光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)Leptin基因克隆及禁食-再投喂对其表达的影响

瘦素(Leptin)是在动物摄食和能量代谢调节中具有重要作用的一种蛋白。为研究光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)中Leptin基因(AfLep)的结构和功能,作者克隆了其c DNA序列全长。结果显示AfLep由1315个核苷酸组成,含1个长度为516bp的开放阅读框,预测编码蛋白由171个氨基酸残基组成并具有长度为20aa的信号肽。系统进化树中AfLep与其他鲤科鱼类的Leptin蛋白聚为一簇,与齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)进化相关性最高。多重序列比对显示AfLep与齐口裂腹鱼Leptin蛋白相似性最高(86.7%),与鲤科其他鱼类间的相似性均在80%以上。AfLep具有脊椎动物Leptin蛋白的4个保守?螺旋结构,其三级结构与人Leptin相似。AfLep在光唇鱼肝脏中的表达量最高,其次是脑和肾,其他组织中仅有微弱表达。实时荧光定量PCR检测显示禁食后光唇鱼肝脏AfLep表达量降低(P0.05),禁食1d、3d、7d时的表达量分别比与禁食前降低了58.25%、73.82%和92.05%;禁食1d和3d的鱼经再投喂后肝脏AfLep表达量均显著升高(P0.05),但禁食7d的鱼再投喂后AfLep表达量仅略有升高(P0.05)。上述结果表明AfLep参与了光唇鱼的摄食管理和能量代谢调控。     

波纹唇鱼mtDNA D-loop 序列变异分析

为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop 序列遗传多样性, 作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop 序列进行克隆和测序, 获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX 软件进行排序比较, 将结果导入MEGA5.0, 结果显示出在这25 尾个体中, 共检测出66 个变异位点, 包括0 个碱基缺失, 4 个碱基插入, 59 转换位点, 2 颠换位点及1 个转换和颠换同时存在的位点。并用MEGA5.0 软件构建该群25 尾个体的NJ 和UPGMA 系统树。由DNASP 软件计算出该波纹唇鱼群体的多态位点数(S)为62, 核苷酸多样性(P_i)为0.00606, 平均核苷酸差异数为6.907。结果表明波纹唇鱼群体的mtDNA-loop 基因个体差异程度不明显。     

日本鬼鲉(Inimicus japonicus)线粒体Cyt b和COⅡ基因的克隆及鲉形目系统发育分析

根据鲉形目鱼类Cyt b和CO Ⅱ上下游保守序列各自设计引物,对日本鬼鲇的线粒体DNA进行PCR扩增,克隆并测定了Cyt b和COⅡ因的全序列,CO Ⅱ基因为691bp,Cyt b为1141bp.从GenBank下载28种鲉形目及外群鱼类的Cyt b部分或全序列和10种形目及外群鱼类的COⅡ部分或全序列,然后进行比对分...     

光唇鱼( Acrossocheilus fasciatus) 胚胎及仔、稚鱼的发育

采用干法授精方法获得受精卵,在人工培育条件下观察了光唇鱼胚胎及仔、稚鱼发育过程。结果表明,光唇鱼受精卵呈圆球形,沉性、弱粘性。在水温23—25℃下,胚胎发育历时46h45min,经历了胚盘形成、卵裂、囊胚、原肠胚、神经胚、器官形成和孵化等阶段。在水温24—27℃下,仔、稚鱼发育历时22d,初孵仔鱼具有较大的卵黄囊,胸鳍原基及肛门原基形成;4日龄仔鱼开口摄食,进入混合营养期;7日龄仔鱼卵黄囊消失,营外源性营养,体侧8条横斑形成,各鳍均已出现,进入晚期仔鱼阶段;14日龄仔鱼各鳍鳍条发育基本完成;16日龄仔鱼鳞片开始出现,进入稚鱼期;22日龄稚鱼全身被鳞,进入幼鱼期。     

