海南红树林根系土壤中可培养细菌的多样性分析

为研究海南红树林根系土壤细菌多样性,充分发掘中国红树林特有微生物资源,作者于2012年12月份从10份采集于海南北港岛红树林根系淤泥样品中分离可培养海洋细菌,并基于16S rRNA基因序列分析的方法对样品中的细菌多样性进行研究。共分离得到122株海洋细菌,经并菌后选取其中的70株代表性菌株测序,结果发现它们分为4个类群:变形菌门(主要为γ-变形菌纲)(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),分别占66%,19%,11%和4%。共代表30个属47个种,其中有9个潜在新种和2个潜在新属。本研究结果表明,北港岛红树林中存在着丰富的细菌多样性,很多类群可能是红树林特有细菌物种。     

黄海冷水团可培养细菌的多样性研究

本文研究了2008年7月黄海冷水团海域可培养细菌的多样性。AODC和DVC计数总菌数和活菌数分别为(1.3~4.8)×105/mL和(0.6~1.6)×105/mL;2216E平板以菌落计数法可培养细菌浓度为(0.56~2.2)×103cfu/mL。从分离到的475株中选取163株进行16S rDNA扩增,并用HhaⅠ酶进行ARDRA(扩增性rDNA限制酶切片段分析)多态性分析,取114株不同带型测序。结果显示,冷水团细菌归为4个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Acti-nobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),共24个属,其中包括α-,β-,γ-变形菌纲;非冷水团细菌也归为这4个门类,共15个属,但未分离到β-变形菌纲。γ-变形菌纲在冷水团和非冷水团区域的不同深度都是优势菌群,不同的是冷水团区域α-变形菌纲比例较高(26.8%),而非冷水团区域α-变形菌纲比例相对较低(15.6%)。这表明黄海冷水团和非冷水团区域细菌多样性都很丰富,但其群落组成和优势菌群有所不同。此外,16S rDNA测序结果表明,6株细菌可能为海洋细菌新种。     

广西红树林根际土壤放线菌的原位培养分离及其活性筛选

为了发掘广西红树林根际土壤的放线菌资源,本文利用原位培养装置,埋于根际土壤中俘获放线菌,30d后取回实验室,采用平板涂布法对4个地点的原位培养样品于15种培养基上进行分离纯化;对分离株基于16SrRNA基因序列进行系统发育分析;进一步进行抗菌活性和产酶活性检测。共分离得到113株放线菌。对其中33株放线菌进行测序,结果表明20株属于链霉菌属,11株属于拟诺卡氏菌属,1株属于伦兹氏菌属,1株与拟诺卡氏菌属相似性最高为90%,很可能属于放线菌一个新属。抗菌实验结果显示其中有7株、4株、18株、6株、10株、3株实验菌株分别对大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、普通变形杆菌、乙型溶血性链球菌和肺炎克雷伯氏菌具有抑制作用;有55株、62株、24株、72株的实验菌株分别具有纤维素酶活性、淀粉酶活性、胶原蛋白酶活性、酯酶活性。原位培养可以丰富对广西红树林根际土壤的认识,分离到了新种甚至可能是新属的放线菌,分离得到的部分放线菌菌株具有较高生物活性,为后续工作提供了良好的实验材料。     

青岛潮间带沉积物可培养厌氧细菌多样性的研究

为了验证设计的简易厌氧培养方法,作者以青岛潮间带沉积物为研究对象,采用5种培养基,从青岛潮间带沉积物共分离获得138株厌氧细菌。16S r DNA序列分析表明,这些细菌分属3个门15个属32个种,其中γ-变形菌纲64株18个种,在种类上处于优势地位;此外还包括δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)16株2个种,ε-变形菌纲4株1个种,拟杆菌门(Bacteroidetes)29株8个种,梭杆菌门(Fusobacteria)25株3个种。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、Marinifilum属、泥杆菌属(Ilyobacter)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)在数量上占优势。此外,有26株8种细菌(占总菌株数的18.84%)与已知菌的同源性介于89.38%~94.22%,为潜在的海洋细菌新科或新属,表明此简易厌氧菌培养方法在获得新菌方面具有较大优势。另外,研究结果还表明,不同培养基对特定的类群具有选择性:2216E培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高;SPG培养基在获得新菌方面具有优势(占新菌数62.5%),且这些新菌大多属于拟杆菌门和梭杆菌门,其中SPG-1培养基对于分离硫酸盐还原菌和难培养的ε-变形菌纲细菌具有优势,SPG-4培养基对分离硝酸盐还原菌具有优势。     

