冲绳日本绒螯蟹线粒体DNA125rRNA序列的研究

采集日本冲绳源河川和边野古川的日本绒螯蟹样品参考果蝇与蚤状线粒体ＤＮＡ１２ｒＲＮＡ基因片段序列进行了其相同片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定。结果表明冲绳两河川４只日本绒螯蟹的碱基序列完全相同,为４５８ｂｐ,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１６０ｂｐ（３４．９４％）、１７９ｂｐ（３９．０８％）、４９ｂｐ（１０．７０％）、７０ｂｐ（１５．２８％）同果与蚤状蚤相同基因片段的序列含量相似。     

合浦绒螯蟹的繁殖生物学

为保护和开发合浦绒螯蟹资源 ,通过生态调查和实验 ,研究了该蟹的繁殖生物学 ,结果表明 :1、该蟹在淡水中生长 ,在盐度为 8～ 2 5的海水中繁殖 ;2、其生活史包括卵、氵蚤状幼体、大眼幼体、幼蟹、成蟹几个阶段 ;3、繁殖季节为 10月到翌年 3月 ,卵和幼体生长发育的适宜水温为 15～ 2 5℃。     

合浦绒螯蟹生长和生态特性

为保护和开发合浦绒螯蟹资源,通过生态调查和养殖试验,研究了该蟹的生长和生态特征,结果表明该蟹在淡水中生长,在盐度8～25的海水中繁殖;其生活史包括卵、蚤状幼体、大眼幼体、幼蟹和成蟹5个阶段.各阶段的生长和生态特征各不相同.规格较大的蟹其绝对生长值也大,但相对生长率则较小;相反,规格较小的蟹其绝对生长值较小,但相对生长率则较大.合浦绒螯蟹交配的适宜水温是1 5～20℃,盐度8～25;蚤状幼体生长的适宜水温为20～25℃,盐度8～25;大眼幼体已趋于淡水生活,其生长适温18～28℃;幼蟹和成蟹在淡水中生活,适温是20～30℃.资源调查和养殖试验结果表明合浦绒螯蟹的生长速度较快,一年内可长成,开展人工养殖是可行的.     

合浦绒螯蟹生长和生态特性

为保护和开发合浦绒螯蟹资源，通过生态调查和养殖试验，研究了该蟹的生长和生态特征，结果表明：该蟹在淡水中生长，在盐度8－25的海水中繁殖；其生活史包括卵、蚤状幼体、大眼幼体、幼蟹和成蟹5个阶段。各阶段的生长和生态特征各不相同。规格较大的蟹其绝对生长值也大，但相对生长率则较小；相反，规格较小的蟹其绝对生长值较小，但 相对生长率则较大。合浦绒螯蟹交配的适宜水温是15－20℃，盐度8－25；蚤状幼体生长的适宜水温为20－25℃，盐度8－25；大眼幼体已趋于淡水生活，其生长的生长速度较快，一年内可长成，开展人工养殖是可行的。     

远海梭子蟹幼体饵料初步研究

分别选用轮虫、轮虫 卤虫、轮虫 卤虫 扁藻、卤虫、扁藻为饵料 ,将刚孵化的远海梭子蟹氵蚤状幼体培育至幼蟹第二期。结果发现 :轮虫 卤虫 扁藻的效果最好 ,幼蟹第二期的成活率为 15% ,轮虫 卤虫的成活率为 11% ,卤虫的成活率为 10 %。而轮虫组仅能培育至 氵蚤状幼体第三期 ,没有氵蚤状幼体第四期幼体出现 ;扁藻最差 ,仅能培育至氵蚤状幼体第一期 ,没有氵蚤状幼体第二期个体出现。同时发现 ,轮虫 卤虫组与卤虫组培育时间均比轮虫卤虫 扁藻组长 ;各期幼体的阶段成活率比较而言 ,氵蚤状幼体第一期最高 ,而氵蚤状幼体幼体第五期最低     

合浦绒螯蟹的繁殖生物学

为保护和开发合浦绒螯蟹资源,通过生态调查和实验,研究了该蟹的繁殖生物学,结果表明：１、该蟹在浅水中生长,在盐度为８－２５的海水中繁殖;２其生活史包括卵,蚤状幼体,大眼幼体、幼蟹、成蟹几个阶段;３、繁殖季节为１０月到翌年３月,卵和幼体生长发育的适宜水温为１５－２５℃。     

