雅浦海沟深海沉积物可培养真菌多样性及其反硝化能力研究

自雅浦海沟4个站位的12个沉积物样品中分离得到38株真菌菌株,基于形态观察和ITS序列信息对所得菌株进行分类鉴定,发现它们分别属于青霉属(Penicillium,17株)、曲霉属(Aspergillus,7株)、篮状菌属(Talaromyces,1株)、枝孢属(Cladosporium,6株)、赭霉属(Ochroconis,1株)、Meyerozyma属(1株)、梅拉菌属(Meira,1株)、Cystobasidium属(2株)、Wallemia属(1株)和红酵母属(Rhodotorula,1株)等10个属.其中青霉属、曲霉属和枝孢属菌株为优势菌株,分别占分离菌株总数的44.7%、18.4%和15.8%;而Wallemia属(节担菌纲)菌株是首次从深海环境中分离到.利用PCR技术在分离的深海真菌菌株中检测nir K和P450nor两种反硝化关键酶基因,结果显示nir K基因可在黄曲霉(Aspergillus flavus)、黑曲霉(Aspergillus niger)、杂色曲霉(Aspergillus versicolor)、枝孢菌(Cladosporium sp.)、枝状枝孢(Cladosporium cladosporioides)和产黄青霉(Penicillium chrysogenum)等6种真菌菌株中检测到,而P450nor基因仅在黄曲霉菌株中检测到.同时还通过富集培养方法从上述沉积物样品中分离获得两株反硝化枝孢菌.结果表明,雅浦海沟深海沉积物环境中存在着丰富的真菌资源,它们在深海环境氮循环中起着一定作用,这将增强人们对深海环境可培养真菌多样性及其生态作用的认识.     

雷州半岛近岸海域海洋红酵母的分离鉴定

从雷州半岛近岸海域采集海洋生物、海水、海泥等样品,共计317份。将样品处理后先富集培养,再用红酵母琼脂培养基及麦芽汁琼脂培养基进行分离培养,之后对分离菌株通过菌体形态、培养特性及生理生化试验结果进行初步鉴定。根据红酵母的初步鉴定结果,选取有代表性的菌株作26s r DNA D1/D2区域序列测定,构建系统发育树,进行多样性分析。结果表明,从317份样品中分离鉴定出71株海洋红酵母;其中,有代表性的36株红酵母归属于5个种和2个疑似新种。36株红酵母包括胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)22株、粘红酵母(Rhodotorula glutinis)6株、红冬孢酵母(Rhodosporidium toruloides)3株、斯鲁菲亚红酵母(Rhodotorula slooffiae)2株、浅红红酵母1株(Rhodotorula pallida)和疑似红酵母新种2株(Rhodotorula sp,c ZDJ2和Rhodotorula sp.ZTC2)。雷州半岛近岸海域的海洋红酵母优势种为胶红酵母,种群的多样性不够丰富。     

南海4种珊瑚附生可培养真菌多样性分析

本研究利用从南海采集的4种珊瑚分离附生真菌,并通过菌株的分类鉴定及系统发育分析获得珊瑚附生可培养真菌的多样性信息.选用酵母麦芽糖琼脂培养基(YM)、马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA)、马丁氏培养基(Martin)、察氏琼脂培养基(CDA)和孟加拉红培养基(RBM)等5种培养基,采用平板涂布法培养分离附生真菌,基于ITS-rRNA基因序列对真菌菌株进行鉴定和系统发育分析.从4种珊瑚上共分离获得10个属的120株真菌,分别是:青霉属(Penicillum)56株、曲霉属(Aspergillus)25株、枝顶孢属(Acremonium)2株、枝孢属(Cladosporium)5株、毕赤酵母属(Meyerozyma)14株、隔孢伏革属(Peniophora)2株、拟茎点霉属(Phomopsis)1株、裂褶菌属(Schizophyllum)1株、梗孢酵母属(Sterigmatomyces)13株、篮状菌属(Talaromyces)1株.通过对不同珊瑚品种分离获得的附生真菌的比较,发现小叶鹿角珊瑚(Acropora microphthalma)和花鹿角珊瑚(Acropora floride)上分离到的菌株多样性最高,包含6属10种.进一步的分析发现不同珊瑚样品上真菌种类分布有较大差异,隔孢伏革属和裂褶菌属真菌均分离自小叶鹿角珊瑚,梗孢酵母属和篮状菌属均分离自角孔珊瑚(Goniopora sp.),扁脑珊瑚(Platygyra sp.)上则分离到拟茎点霉属.同时还发现不同培养基分离真菌的能力不同,YM培养基分离的菌株最多,CDA培养基分离真菌的多样性最多.以上的研究结果表明,南海珊瑚上存在大量且丰富的真菌资源,可以为后续生物活性物质的开发利用提供良好的菌种资源.     

