凡纳对虾引进亲本及其子代RFLP分析

运用 PCR-RFLP 技术分析凡纳对虾两个引进亲本群体及其各自子一代的遗传变异情况。用一对引物对这四个群体进行 mt DNA-细胞色素氧化酶I部分片段的 PCR 扩增,扩增结果为一条约 1.25 kb的条带。用 19种限制性内切酶对该扩增条带进行酶切分析,其中 Hinf I, Sty I, Taq I 这 种酶有酶切位点。用这3种 3酶进行限制性片段长度多态性 ( RFLP )分析,共获得 种限制性类型 基因型 。而且内切酶 2 ( ) Sty I在两个不同的引进亲本群体及其各自的子一代的扩增产物的酶切中,表现出明显的差异。     

橙色莫桑比克罗非鱼和荷那龙罗非鱼的AFLP分析

运用AFLP分子标记技术检测了橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）和荷那龙罗非鱼（Oreochromis hornorum）的种群遗传多样性。提取2种鱼的基因组DNA，经EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ限制性内切酶酶切并加接头，从16对选扩引物组合中选出3对扩增结果较好的引物进行PCR扩增。扩增产物经PAGE胶电泳、银染，检测其多态性。3对引物在2种罗非鱼的40个个体中共扩增出94条带，其中多态性条带76条，占总扩增条带的80．9％，2个群体的多态性条带比例分别为71．6％和52．4％。根据Nei氏（1978）统计分析得出橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传相似系数为0．765。荷那龙罗非鱼的为0，821，表明2个罗非鱼种群均具有较高的遗传多样性，橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传多样性相对更高些。2种罗非鱼的种间遗传距离为0．279，推测该杂交组合可能具有杂种优势。     

军曹鱼的分子遗传特性研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)和线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法对广东湛江近海军曹鱼Rachycentron canadum的分子遗传学特征进行了研究。RAPD研究结果显示17个引物共检测到119个位点,其中多态位点比例P为80．85％,遗传相似系数S为0．7400,遗传距离D为0．2600,Nei基因多样性指数H为0．3009,Shannon信息指数I为0．4498。结果表明,军曹鱼的遗传多样性比较丰富。用19种识别5、6碱基的限制性内切酶对军曹鱼的mtDNA RFLP进行了分析研究,构建其mtDNA物理图谱;用引物5’-GTG ATC TGA AAA ACC ACC GTT G-3’和5’-AAT AGG AAG TAT CAT TGC GGT TTG ATG-3’扩增线粒体细胞色素b区段,得到稳定的850bp大小的特异性条带,用18种识别4-6碱基的限制性内切酶对扩增片段的限制性长度多态性进行分析,并测定其序列。     

细胞色素B基因PCR-RFLP鉴定阿胶原料

用细胞色素B基因PCR-RFLP方法对阿胶原料进行鉴定。提取马、牛、驴3种动物干皮DNA,PCR扩增细胞色素B基因保守区域的359 bp片段,用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切,采用琼脂糖凝胶电泳获得了DNA指纹图谱,根据获得的DNA指纹图谱判定样品所属物种。该方法不仅简便,还可以100%准确鉴定阿胶原料皮样所属物种来源,适合作为常规技术应用于阿胶原料鉴定。     

对虾白斑综合征病毒VP28基因在大肠杆菌中的表达

在已构建重组质粒pGEM—vp28的基础上,通过NcoⅠ,HindⅢ双酶切质粒pGEM—vp28和表达载体质粒pET-30a,分别获得携带限制性内切酶粘性末端的vp28基因片段和表达载体质粒片段,两片段经T4DNA连接酶连接获得了重组表达质粒pET30a—vp28,将此重组质粒导入表达宿主菌Escherichia coli BL21中,用IFIG诱导表达4h后,其表达产物在SDS—PAGE和Western blot中的显示的特异性条带大小约27ku,与预期的大小相近。     

