3种鲍16S rRNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍 (H aliotisdiscusdiscus)、皱纹盘鲍 (H.discushannai)和大鲍 (H.gi-gantiea) 3个自然群体的线粒体 DNA 1 6S r RNA基因片段进行了扩增和测序 ,分析了 52 8bp的碱基序列 ,结果显示 :3种鲍的基因序列中 A+T含量为 56.74%～ 57.1 2 %。 3个自然群体间碱基片段序列差异不显著 ,盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有 1处核苷酸检测到变异 ,皆为碱基转换 ,同源性为99.81 % ;皱纹盘鲍与大鲍有 2处碱基转换 ,同源性为 99.61 %。 1 6Sr RNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

耳鲍(Haliotis asinina)核糖体小亚基(18S rRNA)编码基因的克隆与序列分析

采用分子生物学的方法,对南海不同海区的两个地理群体耳鲍(Haliotis asinina)18S rRNA基因全长进行了克隆和序列分析,并将耳鲍18S rRNA基因的序列与NCBI数据库中已收录鲍的18SrRNA基因进行了比较。结果发现,南海耳鲍核糖体18S rRNA基因与耳鲍H.asinina isolate H11核糖体18S rRNA基因序列的相同率高达98%;同一地理群体内耳鲍核糖体18S rRNA基因序列完全一致;不同地理群体间耳鲍核糖体18S rRNA基因在碱基组成上的相似率为99%,仅在某些位点处发生了碱基替换,即腺嘌呤(T)被鸟嘌呤(G)替换;同时,将这两个不同群体中耳鲍的18S rRNA基因与泰国耳鲍18S rRNA基因序列进行比较分析发现,它们之间也只是发生了碱基替换。     

6种鳗鲡(Anguilla)线粒体DNA COⅠ序列的比较研究

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅠ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅠ基因片段的长度都为652bp,4种碱基组成非常相似,并且A+T的含量都大于G+C的含量。6种鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列之间有105bp的差异,其中有18处发生碱基颠换,87处发生碱基转换。非洲鳗鲡和欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最大为54bp,同源性为91.72%,而美洲鳗鲡与欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最小为24bp,同源性为96.32%。     

γ-氨基丁酸、氯化钾和5-羟色胺对羊鲍(Haliotis ovina)幼虫存活、附着和变态的影响

使用γ-氨基丁酸(γ-aminobutyric acid, GABA)、氯化钾和5-羟色胺,进行羊鲍(Haliotis ovina)幼虫存活、附着和变态过程中的诱导实验。结果表明,γ-氨基丁酸对羊鲍幼虫存活、附着及变态都有促进作用。γ-氨基丁酸浓度为10–4mol/L时处理72h的附着率(26.27%)和变态率(22.26%)高于其他组别, 10–6mol/L处理72h存活率(30.84%)高于其他组别。氯化钾能在高浓度(10–2—10–3mol/L)下诱导附着,而对变态和存活没有影响。氯化钾浓度为10–3mol/L处理时间为24h和72h的附着率高于其他组别,分别为11.3%和16.4%。5-羟色胺可诱导附着和变态,对幼虫的存活无影响或有抑制作用。5-羟色胺浓度为10–5mol/L处理72h的附着率(20.73%)和变态率(20.18%)高于其他组别。因此,γ-氨基丁酸可作为羊鲍育种培育过程的有效诱导剂,可以应用推广于羊鲍幼虫的培育过程乃至大规模生产养殖中。     

黄鲷线粒体COⅠ基因部分序列遗传变异研究

对采自中国东海外海和日本海的黄鲷Taius tumifrons线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COⅠ）基因进行了研究。利用通用引物对该序列进行了PCR扩增,去掉两端引物及部分序列共得到590bp的碱基片断,其中A、T、G、C平均含量分别为30．4％、24．3％、25．0％和20．3％,A＋T（54．7％）高于G＋C（45．3％）含量。在获得的9个序列中共发现有156个碱基存在变异,其中包括42处简约信息位点,没有发现碱基的插入和缺失,序列中的转换大于颠换。实验结果显示,个体间的遗传距离在0-0．2236之间,c3和j3与其它个体相比遗传差异明显。2群体间平均遗传距离为0．0897,而东海和日本海群体内的平均遗传距离分别为0．0869和0．1133,说明黄鲷个体间遗传差异较大,但群体间的遗传差异不明显。     

