基于线粒体D-loop区分析黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)五个淡水湖泊群体的遗传多样性

采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明,890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。     

黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析

利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性.     

17 β-雌二醇对雄性瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)的雌激素效应

以三峡库区小型经济鱼类瓦氏黄颡鱼雄鱼为对象,研究17β-雌二醇对它的雌激素效应.在不同的温度和剂量条件下测定血清卵黄蛋白原、Ca2+、总磷、无机磷的含量,以及肝胰脏RNA/DNA比率.结果表明,与对照组相比,当水温≥16℃、剂量≥1.0μg/g,以及水温≥19℃、剂量≥0.1μg/g条件下,17 β-雌二醇可诱导雄性瓦氏黄颡鱼产生卵黄蛋白原,而且其水平增加呈明显的剂量依赖;当水温≥16℃、剂量≥1.0μg/g时,血清Ca2+含量极显著增加,呈明显的剂量依赖;试验组血清各种 磷组分增加也呈剂量依赖;17 β-雌二醇也引起肝胰脏代谢指标RNA/DNA比率增加.结果表明,雄性瓦氏黄颡对雌激素有较高的敏感性,加上其体型适中,容易获得等特性,可以作为水环境雌激素内分泌干扰物检测的指示生物.血清卵黄蛋白原与Ca2+可以作为污染水体雌激素内分泌干扰物的检测指标.     

瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco Richardson)幼鱼日粮中主要营养素需要量研究

采用"金字塔"法对瓦氏黄颡鱼幼鱼日粮中主要营养素的需要量进行了研究.试验共持续了60天.实验日粮中蛋白质、脂肪、碳水化合物设定的范围分别为30%-48%、3%-18%和26%-35%.结果表明,当日粮碳水化合物在26%-32%,脂肪6%-12%,蛋白质39%-48%,能量在15.63-16.95MJ/kg和能量蛋白比为364-435J/mg时,瓦氏黄颡鱼幼鱼均获得较好的生长率;日粮脂肪水平为12%以上时肝组织有不同程度的脂肪变性和坏死;肌肉蛋白质、脂肪和碳水化合物的沉积受日粮中的蛋白质、脂肪和碳水化合物的影响,存在显著性差异(P<0.05);肝体指数和肠脂比随日粮中脂肪含量升高而增大,肝脏中的糖原含量受到日粮中添加碳水化合物水平的影响,且有显著差异(P<0.05);日粮中可消化能显著影响肌肉中脂肪的沉积,肠脂比、肝体指数和内脏比都随日粮中可消化能水平提高而呈上升趋势.本实验结果表明,瓦氏黄颡鱼幼鱼日粮中主要营养素的适宜需要量为蛋白质39%-42%、脂肪6%-9%、碳水化合物26%-29%、能量15.63-16.95MJ/kg、能量蛋白比364-435J/mg.     

大竹蛏(Solen grandis)不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国沿海大竹蛏(Solen grandis)群体的遗传多样性进行了分析,利用筛选出的7对AFLP引物,对丹东、烟台、莱州、日照和南通5个地理群体的141只大竹蛏个体进行了扩增,共得到了403个位点,片段大小在100—700bp之间。其中丹东、烟台、莱州、南通4个群体的大竹蛏遗传多样性水平接近,日照群体的多态位点比例高于其它4个群体,结合Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)看,日照群体的遗传多样性水平最高,而南通群体的遗传多样性水平最低。AMOVA分析得到群体间遗传分化系数Φst=0.2250(P<0.001),群体间的变异百分率为22.5%,群体内为77.5%,说明群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异,但群体间也存在一定程度的基因渗透。     

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)“红头病”病原菌迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)的分离及鉴定

用ATB微生物自动鉴定系统对分离自湖南湘潭地区人工养殖的患“红头病”的黄颡鱼体内的2株细菌（即HN004和HN005）进行了鉴定,发现它们的生理生化特征完全相同,均为革兰氏阴性短杆菌、接触酶阳性、吲哚阳性、H2S阳性;氧化酶阴性、V．P测定为阴性,与迟钝爱德华氏菌的表型特征非常相似。为进一步确定2株菌的分类学地位,测定了其16S rRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建分子系统发育树。结果表明,2菌株的序列完全一致,与迟钝爱德华氏菌的亲缘关系最近,相似性为99．0％。综合上述结果,2菌株可鉴定为迟钝爱德华氏菌（Edwardsiella tarda）。     