一个皱纹盘鲍人工群体内个体大小遗传变异的RAPD分析

从以日本野生皱纹盘鲍(Haliotis discus hannui Ino)为亲本进行群体繁殖所得人工群体的子1代中分别选择大(BI)、中(ME)、小(SM)等3个子群体各20个个体，进行RAPD分析。用11条随机引物及7个双引物组合共扩增出153条DNA片段，其中总群体多态性片段数为110条，多态性片段的比例为72．37％。根据扩增片段的共享度用TFPGA软件进行计算，结果表明：(1)SM与ME的遗传距离较近，而与BI的遗传距离相差较大；(2)子群体间遗传分化系数为7．64％，表明各个子群体间在遗传上存在一定的差异，对子群体进行选择将有一定的意义；(3)各子群体表现出了丰富的遗传变异，子群体BI、ME、SM的遗传多样性分别为0．2063、0．2358和0．2363，表明BI子群体具有相对较高的纯合度，在选择育种中有较高价值。     

凡纳滨对虾引进亲虾及其子一代的遗传多样性研究

采用Operon公司的16个引物对两个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进亲本群体及其子一代对虾的基因组DNA多态性进行了检测。第一个亲虾群体对16个引物共获得78个位点,其中多态位点数为48个,占61.54%;其子代对虾共获得89个位点,其中多态位点数为50个,占56.18%。第二个亲虾群体对16个引物共获得97个位点,其中多态位点数为49个,占50.52%,其子代对虾共获得93个位点,多态位点数为28个,占30.11%。单个引物获得的标记数为1～8个。第一个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别是0.1959±0.0392和0.1435±0.0268;第二个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别为0.0922±0.0189和0.0621±0.0148。两个亲本群体间的遗传距离为0.6546±0.0794,两个子代群体间的遗传距离为0.7087±0.0656。在OPF-09、OPZ-11两个引物的扩增结果中,发现两个亲本群体及其子代有差异标记。     

cDNA-AFLP分析方法在中国对虾中的应用

将cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)分析方法在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中进行了应用,旨在建立1套适于中国对虾研究的cDNA-AFLP反应体系.对总RNA提取、cDNA双链合成、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤进行了优化和改进.结果表明,用EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ双酶切、核心序列加3个选择性碱基的选择性扩增引物、1∶1摩尔比的EcoR Ⅰ端与Mse Ⅰ端选择性扩增引物比和12 μL选择性扩增体积,可得到十分稳定的结果,所得产物经电泳和银染后可获得条带清晰的图像.该方法的建立为cDNA-AFLP技术在中国对虾功能基因组研究中的应用奠定了基础.     

天津近海可培养细菌多样性的初步调查

根据天津近海地理地貌特征设置了5个调查站住,分别采集不同水层的水样,进行了可培养细菌调查和多样性分析.调查结果表明,天津近海海水细菌总数为0.28×107～6.08×107cfu/L.划线培养获得的菌株经16S rDNA扩增后,用RsnⅠ、Msp Ⅰ限制性内切酶酶切,共获得27种酶切谱型.对27种谱型的细菌进行16S rDNA克隆和序列分析表明,天津近海海水可培养细菌分属于3个分类单元,即变形细菌(18种)、厚壁菌(5种)、拟杆菌(4种).对天津近海海水可培养细菌的可能代谢类型进行了比较分析,为今后开发利用海洋生物资源和修复天津近海生态环境提供了数据.     

漠斑牙鲆养殖群体RAPD遗传多样性的初步分析

利用RAPD技术对由美国引进的漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)养殖子一代群体的遗传多样性进行了研究。实验用漠斑牙鲆鱼苗于2004年10月取自山东莱州大华水产有限公司,共24尾,全长平均为16.6 mm±1.99 mm。活体取其肌肉,用高盐法抽提获得总DNA,琼脂糖电泳检测,Beckman DU-6100型紫外分光光度仪定量后用随机引物进行PCR扩增,从25个随机引物中筛选出11个用于群体遗传学分析,共获得77条清晰重复性高的DNA片段,大小在100~2 000 bp之间,多态谱带比例和群体平均杂合度分别为66.23%和0.352 6。     