天津近海可培养细菌多样性的初步调查

根据天津近海地理地貌特征设置了5个调查站住,分别采集不同水层的水样,进行了可培养细菌调查和多样性分析.调查结果表明,天津近海海水细菌总数为0.28×107～6.08×107cfu/L.划线培养获得的菌株经16S rDNA扩增后,用RsnⅠ、Msp Ⅰ限制性内切酶酶切,共获得27种酶切谱型.对27种谱型的细菌进行16S rDNA克隆和序列分析表明,天津近海海水可培养细菌分属于3个分类单元,即变形细菌(18种)、厚壁菌(5种)、拟杆菌(4种).对天津近海海水可培养细菌的可能代谢类型进行了比较分析,为今后开发利用海洋生物资源和修复天津近海生态环境提供了数据.     

红树林海洋细菌的分离鉴定及其活性物质初步分析

从广西北部湾红树林海洋淤泥中分离筛选到270株海洋细菌,用喉癌细胞Hep-2的细胞毒作用为筛选模型,用SRB法检测这270株海洋细菌的抑制肿瘤细胞生长活性,其中13株呈阳性反应。依据形态和生理生化反应特征及16SrRNA基因序列分析,确定其中一株为短小芽孢杆菌Bacillus pumilusPLM4。取该菌株液体培养上清液,检测对人喉癌细胞Hep-2的生长抑制率为63.9%,经过凝胶过滤层析分析获得2个活性峰,其中活性高的峰估计平均分子量为116kd。采用经典显色反应法初步判断该活性物质为多糖。     

北极海水中可培养寡营养细菌多样性

北极科考带回北冰洋海水,经透析室连续富集培养,培养基再培养获得膜上生长的可培养寡营养细菌.应用16SrDNA文库技术对北极N83站和C19站海水中可培养寡营养细菌多样性进行了研究.结果表明,样品中细菌多样性丰富.N83站水样可培养寡营养细菌分为3部分:优势菌群为α-变形菌纲(Alphaproteobacteria),在...     

八门湾红树林土壤放线菌多样性及抗病原菌活性分析

红树林土壤中蕴藏着丰富的放线菌资源,是新菌种的重要来源。为获得更多新的放线菌资源以用于开发新的生物活性化合物,了解放线菌的多样性是非常重要和必要的。研究采用扩增子高通量测序和传统培养法对八门湾红树林土壤放线菌进行了非培养和培养水平多样性研究,同时对其抗病原菌活性进行了分析。对于非培养水平多样性研究,与细菌通用引物相比,利用放线菌相关引物可以提高放线菌丰度的检测水平,其百分比含量提高2.47倍;可以检测到放线菌门更多的目、科和属;对于在目水平上的放线菌类群组成来说,Acidimicrobiales、Corynebacteriales、Gaiellales、Kineosporiales、Solirubrobacterales是优势类群,但是在用两对不同引物得到的结果中,其百分含量差异较大。放线菌相关引物更适合环境样品中放线菌多样性的分析。对于培养水平多样性研究,分离到256株放线菌,属于7个目、9个科、14个属, Shannon-Wiener多样性指数为1.32, Streptomyces(42.58%)和Micromonospora(42.19%)是优势属;与模式菌株的相似性小于98.5...     

三份南海岛礁珊瑚砂样品中可培养细菌多样性

岛礁珊瑚砂环境中存在着大量未被培养和利用的微生物资源, 微生物多样性研究是了解微生物生态功能、开发和利用微生物资源的基础。文章采用多种寡营养培养基选择性分离南海岛礁珊瑚砂中的可培养细菌, 共获得纯培养细菌菌株349株, 通过16S rRNA基因序列分析, 发现它们隶属于4门(Actinobacteria、Proteobacteria、Firmicutes和Bacteroidetes)、6纲、26目、43科、73属、134种, 可培养细菌的优势类群为放线菌门, 占所有分离菌株数量的60%; 而且还发现18个16S rRNA 基因序列相似性低于97%的潜在新种。本研究使用改良优化的寡营养培养基进行分离, 较好地显示出样品中微生物的群落组成, 且获得了大量潜在的稀有新物种资源。研究结果表明, 岛礁珊瑚砂样品的可培养细菌资源十分丰富、细菌群落所涉及的生态功能完整、潜在新种比例较高, 为后期岛礁微生物资源挖掘打下了良好的基础, 也为后期开发应用积累了丰富且稀有的菌种资源。     

印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.     

