| 基于鳃的microRNA转录组研究中国蛤蜊对重金属镉的响应 |
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| 引用本文： | 张晶晶,李宏俊,秦艳杰,刘敏,叶晟.基于鳃的microRNA转录组研究中国蛤蜊对重金属镉的响应[J].海洋学报,2016,38(12):118-131. |
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| 作者姓名： | 张晶晶 李宏俊 秦艳杰 刘敏 叶晟 |
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| 作者单位： | 1.国家海洋环境监测中心 海洋生态室, 辽宁 大连 116023;大连海洋大学 水产与生命学院, 辽宁 大连 116023 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31572595）；国家海洋局近岸海域生态环境重点实验室开放基金（201511）。 |
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| 摘 要： | 中国蛤蜊（Mactra chinensis）是一种重要的经济贝类，分布于我国的辽宁和山东。近年来，生境恶化和过度捕捞导致我国蛤蜊资源量减少。我们利用Illumina Hiseq-2500平台对中国蛤蜊鳃的microRNA转录组进行测序，运用差异表达寻找对镉刺激有响应的功能microRNA。结果显示对照组获得了14 415 256条clean reads，实验组获得了15 570 111条clean reads。在这些reads中一共存在14 584 077小RNA，包括1 898 035条unique小RNA，其中对照组和实验组共有187 859条unique小RNA。两个组的小RNA文库的片段长度分布是相似的，大部分小RNA长度分布在26~27 nt。在对照组文库中最丰富的片段长度是27 nt，其次是28 nt、26 nt和23 nt。在实验组文库中，数量最丰富的片段长度是26 nt，其次是27 nt、28 nt和23 nt。经过对序列前体以及结构特征的分析，发现这两个组中一共有50个microRNA，其中已知的是38个，新发现的是12个。对照组和实验组microRNA含量最丰富的片段长度是23 nt。通过差异表达分析，5个microRNA基因具有显著性差异且从对照组到实验组的表达量是上调的，其余45个没有显著性的差异。把这50个序列与中国蛤蜊转录组进行比对，一共找到了542个靶基因。5个具有表达差异的基因一共比对到11个靶基因。把这11个靶基因与NCBI数据库比对，4个靶基因在COG中得到注释，1个靶基因在GO中得到注释，6个靶基因在KEGG中得到注释，11个靶基因在nr数据库中得到注释，注释到的基因有泛素蛋白连接酶E3，Wnt信号通路，G蛋白信号调控等。
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| 关 键 词： | 中国蛤蜊 镉 microRNA 差异表达 功能基因 |
| 收稿时间： | 2016/6/30 0:00:00 |
Identification and differential expression of gill microRNA in the Chinese surf clam (Mactra chinensis) with Cd2+ exposure |
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| Zhang Jingjing,Li Hongjun,Qin Yanjie,Liu Min and Ye Sheng.Identification and differential expression of gill microRNA in the Chinese surf clam (Mactra chinensis) with Cd2+ exposure[J].Acta Oceanologica Sinica (in Chinese),2016,38(12):118-131. |
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| Authors: | Zhang Jingjing Li Hongjun Qin Yanjie Liu Min and Ye Sheng |
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| Institution: | 1.Marine Ecology Department, National Marine Environmental Monitoring Center, Dalian 116023, China;College of Fisheries and Life Science, Dalian Ocean University, Dalian 116023, China2.Marine Ecology Department, National Marine Environmental Monitoring Center, Dalian 116023, China3.College of Fisheries and Life Science, Dalian Ocean University, Dalian 116023, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Mactra chinensis cadmium ion microRNA differential expression functional genes |
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