山东近海牙鲆(Paralichthys olivaceus)自然和养殖群体10个微卫星基因座位的遗传多态性分析

采用微卫星遗传标记技术对山东近海牙鲆自然群体和养殖群体的遗传多样性进行了研究。实验所用牙鲆于2003年5月分别采自山东近海和青岛胶南养鱼场，各20尾，取全血或肌肉组织，以酚-仿抽提方法提取基因组DNA，利用筛选获得的10对微卫星引物进行PCR扩增，反应产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、EB显色，用ImageMasterl D Elite(Version 3．01)软件分析电泳结果，并计算了相应的遗传学参数。结果表明，在自然和养殖群体中，10个基因座位的等位基因平均数(α)分别为6．7和6．1，每个基因座位有效等位基因数(αe)分别为1．8—6．8和2．5—6．7，群体平均杂合度(H)分别为0．8120和0．7310；两个群体间的遗传相似性系数、遗传距离和基因分化系数为0．8558、0．1557和0．0558；自然群体内每个座位上的多态信息含量(PIC)为0．59—0．84、个体识别率(DP)为0．54—0．86、非父排除率(PPE)为0．41—0．72，其累积个体识别率和非父排除率均达到0．9999，表明所选座位属中高识别力的遗传标记，可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。     

梭鱼人工养殖群体与自然群体的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对黄河口海域棱鱼人工养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析比较,以期由分子水平了解梭鱼的种群遗传多样性背景及人为干涉因素对梭鱼种群遗传多样性造成的影响.选用OPC组20个10碱基对(bp)的随机引物,对采自河北省黄骅市的24尾野生梭鱼和15尾人工养殖梭鱼进行了分析.选出11个扩增效果稳定的引物用于群体分析,扩增结果具有较好的可重复性.11个引物共检出112个位点,其中养殖群体中有94个表现多态,多态比例为83.93%;自然群体在96个位点上表现多态,多态比例为85.71%.经计算,养殖群体的遗传多样性指数为0.2124,自然群体的遗传多样性指数为0.2271;梭鱼两群体间的相似系数为92.82%,遗传距离为0.0718.研究结果表明,目前黄河口海域梭鱼群体的遗传多样性比较丰富,人工养殖过程对其未造成明显的影响,估计这与人工养殖过程中人为干涉因素少(如育苗历史短、亲鱼来源于自然群体、无定向选择和近亲繁殖等)有关.这一结果表明,梭鱼的人工养殖业在黄河口海域有很好的发展前景.     

漠斑牙鲆养殖群体微卫星遗传多样性的初步分析

为评估养殖过程对漠斑牙鲆遗传结构的影响, 本研究利用微卫星标记对漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)山东胶南养殖群体(子一代)和江苏南通养殖群体(子三代)的遗传结构进行分析比较, 结果表明所使用的14 对引物中, 11 对引物在所选取的群体中具有多态性, 两个群体中共检测出了70 个等位基因(42 个有效等位基因), 总群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36 和0.60。两个群体的Shannon’s 遗传多样性指数分别为1.18 和1.07, Nei’s 遗传多样性指数分别为0. 56 和0.51, 表明山东胶南群体的遗传多样性显著高于江苏南通养殖群体。两个养殖群体间的两群体间的遗传分化系数Fst 平均为0.1246, 遗传距离(Ds)为0.171, 遗传相似度为0.8432, 表明两个群体中度分化。由此可以得出, 在中国随着漠斑牙鲆累代养殖的开展, 其遗传多样性下降显著, 遗传结构已经出现了显著分化。因此, 在将来的繁育过程中应制定合理的育苗规划以维持漠斑牙鲆的多样性水平并保障产业可持续发展。     

欧洲牡蛎两个种群的遗传变异

用淀粉凝胶电泳检测和比较了来自爱尔兰自然群体和威尔土养殖群体的欧洲牡蛎Ostreaedulis11个基因位点的遗传变异。结果表明,两群体的平均杂合度观察值分别为0．081和0．144,多态位点比例（P0.99）分别为57．9％和42．1％,平均等位基因数分别为1．7和1．6,与已报道的欧洲牡额其他群体很接近,但与其他种类的牡蛎相比却很低。两群体之间相比,威尔土养殖群体的平均杂合度观察值明显大于爱尔兰自然群体的。这说明人为作用可以引起欧洲牡蛎群体的遗传差异。     

牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析

利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。     

基于COI序列比较中国和科威特养殖鲳鱼群体的遗传差异

为探讨中国和科威特鲳鱼(Pampus)养殖群体的遗传差异和遗传多样性,本研究对两个鲳鱼群体线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(COI)部分序列进行了比较和分析。通过PCR扩增和测序,共获得COI基因片段47条,定义了8个单倍型。两个群体的COI序列的A+T含量均高于G+C含量,在中国养殖群体中检测到4个变异位点,在科威特群体中检测到14个。两个群体的单倍型多样性水平较高(0.566~0.643),但核苷酸多样性水平均较低(0.0022~0.0030)。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明中国和科威特养殖群体的遗传差异较大,高于种内差异水平,因此两个养殖群体并非同一种鲳属鱼类。     

缢蛏六群体线粒体DNA-COI基因序列变异及群体遗传结构分析

利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近.     

4个缢蛏群体遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

采用12个微卫星分子标记,对4个不同缢蛏(Sinonovacula Constricta)群体: 福建云霄群体、广东湛江群体、天津塘沽群体以及浙江乐清湾群体进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究结果显示, 12个微卫星共有46个等位基因, 4个缢蛏群体的平均观测等位基因数(Ao)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为3.25～3.50、0.59～0.74、0.55～0.58 和0.46～0.50。说明4个缢蛏群体遗传多样性处于中等多态。UPGMA聚类分析表明:乐清湾群体、天津塘沽群体间的遗传距离最小, 亲缘关系最近, 首先聚为一支, 福建云霄群体和广东湛江群体聚为另一支。群体的F-统计量(Fst)为0.07, 表明缢蛏群体分化很微弱。     

卵形鲳鲹3个养殖群体的微卫星多态性分析

运用6对微卫星引物分别对海南、深圳、福建3个地区的卵形鲳鲹Trachinotus ovatus养殖群体的遗传差异进行分析。结果表明,3个养殖群体的平均等位基因数(Na)为3.67—3.83,平均有效等位基因数(Ne)为2.43—3.03,平均观测杂合度(Ho)为0.48—0.66,平均期望杂合度(He)为0.56—0.64,平均多态信息含量(PIC)为0.49—0.55,可见3个养殖群体的遗传多样性较高。Hardy-weinberg平衡遗传偏离指数(d)显示海南和深圳养殖群体杂合子过剩(分别为0.10和0.12),而福建养殖群体则出现杂合子缺失(-0.08)。统计检验发现3个群体中各位点的遗传偏离并不显著(p>0.05)。3个养殖群体的遗传相似度及遗传距离信息聚类分析结果表明,福建与深圳养殖群体的亲缘关系较近,两者与海南养殖群体的亲缘关系较远。3个养殖群体的确切来源还有待进一步研究。     

山东近海褐牙鲆自然与养殖群体生化遗传结构及其遗传变异的比较分析

山东近海褐牙鲆自然群体活样本共 79尾 ,分别于 1 996年 5月、1 997年 1月和 1 998年 4月采自青岛近海 ;养殖群体活样本 5 2尾于 1 997年 1 2月采自山东荣成寻山养鱼场。采用水平淀粉胶和垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳方法及 3种缓冲系统 (TC、EBT和TG)分别对自然和养殖群体的 1 5种同工酶进行生化遗传分析。结果表明 ,山东近海牙鲆自然群体的多态基因座位比例 ( 31 .0 % )和群体平均杂合度 ( 0 .0 80 2 )都明显高于养殖群体 ( 2 4 .1 % ,0 .0 788) ;在自然群体的 9个多态基因座位、养殖群体的 7个多态基因座位中 ,除了Cat(P <0 .0 5 )和Idhp - 1(P <0 .0 5 ,养殖群体中 )有显著差异、Ldh -C(P <0 .0 1 )完全偏离Hardy -Weinberg定律外 ,其余多态座位基因频率均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律     

