大型海洋绿藻5.8S rRNA基因序列及系统发育分析

采用PCR方法,将扩增的产物直接测序,测定了孔石莼Ulva pertusa和浒苔Enteromorpha prolifeFa的5．8S rRNA基因序列,与肠浒苔、扁浒苔、缘管浒苔、礁膜、北极礁膜、袋礁膜和格氏礁膜等7种已知的大型海洋绿藻的同一基因序列合并进行比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并构建系统发生树。结果表明,浒苔和孔石莼的颠换率为0．690％,小于浒苔与肠浒苔、扁浒苔、缘管浒苔的颠换率;且浒苔与孔石莼之间的Kimura双参数距离也小于浒苔与肠浒苔、扁浒苔以及缘管浒苔之间的平均Kimura双参数距离。相对于浒苔属的其他物种,浒苔与孔石莼的亲缘关系更近。在构建的系统发生树中,缘管浒苔与孔石莼聚为一类,表现出与石莼属物种更近的亲缘关系。     

一种基于16S rRNA基因检测海洋浮游细菌群落的微阵列基因芯片

A better understanding of bacterioplankton community shifts following change in marine environments is critical to predict the marine ecosystem function. In order to get a snapshot of the microbial taxonomy profiling of a wide range marine area, a quick, convenient and low cost method would be favorable. In this study, we developed a 16S rRNA gene-based microarray using ARB software, which contained 447 probes targeting 160 families of marine bacteria. The specificity, sensitivity and quantitative capability of this microarray were assessed by single cloned16S rRNA genes. The reliability of this microarray was tested by eight environmental samples. The results showed that the microarray was specific, only 1.16% false results were detected in five single-clone hybridization tests. The microarray could detect DNA samples as few as 1 ng/μL and the signal intensity could reflect the relative abundance of the bacteria in the range of 1 ng/μL to 100 ng/μL of DNA concentration. Hybridization with environmental samples showed that it can discriminate bacterioplankton communities by sites and time. High throughput sequencing results from the eight samples confirmed the hybridization results. It indicated that this developed microarray could be used as a convenient tool to monitor the bacterioplankton community in marine environment.     

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...     

12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析

分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。     

3种鲍16S rRNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍 (H aliotisdiscusdiscus)、皱纹盘鲍 (H.discushannai)和大鲍 (H.gi-gantiea) 3个自然群体的线粒体 DNA 1 6S r RNA基因片段进行了扩增和测序 ,分析了 52 8bp的碱基序列 ,结果显示 :3种鲍的基因序列中 A+T含量为 56.74%～ 57.1 2 %。 3个自然群体间碱基片段序列差异不显著 ,盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有 1处核苷酸检测到变异 ,皆为碱基转换 ,同源性为99.81 % ;皱纹盘鲍与大鲍有 2处碱基转换 ,同源性为 99.61 %。 1 6Sr RNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

一株海洋金藻的18S rRNA 基因序列分析及分类

Isochrysis sp.strain HG是一株分离自福建长乐自然海区的金藻,是一种良好的西施舌育苗饵料藻。显微形态观察表明,Isochrysis sp.strain HG的形态特性与等鞭金藻属的球等鞭金藻(I.galbana)和湛江等鞭金藻(I.zhanjiangensis)比较接近。进一步克隆Isochrysis sp.strain HG的核糖体小亚基(small subunit,SSU)18S rRNA基因,获得了长度为1780bp的基因序列。同源性分析表明,该序列与在NCBI数据库中登录的等鞭金藻属的18S rRNA基因序列同源性最高,说明结果与形态鉴定的结果相一致。基于18S rRNA基因序列的系统发育分析表明,Isochrysis sp.strain HG与等鞭金藻属的I.zhangjiangensis、Isochrysis sp.strain CCAP927/14、I.galbana和Isochrysis sp.strain Santou聚在一个分支类群上,其中I.zhangjiangensis与Isochrysis sp.strain CCAP927/14聚为一个独立的子类群,和I.galbana、Isochrysis sp.strain Santou以及目标菌株Isochrysis sp.strain HG形成4个并列独立的分支。根据形态及分子系统分析结果,Isochrysis sp.strain HG可能是不同于I.zhangjiangensis、I.galbana的等鞭金藻种类。     

栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究

采用PCR技术扩增了栉孔扇贝（Chlamys farreri)线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经T载体连接之后进行了克隆，测序，得到634bp的核苷酸序列；分析了该片段的大连，烟台，青岛，朝鲜4个自然群体31个个体的核苷酸序列多态性，共检测到26个多态性核苷酸位点，18种单倍型，结果表明，4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高，其次为烟台，青岛群体，大连群体最低；不同自然分布区的栉孔扇贝未出现明显的遗传分化。     

中国和越南青蟹线粒体16S rRNA基因序列分析

为确定我国青蟹的分类地位及其资源的合理利用与保护提供理论依据，对中国和越南青蟹的线粒体16S rRNA基因片段序列进行了测定，并同Genbank中其他青蟹的序列进行了比较，分析研究了青蟹种内和种间的遗传差异及其分类地位。结果显示：中、越青蟹个体间序列差异极小，与Genbank中Scylla paramamosain同源片段序列的相似性达到99％以上．而与其他3种青蟹的差异达3．91％～8．41％。所得序列与S．paramamosain，S．serrata，S．olivacea及s．tranquebarica的遗传距离分别为0．002，0．075，0．087，0．042，种间遗传距离远大于种内距离。序列特征、遗传距离和系统进化分析结果都表明本文研究的中国和越南青蟹均为S．paramamosain。     

基于16S rRNA基因的三种枝吻纽虫系统发育关系分析

测定了湛江枝吻纽虫（Dendrorhynchus zhanjiangensis）、中华枝吻纽虫（Dendrorhynchus sinensis）及疣多枝吻纽虫（Polydendrorhynchus papillaris）线粒体16S rRNA基因部分片段序列,结合从GenBank下载的其他纽虫序列,对它们之间的系统发育关系进行了分析.26个中华枝吻纽虫个体共检测到长度为467-468 bp的9个单倍型,5个湛江枝吻纽虫个体的长度均为469 bp,共检测到3个单倍型,2个疣多枝吻纽虫个体的长度均为474 bp,共享1个单倍型;核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,碱基组成均表现出AT含量偏倚,即AT含量明显高于GC含量.中华枝吻纽虫9个单倍型之间的遗传距离和湛江枝吻纽虫3个单倍型之间的遗传距离均为0.002 1-0.004 3;而3种枝吻纽虫16S rRNA基因序列彼此之间的遗传距离却均超过0.24,显示它们之间的遗传差异特别大,分子系统树（NJ）的拓扑结构也显示,3种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,结果支持3种枝吻纽虫分别为独立有效物种.中华枝吻纽虫与2种脑纹纽虫（Cerebratulus lacteus、C.marginatus）的遗传距离分别为0.154、0.169,明显低于与其同属的湛江枝吻纽虫的遗传距离（0.242）,表明中华枝吻纽虫与前两者的亲缘关系相对较近,而与后者的亲缘关系相对较远;在NJ树上,中华枝吻纽虫没有与湛江中华枝吻纽虫聚为1支,而是其9个单倍型聚为1支后,与2种脑纹纽虫（C.lacteus、C.marginatus）聚为1支,且有高达94%的支持率,这表明枝吻纽虫属（Dendrorhynchus）并非单系,也提示将中华枝吻纽虫划入脑纹纽虫属（Cerebratulus）会更合适.     

文蛤属(Meretrix)16S rRNA基因及ITS1序列的系统学分析

利用线粒体16SrRNA基因片段及核糖体DNA转录间隔区ITS1序列分析的方法,以近缘属的青蛤(Cyclinasinensis)为外群,对文蛤属的文蛤(M.meretrix)、丽文蛤(M.lusoria)、帘文蛤(M.lyrata)和斧文蛤(M.lamarckii)4种贝类进行了系统学研究。经ClustalX多重比对及DNAsp软件分析后,用PAUP4.0分析软件,计算出种间序列的碱基转换/颠换频率,利用邻接法NJ构建系统发育树。结果表明,帘文蛤与该属其他三种的分歧时间较早,两类序列与其他种类间的相对遗传距离分别在0.25866—0.28218和0.15644—0.20104之间。文蛤与丽文蛤间的16SrDNA及ITS1序列间的遗传距离仅为0.04805和0.04201,拓扑结构图显示关系很近,并且二者的分布区大面积重叠,其序列间的转换/颠换频率接近种内单元型(haplotype)间的序列变化,鉴于它们的贝壳形态有一定差别,应归为同一个种内的不同地理亚种比较恰当。     

