合浦珠母贝两个野生种群的生化遗传变异

用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直平板电泳技术测定了大亚湾和北部湾合浦珠母贝Pinctadamartensi野生种群12种同工酶26个基因座位的遗传变异。结果表明,两个种群的平均杂合度分别为0.1243±0.0377和0.0999±0.0441,与已报道的珠母贝属的其他种很接近。两个种群的杂合子缺失系数分别为-0.278和-0.346;遗传相似度(I)和遗传距离(D)分别为0.9842和0.0159;基因分化系数GST为0.0253,表明2个种群之间有较强的基因流。     

马氏珠母贝两个与生长性状相关QTL 的验证

利用2个马氏珠母贝群体对遗传连锁图谱已经定位的,与马氏珠母贝生长性状相关的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)中的两个进行验证。结果显示:m59标记在2个群体中与壳高、壳长、壳宽和总重具有显著的相关性(P0.05),其GT基因型的个体壳高、壳长、壳宽和总重均显著高于GG基因型的个体;154165标记在湛江群体中与壳高具有显著相关性(P0.05),而在深圳群体中与壳宽具有显著相关性(P0.05);表明QTL标记m59在2个群体中是共享QTL,而154165标记在群体中是特异QTL。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在湛江群体中二倍型C_1(AAGT)和深圳群体中D_1(AGGT)型和D_2(AAGT)型对马氏珠母贝生长最为有利,可作为优先的基因型组合。     

合浦珠母贝β-肌动蛋白基因的克隆和序列分析

为进一步研究珍珠质基质蛋白外排机制,同时为今后合浦珠母贝(Pinctada fucata)不同组织的基因表达研究提供阳性对照,根据大鼠(Rattus norvegicus)胞质型肌动蛋白β-actin设计引物,通过RT-PCR方法克隆鉴定了合浦珠母贝肌动蛋白同源基因片段。序列分析表明,该片段编码的氨基酸序列与相应同源片段具有较高的保守性。合浦珠母贝β-肌动蛋白有多个特有的氨基酸残基。合浦珠母贝可能是在系统进化上较早分出的一支。     

5-HT对马氏珠母贝卵体外促熟的影响及5-HT受体的细胞学定位

研究了5-羟色胺(5-HT)对马氏珠母贝解剖获得卵母细胞的促熟作用及5-HT受体(5-HTpf)在其性腺中的分布情况。通过体外浸泡的方法处理马氏珠母贝卵母细胞使其成熟,结果表明一定浓度的5-HT可显著促使马氏珠母贝卵母细胞生发泡破裂,并使已经发生生发泡破裂的卵母细胞进一步成熟,同时可诱导5-HT受体基因的表达。用原位杂交的方法对5-HT受体在马氏珠母贝性腺中的分布的研究结果揭示,卵巢中次级卵母细胞和卵细胞均存在5-HT受体,有阳性信号出现;精巢中仅滤泡壁及精母细胞中有少量表达。以上结果表明马氏珠母贝的卵母细胞不仅能产生5-HT并且可表达5-HT受体。     

马氏珠母贝生长性状相关QTL在两个群体中的验证

对两个通过遗传图谱构建定位的马氏珠母贝(Pinctada ucata)生长性状相关的QTL在两个不同群体中进行验证分析。结果显示:QTL471489在深圳群体中与壳高、壳宽显著相关(P0.05),其CT基因型个体的壳高、壳宽和体质量显著大于CC基因型,CT为优势基因型;而在杂交群体中该QTL与生长性状关联不显著(P0.05),但CT基因型的生长性状值仍最大。QTL410206在深圳群体中与生长性状关联不显著(P0.05),而在杂交群体中该QTL与壳高、壳长、壳宽和体质量显著相关(P0.05),AA为优势基因型。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在深圳群体中C1(CTAT)型和杂交群体中D1(CTAA)、D2(TTAA)、D3(CCAT)、D4(TTAT)、D5(CTAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优选的基因型组合。     