星斑川鲽(Platichthys stellatus)养殖群体的RAPD分析

利用RAPD技术对星斑川鲽养殖群体的遗传多样性进行了研究。将实验用星斑川鲽养殖群体的活鱼苗解剖,取其肌肉,高盐法抽提获得总DNA,质量鉴定和浓度测定后用随机引物进行PCR扩增,从20个随机引物中筛选出18个用于群体遗传学分析,共扩增出133条带,谱带大小为100~2 000 bp,大多数谱带分布在250~1 000bp。多态谱带数为83,每个引物扩增谱带数为1~14条,平均为7条。多态谱带比例为62.41%,Shannon的信息指数和Nei的多样性指数分别为0.21和0.316 6。     

漠斑牙鲆养殖群体RAPD遗传多样性的初步分析

利用RAPD技术对由美国引进的漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)养殖子一代群体的遗传多样性进行了研究。实验用漠斑牙鲆鱼苗于2004年10月取自山东莱州大华水产有限公司,共24尾,全长平均为16.6 mm±1.99 mm。活体取其肌肉,用高盐法抽提获得总DNA,琼脂糖电泳检测,Beckman DU-6100型紫外分光光度仪定量后用随机引物进行PCR扩增,从25个随机引物中筛选出11个用于群体遗传学分析,共获得77条清晰重复性高的DNA片段,大小在100~2 000 bp之间,多态谱带比例和群体平均杂合度分别为66.23%和0.352 6。     

日本对虾野生种群和养殖种群遗传结构的RAPD标记研究

于１９９７年４月在福建和山东青岛分别采集地虾野生种群和养殖群体的样品,采用ＲＡＰＤ标记技术对其遗传结构进行初步研究。用２０个随机引物在野生种群和养殖群体中分别扩增出１５７和１５３条ＤＮＡ片段,其中多态性段数分别为８５和５８条,多态性片段的比例分别为５４．１４％和３７．９１％,平均杂合度分别为０．２５１７和０．１３４３。     

我国沿海三个文蛤地理群的RAPD分析

利用RAPD技术分析了我国沿海辽宁、江苏、广西省3个文蛤地理群的遗传变异,总共用60个随机引物进行了RAPD扩增,其中50个随机引物得到了扩增产物,选取其中15个随机引物的扩增图谱进行相似性系数和遗传距离的计算,结果为辽宁(LW)、江苏(JW)、广西(GW)群体内的遗传距离分别为:0.169±0.034,0.117±0.032,0.108±0.031.LW,JW之间为0.222±0.036;JW,GW之间为0.209±0.043;LW,GW之间为0.316±0.047,同时发现引物s396-900bp的标记为JW和LW所特有;引物s433-250bp标记为JW和GW所特有,由此可作为这3个地理群的分子标记.     

Application of RAPD technology for identification in three different stocks of Penaeus chinensis

INTRODUCTIONPenaeuschinensishasbecomeoneoftheprimaryspeciesforaquacultureinChina .How ever ,viralandbacterialdiseaseproblemshaveplaguedtheshrimpaquacultureindustryserious lyinChinasince 1 993.Ithasbeenindicatedthatthereducedgrowthperformanceandthein creasedsusceptibilitytodiseasescouldbearesultoflowlevelsofgeneticvariablities (Carretal .,1 994 ) .InordertosupporttheaquacultureindustryoftheUnitedStates,theUSMarineShrimpFarmaringProgramConsortiumhasdevelopedvariousdisease free populati…     

进口大菱鲆Scophthalmus maximus L.苗种的遗传结构分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和微卫星两种分子标记技术分析了从法国(F)、英国(E)、西班牙(S)引进我国的三个大菱鲆群体的遗传结构。20个RAPD随机引物对每个群体各20尾大菱鲆的基因组DNA进行扩增，共获得125个重复性好且谱带清晰的RAPD标记，片段大小在200—2500bp之间，三群体的多态位点比例在12．80％—20．00％之间，Nei基因多样性指数在0．0142—0．0352之间，Shannon多样性指数在0．0423—0．0720之间。微卫星引物的分析结果与RAPD一致。总体上，三个群体的遗传多样性均较低，其中西班牙群体遗传多样性水平最高，英国群体次之，而法国群体最低。利用Shannon多样性指数和Nei多样性指数估算群体遗传变异的来源，两者得出一致的结论：群体问遗传分化很弱。AMOVA分析结果进一步证实了shannon多样性指数和Nei基因多样性指数的分析结果：群体的遗传变异有97％以上是由群体内个体问的遗传变异引起的，遗传变异主要来自于群体内个体间，显著性检验表明群体间的变异对总变异的影响不显著。实验结果证明我国进口大菱鲆群体种质较单一。     