我国近海中度嗜盐菌的分离筛选及其产酶多样性分析

为了解我国近海中度嗜盐菌系统发育多样性及产酶特性,从天津、山东、江苏、福建、海南等地近海采集样品为研究对象,分离筛选得到108株中度嗜盐菌,其中有26株至少产一种酶。通过对其形态特征、生理生化、16SrRNA基因序列及系统进化树进行分析,将26株菌鉴定为细菌域的Halomonas、Idiomarina、Virgibacillus、Pontibacillus、Oceanobacillus、Halobacillus和Marinilactibacillus属的菌株。它们与相应属的模式菌株16SrRNA基因序列相似性在97%~100%不等,其中有些菌株可能代表不同的分类单元。底物特异性试验表明,分离的26株中度嗜盐菌13株产蛋白酶,19株产淀粉酶,13株产酯酶,4株产纤维素酶。其中6株产3种酶,11株产2种酶。研究结果表明中度嗜盐菌具有系统发育和产酶多样性,同时蕴藏着较多新的微生物类群,为嗜盐微生物资源应用开发提供了参考。     

Phylogenetic diversity of planktonic bacteria in the Chukchi Borderland region in summer

Planktonic bacteria are abundant in the Chukchi Borderland region. However, little is known about their diversity and the roles of various bacteria in the ocean. Seawater samples were collected from two stations K2S and K4S where sea ice was melting obviously. The analysis of water samples with fluorescence in situ hybridization (FISH) showed that DMSP-degrading bacteria accounted for 13% of the total bacteria at the station K2S. No aerobic anoxygenic phototrophic (AAP) bacteria were detected in both samples. The bacterial communities were characterized by two 16S rRNA gene clone libraries. Sequences fell into four major lineages of the domain Bacteria, including Proteobacteria (Alpha, Beta and Gamma subclasses), Bacteroidetes, Actinobacteria and Firmicutes. No significant difference was found between the two clone libraries. SAR11 and Rhodobacteraceae clades of Alphaproteobacteria and Pseudoalteromonas of Gammapro-teobacteria constituted three dominant fractions in the clone libraries. A total of 191 heterotrophic bacterial strains were isolated and 76% showed extracellular proteolytic activity. Phylogenetic analysis reveals that the isolates fell into Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria and Firmicutes. The most common genus in both the bacterial isolates and protease-producing bacteria was Pseudoalteromonas. UniFrac data showed suggestive differences in bacterial communities between the Chukchi Borderland and the northern Bering Sea.     

俄罗斯库页岛潮间带沉积物可培养细菌的系统发育多样性

采用2216E、R2A、M1培养基,首次从俄罗斯库页岛潮间带沉积物样品中分离到82株可培养海洋细菌,经查重并菌后选取其中45株具有代表性的菌株进行了16S r RNA基因序列分析和多样性研究。结果发现,它们共分布于变形细菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)4个类群(分别占45株代表菌株的42.2%、20.0%、20.0%和17.8%),代表着6个纲、27个属、44个种;同时发现其中有8个潜在新种和1个潜在新属。本研究结果表明,俄罗斯库页岛潮间带沉积物可培养细菌的系统发育多样性非常高,大部分菌株与分离自日本和韩国近海的细菌物种在系统发育关系上高度同源,但也存在不少潜在的新物种。     

Isolation and diversity analysis of heterotrophic bacteria associated with sea anemones