杭州城区水域中PAEs分布特征及黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)体内残留消除研究

采用气相色谱(GC-FID)检测技术,对杭州城区水体以及黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)肌肉和脑等可食性组织中5种PAEs类化合物进行检测,确定杭州城区水体中PAEs分布特征,并分析了PAEs在黄颡鱼肌肉和脑中含量随时间动态变化规律。研究结果表明,杭州城区水体中5种PAEs化合物含量均较高,但每种化合物含量差异较大,其中DEHP含量在不同水域中含量均最高。黄颡鱼体内残留检测结果显示,5种PAEs类化合物在黄颡鱼肌肉和脑等可食性组织中均有分布,其中脑和肌肉中的消除半衰期处于17.33—32.54h之间。结果表明,PAEs在杭州城区不同水体中广泛分布,在鱼体肌肉和脑等可食性组织中消除较缓慢。     

瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)Toll样受体2(TLR2)基因克隆及免疫功能

为探究Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)及下游免疫分子对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)机体的保护作用,本研究采用RT-PCR及RACE法获得瓦氏黄颡鱼TLR2全长c DNA(2611bp),编码789个氨基酸残基,含有10个富含亮氨酸的重复序列(Leucine Rich Repeat,LRR)和Toll/IL-1R(Toll/IL-1 Receptor Domain,TIR)同源区结构域,属I型跨膜受体。序列同源性比对发现,瓦氏黄颡鱼TLR2 c DNA与斑点叉尾、鲤及虹鳟的同源性分别为78%、62%及49%。系统进化树分析表明,瓦氏黄颡鱼TLR2与斑点叉尾聚为一支。q RT-PCR分析表明,TLR2 m RNA在检测的组织中均有表达,且在头肾和脾脏中表达水平显著高于其他组织(P0.05)。嗜水气单胞菌感染能显著上调瓦氏黄颡鱼肝脏、头肾及脾脏中TLR2 m RNA表达(P0.05),分别在24h、48h及12h达到最大值。头肾中的TLR 2信号通路下游的髓样分化因子、半胱氨酸蛋白酶8、核转录因子kappa B、肿瘤坏死因子α、白细胞介素1βm RNA均显著上升(P0.05),分别在24h、12h、48h,48h和48h达到最大值。结果表明,嗜水气单胞菌感染激活了TLR2信号通路,通过上调表达,肿瘤坏死因子α,白细胞介素1β等。本研究表明,TLR2在瓦氏黄颡鱼抵御嗜水气单胞菌侵染的过程中发挥了重要的免疫作用。     

养殖黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) 鮰爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)的分离鉴定与生物学特性研究

从四川眉山与新津两地患红头病的养殖黄颡鱼体内分离到2株优势菌(CHNYC001与CHNYC002),以腹腔注射与浸泡的方式进行人工感染试验,证实其为养殖黄颡鱼红头病的病原菌。根据分离菌株的形态、生理生化特性,结合16SrDNA序列测定(GenBank登录号分别为FJ766524、FJ766525)与系统发育分析,将其鉴定为鮰爱德华氏菌(Edwardsie lla ictaluri)。分离菌株最适生长温度为20—30℃,最适生长pH为7.0,在含盐量2%以上的培养基上不生长,对氟苯尼考、强力霉素、洛美沙星等敏感,对乙酰螺旋霉素、磺胺甲基异噁唑和麦迪霉素等不敏感。临床病理特征分析发现,养殖黄颡鱼感染爱德华氏菌临床上分为急性与慢性两种类型,急性型主要表现为败血症的病变特征,慢性型表现为头顶出血,发红与溃疡的病变特征。     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

黄海和东海三疣梭子蟹(Portunus triuberbuculatus)的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国三疣梭子蟹黄海和东海两群体共40个个体利用10对选择性引物组合进行了遗传多样性分析。共扩增出411个位点,多态位点333个。黄海和东海群体的多态位点比例,Nei基因多样性指数和Shannon遗传多样性信息指数分别为74.5%、63.1%,0.2553、0.2355,0.3827、0.3497,两群体的遗传多样性均处于同一水平。群体间遗传分化系数Gst、Shannon遗传多样性信息指数表明,两群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及两群体的Gst和遗传距离显示两群体间出现了一定的遗传分化。     

翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis Bleeker)种群遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对翘嘴红鲌养殖群体进行了DNA多态性检测.共采用40个随机引物进行扩增,其中14个引物可获得清晰且重复性好的扩增图谱,共扩增出121个RAPD位点,具有多态现象的位点为40个,多态位点比例为33.06%.翘嘴红鲌群体的遗传相似系数为 0.8878-0.9600,平均为0.9201,遗传变异度为0.0799.Shannon多样性指数为10.8824,Shannon多样性值为0.0899.研究表明,翘嘴红鲌目前的种质资源状况令人堪忧,改变目前人工繁育模式,建立原种、良种场,丰富物种遗传多样性是资源保护的基础.     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40—77条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(GD)和相似性系数(GS)。聚类结果显示,品系海安与二室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595—0.845之间。结果表明,条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析结果反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。     

南麂列岛中华蛸(Octopus sinensis)形态与遗传多样性分析

2020年6~12月在南麂列岛采捕一种中大型章鱼44只,描述了形态特征,采用多元分析方法分析了形态多样性,并比较了与真蛸的差异,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列构建了系统发育树,并计算了Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离。结果表明,此种章鱼形态特征与中华蛸基本一致,而与真蛸存在显著的形态差异:其第二、三对腕的扩大吸盘位于第12~15个吸盘之间,而真蛸则位于第15~19个吸盘之间;茎化腕吸盘数少于真蛸;舌叶指数小于真蛸。主成分分析与判别分析能将真蛸群体显著区分开,判别准确率为100%,而其余四个群体(南麂列岛与三个中华蛸群体)间存在重叠;聚类分析表明南麂列岛群体与中华蛸更近,二者均与真蛸存在较大距离。在遗传多样性分析中,南麂列岛群体单倍型4个,单倍型多样性水平为0.320±0.121,多态位点6个,核苷酸多样性指数为0.001 11;系统发育树表明,该群体与中华蛸亲缘关系最近,K2P遗传距离0.14%,而与真蛸复合体其他类型为2.96%~12.11%。因此,从形态和分子水平鉴定南麂列岛章鱼为中华蛸。     

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)养殖群体遗传多样性的降低

采用AFLP技术方法,对福建二个野生及二个养殖大黄鱼群体进行了遗传多样性的研究.实验采用7对引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出472个位点,其中多态位点为220个,多态位点比例为46.61%.结果表明,大黄鱼养殖群体的遗传多样性降低:宁德野生群体和湄州野生群体多态位点比例分别为42.42%和45.14%,Nei遗传多样性指数分别为0.1046和0.1245,shannon多样性指数分别为0.1659和0.1942,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.4153和1.4428;宁德养殖群体和连江养殖群体多态位点比例分别为40.83%和40.53%,Nei遗传多样性指数分别为0.1027和0.1039,shannon多样性指数分别为0.1615和0.1633,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.3919和1.3856.四个群体间遗传距离为0.0359-0.1465,平均为0.079,群体间基因流为1.0808.     

中国鲎(Tachypleus tridentatus)微卫星标记筛选及种群遗传多样性和遗传结构分析

采用FIASCO方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性,其等位基因数为5—14个,每个位点平均具有8.1个等位基因。9个位点之间不存在连锁。利用该9个具有多态性微卫星标记分析了中国沿海9个中国鲎地理群体的种群遗传多样性和遗传结构。结果表明:中国沿海的中国鲎种群遗传多态性水平仍较高, 9个地方群体间无遗传差异,它们之间未见显著分化,且有着较高的基因流;推测人为的迁移是造成遗传无分化的主要原因。我们建议中国鲎已绝迹的海域可从其他海域引入中国鲎个体来恢复地方群体资源。     

紫红笛鲷遗传多样性的AFLP分析

针对广东、海南省4个不同地方(阳江、湛江、榆林、琼海)网箱养殖的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)群体和在三亚采集的野生紫红笛鲷群体,利用AFLP分子标记技术分析我国南方养殖的紫红笛鲷的遗传多态性。最适合的AFLP引物组合是E AGC／M CAA,扩增出的AFLP特征位点为107,养殖样品扩增出的AFLP的带数在5474之间,野生样品扩增出的AFLP的带数为63,4个养殖点紫红笛鲷的多态性标记百分率都超过了40．00％,呈现一定程度的遗传多样性。总的来讲,4个养殖地的紫红笛鲷群体之间的遗传距离差异较小,但与野生群体的遗传距离相对较大,UPGMA聚类分析明显将养殖群体与野生群体分开,表明紫红笛鲷养殖群体已经与野生群体存在一定程度的遗传隔阂。