)大潮期间对山东长岛列岛中南长山岛和北长山岛的3个不同底质类型的潮间带采样点进行了系统的大型底栖动物调查,研究了其数量特征和季节变化,包括群落种类组成、密度和生物量、优势种、物种多样性等,结果表明:本次调查共鉴定出大型底栖动物隶属7个门,共81种。其中环节动物门多毛类动物25种,软体动物门25种,节肢动物门22种,棘皮动物门6种,其他类群共3种(包括纽虫、腔肠动物和鱼类各1种)。潮间带大型底栖动物平均密度为118.97 ind./m~2,软体动物和甲壳动物占据了研究区域底栖群落的密度主要成分,两者分别占比为39.58%和36.68%。各采样点平均密度为北长山岛(BCS)(141.17 ind./m~2)避险角(NCS1)(122.33ind./m~2)明珠广场东(NCS2)(93.42ind./m~2);各采样点平均生物量为128.03g/m~2,软体动物和甲壳动物占据了研究区域底栖群落的生物量主要成分,两者分别占比为58.56%和35.32%。平均生物量北长山岛(BCS)(234.95g/m~2)避险角(NCS1)(99.99g/m~2)明珠广场东(NCS2)(49.13g/m~2)。从季节来看,各站点的物种数、平均密度和生物量季节变化的规律性不明显,总体为秋、春季较多,夏、冬季较少。3个站点物种多样性指数(H′)、丰富度指数(D)和均匀度指数(J′)平均值分别为2.30、1.99和0.79,各潮区中,均为中潮带低潮带高潮带,各季节变化不明显。优势种受底质类型和季节变化的影响明显,没有在各站点和季节均为优势种的种类,主要的优势种有平背蜞(Gaetice depressus)、绒螯近方蟹(Hemigrapsus penicillatus)、短滨螺(Littorina brevicula)等。与以往历史资料相比,长岛潮间带生物出现了一定变化,种类和数量减少,与烟台近岸潮间带大型底栖动物种类组成差别很大。     

塘沽潮间带大型底栖动物营养结构的初步分析

本文介绍了塘沽潮间带大型底动物的营养结构情况，并在此基础上探讨了生物修复的一些问题。利用Brey等的经验公式计算得到该潮间带的次级生产力为42．02g／m^2（去灰干重）。该潮间带主要包括了4个营养级，某些营养级生物种类较少，且生物量差异大，营养结构不合理,文章还对通过合理移植和抑制生物来调整营养结构而使之稳定的问题进行了探讨。     

青岛近海春季大型底栖动物群落特征

分析2007年4月在青岛近海进行的大型底栖动物定量采集样品资料,研究了该海域大型底栖动物群落的优势种组成和物种多样性、生物量、丰度和群落等级聚类分析(CLUSTER)以及群落受污染扰动情况。本次调查中共获得青岛近海大型底栖动物89种,其中多毛类41种,甲壳动物32种,软体动物5种,棘皮动物6种,其它类群动物5种。群落中优势种以日本美人虾(Callianassa japonica)和日本倍棘蛇尾(Amphioplus japonicus)贡献率较高。平均生物量和丰度空间分布高值区均出现在近岸海域。群落结构聚类分析表明,15个取样站的群落结构相似性程度都非常低,为10%~30%,仅有S10站和S13站、S3站和S9站Bray-Curtis相似性系数达到40%。ABC曲线表明,S6,S7,S12,S13站的底栖动物群落已受到中度扰动,其它各站ABC曲线状态正常,表明底栖动物群落基本未受干扰,处于较稳定状态。     