100株深海真菌次生代谢产物的生物活性初步研究

利用中国＂大洋一号＂第20航次采集的深海沉积物样品进行了真菌分离鉴定,获得110株深海真菌,这些菌分属于15个属.其中曲霉和青霉最多,共为55株,占50%,且重复较多,只分布于10个种.利用CCK8法及琼脂扩散法对其中的100株深海真菌进行了抗肿瘤及抗菌活性检测,发现深海真菌具有良好的生物活性,细胞毒阳性率占49%,26%的菌株具有明显抗大肠杆菌效果、23%明显抗枯草、5%抗白假丝酵母、21%抗金黄色葡萄球菌.生物活性与培养基成分及筛选用肿瘤细胞株类型相关.对具有生物活性的20株深海真菌发酵粗提物进行了HPLC指纹图谱初步分析,发现其HPLC指纹图谱与培养基成分相关.该研究为后期分离鉴定深海真菌产生的生物活性化合物奠定了良好基础.     

普里兹湾沉积物样品产油真菌筛选及胞内脂肪酸成分分析

对中国第29次南极科学考察获得的南极普里兹湾海域23个站位的深海沉积物样品进行了真菌分离培养,共获得了11个属的21株真菌,分别是:青霉属(Penicillium,9株)、枝孢属(Cladosporium,3株)、支顶孢属(Acremonium,1株)、短梗霉属(Aureobasidium,1株)、孢盘菌属(Botryotinia,1株)、散囊菌属(Eurotiales,1株)、外瓶霉属(Exophiala,1株)、镰孢菌属(Fusarium,1株)、丛赤壳属(Nectria,1株)、茎点霉属(Phoma,1株)、帚枝霉属(Sarocladium,1株).南极普里兹湾海域的真菌多样性较高,其中青霉属菌株最多,占总菌株比例为42.85%,是普里兹湾真菌中的优势属,其次为枝孢属菌株,占总菌株比例为14.29%.分别用尼罗红和氯化三苯基四氮唑(TTC)对这21株菌进行产油筛选,得到8株产油菌,分属于Penicillium(2株)、Aureobasidium(1株)、Cladosporium(1株)、Eurotiales(1株)、Exophiala(1株)、Fusarium(1株)、Sarocladium(1株)等7个属,这些产油菌产油量大致在20.1%到52.0%之间.对这8株菌的产油量和胞内脂肪酸成分进行分析,结果表明:这些产油菌所含的基本为短链脂肪酸,且不饱和脂肪酸含量较高,适合作为生物柴油的生产菌株.     

砂生小树状霉与盐水小树状霉分类地位初探

从海带幼孢子体上分离获得1株海洋真菌(编号OUCMBI080016),根据形态学特征鉴定为砂生小树状霉(Dendryphiella arenaria)为中国新记录种。同时,为确定D.arenaria和D.salina的分类地位,从GenBank数据库选取7株齿梗孢属(Scolecobasidium)和10株小树状霉属(Dendryphiella)菌株(其中7株分离自海洋环境),进行ITS序列的系统发育分析。Kimura双参数距离、歧异指数及MP树分析显示,Solecobasidium和Dendryphiella存在较大的遗传进化差异,研究结果支持D.arenaria和D.salina属于Dendryphiella。     