两种大眼蟹线粒体16S rRNA基因序列分析

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体16SrRNA基因部分片段的序列,其长度均为517bp。二者的核苷酸序列A,T,G,C的含量相似:宽身大眼蟹分别为33.3%,35.6%,19.9%,11.2%;日本大眼蟹分别为35.2%,35.4%,18.4%,11.0%。不包括6处插入/缺失位点,两序列间有63个变异位点,核苷酸差异率为12.26%,其中转换32个、颠换31个,转换与颠换比约为1.0。对国内外大眼蟹的24条长度为415bp的16SrRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为71.7%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点171个,简约信息位点137个。中国和日本的日本大眼蟹之间的核苷酸差异率为4.42%,表明二者已有明显的遗传分化;中国的日本大眼蟹与日本的万岁大眼蟹之间的核苷酸差异率仅为0.21%,表明二者有可能为同一物种。上述结果得到了系统发生树拓扑结构的支持。     

两种近方蟹线粒体16S rRNA基因序列分析

测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹线粒体16S rRNA基因部分片段的序列,其长度分别为529bp和525bp。二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为36.3%、37.2%、15.9%、10.6%,35.2%、37.5%、17.1%、10.2%;不包括4处插入/缺失位点,两序列间有31个变异位点,核苷酸差异率为5.91%,其中转换18个、颠换13个,转换与颠换比约为1.4。对国外3种近方蟹的16S rRNA基因序列与本文的2种近方蟹序列一起比对获得512bp的同源序列(含插入/缺失位点)进行分析,A+T的平均含量为73.5%,明显高于G+C的平均含量,共检测到变异位点67个,简约信息位点19个。基于已知的弓蟹科43种蟹类的16S rRNA基因502bp同源序列获得的系统发生树的拓扑结构表明,Helicana、Eriocheir、Helice、Cyrtograpsus、Metaplax、Brachynotus属的蟹类各自聚为一支,且与形态学分类结果一致,表明其分别为一单系;但Hemigrapsus、Gaetice、Cyclograpsus属的蟹类却没有各自聚为一支,分子数据不支持它们分别为一单系。     

基于形态和16S rRNA基因的拟相手蟹分类研究

拟相手蟹属因其形态极其相似成为相手蟹科分类中最有疑问的一个属。通过对中国沿海近亲拟相手蟹Parasesarma affine、斑点拟相手蟹P. pictum、三栉拟相手蟹P. tripectinis、P. ungulatum及褶痕拟相手蟹P. plicatum 5种拟相手蟹的形态对比发现,可从它们的螯足形状(包括螯足掌节背面的梳状栉,可动指背面突起数目)及雄性第一腹肢形状对其进行区分。对其线粒体16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明5种拟相手蟹之间的遗传距离为1.9%～9.3%,达到了种间差异水平;构建的系统发育树显示近亲拟相手蟹与褶痕拟相手蟹汇聚成一支,随后与P. ungulatum聚在一起,斑点拟相手蟹与三栉拟相手蟹汇聚成独立支系。形态和分子证据均支持5种拟相手蟹分别为独立有效物种。     

