中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)群体遗传多样性线粒体DNA序列分析

采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。     

舟山近海条石鲷野生群体与人工放流群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对舟山近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)野生和放流群体的遗传多样性进行比较分析,旨在为条石鲷的人工增殖及其种质资源的保护和利用提供遗传学的基础资料.采用8对引物组合在2个群体中共扩增得到位点316个,多态性位点为162个,多态性比例为51.67％.野生群体和放流群体的多态性位点比例(P),Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's多样性指数(I)分别为46.75％和44.67％,0.097和0.089,0.16和0.15.野生群体的遗传多样性水平略高于放流群体,但差异并不显著(P＞0.05).两群体间的遗传相似系数(S)和遗传距离(D)分别为0.99和0.0073;基因分化系数(Gst)为0.036,群体间无显著遗传分化(P＞0.05).分子方差(AMOVA)分析表明96.82％的遗传变异来源于群体内的个体间,群体间无显著的遗传差异(P＞0.05).以上研究结果表明条石鲷的放流群体与野生群体间无明显的遗传分化,放流群体的遗传多样性水平尚处于一个合理状态.但为了避免放流群体对野生群体产生负面的遗传效应,应当增加放流群体繁育亲本的数量,并对放流群体的遗传变异水平进行持续监测.     

基于线粒体DNA控制区的黄姑鱼养殖群体与野生群体比较研究

黄姑鱼(Nibea albiflora)是我国重要的经济鱼类.由于受到过度捕捞和环境污染等因素的影响,野生黄姑鱼资源量急剧下降.为了解黄姑鱼野生群体与养殖群体的种质资源现状,本研究扩增了2个野生群体和2个养殖群体的线粒体DNA控制区高变区部分序列,同时结合NCBI数据库中部分已发表序列进行分析.研究显示:173个黄姑鱼...     

细条天竺鲷群体线粒体DNA控制区序列比较分析

基于线粒体DNA控制区序列比较分析了细条天竺鲷乳山、胶南、上海和舟山4个群体的遗传多样性。结果显示:114个个体的线粒体DNA控制区序列定义了30个单倍型,并检测到变异位点25个。4个地理群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较低;基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树显示4个群体个体相互混杂,没有明显的分支与之对应;两两群体间的Fst值在-0.015到0.067之间,表明群体间的遗传差异不显著;确切P检验结果显示不同群体间存在随机交配现象。Tajima’s D和Fu’Fs中性检验的结果暗示细条天竺鲷经历过近期的群体扩张事件,核苷酸不配对分布结果也呈单峰型。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到细条天竺鲷发生群体扩张事件的时间在62 450～12 490a前,属于更新世晚期。乳山到舟山海域间地理障碍的缺少以及洋流的扩散作用可能是导致不同群体间无明显遗传分化的主要原因。     

福建近海2个鮐鱼群体遗传结构与遗传多样性分析

测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因.     

乌苏里拟鲿野生群体和人工养殖群体遗传多样性的比较研究

采用SRAP分子标记技术对乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)1个野生群体(采自江苏省洪泽湖)和2个人工养殖群体(分别采自淮安市水产研究所F2代和苏州市东山水产养殖场F3代)进行了遗传多样性的比较.结果显示:从100组引物组合中筛选出12组条带清晰、多态性好的引物组合,每个引物组合检测到11～...     

基于cytb 和D-loop的4个大泷六线鱼群体遗传多样性分析

利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列来研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365bp(cytb)和387bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3和2.656;D-loop区分别为18.25,12.75,0.846,0.012 1和4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.318 6和0.271 4,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。     

缢蛏六群体线粒体DNA-COI基因序列变异及群体遗传结构分析

利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近.     

