大竹蛏(Solen grandis)不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对我国沿海大竹蛏(Solen grandis)群体的遗传多样性进行了分析,利用筛选出的7对AFLP引物,对丹东、烟台、莱州、日照和南通5个地理群体的141只大竹蛏个体进行了扩增,共得到了403个位点,片段大小在100—700bp之间。其中丹东、烟台、莱州、南通4个群体的大竹蛏遗传多样性水平接近,日照群体的多态位点比例高于其它4个群体,结合Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)看,日照群体的遗传多样性水平最高,而南通群体的遗传多样性水平最低。AMOVA分析得到群体间遗传分化系数Φst=0.2250(P<0.001),群体间的变异百分率为22.5%,群体内为77.5%,说明群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异,但群体间也存在一定程度的基因渗透。     

大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选

利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。     

大竹蛏(Solen grandis)铁蛋白基因的克隆及其在转录水平上对微生物多糖的应答

本研究克隆获得了一个大竹蛏(Solen grandis)铁蛋白(SgFer)基因的cDNA全长,其序列全长为848bp,5’和3’端的非编码区分别为111bp和212bp,开放阅读框525bp,推测编码174个氨基酸,预测分子量为20.2kDa,理论等电点为5.20。通过荧光定量PCR法研究了SgFer在健康大竹蛏组织中以及大竹蛏受到微生物多糖刺激后的表达规律,结果表明,SgFer在血细胞、鳃、外套膜、肌肉、性腺和肝胰腺等组织器官中均有表达,在肝胰腺中的表达量最高。SgFer在大竹蛏受到肽聚糖(PGN)和葡聚糖(glucan)刺激后,其mRNA的表达量显著上调,分别在刺激后6h和12h达到最高;而脂多糖(LPS)刺激不能诱导其mRNA表达量上调。SgFer可能参与大竹蛏对微生物多糖的清除反应。     

大竹蛏(Solen grandis)翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因的分子克隆和表达特征分析

本研究克隆得到了一个大竹蛏(Solen grandis)翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)基因(SgTCTP)的cDNA全长,其序列全长为1055bp,5′和3′端的非编码区(UTR)分别为54和461bp,开放阅读框(ORF)540bp,编码179个氨基酸,理论等电点为4.50,预测分子量大小19.96kDa。通过荧光定量PCR法检测了SgTCTP在健康大竹蛏各组织中和病原相关分子模式(PAMPs)刺激后的表达规律,结果表明:SgTCTP在检测组织外套膜、鳃、性腺、血细胞、肌肉和肝胰腺中都有表达,其中在肝胰腺中的表达量最高。脂多糖(LPS)、肽聚糖(PGN)和葡聚糖(β-1,3-glucan)刺激都能诱导SgTCTP的表达量上调,SgTCTP的表达量分别在LPS和PGN刺激后6和3h达到最高,为空白对照的3.64和3.36倍;β-1,3-glucan刺激后SgTCTP的表达量上升幅度最大,在12h达到最高,为空白对照的11.76倍。SgTCTP可能作为急性时相蛋白参与大竹蛏的免疫应答。     

石鲽野生群体和养殖群体遗传多样性的ISSR分析

采用简单序列重复区间(ISSR)技术,对石鲽的3个野生群体——青岛群体(QD)、威海群体(WH)、莱州群体(LZ)和一个养殖群体(YZ)进行了遗传多样性研究.结果表明,从60个ISSR引物中筛选出8个ISSR引物对四个群体的基因组DNA进行扩增,共获得183个重复性好且5谱清晰的位点,4个群体的多态位点比例为48.1%~50.8%,Shannon多样性值为15.68~18.53,群体内个体间遗传相似度为0.9053~0.9189,群体间的遗传距离为0.0055~0.0173.同其他鱼类相比,石鲽群体的遗传多样性水平较低.用UPGMA方法构建的群体进化树显示,WH群体和LZ群体遗传距离最近,首先聚在一起,两者然后与YZ群体聚类,最后与QD群体相聚.利用基因分化系数进行遗传变异来源估算,结果表明石鲽群体96.47%的遗传变异来源于群体内,群体间的遗传变异仅占3.53%,不同群体间的遗传相似度较大.     