南流江中上游毛蟹调查初报

对北部湾南流江水系的日本绒螯蟹合浦亚种(Eriocheir japonicus hepu ensis Dai 1900)的形态特征、生态习性、分布状况、捕捞运输、经济价值、资源利用作了阐述,并对如何加强资源保护提出4点建议。     

配饵中不同大豆浓缩蛋白含量对中华绒螯蟹消化酶活力的影响(英文)

研究了大豆浓缩蛋白作为饵料蛋白源对中华绒螯蟹幼蟹消化酶活力的影响,初步探讨了中华绒螯蟹对饵料蛋白源的内在适应机理。根据中华绒螯蟹的营养需求,用大豆浓缩蛋白替代鱼粉作为蛋白源配制成6种近似等蛋白等能的饵料,其中大豆浓缩蛋白在饵料中的含量分别为0、11%、22%、33%、44%和56%(分别替代鱼蛋白质量的0、18.64%、37.93%、56.90%、77.19%和100%),对照饵料全部以鱼粉作为蛋白源。用上述6种饵料喂养中华绒螯蟹50 d后,测定蟹肝胰腺各种消化酶活力。结果表明:随着饵料中大豆浓缩蛋白含量的升高,胃蛋白酶和胰蛋白酶活力均呈降低之势。当大豆浓缩蛋白含量达到44%时,与全鱼粉对照组相比,胃蛋白酶和胰蛋白酶活力显著性降低(P<0.05);同时,淀粉酶稍呈升高之势,而纤维素酶则稍呈降低的趋势;A/T比例呈显著上升的趋势,当大豆浓缩蛋白含量达44%时,与对照组有显著性差异,说明河蟹对植物蛋白有很强的适应性。     

蛤蜊科3种贝类16S rRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactrachinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16S rRNA基因片段和ITS2核苷酸序列,测序后用DNA star软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16S rRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物),核苷酸存在多态性,共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异,全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%,与四角蛤蜊的同源性为88.6%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390 bp(西施舌)4、41 bp(四角蛤蜊)和466 bp(中国蛤蜊),存在长度多态性,ITS2核苷酸差异分析结果显示,西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16S rRNA基因片段分析结果一致,2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。     

一株海水氨氧化细菌的系统发育分析

应用PCR技术扩增16S rRNA基因和amoA(ammonia monooxygenase subunit A)的基因片段,并测定其序列,对一株源于海水养殖水体的高效氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)进行了系统发育分析。结果表明,经PCR扩增得到了1 098 bp的16S rRNA基因片段和491 bp的amoA基因片段,将其序列用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中进行同源性检索后发现,该菌株的16S rRNA基因序列和amoA基因序列分别与亚硝化单胞菌Nitrosomonas sp.NS20的相对应基因片段相似性分别为98.4%和96.7%。在此基础上构建了系统发育树,表明用该菌株的16S rRNA基因片段和amoA基因片段构建的系统发育树均与亚硝化单胞菌属类聚在一起,结合该菌株形态和生理生化特性,鉴定该株氨氧化细菌属亚硝化单胞菌。     

Sequence and phylogenetic analyses of the chloroplast 16S rRNA, tufA, and rbcL genes from Bryopsis hypnoides

Using shotgun sequencing data, the complete sequences of chloroplast 16S rRNA and tufA genes were acquired from native specimens of Bryopsis hypnoides (Qingdao, China). There are two group I introns in the 16S rRNA gene, which is structurally similar to that of Caulerpa sertularioides (Bryopsidales, Chlorophyta). The chloroplast-encoded tufA gene sequence is 1 230 bp long, very AT-rich (61.5%), and is similar to previously published 16S rRNA sequences of bryopsidinean algae. Phylogenetic analyses based on chloroplast 16S rRNA and tufA gene sequence data support previous hypotheses that the Bryopsidineae, Halimedineae, and Ostreobidineae are three distinct lineages. These results also confirmed the exclusion of Avrainvillea from the family Udoteaceae. Phylogenetic analyses inferred that the genus Bryopsis as sister to Derbesia; however, this clade lacked robust nodal support. Moreover, the phylogenetic tree inferred from rbcL GenBank sequences, combined with the geographical distributions of Bryopsis species, identified a strongly supportive clade for three differently distributed Asian Bryopsis species. The preliminary results suggesting that these organisms are of distinct regional endemism.     