A study was undertaken to investigate the heterotrophic bacterial flora associated with the sea anemones. Samples of the sea anemones Anthopleura midori were collected from the coast of Weihai and bacteria were isolated from these samples. Additionally, high numbers of viable bacteria were obtained from the celom wall and surface of anemone, the community of cultivable bacteria was very diverse. As a result of this isolation, 60 strains were obtained, 56 of them were selected for identification and characterization by 16S rRNA gene sequence analysis and limited phenotypic testing. Among these isolates, 16 strains were phylogenetically related to members of the genus Pseudoalteromonas and neighboring taxa. Other isolates included members of the genera Colwellia, Vibrio, Acinetobacter, Pseudomonas, Endozoicomonas, Roseovarius, Paracoccus, Loktanella, Leisingera, Sulfitobacter, Bacillus, Staphylococcus, Plantibacter, Microbacterium, Micrococcus, Joostella, Psychroserpens, Cellulophaga, Krokinobacter, Polaribacter and Psychrobacter. Seven potential novel species were found. Among 60 strains, 17 of them can produce proteolytic exoenzyme, 20 can produce lipolytic exoenzyme. Strain NQ8 has strong antagonistic effects on some Vibrio strains. This study demonstrates that the culturable fraction of bacteria from the sea anemones Anthopleura midori is diverse and appears to possess much potential as a source for the discovery of novel bioactive materials.     

A method for the quantitative estimation of bacteria from mangrove sediments

A simple and rapid method for the quantitative extraction of bacteria from high silt/clay-content muds associated with mangrove swamps is described. Mud samples are homogenized in filtered sea water and the supernatant is diluted and stained with Acridine Organge. The stained material is trapped on a 0·45 μm membrane filter and bacteria are counted under a fluorescence microscope. Samples may be pre-fixed in 5% formalin if they cannot be examined immediately.     

三亚天涯海角潮间带趋磁细菌特性

在三亚天涯海角潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达100个/cm3。透射电子显微镜(TEM)观察发现该区域趋磁细菌绝大多数为趋磁球菌。磁小体形状单一,皆为棱柱形;磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链,也有少数成簇排列。高分辨率透射电子显微镜(HRTEM)与X-射线能谱仪(EDXS)结果表明,磁小体成分为Fe3O4。趋磁细菌的铁含量平均为2.05%(0.70%~7.53%)。通过16S r RNA基因文库的构建与测序,在78个阳性克隆中得到了16个趋磁细菌序列,分属9个OTU。系统发育分析结果表明,其中8个OTU属于α-变形菌纲,1个OTU属于γ-变形菌纲。在全部9个OTU中,有8个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于93%,说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。     

南海西沙海槽沉积物柱MD05-2902细菌多样性

A sediment core MD05-2902 was collected from the deep-sea basin of the Xisha Trough. The vertical distribution and diversity of bacteria in the core was investigated through ten sub-sampling with an interval of 1 m using bacterial 16 S rRNA gene as a phylogenetic bio-marker. Eighteen phylogenetic groups were identified from 16 S rRNA gene clone libraries. The dominant bacterial groups were JS1, Planctomycetes and Chloroflexi, which accounted for 30.6%, 16.6%, and 15.6% of bacterial clones in the libraries, respectively. In order to reveal the relationship between biotic and abiotic data, a nonmetric multidimensional scaling analysis was performed. The result revealed that the δ15N, δ13C, total organic carbon and total organic nitrogen possibly influenced the bacterial community structure. This study expanded our knowledge of the biogeochemical cycling in the Xisha Trough sediment.     

海绵和海鞘中可培养放线菌的分离与多样性比较

在相同的分离培养条件下,为比较地域差别较大的福建海域海绵动物(山海绵Mycale sp.和网架海绵Stylissa sp.)和海南海域海鞘动物(皱瘤海鞘Styela plicata和乳突皮海鞘Molgula manhattensis)之间可培养放线菌多样性的差异,作者采用5种放线菌分离培养基和1种细菌通用培养基,对海绵和海鞘中的放线菌进行分离培养。采用16S rRNA 基因限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)分析和序列分析,揭示其多样性。共获得可培养放线菌198株,其中从海绵中分离到87株放线菌,从海鞘中分离到111株放线菌。RFLP分析表现为38种不同的图谱类型。16S rRNA基因序列分析表明,从海绵中分离到的放线菌包括6个放线菌属,其中有2株菌的16S rRNA基因序列与最相近的菌株相似性低于97%,可能是潜在的新菌株;从海鞘中分离到的放线菌包括7个放线菌属,有8株可能是潜在的新菌株。比较海绵和海鞘中可培养放线菌的多样性发现,从海绵中分离到的放线菌,除节细菌(Arthrobacter)以外,均包括在海鞘分离的放线菌属中。海鞘相关放线菌多样性水平不容忽视,是除海绵之外另一获得新型放线菌资源以及药用天然活性产物的重要来源。