养殖光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus) 卵巢发育的组织学观察

采用解剖及石蜡切片技术,观察研究了养殖光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)卵巢发育的形态及组织学结构特征。结果表明,第一次性周期内,4—5月龄鱼卵巢处Ⅰ期,内以第Ⅰ时相卵细胞为主;6—18月龄鱼卵巢处Ⅱ期,内以第Ⅱ时相卵母细胞为主,单层滤泡膜形成;19—20月龄鱼卵巢处Ⅲ期,内以第Ⅲ时相卵母细胞为主,双层滤泡膜及放射带形成,胞质内出现液泡及卵黄粒;21—22月龄鱼卵巢处Ⅳ期,内以第Ⅳ时相卵母细胞为主,胞质内充满卵黄粒;23—24月龄鱼卵巢处Ⅴ期,内以第Ⅴ时相卵母细胞为主,滤泡膜脱落;25月龄鱼卵巢处Ⅵ期,内以空滤泡和第Ⅱ、第Ⅲ时相卵母细胞为主。6—7月为主要产卵期,9月产后卵巢恢复至Ⅱ期,12月进入Ⅲ期,并以该期越冬,4月卵巢重新往前发育。光唇鱼属短期分批产卵类型鱼类。     

养殖波纹唇鱼雌鱼形态性状对体质量的相关性及通径分析

为确定波纹唇鱼雌性亲鱼选育标准,了解形态性状与体质量的关系,筛选出主要生长性状。本研究开展了波纹唇鱼雌性亲鱼形态性状相关性分析、通径分析和回归分析。结果显示:波纹唇鱼雌性亲鱼体质量变异系数最大;各性状之间除头长X₃与胸鳍长X₆,X₃与躯干长X₁₁和眼径X₅与腹鳍长X₇相关性不显著,其余各性状间显著相关(P<0.05)或极显著(P<0.01)相关;筛选出4个与体质量相关性最大的形态性状体长X₂、体高X₄、臀鳍长X₈、尾长X₁₂;直接作用最大的形态性状是X₂,间接作用最大的形态性状是X₄;直接决定系数最大的是形态性状X₂, X₂-X₄的间接决定系数最大;构建多元回归方程为Y=-3.402+0.016X₂+0.453X₄     

6种鳗鲡（Anguilla）线粒体DNA COⅡ基因序列分析及其系统发育

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅡ基因片段的长度都为412bp,4种碱基组成非常相似,并且A＋T的含量都大于G＋C的含量。6种鳗鲡COⅡ基因片段核苷酸序列之间有46bp的差异,其中有6处发生碱基颠换,40处发生碱基转换。非洲鳗鲡（Anguilla mossam...     

羊鲍(Haliotis ovina)和耳鲍(H.asinina)MtDNA COⅠ和COⅡ基因片段序列的比较研究

采用基因测序的方法,对我国海南产的羊鲍和耳鲍两个自然种群的COⅠ和COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列均为193bp,4种碱基组成非常相似,且其A T的含量也非常相似,分别为45.08%和45.60%。羊鲍和耳鲍COⅠ基因片段的核苷酸序列之间有29bp的差异,其中有8处发生碱基颠换,21处发生碱基转换,差异为15.03%,同源性为84.97%;羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列均为157bp,羊鲍和耳鲍4种碱基组成差异较大,且其A T的含量也不同,分别为59.24%和55.41%。羊鲍和耳鲍COⅡ基因片段的核苷酸序列之间有19bp的差异,其中3处发生碱基颠换,16处发生碱基转换,达到12.10%的差异,同源性为87.90%。分子变异分析表明羊鲍和耳鲍物种间的变异组成为0.50,变异百分数为100.00,羊鲍和耳鲍物种间的遗传分化显著(FST=1,P<0.001)。     