中国沿海10种方蟹16S rRNA基因序列分析及系统发育研究

中国沿海10种方蟹线粒体16S rRNA基因部分片段的序列长度为517 bp～533 bp。它们的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,A+T的含量(69.8%～76.0%)明显高于G+C的含量;10种方蟹的16S rRNA基因序列比对获得541 bp的同源序列(含插入/缺失位点),除插入/缺失位点外共检测到146个变异位点,其中81个为简约信息位点。4种厚蟹与2种近方蟹的遗传距离(0.054～0.085)都显著小于与其他方蟹之间的遗传距离,甚至明显小于与4种厚蟹原本属于同一相手蟹科的2种相手蟹之间的遗传距离(0.105～0.155);而基于16S rRNA基因片段序列采用NJ法构建的系统进化树的拓扑结构也显示,原本属于相手蟹科的侧足厚蟹、天津厚蟹、日本仿厚蟹和伍氏仿厚蟹没有与2种相手蟹聚为一支,而是最终与属于弓蟹科的2种近方蟹聚为一大支,且有高达99%的支持率。结果表明,4种厚蟹与2种近方蟹的亲缘关系相对较近,而与2种相手蟹等其他方蟹的亲缘关系则相对较远。因此,研究结果支持将4种厚蟹从相手蟹科移到弓蟹科。此外,属于相手蟹科的2种相手蟹聚为一支,属于方蟹科的白纹方蟹和属于斜纹蟹科的瘤突斜纹蟹又各自成为一支;表明16S rRNA基因的分子数据支持其形态学分类结果的正确性,提示上述4科蟹类可能分别为单系。     

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和…     

六个青蟹群体的线粒体16S rRNA和COI基因部分序列差异

对从广东阳江,广东吴川,广东珠海,福建东山,海南海口,海南三亚等六地区采集的六个青蟹群体进行分子遗传差异的研究。针对16S rRNA和COI序列进行群体间比对,聚类分析以及单倍型研究,其中各群体16S rRNA和COI序列相似度分别为99.69%,98.99%,平均遗传距离为0.033和0.018。聚类分析将全部个体的16S rRNA与Scylla paramamosain归为一类,将COI序列全部混杂,无按地理位置聚类现象。单倍型研究共发现33种单倍型,其中三亚群体单倍型分布最散,且在最为集中的A型中无三亚样本。研究结果表明东山等六地青蟹群体分子遗传背景基本相似。     

大银鱼和小齿日本银鱼线粒体细胞色素b和16S rRNA基因部分序列分析

对大银鱼和小齿日本银鱼的线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定，分析比较了2种间的序列差异。大银鱼2个个体间细胞色素b基因序列无差异，小齿日本银鱼3个个体的序列出现了2种单倍型；大银鱼同小齿日本银鱼细胞色素b序列(单倍型SB-1)之间存在86个碱基差异(差异率21％)，变异较大。大银鱼、小齿日本银鱼的16S rRNA基因片段种内个体间无序列差异，两种间存在21个碱基的差异(差异率5％)，有1个碱基的插入／缺失。由此可见，2种银鱼间线粒体细胞色素b基因的进化速率较快，约为16S rRNA基因片段的4倍。根据细胞色素b序列数据。推算出2种银鱼大概在中新世晚期发生分化。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。     

用16S rRNA基因的内切酶图谱快速鉴别几种对虾病原菌

坎普氏弧菌是青岛海洋大学生物系微生物实验室于１９８９－１９９０年自对虾养殖场中国对虾红腿病心脏及血淋巴中分离并鉴定的菌株，副溶血菌和溶藻胶弧菌两菌株于１９９４年９月得自中国科学院微生物研究所，为建立快速、准确的中国对虾病原菌的诊断技术，根据几种细菌的１６ＳｒＲＮＡ基因的序列，设计并合成该基因的多聚酶反应的引物ＰＬ１和ＰＬ２。并用该对引物分别从坎普氏弧菌、副溶血弧菌和溶藻胶弧菌的ＤＮＡ要品中扩增出分     

基于线粒体16S rRNA 基因研究5 个栉江珧野生群体的遗传多样性

采用通用引物对山东长岛、文登、日照、广东湛江和海南三亚等5个地理群体栉江珧(Atrina pectinta)16S rRNA序列进行扩增、测序分析,得到59条441bp的核苷酸序列.其中T、C、A、G和A+T的平均含量分别为29.91%、17.41%、25.74%、26.94%及55.65%, AT含量高于GC含量,共检测到了9个单倍型和26个核苷酸多态位点.群体多样性分析表明,文登群体具有较高的遗传多样性水平.AMOVA 分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst =0.5007(P<0.001),群体间遗传分化略大于群体内、群体间存在较高的遗传分化.基于群体间遗传距离构建NJ和UPGMA分子进化树,5个地理群体的栉江珧聚为两个支,长岛、文登、日照群体聚为一支,海南和湛江群体聚为另一支.