登记出现程序瑕疵如何处理为宜

甲和乙是远房亲戚。甲在县城有住房一套，甲1990年将房屋卖给乙，乙支付给甲5万元，但双方没有签订任何书面的协议，仅有一个证人丙在场。1992年，乙申请土地登记，该县土地登记部门仅凭丙的书面证言就向乙发放了国有土地使用权证书（并非开展总登记）。乙以国有土地使用权证书申请办理了房屋所有权证书，后乙将房屋转让给丁并办理了房屋、土地的过户手续。但甲声称其没有将房屋转让给乙，而只是将房屋出租给乙居住，5万元不是房款，而是房屋的租金。因此要求撤销县国土资源局给乙颁发的国有土地使用权证书，未得到支持。县国土资源局特到有关部门进行咨询。