盐度对花鳗鲡(Anguilla marmorata)和太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica)幼鳗鳃丝 及肾脏Na+/K+-ATP酶活力的影响

采用酶学分析的方法,以淡水组为对照,进行了盐度变化对花鳗鲡(Anguilla marmorata)[体质量(10.70±0.92)g]和太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica)幼鳗[体质量(12.11±0.79)g]鳃丝及肾脏Na+/K+-ATP酶活力影响的研究。结果表明,经不同的盐度(5、10、18)处理,各处理组的花鳗鲡和太平洋双色鳗鲡幼鳗鳃丝Na+/K+-ATP酶活力均呈现先降低后升高最后再降低并趋于稳定的趋势。前者24h时达到最低值,48h时盐度10处理组上升至与对照组无显著差异(P>0.05),而盐度18处理组显著高于对照组(P<0.05)。后者6h时达到最低值,12h时盐度5和18处理组达到最高值,24h时盐度10处理组达到最高值。盐度变化对花鳗鲡和太平洋双色鳗鲡幼鳗肾脏Na+/K+-ATP酶活力影响不明显。太平洋双色鳗鲡幼鳗鳃丝Na+/K+-ATP酶酶活提升速度及提升幅度均强于花鳗鲡幼鳗,故认为在盐度范围0—18时,太平洋双色鳗鲡幼鳗比花鳗鲡幼鳗对盐度变化具有更强的适应能力。     

太平洋双色鳗鲡(Anguilla bicolor pacifica)与其它3种鳗鲡的形态差异分析

通过传统形态学数据和框架结构数据相结合,应用方差、聚类、判别和主成分等4种多元分析方法,分析了太平洋双色鳗鲡与日本鳗鲡、美洲鳗鲡和花鳗鲡的形态差异。结果表明:(1)太平洋双色鳗鲡背鳍前端与臀鳍前端之间的垂线距离占全长的1.4%,属短鳍型鳗鲡。(2)太平洋双色鳗鲡与其它3种鳗鲡形态差异显著。在可数性状中,太平洋双色鳗鲡的总脊椎骨数显著小于日本鳗鲡,显著大于美洲鳗鲡和花鳗鲡,背鳍前脊椎骨数显著大于其它3种鳗鲡;在可量性状中,太平洋双色鳗鲡的吻长显著小于美洲鳗鲡和花鳗鲡,显著大于日本鳗鲡;在框架结构性状中,太平洋双色鳗鲡有6项性状与其它3种鳗鲡差异显著。(3)太平洋双色鳗鲡的背鳍起点与其它3种鳗鲡相比最靠后,背鳍起点在鳗鲡分类研究中可作为重要的框架结构定位点。本研究可为太平洋双色鳗鲡的合理引进和种质保护提供资料。     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

鳗鲡目鱼类线粒体蛋白质编码基因易位及系统演化关系分析

鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因辅助的分子标记。鳗鲡科Anguillidae的20个种(亚种)聚在一起,强烈支持鳗鲡科为单系群(BPP=100)。鳗鲡科下属的3个类群(大洋洲类群、大西洋类群和印度洋-太平洋类群)也同时得到有力的验证(BPP均为100)。线鳗科Nemichthyidae和锯齿鳗科Serrivomeridae亲缘关系最近,二者聚类后,与鳗鲡科Anguillidae构成姊妹群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目Saccopharyngoidei中,宽咽鱼科Eurypharyngidae与囊鳃鳗科Saccopharyngidae聚类(BPP=100),同时,单颌鳗科Monognathidae与月尾鳗科Cyematidae聚类(BPP=100),4个科聚在一支,支持囊喉鱼亚目为单系群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目线粒体基因组中,3个物种(吞鳗Eurypharynx pelecanoides、拉文囊鳃鳗Saccopharynx lavenbergi和杰氏单颌鳗Monognathus jesperseni)存在主编码基因的重排。16种鳗鲡(细美体鳗Ariosoma shiroanago、短吻颈鳗Derichthys serpentinus、凯氏短尾康吉鳗Coloconger cadenati、鸭颈鳗Nessorhamphus ingolfianus、龟草鳗Thalassenchelys sp.、粗犁齿海鳗Cynoponticus ferox、百吉海鳗Muraenesox bagio、巨斑花蛇鳗Myrichthys maculosus、大吻沙蛇鳗Ophisurus macrorhynchos、几内亚副康吉鳗Paraconger notialis、哈氏异康吉鳗Heteroconger hassi、小头鸭嘴鳗Nettastoma parviceps、弱头鳗Leptocephalus sp.、斑点长犁齿鳗Hoplunnis punctata、尖吻小鸭嘴鳗Facciolella oxyrhyncha和星康吉鳗Conger myriaster),与鳗鲡目线粒体主编码基因的原始排列相比,共享nad6基因的易位。同时,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因构建的系统演化树,强烈支持这16个物种聚为一支(BPP=100)。然而,由此而带来的海鳗科Muraenesocidae、拟鯙科Chlopsidae和糯鳗科Congridae是否为单系群的问题,值得今后深入探究。     

