| DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响 |
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| 引用本文： | 李龙召,黄平平,徐奎栋,赵峰. DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响[J]. 海洋科学, 2022, 46(7): 52-60 |
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| 作者姓名： | 李龙召 黄平平 徐奎栋 赵峰 |
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| 作者单位： | 中国科学院海洋研究所,山东省生物物理重点实验室,中国科学院海洋研究所,中国科学院海洋研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目，41876171 |
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| 摘 要： | 环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g), DNA洗脱法(2 g), RNA直接提取法(2g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下, DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言, DNA洗脱法和RNA纯化可有效...
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| 关 键 词： | eDNA eRNA DNA/RNA提取 纤毛虫 分子多样性 |
| 收稿时间： | 2021-09-22 |
| 修稿时间： | 2021-10-28 |
Effects of DNA and RNA extraction methods for the evaluation of ciliate diversity in marine sediments |
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| LI Long-zhao,HUANG Ping-ping,XU Kui-dong,ZHAO Feng. Effects of DNA and RNA extraction methods for the evaluation of ciliate diversity in marine sediments[J]. Marine Sciences, 2022, 46(7): 52-60 |
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| Authors: | LI Long-zhao HUANG Ping-ping XU Kui-dong ZHAO Feng |
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| Affiliation: | INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES,Shandong Key Laboratory of Biophysics,INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES,INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | eDNA: eRNA DNA / RNA extraction ciliate molecular diversity |
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