海州湾潮间带大型底栖动物的分布特征

于2002年6月对海州湾3种底质的潮间带底栖动物进行了采样分析.结果显示,该区被鉴定出的大型底栖动物共有98种,其中多毛类为13种、软体动物为53种、甲壳类为25种、棘皮动物为2种、其它类动物为5种,软体动物和甲壳类的种类可占80%;该区潮间带大型底栖动物的平均生物量和平均栖息密度分别为257.30 g/m2和953个/m2,软体动物生物量(201.19 g/m2)和栖息密度(727 个/m2)分别占总数的78%和76%.经底栖动物种类相似性聚类分析和多维尺度排序,可将该区潮间带大型底栖动物划分为岩礁、沙滩和泥沙滩3个群落.通过对3个底栖动物群落的生态特征及相关环境因子分析得出:对于种类,泥沙滩群落 > 岩礁群落 > 沙滩群落;对于生物量、息栖密度、多样性指数和均匀度指数,岩礁群落 > 泥沙滩群落 > 沙滩群落;泥沙滩群落中的TE断面优势种分布显著而使多样性指数和均匀度指数明显低于其它两条泥沙滩断面.沙滩群落和岩礁群落的底栖动物分布分别与海水浴场和货运码头较多的人为活动影响有关,而泥沙滩群落的分布差异主要与海岸开敞度、海流潮汐作用、滩涂贝类养殖及优势种分布影响有关.泥沙滩是该区经济贝类的重要养殖场所,为使养殖种类健康生长,建议对沿岸排污口水质及养殖区沉积物环境质量进行定期监测.     

渤海大型底栖动物丰度和生物量的研究

于 1997年 6月、1998年 9月和 1999年 4月 3个航次对渤海的大型底栖动物进行了定量研究。在研究海区共采到大型底栖动物 30 6种 ,其中甲壳动物 97种 ,环节动物 95种 ,软体动物 88种 ,棘皮动物 11种 ,其它动物共 15种。其总平均丰度和生物量分别为 2 5 76 ind./m2和4 4 .4 7g/m2。渤海大部海区的总平均生物量在过去十年中可能未发生大的变化。渤海含砂量相对高的生境有较高的动物丰度 ,而在水位较深的水域 ,由于有较高的初级生产量到达底部 ,从而支持着较高的大型底栖动物的生物量。渤海海峡口可能是渤海大型底栖动物生物量的高值区     

海州湾大型底栖动物丰度和生物量的研究

2007年9月至2008年5月在海州湾采集15个站点的底泥样品,对大型底栖动物丰度和生物量进行调查研究。共采集到38种大型底栖动物,其中多毛类环节动物14种,甲壳动物5种,软体动物14种,棘皮动物1种,鱼类3种,扁形动物1种。春季平均生物量为3.3 g/m2,平均丰度为164个/m2;秋季平均生物量为26.8 g/m2,平均丰度为180个/ m2。本次调查与1959~1960年和2000~2001年南黄海的调查结果相比较,生物量有所下降。     

16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China

Identification of hydrozoan species is challenging, even for taxonomic experts, due to the scarcity of distinct morphological characters and phenotypic plasticity. DNA barcoding provides an efficient method for species identification, however, the choice between mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I（COI） and large subunit ribosomal RNA gene（16S） as a standard barcode for hydrozoans is subject to debate. Herein, we directly compared the barcode potential of COI and 16S in hydrozoans using 339 sequences from 47 pelagic hydrozoan species. Analysis of Kimura 2-parameter genetic distances（K2P） documented the mean intraspecific/interspecific variation for COI and 16S to be 0.004/0.204 and 0.003/0.223, respectively. An obvious ＂barcoding gap＂ was detected for all species in both markers and all individuals of a species clustered together in both the COI and 16S trees. These results suggested that the species within the studied taxa can be efficiently and accurately identified by COI and 16S. Furthermore, our results confirmed that 16S was a better phylogenetic marker for hydrozoans at the genus level, and in some cases at the family level. Considering the resolution and effectiveness for barcoding and phylogenetic analyses of Hydrozoa, we strongly recommend 16S as the standard barcode for hydrozoans.     

中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。     

海洋生物DNA条形码研究现状与展望

海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。     

基于DNA条形码研究浙江沿海牡蛎的种类多样性及其分布特征

利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。     

DNA条形码技术在鱼类浮游生物鉴定中的应用及研究展望

鱼类浮游生物的准确鉴定是鱼类浮游生物研究的基础。传统的基于形态特征的鉴定不仅费时费力,而且由于缺乏足够信息,鉴定存在困难,导致物种多样性被低估。为了对物种进行准确、快速地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,就像在商店里扫描仪读取条形码那样,对每一种生物也能通过快速分析其DNA中的一小段(线粒体细胞色素c氧化酶I亚基,mt COI)加以识别。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来生物类群的研究热点。文章介绍了DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,分析了其在鱼类浮游生物鉴定中的应用可行性,并展望未来鱼类浮游生物学发展的前景:分子技术鉴定鱼类浮游生物相关规范标准的建立,传统形态鉴定与分子方法相结合的分类学研究,以及鱼类浮游生物的生态学研究。     