广西涠洲岛柳珊瑚共附生真菌多样性及其抑菌活性*

文章使用4种分离培养基, 从10个广西涠洲岛柳珊瑚样本中分离可培养真菌, 通过菌落形态观察和内转录间隔区序列系统发育分析, 得到涠洲岛柳珊瑚共附生真菌多样性信息, 并采用96孔板法测定了真菌发酵液乙酸乙酯提取物的抑菌活性和抗生物被膜形成活性。试验结果表明, 从涠洲岛柳珊瑚样本中分离得到191株共附生真菌, 鉴定为26个种。这些真菌均属于子囊菌门, 分布于6个属: 曲霉属(Aspergillus)、青霉属(Penicillium)、链格孢属(Alternaria)、枝孢菌属(Cladosporium)、黑孢霉属(Nigrospora)和Parengyodontium属。曲霉属(Aspergillus)为优势种属, 占总菌株种类的69.23%; 次优属为枝孢菌属(Cladosporium)。抑菌活性筛选发现有11种真菌至少对一种指示菌有抑制活性, 占菌种总数的42.31%; 有7种真菌对表皮葡萄球菌生物被膜形成具有抑制活性, 半数有效浓度(EC₅₀)范围为40.3~155μg·mL^-1, 菌株Penicillium cinnamopurpureum GXIMD00518、Aspergillus carneus GXIMD00519具有抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物被膜形成活性, EC₅₀分别为105.4μg·mL^-1和117.4μg·mL^-1。     

广西北部湾海洋腐木产孢真菌的分离鉴定和抗菌活性菌株筛选

采集广西北部湾钦州附近月亮湾、钦州港和茅尾海海域海洋腐木,采用稀释法分离纯化得到32株产孢真菌,对真菌的菌落、孢子和菌丝形态进行研究,32株真菌可被分为5种真菌类型,其中第I、II和III种类型的真菌仅分离于月亮湾,第IV和V种类型在3个样品采集地均有分离.通过ITS基因测序表明,32株真菌为5个不同的种,其分别属于子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota),可以确定种属的包括伞状霉属(Umbelopsis)和青霉菌属(Penicillium),其中分离的青霉菌属在数量上具有优势,占分离菌株总数的75%,属于优势种属.采用4种指示菌大肠杆菌(E.coli)、蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)、烟草节杆菌(Arthrobacter nicotianae)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)检测抑菌活性,发现两株伞状霉属真菌Umbelopsis sp.B10和Umbelopsis sp.B9菌丝体提取物对四种指示菌均具有较强的抑制作用,另外两株青霉属真菌Penicillium sp.A5和Penicillium sp.B7的菌丝浸出物分别对革兰氏阳性细菌和革兰氏阴性副溶血弧菌具有较强的抑制活性.本研究为首次报道广西北部湾海洋腐木真菌及其抗菌活性.     

红树林植物桐花树内生真菌类群分布的研究

从红树林植物桐花树Aegiceras corniculatum的叶、叶脉、树皮、茎等4个部位, 湿季共分离到297株内生真菌, 干季共分离到232株内生真菌.叶片内生真菌优势类群为青霉属和盘长孢霉, 叶脉为青霉属和枝孢霉属, 树皮内生真菌中不产孢类所占比例最高, 而茎部的优势类群为枝孢霉属和短梗孢霉, 说明内生真菌的分布具有一定的器官和组织特异性.比较各部位内生真菌湿季类群和干季类群发现其优势类群也有一定的变化: 叶片内生真菌湿季优势类群是青霉属和盘长孢属, 而干季优势类群为不产孢类群B和C;叶脉、树皮、茎的内生真菌的优势菌群在湿季和干季也有差异.这说明不同季节的环境因素(降水量、气温、湿度、光照强度等)的变化对内生真菌的类群及其分布具有较强的影响.     

印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.     

北极深海沉积物中细菌和古菌群落结构研究

在北极深海沉积物生态系统中,微生物的群落结构由有机质输入、能量的可用性及其他环境因素决定.然而,全球气候变暖及其导致的冰盖提前融化正在影响微生物的多样性.为描述北极深海沉积物中的微生物群落结构及其与环境因素的相关性,我们利用罗氏454对北极深海沉积物样品的16S rDNA扩增子进行了测序,对细菌和古菌群落的丰富度、成分、结构及其系统发育分类地位进行了描述.硫还原和化能有机营养类是细菌群落中的主要类群;而古细菌群落主要是由微生物的关系最为密切的氨氧化奇古菌门(96.66%)和产甲烷古生菌界(3.21%).这项研究描述了北极极点附近深海沉积物(> 3500米)中的微生物多样性,将为以后研究类似环境中微生物代谢过程和途径等功能分析奠定基础.     