我国珠母贝属(Pinctada)主要种类亲缘关系的初步分析

采用核糖体DNA内部转录间隔子1(ITS1)序列初步分析了珠母贝属8个种的亲缘关系。结果表明,ITS1长度范围分布在402—474bp之间,大珠母贝的ITS1序列最长,黑珠母贝的最短。作为外群的企鹅珍珠贝ITS1长385bp。系统发育分析表明,所研究种类聚合成3个类群。类群I包括合浦珠母贝Pinctadafucata和覆瓦珠母贝P.imbricata。类群II包括白珠母贝P.albina、黑珠母贝P.nigra、长耳珠母贝P.chemnitzi和射肋珠母贝P.radiata,其中前2个种聚合成1枝,后两个种聚合成另一枝,分别形成两个亚群类群IIA和类群IIB。类群III包括珠母贝P.margaritifera和大珠母贝P.maxima。类群IIA与类群IIB之间、类群III的大珠母贝与珠母贝之间的遗传距离较近(0.080—0.100),类群I与类群II之间遗传距离较远(0.250—0.270),类群III与类群I和类群II之间的遗传距离最大(0.400—0.570)。类群I中我国的P.fucata和澳大利亚的P.imbricata之间遗传距离很小(0.000—0.013),而两者的种内遗传距离分别为0.002—0.013和0.005,种内与种间遗传距离相重叠,表明P.fucata和P.imbricata应为同种。类群IIA的P.albina与P.nigra之间的遗传距离为0.013,可能为两个亚种。类群IIB中的P.radiata与P.chemnitzi之间的遗传距离只有0.005—0.007,而本研究的P.chemnitzi的ITS1序列与GenBank中的P.chemnitzi的ITS1序列高度一致,表明P.radiata的鉴别可能有误。     

形态学和SNP标记分析马氏珠母贝杂交子代及其亲本群体的遗传结构

马氏珠母贝是重要的海水养殖贝类, 为了探究繁育亲本及其子代的遗传结构和关系, 本研究运用多元性形态学和SNP标记对马氏珠母贝母本深圳群体、父本海南群体和其杂交子代F1的外部形态和分子遗传结构进行分析。结果发现, 3个群体的综合判别率为72%, F1和母本群体的形态差异最小, 父本群体与母本、F1的形态差异较大。采用HRM法 (high resolution melting) 应用4个SNP位点对这3个群体进行分型, 3个群体的平均观测杂合度H_o和期望杂合度H_e分别为0.2110~0.2879和0.3317~0.4685, F1的杂合度高于两个亲本; 平均多态信息含量PIC值为0.2643~0.3556, 呈现中等程度遗传多样性。F1与母本之间的基因流N_m最大(7.7701), 遗传距离最小(0.0546), 亲缘关系最近; 两个亲本之间的N_m最小(1.9662), 遗传距离最大(0.1759)。rs8位点可以判别两个亲本群体, 可作为特异性的标记。该结果可以为马氏珠母贝群体遗传结构鉴别、育种群体管理提供指导。     

马氏珠母贝生长性状QTL鉴定及基因型选择效应分析

对马氏珠母贝生长性状QTL411871进行初步验证,然后建立两种基因型组配:♀AT×♂AT(30号)和♀TT×♂AT(31号),对其实际的基因型效应进行分析。结果显示,QTL411871在验证群体中与闭壳肌重显著相关(P0.05),优势基因型为AT。在30和31号基因型组配中,QTL411871与生长性状关联不显著(P0.05),AT基因型的遗传效应小,但仍是个体生长性状均值最大的基因型。QTL423886标记在30号组配中与壳高、壳长和总重显著相关(P0.05),其AG基因型个体的壳高、壳长和总重显著大于GG基因型;而在31号组配中与生长性状关联不显著(P0.05)。基于这2个QTL标记在30和31号组配中分别构建二倍型,发现在30号组配中二倍型C1(ATAG)和31号组配中D1(ATAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优先的基因型组合。该结果为开展马氏珠母贝的分子标记辅助选择育种提供了指导。     

高温胁迫对合浦珠母贝不同群体存活及免疫酶活性的影响

为比较合浦珠母贝(Pinctada fucata)不同群体在高温胁迫下的存活及免疫酶活性变化情况,本实验以“海优1号”(YY)、“海选1号”(XX)、“南科1号”(KK)和广西潜在耐高温养殖群体(TT)为实验材料,通过渐变升温的方式测定4组合浦珠母贝在35℃水温胁迫下的生理指标,研究不同胁迫时长对合浦珠母贝存活及其鳃组织内超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、总抗氧化能力(T-AOC)和碱性磷酸酶(AKP)活性的影响。研究显示,实验第8天开始出现个体死亡,TT组在实验12 d后存活率显著高于其余3组(P<0.05);4个群体的SOD、CAT和T-AOC活性随胁迫时间的延长大致呈上升-下降的趋势,在1～24 h内免疫酶活性呈上升趋势,在120 h后下降至对照水平以下;在高温胁迫下各组的AKP活性增加,KK、TT与XX、YY分别在12和24 h达到峰值,在120 h显著下降。本研究初步探明了高温胁迫下合浦珠母贝的免疫应答机制。     