我国南部海域条纹斑竹鲨线粒体DNA控制区遗传多态性研究

摘要:在对我国南部沿海闽东、闽南、粤西、海南、北部湾5个海域的条纹斑竹鲨群体线粒体控制区多态性研究中,获得长度为1 094~1 096 bp的线粒体控制区完整序列。序列比对发现了6个多态性核苷酸位点,定义了8个单倍型。5个群体的单倍型多样度(h=0.542 5~0.744 8)和核苷酸多样度(π=0.000 571~0.000 980)均处于较低水平,说明条纹斑竹鲨的线粒体DNA进化速率较低。分子方差分析(AMOVA)结果显示群体间的遗传差异较小(Fst=0.216 26,P<0.000 1),变异主要发生在群体内部。10 000步Markov链计算的群体间遗传分化概率及单倍型系统地理学分析结果将5个群体分成两个地理种群(台湾海峡种群、南海北部种群)。综合分析表明条纹斑竹鲨的基因流主要在浅海近岸水域扩散,遗传变异程度受地理结构和距离隔离影响。     

斜带髭鲷野生与养殖群体遗传结构的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对斜带髭鲷3个群体(柘林湾人工繁育群体、厦门湾人工繁育群体和厦门近海捕捞野生群体)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究.筛选出17个ISSR引物对3个群体共54个样品进行扩增,共得到145个清晰的扩增位点,其中多态性位点80个,多态位点百分率为55.17%.Popgene分析结果表明:厦门野生群体的遗传多样性水平最高(PPB=51.72%,h=0.182 6,I=0.271 9),略高于其他2个人工繁育群体的遗传多样性水平.群体间的Nei's遗传分化系数和基因流分别为:0.087 6和5.209 8.表明斜带髭鲷3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平.本文通过对斜带髭鲷野生群体及人工繁育群体遗传结构和遗传多样性水平的研究,为其种质资源的科学管理提供理论依据.     

刺参（Apostichopus japonicus）野生及两代选育群体间遗传变异的微卫星标记研究

应用微卫星DNA技术对野生刺参和两代选育刺参群体遗传多样性进行了研究。9对微卫星引物在三个刺参群体中共扩增获得43个等位基因,每个微卫星座位检测到的等位基因数为2—7个。三个群体的观测杂合度的平均值分别为0．6556、0．6704和0．6148,多态信息含量平均值分别为0．6654、0．5929和0．5275。结果表明...     

菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)大连群体家系建立及生长比较

于2008年6月,以大连野生型蛤仔为材料,采用巢式设计即1个雄性亲本与3个雌性亲本交配的方式建立了菲律宾蛤仔15个半同胞家系(A,B,…,O)和45个全同胞家系(A1,A2,A3,…,O1,O2,O3)。对各家系的壳长、壳宽、壳高、鲜重等各项指标进行了方差分析和多重比较。结果表明,3、4、5月龄,菲律宾蛤仔45个全同胞家系的表型性状具有显著差异,且各月龄的差异趋势基本一致。5月龄时,从其生长性状上看,家系F2、G2、G3表现出明显的生长优势,壳长分别提高28.43%、24.72%、30.53%,壳宽分别提高21.14%、22.3%、25.58%,壳高分别提高30.88%、26.96%、25.25%,鲜重分别提高50.00%、68.42%、44.12%。从其存活上看,家系E3的四个表型性状在全同胞家系中最小,但存活数量最多为2269粒,表现出很强的抗逆性;具有生长优势的家系F2存活个数最少仅为43粒,抗逆性相对最差。从其产量上看,家系N3、I1、E3、C1、N1、G2产量较高,分别比平均产量提高了77.8%、75.61%、75%、69.45%、53.96%、50.19%。综合以上各项指标家系G2、G3、N3、E3、I1、C1、N1可作为优良的家系育种材料,在下一步育种工作中可以利用家系选择及家系杂交的方法对7个家系进行遗传改良。     

不同饵料对斑节对虾(Penaeus monodon)幼虾的生长及对WSSV 敏感性的影响

采用5种不同饵料投喂斑节对虾幼虾,研究各饵料对幼虾的体长、体重及成活率的影响,实验周期为20天;然后用投喂攻毒的方法分别感染WSSV,观察不同饵料对幼虾WSSV敏感性的影响。实验周期为12天。结果表明,投喂卤虫无节幼体组的幼虾,其体长、体重增长明显优于其它各组（P〈0．01）,随后依次为贝肉组、鱼肉组、人工配合饲料组、虾片组。不同饵料对幼虾WSSV敏感性的影响也有差异：投喂感染WSSV后,卤虫组和鱼肉组成活率最高,明显高于贝肉组、人工配合饲料组和虾片组（P〈0．01）。PCR检测表明,感染后全部幼虾个体为病毒阳性。     