我国海域耳鲍(Haliotis asinisne)精子发生的超微结构研究

应用透射电子显微镜技术研究了我国海域耳鲍精子发生的全过程。结果表明,耳鲍精原细胞呈近椭圆形,染色质分布较均匀,线粒体较少;初级精母细胞较大,染色质凝聚成小块状,线粒体增多;次级精母细胞较初级精母细胞小,线粒体较多,部分线粒体发生融合,呈扁囊状。分化早期精细胞染色质凝聚成团块状,多数贴附于核膜内面,胞质中出现前顶体颗粒。分化中期精细胞染色质继续凝聚成较大的团块,线粒体在核的一端融合,形成数量少、体积大的线粒体,前顶体颗粒形成圆形外膜明显的前顶体。分化后期精核由近圆形变成长桶状,核内染色质凝聚并均质化,前顶体泡化发育成顶体,鞭毛形成,精细胞分化成精子。成熟精子为鞭毛型精子,由头部、中段和尾部(鞭毛)3部分组成。     

基于皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)EST数据库的串联重复序列特征分析

皱纹盘鲍大规模EST的分析研究较少,为了研究其基因组转录本的基本特征并为皱纹盘鲍中开发EST-SSR功能性标记奠定基础,我们利用生物信息学手段对NCBI公共数据库中的5784条皱纹盘鲍EST序列进行EST-SSR特征分析。分析结果表明:(1)皱纹盘鲍EST中串联重复序列类型丰富;(2)皱纹盘鲍EST Gene Ontology注释序列SSR类型单一;(3)皱纹盘鲍EST-SSR分布广泛富,是EST-SSR标记开发的优良资源。     

杂色鲍(Haliotis diversicolor)硒结合蛋白1基因的克隆及其应激表达

硒结合蛋白1(selenium-binding protein 1,SBP1)是一种高度保守的蛋白,广泛参与了机体的多个理化过程。本研究首次获得了杂色鲍(Haliotis diversicolor)SBP1基因的全长c DNA序列2269 bp,并命名为Hd SBP1,ORF为1494 bp,共编码497个氨基酸。荧光定量PCR结果显示,Hd SBP1基因在杂色鲍各组织中均有表达,其中在鳃和肾中的表达量相对较高。缺氧处理后,Hd SBP1在鳃组织和血细胞中的表达量分别在处理24 h和192 h后显著升高(P0.05);高温应激之后,在鳃组织中,Hd SBP1的表达量在第1时相与第3时相显著升高(P0.05),而在血细胞中只有在第3时相表现出显著性差异;缺氧和高温联合应激之后,鳃组织中Hd SBP1的表达量在192 h显著上调(P0.05),在血细胞中Hd SBP1的表达量在0 h、4 h和24 h时均显著升高(P0.05);副溶血弧菌注射感染之后,在鳃组织中Hd SBP1的表达量在6 h和24 h时显著性上调(P0.05),而血细胞中Hd SBP1基因的表达量在每个时相的实验组都显著高于对照组(P0.05)。以上不同的应激条件均会导致Hd SBP1在不同组织中的表达量的显著变化,说明Hd SBP1在杂色鲍的免疫反应中可能扮演着重要的角色。     