DN A条形码技术及其在海洋贝类种质资源保护中的应用

DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,是指通过选择一段DNA基因序列片段作为条形码进行物种鉴定、系统发育研究和物种多样性保护等。海洋贝类种类丰富、数量众多,传统的形态分类方法有一定的局限性,对一些非常见及疑难物种不能快速、准确地鉴定。作为一种快速、高效的物种诊断技术,DNA条形码技术在海洋贝类种质资源保护与利用方面起到了至关重要的作用。本文就DNA条形码的产生、原理、分析步骤、优势、局限及在海洋贝类种质资源保护中的应用进展进行了综述,并对其未来的发展进行了分析展望。     

东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。     

中华钩线虫的DNA条形码研究及分类意义探讨

海洋线虫是海洋底栖生物中数量上最丰富的类群,在海洋生态系统中起着重要的作用。对海洋线虫进行种类鉴定是线虫研究中最重要的工作之一。目前,海洋线虫的鉴定主要采用形态学的分析方法,但是这种方法往往费时费力,对于如此丰富的物种,急需新的鉴定方法。作者以黄海潮间带自由生活线虫优势种——中华钩线虫(Oncholaimus sinensis)为例,在形态学分类的基础上,将DNA条形码技术引入线虫的鉴定中,探讨了线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基(mt COI)基因序列、28S r DNA序列的D2D3区以及18S r DNA序列的部分序列作为DNA条形码在中华钩线虫中的适用性。结果表明,18S r DNA序列可作为该种线虫的DNA条形码,为海洋线虫的DNA条形码研究提供了很好的借鉴。目前,利用DNA条形码技术对海洋线虫进行鉴定的报道在国内还属空白,本研究将是海洋线虫分类学研究的很好补充。同时,对于了解该海域海洋线虫多样性及群落分布格局,开展海洋环境监测,进而对海洋的底质环境状况进行健康评价具有十分重要的科学意义。     

基于DNA条形码的长江口鱼类浮游生物形态分类研究

DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具。本研究采用传统形态学和DNA条形码技术相结合,对长江口及其邻近水域的鱼类浮游生物种类进行准确鉴定,并对部分种类仔稚鱼进行了形态学描述。结果表明：2016年春、夏季和2017年夏季共获得鱼类浮游生物55种,隶属9目19科。其中鲈形目种类数最多,为35种。鱼类浮游生物在类群上季节变化不明显,但在种类上有明显的季节变化。仅有凤鲚(Coilia mystus)、日本鳀(Engraulis japonius)和小黄鱼(Larimichthys polyactis)在春、夏季同时出现。首次描述了龙头鱼(Harpadon nehereus)仔、稚鱼阶段的形态特征;对龙头鱼、前鳞龟鰉(Chelon affinis)、四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)、少鳞鱚(Sillago japonica)和日本须鳎(Paraplagusia japonica)这5种仔、稚鱼的可量性状、鳍的发育、黑色素的分布等情况进行了描述,绘制了仔、稚鱼形态图。以上研究可为河口鱼类育幼场的研究提供科学依据,也为鱼类早期发育阶段分类资料的积累探索新途径。     

种的概念及种的界定与鉴定

种是生物学研究中的基本单位,但是种的概念和种的界定却一直是个难题。有关种的探讨延续了几个世纪,种概念的争论也持续了半个多世纪,但是至今仍无定论。种的界定近年来已成为种问题研究的焦点。尽管已提出了多种方法,但由于没有统一的种的概念,种的界定也一直没有标准的原则和统一的方法。种的鉴定随着DNA分类和DNA条形码的提出受到了越来越多的关注。快速准确的种鉴定/界定可以为分类、物种多样性以及遗传演化等研究提供有力的支持。本文综述了种的概念、种的界定和种的鉴定,主要评价了DNA条形码及整合分类法在种鉴定/界定中的应用。