中国养殖马氏珠母贝多毛类寄生虫病的调查

对中国主要海水珍珠养殖海域7个养殖场的11个养殖群体马氏珠母贝 (Pictadamartensii)多毛类寄生虫病的调查发现 ,多毛类寄生虫病是中国养殖马氏珠母贝普遍存在的病害 ,同时也是危害最大的病害。广西防城港市江山镇 ,北海市营盘镇 ,深圳市大鹏镇和海南省陵水县新村镇的珍珠养殖场感染尤为严重 ,感染率在76 %以上 ,而广东省雷州市谭斗镇 ,徐闻县大井镇和海南省陵水县黎安镇的养殖场感染程度相对较低 ,感染率在40%以下。雌雄贝之间的感染率无显著差异 (P>0.05) ,在高感染群体中 ,双壳同时感染多毛类寄生虫病的感染率与仅单壳 (左壳或右壳 )的感染率比较有显著差异(P<0.05)在多毛类寄生虫病严重的养殖场 ,中贝与成贝感染多毛类寄生虫病程度与贝龄无关 ;在感染多毛类寄生虫病中等程度的养殖场 ,马氏珠母贝感染程度与贝龄有关 ,即在多毛类寄生虫病严重的养殖场 ,低龄贝受到的危害同样很严重。多毛类寄生虫病发生与养殖方式有直接的关系     

欧洲牡蛎两个种群的遗传变异

用淀粉凝胶电泳检测和比较了来自爱尔兰自然群体和威尔土养殖群体的欧洲牡蛎Ostreaedulis11个基因位点的遗传变异。结果表明,两群体的平均杂合度观察值分别为0．081和0．144,多态位点比例（P0.99）分别为57．9％和42．1％,平均等位基因数分别为1．7和1．6,与已报道的欧洲牡额其他群体很接近,但与其他种类的牡蛎相比却很低。两群体之间相比,威尔土养殖群体的平均杂合度观察值明显大于爱尔兰自然群体的。这说明人为作用可以引起欧洲牡蛎群体的遗传差异。     

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异分析

应用RAPD技术对大黄鱼岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异进行研究,选取15条10bp随机引物,共检测出96个RAPD位点。结果表明,岱衢洋选育群体的多态位点比例为33.33%,平均杂合度为0.3008,Shannon多样性信息指数为0.0879,群体内个体间平均遗传相似系数为0.9079,平均遗传距离为0.0921;官井洋养殖群体的多态位点比例为43.75%,平均杂合度为0.3298,Shannon信息指数为0.1221,群体内个体间平均遗传相似系数为0.8784,平均遗传距离为0.1216。大部分遗传变异(93.52%)存在于群体内,少部分遗传变异(6.48%)存在于群体间。两群体间的Nei氏标准遗传距离为0.0123。以上分析表明,大黄鱼官井洋养殖群体的遗传多样性水平高于岱衢洋选育群体,但两个群体都处于较低的遗传多样性水平,需要对大黄鱼的种质资源进行科学管理和保护,以避免遗传多样性下降。     

日本绒螯蟹放流群体的遗传变异

利用水平电泳方法研究日本绒鳌蟹放流群体（新县的三面川和岛根县的高津川的遗传变异。计检测了15种同工酶,22个位点。两河川日本绒螫蟹的多态座位比例及平均杂合度）利力0．273和0．020,0．227和0．022,与其他种群基本一致。另外,两群体其他相近两自从群体的根井遗传距离为0．001。结果表明：到目前为止,尚未见到放流群体的遗传变异的明显减少。     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

Population structure of Haliotis rubra from South Australia inferred from nuclear and mtDNA analyses

1Introduction ThemajorityofAustralia’sabalonefisheryex ports(5.135kt,worth＄216millionin2002～2003,ABARE2004)consistofblacklipabalone(HaliotisrubraLeach,1814).AssuchH.rubrais consideredasanimportantmarineresourcewithin Australia.Likemanyabalonespecieswor…     

三种胡子鲶的遗传变异及其系统分类的研究

为确定三种胡子鲶(胡子鲶Clarias fuscus、两栖胡子鲶C.batrachus和革胡子鲶C.lazera)的遗传变异及系统分类关系,采用淀粉凝胶电泳技术比较了三种胡子鲶4个样本的30—31个基因座位。每个座位观测到的平均等位基因数(Na)为1.01—1.39;多态座位百分比P_(0.99)为3.33—16.13％,平均杂合度观测值(Ho)为0.004—0.072;期望值(He)为0.004—0.064。3个种的遗传变异均较小,其中以革胡子鲶的遗传变异较其它两种大。两栖胡子鲶因采样的限制和养殖群体的奠基者效应而引起多态基因座位减少。4个样本的遗传相似性(I)和遗传距离(D)的比较,表现了3个水平的进化趋异;1)胡子鲶的两个没有生殖隔离的群体间的比较,彼此具有高度的遗传相似性(I=0.999);2)胡子鲶和两栖胡子鲶这对姐妹种间的比较,尽管它们在形态上难以分辨,但在遗传上仍有11个基因座位各具种的特异性;3)外表区别明显的种间比较,彼此表现了很大的遗传分异(D=0.999和0.818)。可见胡子鲶与两栖胡子鲶之间的系统分类关系较它们与革胡子鲶间的关系更密切。     