三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究

本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)CO Ⅱ和D-loop基因克隆及系统发育分析

采用扩增COⅡ、D-loop序列、进行序列比对和系统树分析并结合形态特征观察的方法,研究了浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)的系统分类和种类鉴定。形态特征结果表明,新昌光唇鱼具有光唇鱼属鱼类的基本特征;扩增得到COⅡ序列全长691bp,D-loop序列全长931—944bp,A+T含量两基因序列都高于G+C(A+T的含量分别为57.30%—57.80%和65.30%—65.90%),G的含量在四种碱基中最低;COⅡ序列有6个碱基位点存在转换,而D-loop则存在多个碱基的转换、颠换、缺失或插入位点。浙江新昌光唇鱼群体内COⅡ、D-loop基因的平均遗传距离分别为0.003、0.005;基于COⅡ和D-loop序列构建的NJ法系统树均显示新昌光唇鱼与温州光唇鱼(A.wenchowensis)形成一个紧密的簇,序列相似性分别为99.94%和99.36%,遗传距离分别为0.000、0.011,未达到种间分化水平(遗传距离大于0.05),表明新昌光唇鱼与温州光唇鱼为同一种,且根据形态特征可以断定为二个不同的地理群体,而D-loop序列因进化速度较快更适于光唇鱼属种内及近缘物种的种间亲缘关系的研究。研究结果既有助于新昌光唇鱼资源的开发利用,又可为研究光唇鱼类的分类提供参考资料。     

3种不同来源的鲑鱼降钙素基因的克隆及其序列比较

以 3种不同来源的鲑鱼基因组 DNA为模板 ,采用 PCR方法获得完整的 s CT基因。与Genbank中 Pink Salmon(Oncorhynchus gorbuscha)的降钙素基因序列进行比较 ,结果显示 :实验组的 Pink Salmon(O.gorbuscha)降钙素基因有 2个碱基差异 (第 39位 C→ A;第 5 1位 T→ C) ,氨基酸没有变化 ;Chum Salmon(O.keta)有 1个碱基的差异 (第 86位 G→ A) ,且引起 1个氨基酸的变化(第 2 9位 S→ N) ;而中国黑龙江产的鲑鱼 (Oncorhynchus sp.)降钙素基因序列与 Genbank中 PinkSalmon(O.gorbuscha)的降钙素序列完全相同 ,没有碱基差别。     

三种鳜鱼(Siniperca)生长激素基因的克隆及序列比较

采用长片段PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆翘嘴鳜、大眼鳜和斑鳜含完整阅读框的生长激素（Growth Hormone,GH）基因DNA全序列,翘嘴鳜序列全长5548bp,大眼鳜序列全长5483bp,斑鳜序列全长5789bp,提交GenBank数据库后获得注册号分别为EF205280、EF205281、EF441623。三种鳜鱼GH基因均由六个外显子、五个内含子组成;均在第二内含子中相同位置发现“AG”微卫星重复序列;均在第三内含子末端发现一处剪接位点序列的相邻重复。三种GH基因在第一、二、三内含子处存在碱基长度差异。序列间差异主要表现为邻近序列的重复、DNA片段的缺失或插入及单核苷酸多态性（SNP）。翘嘴鳜与大眼鳜GH基因编码氨基酸序列完全相同,两者与斑鳜序列在第150位有一个氨基酸残基差异。采用MEGA软件对三种鳜鱼GH基因DNA序列及编码氨基酸序列分别构建UPGMA系统发育树,结果表明,在系统发育中,斑鳜可能最先从共有祖先物种中分化出来。     

皱纹盘鲍肝、肾表达序列标签及神经肽Y(NPY)受体基因的克隆与分析

通过构建皱纹盘鲍(Haliotis discus Hannai)cDNA文库并进行大规模测序,获得了1282条高质量的ESTs序列,对这些序列进行拼接,获得了包括650条序列在内的244组片段重叠群(Contigs)和632个单一序列(Singletons).使用BlastX软件对876个Unigenes(Uniger...     