翡翠贻贝3个野生种群遗传多样性分析

采用表型性状、RAPD和ISSR分子标记对取自广西北海、广东湛江和汕尾的3个翡翠贻贝Perna viridis种群进行遗传多样性分析。翡翠贻贝种群间表型性状(壳长、壳高、壳宽、软体部重、体重和肥满度指数)存在显著的差异(p<0.05)。11个RAPD引物共扩增出114条带,扩增片断大小为237—2099 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为57.14%—60.78%和0.174 8—0.190 1。10个ISSR引物共扩增出134条带,扩增片断大小为218—2 695 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为72.48%—75.22%和0.245 7—0.253 4。RAPD和ISSR分析都表明汕尾与北海翡翠贻贝种群间的遗传距离最大。结果表明,(1)翡翠贻贝种群具有较高的遗传多样性;(2)RAPD与ISSR标记适合于翡翠贻贝遗传多样性分析,但ISSR比RAPD能检测到种群间更高的遗传变异。     

中国沿海西施舌5个自然群体形态差异和RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对5个西施舌自然群体的遗传多样性进行了研究.在选择的20个随机引物中共检测到168条标记条带.每个引物扩增谱带数在3～15之间.片段长度250～3 000 bp不等.利用Popgen1.32和PHILIP统计软件对实验数据进行处理,确立了5个群体间的亲缘关系,并对3个形态参数进行了方差分析,探讨了与RAPD结果的关联.结果表明:5个群体内和群体间遗传距离都较大,广西北海群体由于地理环境等因素的影响,无论是外部形态和遗传距离与其他4群体有较大差异,可能已经形成了地理种群.5个群体多态位点比例和平均遗传杂合度都较高,平均值为78.97%和0.308 7,香农多样值在0.301 8～0.367 3之间,聚类分析显示,山东群体与江苏群体亲缘关系最近,然后依次是浙江群体和福建群体.我国西施舌遗传多样性处于较高的水平,种质资源良好,西施舌养殖有很好的发展前景.     

养殖对曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)群体遗传多样性的影响

采用24条随机引物对曼氏无针乌贼1个野生群体和5代养殖群体共120个个体(每个群体20个个体)进行了RAPD群体遗传多样性分析,共扩增出119个位点,片段大小为400-2800bp,平均每条引物的扩增带数为4.96条。各群体的多态位点数19-24个不等,多态位点比例为13.33%-20.16%,Shannon指数为0.0768-0.1018。6个群体的平均杂合度为0.0825-0.1231,期望杂合度为0.1325-0.1524,平均杂合子偏离指数均为负值,表明存在杂合子缺失的现象。乌贼6个群体遗传分化系数FST值在0.0188-0.2436,其中最大出现在野生群体和第5代养殖群体之间。表明6个群体间遗传分化已基本处于遗传分化中等的范围内,而野生群体和第5代养殖群体之间已接近中等分化的底线。分子方差分析(AMOVA)结果表明,6个群体的遗传变异中有29.34%是由不同群体间的基因差异造成的。而如果将养殖后的5代群体作为一个总的群体,养殖群体内部有19.38%是由群体间的差异造成的。由此可见,养殖后的曼氏无针乌贼群体相比野生群体多样性指数有所降低,且随着养殖时间的增长养殖群体内部开始出现分化。     

Comparative studies on some genetic characteristics among four large yellow croaker (Pseudosciaena crocea) populations

The genetic structure was compared among four large yellow croaker (Pseudosciaena crocea) populations, an important aquaculture species in China. RAPD and ISSR results show that the genetic distances between domestic stocks and their wild counterparts are significantly larger than those between the three wild stocks. The sequence of mtDNA cyt b shows that the three wild populations share the same sequence, with differences in the four bases from the cultured stock: two transitions [57(C-T), 291(G-A)] and two transversions [66(C-G),223(A-C)]. Cluster analysis reveals that the domestic stock has diverged from its parental wild stock [Min—Yuedong (Fujian Province—eastern Guangdong Province, China) stock]. Results demonstrate that 20 a of domestication of the Pseudosciaena crocea stock has resulted in significant genetic changes.