Study on Mitochondrial DNA Cytochrome b Gene of Chinese sea bass, Lateolabrax sp.

参考鳗鲡等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp，其A、T、G、C含量分别为101bp(24.63%)、112bp(27.32%)、72bp(17.56%)、125bp(30.49%)，与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

太平洋双色鳗鲡(Anguilla bicolor pacifica)致病性类志贺邻单胞菌的鉴定和中药敏感性研究

从发病死亡的养殖太平洋双色鳗鲡(Anguilla bicolor pacifica)肝脏中分离到一株优势菌AMSH1,为研究其种属、毒力及中药敏感性,结合BIOLOG微生物鉴定系统和16S r DNA序列分析对该菌株进行鉴定,并通过人工回归感染试验确定其致病性。此外,还研究了10味中药单用、10种双联用和4种三联用对该菌株的体外抑菌作用。结果显示该菌株为类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)。经人工腹腔注射感染健康太平洋双色鳗鲡,证实该菌具有致病性,半致死量LD50为3.2×105CFU/g。药敏试验结果表明,10味中药均有较好的抑菌效果,其中五倍子(Galla chinensis)、丁香(Eugenia caryophllata)和生地榆(Sanguisorba officinalis)的效果最好,7种双联用复方和1种三联用复方均具有协同抑菌作用。本次引起太平洋双色鳗鲡发病的病原为类志贺邻单胞菌,该菌对太平洋双色鳗鲡的致病性及其中药药敏的研究属首次报道。建议选用含五倍子的中药双联用复方或三联用复方进行防治,皆绿色环保。     

东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。     

三疣梭子蟹4个野生群体线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段.2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似.通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型.另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系.用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致.     

半滑舌鳎病原鳗利斯顿氏菌双重PCR检测方法的研究

对引起江苏连云港工厂化养殖半滑舌鳎大量死亡的病原鳗利斯顿氏菌,进行了基于溶血素和金属蛋白酶两种基因的双重PCR检测.根据鳗利斯顿氏菌溶血素基因和金属蛋白酶基因序列设计2对特异性引物,在同一PCR反应体系中,鳗利斯顿氏菌可同时扩增出上述2种基因片段,扩增片段大小分别为493 bp和248bp,两对引物对5种其他水产动物病...     

东南沿海小孔蛸(Cistopus sp.)线粒体序列的比较研究

采用线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因序列对福建、浙江沿海分布的5个小孔蛸(Cistopus sp.)群体进行了遗传多样性研究。结果表明,序列总长度分别为497-501bp(16S rRNA)和652bp(COⅠ);小孔蛸5个群体的序列碱基组成均显示出较高的A+T含量(16S rRNA基因72.1%,COⅠ基因65.9%)。16S rRNA基因片段在种内和群体间个体差异均较小,5个群体共检测到8个变异位点(其中7个插入/缺失位点);COⅠ基因序列不存在插入/缺失位点,群体内个体间变异位点数为21个。系统进化树表明,宁德群体和象山群体与其它三个群体的亲缘关系较远,但存在基因交流。线粒体16S rRNA和COⅠ基因在群体间无显著多态性分布。     

日本蟳(Charybdis japonica)微卫星位点的分离及遗传多样性分析

采用磁珠富集法,以生物素标记的(cA)12寡核苷酸为探针,构建了日本蟳基因组微卫星富集文库.通过PCR法从文库中共筛选出89个微卫星位点,其中完全型(perfect)共75个,占84.27%;不完全型(imperfect)12个,占13.48%;复合型(compound)2个,占2.25%.根据微卫星位点的侧翼序列,设...     

