条斑紫菜(Porphyra yezoensis)EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 |
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引用本文: | 王孟强,胡景杰,庄昀筠,刘玮,杨春,茅云翔.条斑紫菜(Porphyra yezoensis)EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2007,37(2):234. |
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作者姓名: | 王孟强 胡景杰 庄昀筠 刘玮 杨春 茅云翔 |
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摘 要: | 利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签(EST),进行简单重复序列(SSR)即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性,当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时,这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列,对这1162条EST序列进行聚类,其中984条可聚类为112条重叠群(contig),其余178条不与其他序列聚类,共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中,GC/CG型和GA/TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型,在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。
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关 键 词: | EST序列 微卫星位点 条斑紫菜 相关分析 筛查 计算机 SSR标记 表达序列标签 |
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