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4 个群体遗传多样性的 ISSR 分析

采用ISSR分子标记对中国沿海4个厚壳贻贝群体进行遗传多样性和遗传结构分析,筛选出13条引物对4个群体120个样品共扩增出192个清晰的扩增位点,其中多态位点188个,多态位点百分率为97.92%,在物种水平上遗传多样性较为丰富。群体遗传多样性结果表明,PPL在81.77%—89.58%之间,H在0.2950—0.2818之间,I在0.4213—0.4447之间,其中福州群体多样性指数最低,温州群体最高。4个群体间GST为0.1519,Nm值范围介于3.0576—5.9714之间,AMOVA分析显示遗传变异主要来自群体内个体间。群体间遗传距离和聚类分析显示,温州群体和宁德群体首先聚为一支,再与舟山群体聚类,最后与福州群体聚在一起。表明地理位置较远的群体,遗传距离也较大,地理距离和遗传距离一致。     

海南清澜港水母暴发期间浮游生物生态特征研究

自2010年12月-2011年5月,调查研究了海南清澜港海域的浮游生物群落特征,重点跟踪监测了2011年5月黄斑海蜇(Rhopilema hispidum)暴发期间海水营养盐水平及浮游生物群落结构变化。通过样品分析,共鉴定出浮游植物111种(变种和变型),细胞密度范围为(2.25×104)-(8.19×108)cells/L,浮游动物36种,丰度范围为19.39-25798.74ind/L,其中浮游动物以桡足类为优势种群,浮游植物以硅藻为主要优势种。在水母暴发期间浮游植物以热带骨条藻(Skeletonema tropicum)为主,浮游动物以桡足类为主。清澜港养殖区为水母水螅体提供生长发育的环境和水母暴发前期浮游植物大量增殖,为浮游动物提供充足的食物,在一定程度上促进了水母的暴发。     

华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)壳色遗传规律的研究

采用双列杂交方法对华贵栉孔扇贝三种壳色(桔黄色、枣褐色、紫褐色)的遗传规律进行了研究。结果显示,桔黄色♂×枣褐色♀和桔黄色♂×紫褐色♀的子代均全部表现为桔黄色,桔黄色♀×枣褐色♂和桔黄色♀×紫褐色♂的子代壳色比例分别为桔黄色:枣褐色=1:1和桔黄色:紫褐色=3:1,表明桔黄色对枣褐色和紫褐色均为显性,且不存在母性遗传;在桔黄色♂×桔黄色♀的两个家系中,一个家系的子代全部表现为桔黄色,另一个家系的子代中桔黄色:枣褐色约为3:1,表明第1家系有一个亲本为显性纯合,第2家系2个亲本均为杂合;在枣褐色♂×枣褐色♀和紫褐色♂×紫褐色♀两个家系中,其子代分别全部表现为其亲本的颜色,表明枣褐色和紫褐色个体均为隐性纯合体。实验所设各家系子代壳色均表现出了与亲本相同的颜色,表明华贵栉孔扇贝的壳色属质量性状,能够稳定遗传,并非由环境决定,对华贵栉孔扇贝壳色的选育有效。     

巨蛎属（Crassostrea）四种牡蛎精子Bindin蛋白海藻糖凝集素结构域（Fucose binding lectin）多样性研究

提取巨蛎属中熊本牡蛎、葡萄牙牡蛎和日本巨牡蛎的基因组DNA,应用PCR技术扩增了三种牡蛎的海藻糖凝集素结构域（Fucose binding lectin,F-lectin）,结合GenBank中长牡蛎海藻糖凝集素结构域的序列利用邻接法对得到的序列进行了系统进化分析,并利用非同义替换率和同义替换率之间的比值分析了巨蛎属四...     