厦门海区潮间带海洋动植物共附生微生物的抗菌活性

从厦门海区潮间带石纯、浒苔、江蓠、海兔、海葵及鲨鱼肠道分离得２８９株共附生微生物,以８种敏感菌为指示菌,从中获得拮抗活性的幼苗２８株,放线菌１７株,真菌８株。拮抗细菌以假单胞菌（３９％）、弧菌（２５％）和芽直菌（１４％）为主,主要为抗革兰氏阳性细菌,抗真菌的菌株比例较低。拮抗放线菌分属于链霉菌和小单孢菌,其抗革兰氏阳性菌、阴性菌和真菌的菌株比例分别为６５％、４７％和２３％。拮抗真菌分青霉属和芽枝霉     

海洋产油真菌的简便初筛

选取分离自大洋、深海的28株酵母和143株霉菌,采用在培养基中添加尼罗红比较表观荧光强度的方法来筛选出酵母2株和霉菌7株,但菌体呈红色的酵母(17株)及菌丝为黑色的霉菌(28株)不适用于此法;通过单位OD600荧光强度的高低筛选出1株菌落为微红色的酵母,产油性能好于用第一种方法挑选出的2株酵母,且菌体颜色对结果并无影响,但只适合筛选酵母.通过上述2种方法筛选出高油脂菌株,大多来源于深海.     

抑制尖刀镰孢菌(Fusarium oxysporum)南极细菌的筛选及Psychrobacter sp.P4-11-07-1的生长特性

以植物病原真菌尖刀镰孢菌(Fusarium oxysporum)为指示菌,采用平板扩散法从实验室极地微生物资源库中筛选到12株具有明显抑菌作用的活性菌株。分子鉴定与系统发育分析表明,7株活性菌株属于假交替单胞菌(Pseudoalteromonas)、3株属于嗜冷杆菌(Psychrobacter)、1株属于假单胞菌(Pseudomonas)、1株属于伦黑墨氏菌(Rheinheimera)。抑菌谱测定结果表明,不同活性菌株的抑菌谱也有所不同,12株活性菌株对尖刀镰孢菌、辣椒疫霉(Phytophthora copsici)、大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)、瓜亡革菌(Thanatephorus cucumeris)均有一定的抑制作用,而对葡枝根霉(Rhizopus stolonifer)均没有抑制作用;除菌株1-Z11,1-Z18,4-Z11,4-Z18,IS-010-07-1,P3-11-10-1,Z18-3外,其余5株菌株均对水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solani)有抑制作用。对一株具有较强抑菌活性的菌株Psychrobacter sp.P4-11-07-1生长条件的研究表明,当培养温度为5～30℃,培养基盐度为0～45,初始pH值为5.0～11.0时,菌株P4-11-07-1均可生长并产生抑菌活性物质,对应抑菌活性最高的培养条件分别是:培养温度为25℃,培养基盐度为0,初始pH为7.0。     

南极深海沉积物中产低温脂肪酶菌株的筛选与基因克隆

在10℃恒温培养条件下,从第29次南极科学考察获得的南极深海沉积物样品中分离筛选到产脂肪酶细菌3株,产脂肪酶真菌1株,对其进行分子生物学鉴定,确定为假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas arctica）、芽孢杆菌属（Bacillus pumilus）、Glaciecola sp.以及白冬孢酵母属（Leucosporidium sp.）.通过测定各酶的最适反应温度,获得产低温脂肪酶芽孢杆菌XZ18,该菌所产脂肪酶最适反应温度为30℃,在0℃仍有部分活性.从NaCl浓度和pH值2个条件对产酶条件进行研究,最终确定了该菌最适产酶NaCl浓度5.0%、最适产酶pH值为6,最高产酶量为4.65 U/cm3.通过PCR扩增,获得了脂肪酶全长序列,对该序列进行系统发育分析,发现该脂肪酶基因处于较独立的分支.     