3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析

为准确检测柔鱼（Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼（ Dosidicus gigas）与阿根廷滑柔鱼（ IIIex argentinus ） 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b（Cytb）与编码核糖体大亚基的基因（28SrDNA）片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A＋T含量（16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ） 均明显高于C＋C含量（16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ）,而在28SrDNA 基因片段上的A＋T含量（37.16%、36.74%、38.29% ）明显低于C＋C含量（62.84%、63.26%、61.71 %）0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。     

钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析

利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。     

Characterization of the Complete Mitochondrial Genome of Arius dispar(Siluriformes: Ariidae) and Phylogenetic Analysis Among Sea Catfishes

The mitochondrial genome(mitogenome) was 16792 bp in length, containing 13 protein coding genes(PCGs), two rRNA genes(12 S rRNA and 16 S rRNA), 22 tRNA genes, and two main non-coding regions. Among these 37 genes, 28 genes were encoded on the heavy strand, while 9 genes were transcribed on the light strand. The non-coding regions of A. dispar included a control region, a light strand replication and another 11 intergenic spacers. The CR of A. dispar contained 8 conserved sequence blocks(CSBs), a termination-associated sequence(TAS) and a pyrimidine tract. Phylogenetic analysis based on 12 PCGs revealed that A. dispar was genetically closest to Arius arius. The families Schilbeidae, Claroteidae, Mochokidae, and Ariidae formed a closely evolved clade. Molecular information from this research introduces mitogenomice data of A. dispar and suggests the phylogenetic relationships among Siluriformes.     

钦州湾牡蛎线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列变异分析

利用线粒体16SrRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cvtocllrome oxidase Ⅰ,COI）基因片段初步研究钦州湾牡蛎（Ostxea）的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16SrRNA基因部分长度为413bp,COI基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例：16SrRNA基因598％;COI基因605％。对位排序比较表明,16SrRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COI片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）16SrRNA和COI序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0000,有明巨牡蛎（Crassostrea ariakensis）16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎（redmeatostxea）的遗传距离分别为0000和0011,白肉牡蛎16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0035和0146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16SrRNA和COI基因在种间存在明显的多态性,证实了16SrRNA和COI基因序列适用于牡蛎的系统学分析。     

粤西镇海湾近江牡蛎线粒体16S rRNA基因序列变异分析

采用聚合酶链式反应 (PCR)技术对粤西镇海湾水域的近江牡蛎Crassostrearivularis(Gould)群体 2 7个个体的线粒体DNA16SrRNA基因序列片段进行扩增 ,获得大约 5 0 0bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定 ,经ClustalX同源排序 ,除去引物及部分端部序列 ,得到4 14bp的核苷酸片段。 2 7个个体共检测到 2个变异位点 ,均为颠换位点 ,没发现碱基位点插入、缺失及转换位点 ,共 3种单倍型 ,每个单倍型只有一个碱基的差异。运用DNASP软件计算得该群体的核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为 0 .0 0 0 36和 0 .14 815。此结果提示镇海湾近江牡蛎群体遗传多样性已很低 ,很有必要从其他分布区引进近江牡蛎亲贝来扩大该种群的遗传多样性     

Comparative analysis of mitochondrial genome of a deepsea crab Chaceon granulates reveals positive selection and novel genetic features

Deep-sea organisms survive in an extremely harsh environment.There must be some genetic adaptation mechanisms for them.We systematically characterized and compared the complete mitochondrial genome(mitogenome) of a deep-sea crab(Chaceon granulates) with those of shallow crabs.The mitogenome of the crab was 16 126 bp in length,and encoded 37 genes as most of a metazoan mitogenome,including 13 protein-coding genes(PCGs),22 transfer RNA(tRNA) genes,and 2 ribosomal RNA(rRNA) genes.The gene arrangement and orientation was conserved in the crabs.However,a unique mitogenome element regulator,the origin of light-strand replication(O L),was firstly predicted in the present crab mitogenome.In addition,further positive selection analysis showed that two residues(33 S in ND3 and 502 I in ND5) in C.granulates mitogenome were positively selected,indicated the selective evolution of the deep-sea crab.Therefore,the mitogenome of deep-sea C.granulates showed a unique O_L element and positive selection.These special features would influence the mitochondrial energy metabolism,and be involved in the adaptation of deepsea environment,such as oxygen deficits and low temperatures.     

3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段的序列比较

对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度分别为531～544bp(16S)、652～675bp(COI)和406～453bp(Cytb)的线粒体片段。片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COI基因56.9%,Cytb基因59.5%)。16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COI片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cytb片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失。数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点。此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、0.3156、0.2361)。认为3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cytb基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析。