Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPDprimers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0.504 2—0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5—0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, corresponding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well.     

梭鱼人工养殖群体与自然群体的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对黄河口海域棱鱼人工养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析比较,以期由分子水平了解梭鱼的种群遗传多样性背景及人为干涉因素对梭鱼种群遗传多样性造成的影响.选用OPC组20个10碱基对(bp)的随机引物,对采自河北省黄骅市的24尾野生梭鱼和15尾人工养殖梭鱼进行了分析.选出11个扩增效果稳定的引物用于群体分析,扩增结果具有较好的可重复性.11个引物共检出112个位点,其中养殖群体中有94个表现多态,多态比例为83.93%;自然群体在96个位点上表现多态,多态比例为85.71%.经计算,养殖群体的遗传多样性指数为0.2124,自然群体的遗传多样性指数为0.2271;梭鱼两群体间的相似系数为92.82%,遗传距离为0.0718.研究结果表明,目前黄河口海域梭鱼群体的遗传多样性比较丰富,人工养殖过程对其未造成明显的影响,估计这与人工养殖过程中人为干涉因素少(如育苗历史短、亲鱼来源于自然群体、无定向选择和近亲繁殖等)有关.这一结果表明,梭鱼的人工养殖业在黄河口海域有很好的发展前景.     

海南近海野生鞍带石斑鱼群体遗传多样性的RAPD分析

用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个体间的遗传距离矩阵,依此计算出个体间平均遗传距离(D)为0.2650,个体间平均遗传相似系数(S)为0.7350;利用POPGENE1.3软件计算出Shannon遗传多样性指数(H0)为0.2266;与其他种类的石斑鱼群体的RAPD分析结果比较可知,海南近海野生鞍带石斑鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性.因此在海南发展鞍带石斑鱼的养殖业,可以选择海南近海的野生鞍带石斑鱼作为亲本进行人工繁殖,但应采取一些有效的保护措施,以避免遗传多样性的丧失.     

斜带髭鲷养殖群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对广东饶平海水网箱养殖的斜带髭鲷（Hapalogenys nitens Richardson）人工苗养殖群体DNA多样性进行检测。首先从40个引物（S461～S480,S501～S520）中快速筛选出32个引物,它们均能扩增出清晰稳定的DNA片段。再将该32个引物对46尾斜带髭鲷进行RAPD分析,共检测到177个位点,其中多态位点55个（分别由18个引物获得）,占31．07％。由此得出该群体的平均多态性为31．07％,平均遗传差异度为0．089,表明该养殖群体遗传多样性水平较高。     

海水养殖鱼类寄生新本尼登虫的RAPD分析

近年来福建、广东等水产养殖海区频频暴发急性寄生虫流行病,调研和相关研究表明梅氏新本尼登虫(Neobenedenia melleni,MacCallum,1927)是其主要病源.该虫分布广泛,寄主特异性低,在多种鱼类上均可寄生,致病力强[1],常引发鱼类严重感染和并发感染,甚至导致严重的死亡,影响着海水养殖业的健康发展.迄今为止,从分子生物学方面入手,研究本尼登虫的遗传变异、分子分类等尚未见报道.     

海水养殖鱼类两种新贝尼登虫的RAPD分析

本文采用RAPD技术对寄生在福建沿海养殖大黄鱼和高体Shi鱼体上的Ji新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的DNA多态性进行分析,结果显示：（1）两者具有高度的遗传相似性（83．1％－94．7％）,形态观察和分子检测结果相印证,两者有可能为同种异名;（2）不同海区鱼体表的寄生虫表现出一定的差异和分化,但相同宿主虫体的相似性都在90％以上：（3）虫体睾丸边缘光滑与否等形态特征应为种内变异,不宜作为分类标准。     