文蛤(Meretrix meretrix)精子的超微结构及精子入卵过程的电镜观察

利用透射电镜和扫描电镜对文蛤精子的超微结构及精子入卵过程进行了详细观察。结果显示,文蛤精子为典型的原生型,由头部、中段和尾部三部分组成,全长45—50μm。头部呈狭茧形,长约3.0μm,由顶体和细胞核组成,顶体呈倒"V"字形,前端有短柱状的凸起;细胞核为稍弯曲的圆柱形,内含高度浓缩的染色质,无核前窝,有核后窝。中段较短,仅0.6—0.7μm,由线粒体围绕中心粒复合体构成,5个圆球形的线粒体呈单层梅花状排列,内部为双层膜折叠成的片层状结构;中心粒复合体由近端中心粒和远端中心粒组成,而远端中心粒延伸出尾鞭的轴丝。尾部为细丝状鞭毛,长约42—45μm,内部的轴丝呈典型的"9+2"结构,外周有波浪状质膜包被。用扫描电镜观察了文蛤精子的入卵过程,大致将其分为顶体反应期、穿卵期和卵膜修复期。受精后2min,精子发生顶体反应,顶体泡破裂释放溶解酶使卵膜变得疏松,亚顶体腔中伸出的顶体丝先穿透卵膜;受精后4—6min,在精、卵的共同作用下,精子头部和中段逐渐穿过卵膜进入卵内,在卵膜上形成一个直径约1.5μm的孔道,而精子尾部则留于卵外;受精后8—10min,精子尾部脱落,受精形成的孔道被卵膜的微绒毛修复。另外对多种双壳贝类精子超微结构和线粒体入卵等问题进行了探讨。     

镉诱导长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)心肌细胞凋亡的研究

采用急性毒性实验方法,研究了不同浓度氯化镉(0、7.25、14.50、29.00、58.00和116.00mg/L)处理不同时间(1d、3d、5d和7d)对长江华溪蟹心肌细胞凋亡的影响。结果表明,低浓度组及染毒时间较短时镉对心肌的影响不明显,但随着染毒浓度的增加和时间的延长,心肌出现空泡变性、玻璃样变性、炎细胞浸润等病理现象,在染毒7d虽然观察到疑似的凋亡细胞,但凋亡率较低;荧光显微镜未观察到心肌细胞典型的凋亡细胞核形态学变化;琼脂糖凝胶电泳图谱未出现凋亡细胞所特有的梯状条带;流式细胞术检测结果显示镉处理组细胞凋亡率增加,但与对照组相比,无统计学意义(P>0.05);Caspase-3活性也没有显著性变化(P>0.05)。因此,在本实验所选取的浓度和时间范围内,镉未诱导长江华溪蟹心肌细胞发生细胞凋亡,这与本课题组前期研究中观察到的肝胰腺、精巢组织在染毒2d、7d发生细胞凋亡的情况明显不同,这可能与心脏组织的特殊性、不同组织对镉的积累量不同有关。     

我国沿海不同地理原种文蛤(Meretrix meretrix)的SRAP分析

采用序列相关扩增多态SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)标记对国家级江苏文蛤良种场(筹)保存的广西北海(GX)、江苏南通(JS)、辽宁大连(LN)三个地理种群原种文蛤进行种质资源分析。结果表明:(1)15对引物在文蛤3种群共扩增223个位点,其中多态位点数为159个,多态性位点百分率为71.30%,显示了较高的多态性;(2)GX、JS、LN3种群的多态性位点百分率分别为69.12%、57.81%、51.85%,平均杂合度分别为0.2532、0.2162、0.1836,香农信息指数分别为0.3649、0.3127、0.2714,均以GX种群最高,表明GX种群遗传多样性更为丰富;(3)3种群扩增位点显性基因频率的分布规律揭示,与LN和JS两种群相比,GX种群中低频基因位点显著增加,而隐性纯合基因位点显著减少,表明GX种群中存在大量稀有等位基因。各地理种群原种文蛤遗传多样性水平相对较高,遗传改良潜力大,GX种群作为选择育种的基础群更为适合。