基于线粒体CO1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。     

北江大刺鳅(Mastacembelus armatus)的核型分析及线粒体Cyt b基因和D-loop的遗传多样性

采用胸腔注射植物凝集素(PHA)、秋水仙素,以大刺鳅(Mastacembelus armatus)头肾组织为材料,低渗处理,空气干燥法进行染色体标本制备,分析其染色体核型。结果显示:大刺鳅的二倍体染色体数目为2n=48,其核型公式为2n=14m+34t, NF=62。对24尾大刺鳅线粒体Cyt b基因和D-loop序列进行测序分析,结果表明:(1)大刺鳅Cytb基因、D-loop序列长度分别为1438bp、895bp,两个基因的单倍型多样性分别为0.656和0.541,核苷酸多样性分别为0.00539和0.00817,平均核苷酸差异数分别为5.938和6.805,说明该种群的遗传多样性丰富。(2)两个基因的每个个体的遗传距离分别为0.000—0.018和0.000—0.026,说明该种群个体间的遗传距离小。(3)中性检验的Tajima’sD检验及Fu's Fs检验的结果说明该种群没有发生过扩张。结果说明北江大刺鳅的遗传多样性水平较高,可用于人工繁育。     

节织纹螺(Nassarius hepaticus)贝壳差异的COⅠ基因分析

选择在厦门港市场购买的节织纹螺(Nassarius hepaticus),挑选五种典型贝壳形态,每种形态各5个个体,研究其COⅠ基因序列及其分子系统发育。结果表明,节织纹螺五种贝壳类型的齿舌形态基本一致,但个体间齿列数和中央齿上缘小齿数有差异;COⅠ基因序列存在较大的变异,678—679bp的片段上有31个变异位点,其中20个为密码子第三位碱基,6个为密码子第二位碱基,5个为密码子第一位碱基;贝壳、齿舌变异与DNA变异不存在关系,同类型和不同类型的个体在DNA序列上差异较小,根据Kimura 2-parameter法计算25个个体的遗传距离在0.001—0.010之间,平均值为0.007。以COⅠ基因序列计算的遗传距离和构建的系统发育树证实五种贝壳形态的25个个体同属于节织纹螺。     

水产品鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)细菌多样性及优势微生物分析

为研究鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)在不同冻藏时期的优势微生物,并且得到一个较全面的细菌群落组成结构,采用16SrDNA基因克隆文库及克隆子分析等方法,分别对冻藏1d、8d和20d条件下鲐鱼鳃体系中的细菌种群多样性、优势微生物及其中产组胺菌的变化进行分析。结果表明,不同时期鲐鱼鳃内的细菌多样性均较强;冻藏1天的鳃体系中不动杆菌属(Acinetobacter)占优势为总数的77.5%,产组胺细菌如泛菌属(Pantoea)和肠杆菌属(Enterobacter)较少;第8天优势细菌种群是梭杆菌属(Fusobacteria bacterium)和希瓦氏菌属(Shewanella),而产组胺菌如发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)较前期数量有所增加;冻藏到第20天的优势种群为哈夫尼菌属(Hafnia)和沙雷菌属(Serratia),它们均是产组胺的菌群。鲐鱼中细菌多样性及其优势微生物的变化等全面信息可为了解鲐鱼水产品组胺发生的微生物机制及其控制方法提供重要依据。     

2种银鱼线粒体COⅡ及侧翼tRNA基因的测定分析及其亲缘关系研究

探讨4种银鱼及香鱼线粒体COⅡ基因序列变异及它们的亲缘关系.测定和分析大银鱼和太湖新银鱼线粒体COⅡ基因全序列及侧翼tRNA基因序列.并与有明银鱼、小齿日本银鱼及香鱼的同源序列比较,发现大银鱼和太湖新银鱼COⅡ基因的核苷酸序列差异最小,香鱼与有明银鱼的差异最大.此外,选加大西洋鲑等共11种鱼类的COⅡ基因序列,用NJ法和MP法对其进行系统树重建,结果显示:系统树一致将4种银鱼和香鱼聚为一支,其中大银鱼与太湖新银鱼亲缘关系最近.     

南海海区鲻鱼(Mugil cephalus)CO Ⅰ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(Co Ⅰ)序列研究了南海海区鲻鱼群体的遗传多样性水平和遗传结构.通过PcR扩增与序列测定获得了长度为621bp的基因片段.在35个样品中共发现47处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.1%、25.0%和19.2%.35条CO Ⅰ序列共定义了25个单倍型,存在4...     