青岛崂山海岸基岩海蚀作用特征

海蚀作用会诱发各种地质灾害,为研究青岛崂山地区的海蚀作用,本研究通过野外踏勘取样、岩石手标本鉴定和偏光显微镜下薄片鉴定分析等方法,分析了岩石学和构造特征对海蚀作用的影响,并以石老人地区为例分析了海蚀地貌的特征,探讨了崂山地区的海蚀地貌分布特征及影响因素。结果表明:崂山海岸基岩为I-A型复合花岗岩。抗海蚀能力最强的是白垩系莱阳群砂岩,其次为白垩系青山群火山岩和石英二长岩,再次为碱性花岗岩,黑云二长岩最弱。断裂构造破坏岩石稳定性,促进了海蚀作用;石老人地区以流纹岩为主,在海蚀崖后退过程中,安山岩的侵入体保留下来,形成了石老人海蚀柱;崂山地区发育多种海蚀地貌,受到海浪作用、气温条件、盐类结晶以及生物作用等外部因素影响。     

可溶性Fe对中尺度海洋围隔生态系中浮游生物群落数量变动的影响

作者首次应用3个中尺度海洋实验生态系围隔装置研究可溶性Fe 对浮游生物群落数量变动的影响。结果表明:添加10和50μg/dm~3的可溶性Fe,均大大促进了浮游植物,特别是硅藻类中中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的生长。但浮游植物的过量繁殖并没有导致生态系中滤食性桡足类数量的增加。     

长兴岛刀鲚群体的遗传多样性分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长兴岛刀鲚(Coilia ectenes)38个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出13个对刀鲚的DNA进行扩增,结果为:13个引物共检测到112条清晰且重复性好的条带,分子质量在200~2000 bp之间,其中多态位点为74个,占66.07%;群体的Shannon多样性指数为0.3164,Nei基因多样性指数为0.2075,结果表明中国刀鲚遗传多样性处于较高水平。刀鲚成熟年龄早,对产卵条件要求不甚严格,产卵率和孵化率都比较高,具有较强的种群恢复能力;另外,由于长江中下游和湖泊刀鲚的捕食者和饵料竞争者的减少,客观上为刀鲚提供了良好的繁殖和幼鱼索饵条件,因此,结合刀鲚自身的生物学特征及生活环境特点,采取合理的保护和管理措施,中国刀鲚资源有望得到恢复。     

山东省渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落多样性分析

海洋微生物在生态系统循环中发挥重要作用。为系统了解山东省渤海海洋保护区表层海水微生物群落多样性,作者利用Illumina高通量测序及生物信息学分析技术研究了12个水体样本的菌群构成和多样性特征。实验结果表明,山东渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落丰富,12个水体样品OTU分属于25门、56纲、103目、163科、227属;门、纲、目、科、属分类等级上的优势类群分别为变形菌门(Proteobacteria)(57.95%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(21.88%)、黄杆菌目(Flavobacteriales)(4.31%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)(10.68%)、Candidatus portiera(7.94%);保护区内表层海水微生物具有其独特的菌群特征和多样性。本研究结果为进一步认识海洋微生物多样性与海洋生态环境保护的关系奠定了基础。     

Separation and relationship of ten marine scuticociliates (Protozoa, Ciliophora) using RAPD fingerprinting method

On the basis of the random amplified polymorphic DNA-fingerprinting (RAPD) method, 10 morphospecies of scuticociliates from 7 genera, including 15 clones of 13 strains, Uronema marinum, Uronema cf marinum, Parauronema virginianum, P. longum, Metanophrys similis, M. sinensis, Paralembus digitiformis, Mesanophrys carcini, Paranophrys magna and Cohnilernbus verrninus were analysed using 8 oligonucleotide primers. The genetic similarity among the clones of the same strain measured by a band-sharing index is 0.97～0.98,while 0.40-4).52 among strains. This value measured is 0.39～0.46 among congeners of the same genus, whereas 0.16～0.47 between different genera. A distance tree was constructed based on 8-primer analysis, in which the scuticociliates investigated were separated into two clusters: one consists of 2 genera, Uronema and Parauronema, and the other was composed of five, Metanophrys, Mestmophrys,Paranophrys, Paralembus and Cohnilembus. It is demonstrated also that the morphospecies Parauronema virginianurn may be a species-complex, i. e., it contains different genospecies.