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4 个群体遗传多样性的 ISSR 分析

采用ISSR分子标记对中国沿海4个厚壳贻贝群体进行遗传多样性和遗传结构分析,筛选出13条引物对4个群体120个样品共扩增出192个清晰的扩增位点,其中多态位点188个,多态位点百分率为97.92%,在物种水平上遗传多样性较为丰富。群体遗传多样性结果表明,PPL在81.77%—89.58%之间,H在0.2950—0.2818之间,I在0.4213—0.4447之间,其中福州群体多样性指数最低,温州群体最高。4个群体间GST为0.1519,Nm值范围介于3.0576—5.9714之间,AMOVA分析显示遗传变异主要来自群体内个体间。群体间遗传距离和聚类分析显示,温州群体和宁德群体首先聚为一支,再与舟山群体聚类,最后与福州群体聚在一起。表明地理位置较远的群体,遗传距离也较大,地理距离和遗传距离一致。     

三种蛏的遗传多样性分析

应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远.     

野生和养殖牙鲆(Paralichthys olivaceus)遗传差异的RAPD和ISSR研究

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了山东威海近海野生和养殖牙鲆的遗传多样性差异。结果表明,用10个RAPD引物对两个样本各30个个体的基因组DNA进行扩增,共获得110个重复性好且带谱清晰的扩增位点,片段大小在200—2500bp之间,野生样本和养殖样本的多态位点比例分别为59.09%和60·91%,Shannon多样性值分别为16·563和16·917,野生样本内平均遗传距离为0·17427,养殖样本为0·17553,样本间遗传距离为0·17419。用6个ISSR引物共在两样本中检测到161个位点,野生样本有111个(68·94%)为多态位点,养殖样本有112个(69·57%)为多态位点,野生和养殖样本的样本内平均遗传距离分别为0·19996和0·20007,样本间遗传距离为0·20002,Shannon多样性值分别为29·254和29·688。平均位点多态率显著性检验标明,无论是利用RAPD还是ISSR技术,两群体间平均位点多态率皆差异不显著,说明第一代养殖群体的遗传结构尚未发生明显变化。     

两个大珠母贝群体遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对我国两个大珠母贝Pinctada maxima群体的遗传多样性进行分析.7条ISSR引物在两个群体中共得到91个清晰的扩增位点.总多态位点百分率为100%,H= 0.2832, I = 0.4372,总的遗传变异中有21.54%的变异存在于两个群体之间,而78.46%的遗传变异是发生在群体内.海南群体的遗传多样性水平(PPB＝91.21%,I=0.414 4±0.236 4,H=0.271 5±0.179 0)高于广西群体(PPB＝82.42%,I=0.362 1±0.253 4,H=0.235 6±0.1837),广西群体的单态位点数(15个)明显高于海南群体(8个).NJ聚类分析表明两群体各自聚类成一簇.研究结果表明我国大珠母贝的遗传多样性水平较高,两群体间存在较明显的遗传差异     

马氏珠母贝群体内遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对一马氏珠母贝养殖群体中个体大和个体小的两个组的遗传多样性进行分析。5个引物在2个组100个样品中共得到72个清晰的扩增位点,其中多态性位点71个,多态位点百分率(PPB)为98.61%。POPGENE分析结果表明:个体大的组的遗传多样性水平高于(PPB=94.44%,I=0.3523,h=0.2181,na=1.9444)小个体组(PPB=80.61%,I=0.3008,h=0.1915,na=1.8056)。两组间的遗传分化系数Gst=0.0948。UPGMA聚类分析表明大个体组内几乎所有的贝(47个)聚在一起,而小个体组的贝(50个)聚成另一支。     

缢蛏(Sinonovacula constricta)微卫星标记的分离及近缘物种通用性

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到12对缢蛏(Sinonovacula constricta)的多态性微卫星引物。每个位点的观测等位基因数为2—15个,有效等位基因数为1.0339—8.8063个;观测杂合度(Ho)为0.0333—1.0000,平均观测杂合度为0.7525;期望杂合度(He)为0.0333—0.9020,平均期望杂合度为0.6866;多态信息含量(PIC)为0.0320—0.8680。所有位点中,有8个位点属于高度多态位点(PIC0.5),SC1-5和SC4-6属于低度多态位点(PIC0.25);经Bonferroni校正后,无显著偏离哈迪-温伯格平衡的位点;连锁不平衡检验结果表明,位点间不存在连锁不平衡现象。此外,分析了这些引物在近缘种长竹蛏(Solen strictus)、大竹蛏(Solen grandis)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的通用性情况,结果显示:长竹蛏中,位点SC1-4、SC2-8、SC3-1、SC3-14表现出了高度多态(PIC0.5);在大竹蛏中,位点SC3-4、SC3-7、SC4-6表现出了高度多态性(PIC0.5),SC2-9为低态位点(PIC0.25);在小刀蛏中,位点SC1-7、SC2-9、SC3-4、SC3-14表现出了高度多态性(PIC0.5),SC4-6为低态位点(PIC0.25)。     