野生黄唇鱼Bahaba flavolabiata肌肉和鳔营养成分的分析与评价

采用生物化学方法测定和分析了野生黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)肌肉和鳔的营养成分。黄唇鱼肌肉和鳔的营养成分都属于高蛋白、低脂肪类型。肌肉的必需氨基酸模式优于FAO/WHO的理想模式,氨基酸含量、必需氨基酸含量和鲜味氨基酸含量均较高,种类齐全。鳔的氨基酸组成较FAO/WHO的理想模式低,但其蛋白质含量高达35.90%,高于其他已报道的水产品,粗脂肪和粗灰分含量较低;氨基酸种类齐全且含量丰富,富含鲜味氨基酸;在氨基酸测定中发现了牛磺酸、γ-氨基丁酸、鸟氨酸和羟脯氨酸等4种具有重要生理功能的衍生氨基酸。肌肉和鳔的支/芳值均接近正常人的水平,不饱和脂肪酸含量较丰富,与饱和脂肪酸含量的比值分别为1.45和1.51,含有人体所必需的钙、钠、钾、镁、铁、铜、锌等元素。结果表明,黄唇鱼肌肉具有较高的营养价值,肌肉和鳔均属于优质的海产蛋白源。     

石莼目几种绿藻的ITS区和5.8S rDNA的序列及系统发育分析

在海藻的分类系统上,由于海洋的开放环境和人为因素的影响,单凭藻体的形态、结构特征很难得到统一的结论,因此探求一种能够有效补充传统分类方法的新手段具有十分重要的意义[1-2]。随着分子生物学技术的不断发展和完善,为分类学和系统学研究提供了许多新方法。分子生物学技术如RAPD[3-4],RFLP,AFLP,CAPS,SSLPs,SNPs等技术为海洋绿藻的分子系统学的研究提供了可靠的分子标记资料,其中核糖体rDNA ITS区(包括ITS1,5.8S和ITS2)序列被广泛用于不同物种的种间,亚种和种群水平上的系统发生的研究[5-12]。     

高体(鱼狮)(Seriola dumerili)线粒体全基因组测定及结构特征分析

为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Tyr、tRNA^Ser、tRNA^Glu、tRNA^Pro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNA^Ser-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。     

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)MSTN基因SNP位点与体重的相关性分析

为了研究黄颡鱼MSTN基因的多态性与体重之间的相关性,对100条六月龄黄颡鱼肌肉生长抑制素基因(MSTN)的全序列进行测序,获得了8个多态性较高的SNP位点。结果显示：其中有7个位点分布于非编码区,1个位点位于编码区,但位于编码区的核苷酸突变为同一突变。在得出这8个SNP位点中有三个位点的基因型与黄颡鱼的体重有显著的相关性：IJ与体重呈正相关性,而NN和OP与黄颡鱼体重呈负相关性。在黄颡鱼育种过程中,可以尝试利用这三个位点进行分子标记辅助选育。     

狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组测定及结构特征分析

为解析狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组结构特征以及进化地位,采用二代高通量测序技术获得狄氏斧蛤线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行注释并对其序列结构进行分析。结果表明,狄氏斧蛤的线粒体全基因组序列全长为16 908 bp,碱基组成为A (26.81%)、T (41.13%)、G(21.21%)和C (10.85%),A+T含量为67.94%,表现出明显的AT偏向。与其他双壳贝类相似,狄氏斧蛤共编码13个蛋白质编码基因,包含22个t RNA和2个r RNA,且所有基因均位于H链;蛋白质编码基因拥有3种起始密码子(ATG、ATT、ATA),而除了ND3、ND4以及ATP6使用TAG作为终止密码子外,其余所有蛋白质编码基因都使用TAA作为终止密码子。除t RNASer不能折叠成典型的三叶草结构,没有明显的DHU茎环,其余t RNA都能折叠成典型的三叶草结构。狄氏斧蛤与斧蛤科(Donacidae)其他物种具有相同的基因排列,未发现基因重排现象。基于线粒体12个蛋白质编码基因构建62种贝类的进化树,结果显示:Donax semiestriatus和Donax vittatus聚...