RSAP标记技术在紫菜遗传多样性检测及种质鉴定中的应用

限制性位点扩增多态性（restriction site amplification polymorphism，RSAP）是根据基因组内普遍存在的酶切位点来设计特殊的引物，通过简单的梯度PCR反应来产生多态性。本研究首次将RSAP标记技术成功应用于紫菜遗传多样性检测和种质鉴定。利用所建立的适合于紫菜RSAP分析的PCR反应体系和反应条件，使用30对引物对15个紫菜系DNA进行了PCR扩增，经过3次重复验证，有12对引物能够扩增出清晰且稳定的条带。这12对引物共扩增出413条带，其中408条为多态性条带，多态性比例96％，平均每对引物产生34条多态性条带，片段大小在50-500bp之间。利用这413条带进行聚类分析，产生了这15个紫菜系的进化树。15个紫菜系在0.69相似系数水平上分为两大类：一类包括坛紫菜；另一类包括条斑紫菜和少精紫菜。选2对引物R1／R6和R3／R4所扩增的10条稳定且重复性好的条带，构建了这15个紫菜系的RSAP-DNA指纹图谱。在该指纹图谱中，每个紫菜系都有其独一无二的指纹模式，能够很容易地与其它紫菜系相区分。     

中国卤虫早期胚胎发育相关基因的研究--mRNA差异显示技术的三种不同染色方法比较

利用mRNA差异显示技术研究中国孤雌生殖卤虫胚胎发育的相关基因，并对中国孤雌生殖卤虫差异显示中SYBR Green Ⅰ、硝酸银和溴化乙锭三种染色方法进行了比较。以三种单碱基锚定引物对发育0h，4h，8h，12h，16h和10天的中国孤雌生殖卤虫的RNA进行逆转录和26种随机引物进行PCR反应，经非变性的6％聚丙稀酰胺凝胶电泳后，分别用SYBR Green Ⅰ、硝酸银和溴化乙锭染色，最后进行差异条带的回收和再扩增。结果表明：(1)6种样本的DD-PCR产物显示长200-3．0k不等的扩增片段，条带清晰，并呈现出有无和强弱的变化(2)SYBR Green Ⅰ和硝酸银染色的灵敏度比溴化乙锭染色的灵敏度高(3)经SYBR Green Ⅰ和溴化乙锭染色的凝胶的回收和再扩增效率比硝酸银染色的高(4)水煮法和NAP-25过柱法对凝胶片段的回收效果几乎相当。利用mRNA差异显示技术研究中国孤雌生殖卤虫胚胎发育相关基因时，得到了较好的扩增片段；三种染色方法中SYBR Green Ⅰ染色灵敏度较高，并且SYBR Green Ⅰ染色有利于凝胶片段的回收和再扩增。     

日本盘鲍×皱纹盘鲍子代杂种优势的RAPD分析

本文通过对日本盘鲍 (D)、皱纹盘鲍 (H)及其二者的正反杂交子代 D♀× H♂ (DH)、D♂× H♀ (HD)四样本的基因组 DNA进行 RAPD标记分析。探讨了杂种优势产生的分子遗传机制。从 4 0个随机引物 (OPK,OPV系列 )中筛选出 12个引物进行扩增 ,共得到 113条清晰稳定的扩增带 ,多态率占 4 3.3%。其中四群体各有其特异扩增位点。另外 D与 DH,H与 HD及 D与 DH,HD等间亦存在共享片段。四群体内相似性指数各自为 0 .798(H)、0 .799(D)、0 .777(HD)、0 .788(DH)。可见正反杂交子代群体内相似性指数皆低于两亲本 ,这表明杂种子代基因组发生的变异更大些。皱纹盘鲍与其正反杂交子代的相对遗传距离分别为 0 .0 76 ,0 .0 95,而日本盘鲍与其正反杂交子代的相对遗传距离分别为 0 .0 31,0 .0 33,前者明显大于后者 ,这表明杂交子代与两亲本的遗传距离不是对等的 ,而是更偏向日本盘鲍。     

孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanuscampechanus）和勒氏笛鲷（L．russel—lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L．bengalensis）和四带笛鲷（三．kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析．结果表明：25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用．孟加拉笛鲷的湛江群体（zMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为：3．8889、4．1111、4．3333、4．2222;平均观测杂合度分别为：0．5833、0．6389、0．5944、0．6389;平均多态信息含量分别为：0．4720、0．4692、0．5474、0．5257．将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽旱对野生群体进行摸底调查。并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法．     

刺参杂交子代的微卫星和AFLP分析

用微卫星和APLP标记分析了中国刺参(♀)和日本红刺参(♂)杂交子一代的遗传特性。2对微卫星标记对两亲本及其杂交子代的分析结果表明,杂交子代的等位基因均来自两亲本,为真正的杂交种。8对AFLP引物共扩增出375个位点,其中多态位点265个,多态位点比例69.8%;238个位点在子代中发生分离,符合孟德尔分离规律的位点175个,其中母本69个,父本66个;偏离孟德尔分离的位点43个;异常分离位点20个。子一代与母本间的遗传距离为0.0391,小于其与父本之间的遗传距离(0.0999),表明杂交子代在遗传上与母本较近。     

褐牙鲆(♀)、夏鲆(♂)及其杂交子一代线粒体16S rDNA序列遗传特性的初步研究

以线粒体16S rRNA基因部分片段为代表研究雌褐牙鲆Paralichthys olivaceus、雄夏鲆P. dentatus及其杂交子一代间线粒体DNA的遗传特性。母本与父本序列差异较大,属种间差异,在590个位点中有28个变异位点,而且全部为简约信息位点。使用同一对引物扩增亲本与杂交子代,在杂交子代中未检测到父本的线粒体DNA类型,11个处于两种生长阶段的杂交样本仅检测到一种单倍型,而且与母本的一个单倍型为同一种,表明褐牙鲆与夏鲆杂交线粒体DNA遵循母系遗传规律。     

帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。     

黄鳍鲷2个自然群体遗传变异的RAPD分析

用RAPD技术对福建和珠江口2个自然黄鳍鲷(Sparus latus)群体进行群体内与群体间的遗传变异分析。在使用的40个随机引物中．有18个引物扩增出清晰稳定的片段，共计93条，大小为200-2500bp，其中多各性片段41条．多态性片段的比例为44．09％。福建和珠江口群体内的相似系数分别为0．8821和0．8785．群体内遗传距离分别为0．1179和0．1215，2个群体间的遗传距离为0．1314。福建和珠江口2个群体内都有较高程度的遗传变异水平，但福建群体的遗传变异水平较珠江口群体的低。用类平均聚类法和邻接法进行聚类分析，结果表明．福建和珠江口群体分别聚成一支，且两者的聚类结果一致。说明福建和珠江口群体已经开始出现了遗传分化，分别属于2个不同的地理群体。     

雌核发育银鲫两个不同品系线粒体DNA比较

于１９９６年４月在中国科学院水生生物研究所关桥实验场取得银鲫Ｅ系（８♀,２♂）和Ｄ系（９♀,１♂）的卵巢（♀）或肝脏（♂）组织,分离纯化其线粒体ＤＮＡ,以此为材料,用２５种限制性内切酶分析了银鲫这两个雌核发育系的线粒体ＤＮＡ,构建了两系鱼ｍｔＤＮＡ的１９种酶个位点的酶切图谱。统计比较酶切片段的大小,发现５种内切酶（ＡｖａＩＩ,ＢａｍＨＩ,ＢｇｌＩ,ＳｐｈＩ,ＸｂａＩ）酶切位点在两个雌核发育系间存在     

用甲基化修饰法抑制钝顶螺旋藻遗传转化中限制性内切酶对外源质粒的降解

胞内限制性内切酶降解外源DNA,是钝顶螺旋藻/节旋藻(Spirulina/Arthrospira platensis)遗传转化的难点之一。通过用EDTA螯合Mg2 抑制限制性内切酶活性的方法,对外源质粒进行了甲基化修饰。结果表明,修饰后的外源质粒可抵抗限制性内切酶3h的降解,有利于钝顶螺旋藻的遗传转化。