ODP201航次——东赤道太平洋和秘鲁边缘深埋藏沉积物中微生物群落的研究

ODP2 0 1航次将在秘鲁海盆及边缘区、东赤道太平洋一系列站位取心并回收深海沉积物。本航次的目的是探索深海沉积物中微生物群落埋藏的分布、活动性、群落结构、种系亲和性以及全球生物地球化学的规律。对于地下沉积环境的研究包括 3个方面 :( 1 )秘鲁沿岸硫酸盐还原作用、甲烷成因的硫酸盐亏损以及硫酸盐还原的甲烷营养区 ;( 2 )硫酸盐还原作用、甲烷成因现象以及甲烷营养层共存 (赤道太平洋 )的开放大洋富硫酸盐沉积物 ;( 3)存在锰还原作用 (秘鲁海盆 )的开放大洋富硫酸盐沉积物。沿岸边缘站位包括目前所有甲烷都以自由气存在的浅水站位…     

南冲绳海槽深海沉积物中度嗜盐菌系统进化及多样性分析

从南冲绳海槽MD05-2907站位的深海沉积物中分离到40株属于盐单胞菌科(Halomonadaceae)的中度嗜盐菌.耐盐度实验表明有12株最适生长盐度为30,19株为60,9株为100,多数菌在盐度高于150时生长速度迅速下降.有8株菌能产至少一种胞外蛋白酶.     

海洋木栖真菌抗菌活性的初步研究

从福建厦门海沧、集美及漳州浮宫等地采集到的红树林等海洋潮间带的各种腐木样品中分离得到176株海洋木栖真菌,对其进行抗菌活性检测.其结果表明共有96株海洋木栖真菌对大肠杆菌、枯草杆菌及白色假丝酵母中的一种或多种拮抗指示菌具有抑制作用,占供测菌株总数的54.5%.在这些活性菌株中,红树源菌株拮抗比例为30.2%,非红树源菌株拮抗比例为69.8%.具有抗菌活性的菌株主要分布于15个属中,包括木霉Trichoderma、青霉Penicillium、拟青霉Paecilomyces和一些不产孢的分类群.某些稀有真菌如盘多毛孢Pestalotia、茎点霉Phoma也具有一定的抗菌活性.     

两种鲨鱼鳃部真菌菌群的PCR-DGGE分析

以提取自东海海域两种鲨鱼(尖吻鲭鲨和噬人鲨)鳃耙组织的总DNA为模板,对其真菌菌群rDNA的基因内转录间隔区ITS1序列进行了PCR扩增,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,电泳图谱中的7条主要条带经过二次PCR扩增后进行了克隆测序。NCBI-BLAST比对及分子系统发育分析结果表明,尖吻鲭鲨鳃部真菌菌群的优势种来自四个分类单元,其中一个来自青霉属,三个来自曲霉属;噬人鲨鳃部真菌的优势种来自四个分类单元,其中一种来自青霉属、两个来自梗孢酵母属、一个来自枝顶孢属;青霉属为两种鲨鱼鳃部共同的优势菌;另外DGGE指纹图谱显示还有种类较丰富的劣势菌存在。数据库检索显示多数真菌分类单元具有较好的产生生物活性天然产物的潜力。该PCR-DGGE分析揭示鲨鱼鳃部栖生有较丰富的真菌类群,它们的代谢产物及其与宿主之间的相互作用还有待深入研究。     

深海沉积物中龙须菜降解菌群的筛选与鉴定及多样性分析

以龙须菜为唯一的营养源对深海沉积物进行富集和筛选,获得一个可降解龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)、紫菜(Porphyra umbilicalis)和海带(Laminaria japonica)产生还原性寡糖的菌群.通过16S rRNA序列及16S rRNA-RFLP分析对该菌群中的细菌多样性进行了研究.结果表明,降解菌群中的细菌组成主要为弧菌属(Vibrio,8株)、火色杆菌属(Flammeovirga,7株)和希瓦氏菌属(Shewanella,5株),其中希瓦氏菌属和火色杆菌属的细菌在菌群中的丰度较高.采用龙须菜为唯一营养源的筛选培养基对菌群中的细菌进行分离,获得4株具有琼胶酶活力的细菌,包括2株火色杆菌属和2株希瓦氏菌属细菌.培养和未培养的结果均表明火色杆菌和希瓦氏菌这2个属为所研究的深海沉积物主要的龙须菜降解菌.对原始降解菌群和所分离的关键菌株进行了龙须菜酶解产糖能力的比较,结果发现菌群中的弧菌属菌株虽然自身没有酶解龙须菜的能力,但可能可以协助关键菌株,提高菌群对龙须菜的降解效率.因此本研究中所获得的菌群和菌株有望在琼胶寡糖的绿色生产中得到广泛应用.