基于16S rDNA基因序列探讨引进物种紫扇贝(Argopecten purpuratus)在海湾扇贝属(Argopecten)中的分类地位

秘鲁紫扇贝(Argopecten purpuratus)于2008年被引进我国,与海湾扇贝(Argopecten irradians irradians)成功杂交。为探讨紫扇贝在海湾扇贝属中的分类地位及与相似种海湾扇贝的进化关系,随机选取紫扇贝和海湾扇贝各10个个体,利用通用引物进行16S rDNA基因片段扩增并双向测序。序列分析结果表明,紫扇贝和海湾扇贝扩增获得基因片段长度均为542bp,碱基组成A+T所占比例分别为紫扇贝54.2%和海湾扇贝55.1%。紫扇贝和海湾扇贝种内分别有6和10个变异位点,种间有41个变异位点,且种内和种间变异均为转换或者颠换,无插入/缺失类型。结合Gen Bank同源序列信息,对海湾扇贝属物种进行遗传距离分析及分子系统树的构建。结果表明:海湾扇贝属7种扇贝[紫扇贝(A.purpuratus)、A.irradians、墨西哥湾扇贝(A.i.concentricus)、A.i.irradians、A.nucleus、A.gibbus和A.ventricosus]在系统树上聚为2支,与紫扇贝亲缘关系最近的是A.ventricosus,且该两种扇贝单独聚为一支。其余5种扇贝中,A.irradians、A.i.concentricus和A.i.irradians最先聚为一支,支持A.i.concentricus和A.i.irradians为A.irradians两个亚种的结论;另外,A.nucleus与以上三者也有很近的亲缘关系。该研究结果为海湾扇贝属物种进化、迁移及其遗传育种研究提供了理论基础。     

许氏平鲉(Sebastes schlegelii)EST-SSR标记开发及通用性检测

利用已发表的EST序列设计引物并结合PCR筛选的方法,对许氏平鲉多态EST-SSR引物进行了开发。结果表明:(1)许氏平鲉EST-SSR位点发现率为9.14%,核心序列以二碱基重复出现频率最高,占到33.03%,其中以TG/CA基序最为丰富。(2)共设计引物56对,46对实现有效扩增,其中18对具有多态性。(3)野生群体遗传多样性分析显示,每个位点观测等位基因数(Na)为2—9,平均观测等位基因数为3.89;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及平均值分别是0.0333—0.8000、0.0333—0.7927和0.3037、0.3757;每个位点的多态信息含量(PIC)在0.0323—0.7522之间,其中高度多态位点5个,中度多态位点5个;经Bonferroni校正后,3个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,但两两位点间不存在连锁不平衡现象。(4)许氏平鲉多态EST-SSR引物对朝鲜平鲉、褐菖鲉通用性检测结果表明,引物对二者的通用率和多态率分别为88.89%、100.00%和33.33%、88.89%。研究表明,这些通用引物可用于相关物种的遗传多样性评价、系统进化分析和比较基因组作图等研究。     

16S与gyrB基因联合建树快速鉴定海水中的一株地衣芽胞杆菌

在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将海洋来源的一株杆菌,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在GeneBank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心16S和gyrB基因均相似的菌株,取16S和gyrB基因序列,采用Paup*4.0构建进化树。使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株均很好的聚合在一枝,种间分枝自展值均高于98,分类结构准确,筛选得到的杆菌与地衣芽胞杆菌(Bacilluslicheniformis)聚合在一枝,自展值为100,鉴定为地衣芽胞杆菌。经生理生化试验验证,该菌株与地衣芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便。     