Levels and patterns of genetic variation in Pampus minor:Assessment of a mitochondrial DNA control region sequence

Pampus minor is an important commercial fish. Due to the similarity of external morphological characteristics among the genus Pampus species, P. minor has often been identified as the juvenile group of both P. cinereus and P. argenteus. While little genetic background on this species is known, this study was based on control region sequences and provided the first evaluation of the genetic signature of 264 individuals of P. minor from 11 populations along the coasts of China and Malaysia. The results indicate high genetic haplotype diversity and low nucleotide diversity in this species. Additionally, two differentiated haplotype lineages were identified in the P.minor populations. However, phylogenetic structures corresponding to the geographical locations were unable to be established. Analysis of molecular variance identified a vast majority of the genetic variation occurring within populations. F-statistic test value(FST) of pairwise indicated that great differences existed between the Chinese and Malaysian P. minor populations. For the Chinese populations, the genetic differences were insignificant with the exception of the Xiamen population, which is a marginal population. During the late Pleistocene, a population expansion of P. minor occurred. These expanded populations originated from the glacial refugium in the South China Sea and then rapidly occupied and adapted to their new habitat. The results of this study provide genetic information for ensuring the protection and management of P. minor resources.     

二种体色拟穴青蟹群体ISSR分析

应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性．10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90．12％．暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81．48％和77．78％,暗红色群体的Nei’S基因多样性指数（He=0．3189）和Shannon’S信息指数（,=0．4690）略高于深绿色群体（He：0．3054,,=0．4491）．群体间的Nei’S遗传相似性（0．9484）和遗传距离（0．0529）表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化．POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流．UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类．     

Genetic heterogeneity in populations of the Mediterranean shore crab, Carcinus aestuarii (Decapoda,Portunidae), from the Venice Lagoon

Heterogeneity in genetic composition among recruits, mostly due to a large variance in reproductive success mediated by oceanographic processes, has been reported for marine species but is less understood in coastal lagoons' organisms. Temporal genetic variation in natural populations of the Mediterranean shore crab Carcinus aestuarii was quantified over a multi-year sample. A total of 486 adult crabs were collected at eight different sites of the Venice Lagoon during the period 2005–2007 and screened for genetic variation using 11 microsatellite loci. Two additional samples (N = 115) from neighbouring sites, located approximately 100 km North and South to the Venice Lagoon, were included for the sake of comparison. Our results show significant differences in allelic frequencies at the micro-geographic scale of the Venice Lagoon, observed between sites of collection, typologies of habitat, and areas with different class of ecological risk or pattern of hemocyanin expression. However, this pattern was not constant between years, with significant differences observed mainly in 2005 and 2006, but not in 2007. Our results indicate significant temporal differences suggesting the existence of dynamic processes that act on the genetic pool of this species. Although natural selection and gene flow might play a role, we suggest that genetic drift linked to large variation in the reproductive success of individuals is the most probable scenario to explain the local genetic patterns of differentiation in the Mediterranean shore crab. Our study, by providing the first evidence for the existence of genetic differences in this species at the micro-geographic scale, suggests that a better comprehension of the link between reproduction, recruitment and oceanography is critical to understand how colonization and maintenance of genetic variation is achieved in ephemeral and vulnerable environments such as coastal lagoons.     

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4 个群体遗传多样性的 ISSR 分析

采用ISSR分子标记对中国沿海4个厚壳贻贝群体进行遗传多样性和遗传结构分析,筛选出13条引物对4个群体120个样品共扩增出192个清晰的扩增位点,其中多态位点188个,多态位点百分率为97.92%,在物种水平上遗传多样性较为丰富。群体遗传多样性结果表明,PPL在81.77%—89.58%之间,H在0.2950—0.2818之间,I在0.4213—0.4447之间,其中福州群体多样性指数最低,温州群体最高。4个群体间GST为0.1519,Nm值范围介于3.0576—5.9714之间,AMOVA分析显示遗传变异主要来自群体内个体间。群体间遗传距离和聚类分析显示,温州群体和宁德群体首先聚为一支,再与舟山群体聚类,最后与福州群体聚在一起。表明地理位置较远的群体,遗传距离也较大,地理距离和遗传距离一致。