节织纹螺(Nassarius hepaticus)贝壳差异的COⅠ基因分析

选择在厦门港市场购买的节织纹螺(Nassarius hepaticus),挑选五种典型贝壳形态,每种形态各5个个体,研究其COⅠ基因序列及其分子系统发育。结果表明,节织纹螺五种贝壳类型的齿舌形态基本一致,但个体间齿列数和中央齿上缘小齿数有差异;COⅠ基因序列存在较大的变异,678—679bp的片段上有31个变异位点,其中20个为密码子第三位碱基,6个为密码子第二位碱基,5个为密码子第一位碱基;贝壳、齿舌变异与DNA变异不存在关系,同类型和不同类型的个体在DNA序列上差异较小,根据Kimura 2-parameter法计算25个个体的遗传距离在0.001—0.010之间,平均值为0.007。以COⅠ基因序列计算的遗传距离和构建的系统发育树证实五种贝壳形态的25个个体同属于节织纹螺。     

仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析

采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。     

三疣梭子蟹4个野生群体线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段.2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似.通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型.另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系.用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致.     

氯化钾和γ-氨基丁酸诱导皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)幼虫附着变态的研究

以不同浓度的氯化钾(KCl)和γ-氨基丁酸(GABA)处理皱纹盘鲍后期面盘幼虫,处理不同时间后,观察并分析KCl和GABA对皱纹盘鲍幼虫附着变态的诱导作用。结果表明,低浓度组,KCl(10mmol/L、12h)和GABA(10-6 mmol/L、6和12h)均可显著提高其附着和变态率,GABA组诱导效果优于KCl组,GABA(10^-6 mmol/L、6h)处理组优于12h处理组。高浓度组,KCl(100、200和300mmol/L)和GABA(10^-4、10^-3和10^-2 mmol/L)随着浓度的提升和诱导时间的延长,幼虫附着变态率降低,死亡率升高。综合考虑附着率、变态率、死亡率及实验成本等因素,低浓度的KCl(10 mmol/L、12h)和GABA(10^-6 mmol/L、6h)都可以广泛应用于生产中,来提高幼虫的附着变态率,增加发育的同步性,降低死亡率。     

鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段序列的比较研究

对鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定,分析比较了两种间的序列差异。斑鰶(Konosirus punctatus)16S rRNA基因片段长度为572bp,在3个个体中检测到2个单倍型,花鰶(Clupanodon thrissa)序列长度为575bp,两种间存在30个核苷酸位点(5.2%)的变异。基于木村双参数进化模型得到两种间的遗传距离为0.043。以太平洋鲱和寿南小沙丁为外群构建的NJ树表明,斑鰶和花鰶的亲缘关系较近,而与美洲真鰶(Dorosoma cepedianum)的亲缘关系较远。     

基于COⅠ基因片段的中国南部沿海近亲拟相手蟹的群体遗传多样性研究

为了研究我国南部沿海近亲拟相手蟹(Parasesarma affine)的群体遗传结构,本研究对12个地理群体共222个个体的线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ)基因片段进行了分析。结果表明,612 bp的COⅠ基因片段检测到34个变异位点,共定义了40个单倍型,其中Hap2为12个群体的共享单倍型,占个体总数的69.81%。总群体的单倍型多样性水平H_d为0.508 9,核苷酸多样性水平P_i为0.001 126,表现出中等水平的H_d和低水平的P_i。单倍型邻接发育树和单倍型中介网络图没有形成明显的地理系谱结构。近亲拟相手蟹群体内的遗传距离为0.000 36～0.001 73,群体间的遗传距离为0.000 48～0.001 72。群体间的遗传分化系数(F_st)和分子方差分析(AMOVA)结果表明,近亲拟相手蟹群体遗传分化水平低,其变异主要来自群体内。中性检验和核苷酸不配对分布结果提示,近亲拟相手蟹近期经历了群体扩张事件,扩张时间大约发生于5.1万年前的更新世晚期。研究表明,较长的幼虫浮游期以及海洋环境中缺少影响群体扩散的屏障可能是近亲拟相手蟹各地理群体间能进行广泛的基因交流,从而表现出较低的遗传分化水平的重要原因,更新世的剧烈气候变迁亦可能对其群体的遗传结构和分布格局产生影响。研究结果为近亲拟相手蟹自然资源的保护及合理开发利用提供了一定理论依据。