中国近海洄游日本鳗鲡(Anguilla japonica)玻璃鳗肠道微生物菌群分析

为研究长江口日本鳗鲡玻璃鳗肠道菌群的结构与多样性特征,初步探究野生鳗鲡仔鱼的营养需求,分别采集浙江台州市、舟山市以及江苏盐城市邻近海域的玻璃鳗样品,利用16S rDNA扩增子测序技术,分析三个采样点玻璃鳗肠道优势菌群及营养代谢相关的功能差异。结果显示,三个采样点的玻璃鳗肠道菌群均以变形菌门(Proteobacteria, 68.7%～82.0%)和放线菌门(Actinobacteria,4.2%～19.0%)为主要优势菌门。在属分类水平上,不动杆菌属(Acinetobacter, 12.4%～17.3%)和假单胞菌属(Pseudomonas, 8.07%～13.03%)丰度较高,属固定优势菌属。此外,每个采样点样本中都含有丰富的独特细菌群,包括台州市的气单胞菌属(Aeromonas)、舟山市的内生单胞属(Endozoicomonas)和丙酸杆菌属(Cutibacterium)以及盐城市的嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和稳杆菌属(Empedobacter),推测是受采样点不同水环境因素影响。不动杆菌、假单胞菌、内生单胞菌等菌属在多种鱼类肠道中有着消化蛋白质的功能,气单胞菌虽属于...     

青岛近海球形棕囊藻的宏条形码分析

自1997年球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)赤潮首次在我国南海海域暴发以来,该赤潮在我国南海和渤海的多个海域频繁暴发,表明球形棕囊藻在我国海域的分布比较广泛。尽管如此,在此之前开展的分类和生态调查研究均未发现我国海域球形棕囊藻的存在。近年来基于分子标记扩增和高通量测序的宏条形码分析检测到了球形棕囊藻,显示出宏条形码分析对球形棕囊藻鉴定的优势。然而,由于包括球形棕囊藻在内的定鞭藻的18S rDNA序列具有较高的G(Guanine,鸟嘌呤)C(Cytosine,胞嘧啶)含量等特点,导致针对球形棕囊藻的宏条形码分析结果在很大程度上依赖分子标记的选择或PCR扩增引物的选择。以青岛栈桥海域样本为研究对象,评估了扩增通用分子标记18S rDNA V4的两套常用PCR引物(即Stoeck引物和Song引物)对球形棕囊藻的宏条形码分析结果的影响,并利用Song引物对青岛近海2021年冬季突发性球形棕囊藻赤潮样本开展了宏条形码分析。分析发现不同引物对定鞭藻门物种的分析结果具有显著影响。利用Stoeck引物的宏条形码分析没有获得任何对应的定鞭藻的ASV(ampliconsequence...     

应用二温式PCR检测诊断爱德华氏菌病

根据爱德华氏菌(Edwardsiella)的16S rDNA基因序列设计一对特异性引物,用二温式PCR对6株爱德华氏菌均扩增出与预期大小相一致的576 bp产物,而对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、荧光假单胞菌(Pseudcmonas fluoroscercs)、柱状屈挠杆菌(Cytophaga columnaris)、链球菌(Streptococcus)、葡萄球菌(Staphylococci)、弧菌(Vibrio)、大肠杆菌(Escherichia colibacillus)和沙门氏菌(Salmonella)等10种病原体的扩增,结果全为阴性。该二温式PCR可以检测到1 pg的爱德华氏菌DNA模板和48个菌体。本实验建立的二温式PCR为爱德华氏菌病的早期诊断与有效的防治提供了快速检测方法,对水产品的食品安全有重要的意义。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)耐低温相关微卫星标记的初步筛选

采用微卫星结合混合群体分离分析法技术（SSR-BSA）对红鳍东方鲀群体进行耐低温相关微卫星标记的筛选。首先对300尾红鳍东方鲀幼鱼进行低温处理,分别获得34尾耐低温（S组）和不耐低温个体（D组）。分别在两组中随机挑选15尾提取基因组DNA,构建耐低温和不耐低温DNA混池,然后用148对微卫星引物对其进行扫描。结果发现4个标记（fms45、fms82、fms100和fms182）在耐低温和不耐低温DNA混池中扩增出差异条带。用S组和D组全部个体对4个标记进行单个体验证,结果显示由fms100扩增,携带有116 bp条带的个体在S组和D组的出现频率分别是53%和18%,132 bp条带的出现频率分别是59%（S组）、24%（D组）;由fms182扩增,携带有125 bp的个体在S组和D组出现的频率分别是12%和35%,经卡方检验P值均小于0.05,差异显著。本文关于红鳍东方鲀耐低温分子标记的报道,为研究红鳍东方鲀耐低温的遗传基础以及相关分子机制提供了依据,也为开展红鳍东方鲀耐低温分子标记辅助选育提供了良好的基础。