利用ISSR 分子标记技术分析浙江沿海4 株坛紫菜的遗传多样性

利用 ISSR 分子标记技术对采自浙江省南麂岛和渔山列岛的4株不同形状野生坛紫菜(Porphyra haitanensis)进行了遗传多样性分析.从33条引物中筛选出11条可扩增出清晰条带的引物,在4株坛紫菜中共扩增出62条 DNA 带,其中多态性条带比例达88.71%.遗传距离分析表明4株坛紫菜之间的遗传距离范围是0.3226~0.6129,聚类分析结果表明渔山列岛坛紫菜遗传距离最近,而南麂岛的两株坛紫菜则距离相对较远.该研究说明浙江附近岛屿的野生坛紫菜遗传多样性丰富     

不同温度和盐度对大竹蛏耗氧率和排氨率的影响

在实验室条件下,设置12、17、22、27和32℃五个温度梯度和12、17、22、27和32五个盐度梯度,研究了不同温度和盐度对大竹蛏(Solen grandis)耗氧排氨的影响。结果表明:随着温度的升高耗氧率先降低再逐渐升高,在温度为22℃时为最小值1.571 mg/(g·h);排氨率先降低后升高再降低,在温度17℃时为最小值0.127 mg/(g·h)。随着盐度增加耗氧率先升高后降低,在盐度22时达到最大值3.106 mg/(g·h),排氨率先降低再升高,在盐度为27时为最小值为0.145 mg/(g·h)。在盐度32时,不同温度的O:N范围是5.525~79.037。在温度12℃时,不同盐度下的O:N范围是4.378~16.755。不同温度下耗氧率Q_(10)变化范围为1.054~2.421,排氨率的Q_(10)变化范围是0.748~1.256。研究结果为进一步完善大竹蛏的人工养殖技术提供参考。     

大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究

利用线粒体COI 基因序列片段与ISSR 标记方法, 研究江苏海域大黄鱼（Pseudosciaena crocea）野生群体（JS）的遗传多样性水平, 并比较其与浙江（ZJ）、福建（FJ）养殖群体的遗传差异。结果表明： （1）扩增COI 基因序列片段625bp, 3 个群体65 个序列中有15 个单倍型, 群体间有3 ...     

条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析

简单重复序列中间区域(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一种微卫星类分子标记。为明确条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)中国群体的遗传多样性和遗传关系,作者利用ISSR技术对福建厦门(XM)、福建平潭(PT)、广东湛江(ZJ)、海南海口(HK)和台湾(TW)5个土著地理群体的条纹斑竹鲨进行了遗传多样性和遗传关系分析。从56对ISSR引物中筛选出13对多态性引物,扩增共获得81个重复性的位点,其中多态性位点57个,多态位点百分率为70.37%。5个群体的多态位点百分率、Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为38.27%~58.02%,0.1353~0.2155和0.2032~0.3193。UPGMA聚类分析表明PT群体首先和XM群体聚类,再与TW群体聚类,最后与ZJ群体和HK群体形成的分支聚类,即形成了与地理距离远近相关的基因交流模式。     

大黄鱼野生与养殖群体遗传结构的比较研究

采用垂直板型不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对福建野生与养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)4个群体(湄洲野生群体、宁德野生群体、宁德养殖群体、连江养殖群体)的遗传结构进行了比较研究。结果表明,4个大黄鱼群体的平均每位点有效等位基因数为1.1250～1.1293,多态位点百分数为12.50%～18.75%,观察杂合度为0.1250,期望杂合度为0.0636～0.0677。湄洲湾野生群体的遗传多样性高于养殖群体。4个大黄鱼群体间的遗传分化很低,4个大黄鱼群体间遗传距离在0.0000～0.0001,平均遗传距离为0.0005,遗传分化系数(Fst=0.0004)低,基因流(Nm=609.6667)大。